genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  25  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8114344--8114496	78	2.0	76	89	2	234	25	24	17	32	1.97
8114436--8114567	62	2.1	62	95	0	237	27	23	19	29	1.98
8126386--8126420	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
8126676--8126770	18	4.7	21	78	12	65	40	16	6	36	1.74
8126712--8126785	19	3.9	19	96	3	141	36	16	10	36	1.83
8126705--8126785	37	2.2	38	91	8	141	35	17	9	37	1.83
8126715--8126794	37	2.2	37	88	6	110	38	13	12	35	1.83
8126905--8126943	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
8128557--8128584	12	2.3	12	100	0	56	25	17	39	17	1.92
8131433--8131485	23	2.2	24	83	3	63	60	0	7	32	1.25
8136371--8136479	54	2.0	54	98	0	209	33	9	14	42	1.78
8136632--8136662	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
8142198--8142243	21	2.1	23	92	8	78	36	0	0	63	0.95
8142203--8142254	21	2.4	21	81	12	61	38	0	1	59	1.08
8148582--8148639	26	2.3	25	87	3	80	36	0	3	60	1.14
8148602--8148647	14	3.1	15	75	12	51	41	0	0	58	0.98
8148697--8148742	20	2.3	20	76	0	56	60	8	0	30	1.26
8150219--8150258	19	2.2	19	90	4	64	65	2	0	32	1.06
8155196--8155234	18	2.1	19	85	4	53	56	2	0	41	1.13
8155181--8155249	19	3.6	18	69	18	50	57	4	0	37	1.18
8158047--8158075	13	2.3	13	94	5	51	44	0	0	55	0.99
8165434--8165471	19	2.0	19	94	0	67	34	28	10	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8166914--8166948	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
8177822--8177882	29	2.1	30	81	3	70	45	9	6	37	1.63
8178131--8178194	31	2.1	30	80	11	69	39	6	9	45	1.62
8187419--8187450	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
8189431--8189475	19	2.5	17	82	13	54	13	13	0	73	1.10
8197860--8197921	31	2.0	31	84	6	81	33	12	6	46	1.68
8200847--8200937	44	2.1	44	85	0	119	45	12	14	28	1.80
8201177--8201378	102	2.0	102	97	0	377	26	23	15	33	1.95
8212489--8212708	110	2.0	110	100	0	440	25	11	26	36	1.90
8222418--8222483	20	3.3	19	75	8	60	42	4	1	51	1.31
8223532--8223679	79	1.9	77	88	4	226	57	18	8	15	1.63
8224244--8224274	14	2.1	15	94	5	55	87	6	0	6	0.68
8227871--8227904	17	2.0	17	88	0	50	23	2	5	67	1.26
8240473--8240570	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
8240480--8240568	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
8240657--8240685	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
8247847--8247944	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
8247854--8247942	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
8248031--8248059	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
8250592--8250625	7	4.9	7	92	0	59	82	2	0	14	0.79
8256859--8256892	18	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
8259577--8259608	14	2.3	14	94	0	55	37	3	28	31	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8267432--8267536	46	2.2	48	86	6	142	35	14	24	25	1.93
8271975--8272065	39	2.4	38	83	1	101	36	39	13	10	1.80
8281034--8281077	17	2.6	17	100	0	88	13	43	29	13	1.83
8292191--8292324	47	2.9	48	76	14	145	23	19	26	31	1.98
8292193--8292364	46	3.7	46	75	10	161	22	20	25	30	1.98
8300629--8300799	93	1.8	93	82	5	220	22	19	26	31	1.97
8309816--8310036	119	1.8	121	84	4	304	30	18	9	41	1.83
8312791--8312834	18	2.4	18	96	0	79	31	31	15	20	1.94
8327911--8327936	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
8329207--8329297	43	2.1	43	86	6	123	32	10	10	45	1.75
8335292--8335330	16	2.4	16	86	0	51	35	7	25	30	1.84
8340865--8340901	18	2.0	18	89	5	56	56	0	8	35	1.29
8346289--8346328	20	2.1	19	85	4	53	37	7	7	47	1.60
8346907--8346956	24	2.1	24	100	0	100	16	18	20	46	1.85
8348252--8348294	18	2.5	17	78	17	52	37	2	0	60	1.10
8348377--8348423	23	2.0	23	84	8	60	72	0	0	27	0.85
8348375--8348441	33	2.0	33	82	5	82	71	0	0	28	0.86
8352279--8352342	19	3.3	19	81	14	69	40	0	9	50	1.35
8354029--8354126	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
8354036--8354124	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
8355963--8355988	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
8364796--8364874	38	2.1	38	97	0	149	39	20	12	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8372249--8372289	18	2.3	18	87	8	57	68	2	4	24	1.22
8375793--8375831	16	2.4	16	86	4	51	71	2	20	5	1.17
8376114--8376157	22	2.2	19	88	12	61	43	15	9	31	1.79
8377415--8377446	15	2.1	15	100	0	64	68	0	0	31	0.90
8377643--8377690	21	2.2	22	88	3	71	64	22	6	6	1.39
8378548--8378696	80	1.9	80	84	5	203	28	20	22	28	1.98
8378548--8378702	40	3.9	40	81	3	161	28	20	23	27	1.99
8382106--8382272	14	11.7	14	70	13	108	22	1	34	42	1.61
8382106--8382272	21	7.8	20	73	16	95	22	1	34	42	1.61
8382106--8382272	7	23.4	7	69	13	83	22	1	34	42	1.61
8382181--8382273	21	4.4	21	82	5	98	21	0	38	39	1.54
8382524--8382574	20	2.5	20	83	0	66	13	29	35	21	1.92
8383361--8383528	52	3.1	52	80	10	153	31	23	15	29	1.95
8385097--8385342	131	1.9	131	92	0	413	34	18	18	27	1.95
8385570--8385625	28	2.0	27	83	10	69	58	7	8	25	1.53
8395390--8395485	21	4.4	23	84	9	114	37	26	21	14	1.92
8395712--8395769	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
8397422--8397586	46	3.6	46	80	11	183	21	18	29	30	1.97
8397416--8397586	93	1.8	93	89	0	270	21	18	29	30	1.97
8401318--8401388	15	4.7	15	75	18	67	12	15	11	60	1.59
8401309--8401386	30	2.6	30	80	11	79	12	14	14	58	1.63
8410142--8410205	18	3.6	18	73	0	65	39	14	10	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8410500--8410644	45	3.1	45	82	11	182	42	21	17	17	1.89
8410484--8410653	51	3.5	51	82	10	219	42	20	18	18	1.90
8412155--8412194	20	2.0	21	90	5	64	5	17	7	70	1.30
8412246--8412274	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
8415214--8415459	131	1.9	131	90	0	395	34	19	19	26	1.95
8427639--8427673	13	2.6	14	91	8	56	51	5	0	42	1.25
8427640--8427683	13	3.3	13	87	9	54	47	6	0	45	1.29
8427858--8428176	42	7.6	43	79	8	286	24	15	28	31	1.96
8427907--8428179	124	2.2	124	81	7	311	24	16	28	30	1.96
8428610--8428658	23	2.2	23	85	3	64	40	18	22	18	1.91
8428616--8428691	23	3.3	23	77	12	77	39	19	21	19	1.93
8432438--8432512	20	3.4	20	67	22	60	48	9	8	34	1.65
8433417--8433469	5	10.6	5	100	0	106	37	0	0	62	0.96
8436950--8436996	22	2.0	22	84	8	58	70	0	25	4	1.05
8441444--8441554	38	3.0	37	74	18	106	38	1	1	57	1.20
8441495--8441543	25	1.9	26	83	4	64	38	2	0	59	1.09
8441502--8441555	20	2.8	20	78	13	67	38	1	0	59	1.08
8441815--8441864	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
8442966--8443069	45	2.3	45	88	3	156	21	17	19	42	1.89
8442951--8443070	45	2.5	50	76	18	135	20	18	20	41	1.90
8451149--8451210	27	2.3	27	88	2	99	43	30	4	20	1.73
8453998--8454105	3	35.7	3	74	9	85	30	1	2	64	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8454088--8454417	139	2.3	142	82	8	365	32	3	6	57	1.43
8454355--8454423	21	3.2	22	78	12	72	33	1	5	59	1.30
8454177--8454464	139	2.1	136	77	13	293	30	4	6	57	1.46
8454473--8454512	11	3.6	11	93	0	71	40	0	5	55	1.22
8454473--8454553	13	6.6	13	74	16	66	38	1	3	56	1.25
8454473--8454550	22	3.8	22	70	21	62	38	1	3	56	1.26
8454525--8454584	25	2.5	24	75	8	59	36	5	1	56	1.31
8454694--8454769	28	2.7	27	73	18	66	27	3	0	68	1.07
8458610--8458654	22	2.0	22	91	0	72	28	22	4	44	1.72
8466907--8467194	75	3.7	72	80	14	335	29	14	21	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290