genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  183  of  290  ( 34756 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58930355--58930407	26	2.0	26	92	0	88	32	16	20	30	1.95
58930362--58930421	26	2.2	26	85	5	75	36	16	20	26	1.93
58931699--58931736	20	1.9	20	94	0	67	34	13	18	34	1.89
58936433--58936482	22	2.4	20	76	6	55	36	6	18	40	1.75
58946468--58946691	40	5.6	40	82	9	262	25	22	27	25	2.00
58946467--58946724	119	2.2	119	84	5	326	26	21	26	25	2.00
58954697--58954939	40	6.1	39	84	6	276	25	21	27	24	1.99
58954697--58954953	118	2.2	118	84	8	326	26	21	27	24	1.99
58954736--58954927	79	2.4	79	85	6	228	26	20	28	24	1.99
58966105--58966166	31	2.0	32	87	3	90	22	24	19	33	1.97
58980100--58980211	43	2.6	42	82	8	138	28	17	25	28	1.98
58982327--58982369	19	2.4	18	81	11	52	51	0	9	39	1.34
58983970--58984017	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
58984044--58984156	28	3.9	28	71	21	99	28	18	25	27	1.98
58984008--58984144	60	2.3	59	86	8	179	29	19	24	27	1.99
58991208--58991373	47	3.6	47	91	4	275	36	14	24	24	1.93
58991352--58991613	54	4.9	54	82	6	298	35	17	23	22	1.95
58994571--58994678	33	3.3	33	73	10	112	27	23	15	33	1.95
58994571--58994714	66	2.2	66	89	0	225	30	22	14	31	1.94
58994597--58994705	33	3.3	32	74	14	114	30	23	14	31	1.95
58998369--58998439	25	2.8	24	85	6	79	42	1	2	53	1.24
59002269--59002573	154	2.0	155	94	0	531	32	24	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59002265--59002589	31	10.5	31	88	0	463	32	24	14	28	1.95
59002796--59002877	24	3.4	24	89	5	112	24	23	23	29	1.99
59003685--59003762	27	2.9	26	74	14	77	21	17	21	38	1.93
59003780--59004394	27	22.7	27	80	4	261	33	7	20	38	1.82
59003782--59004394	54	11.3	54	77	5	335	32	7	20	38	1.82
59006647--59006810	31	5.3	31	91	2	258	31	26	15	26	1.96
59006643--59006810	62	2.7	62	94	0	291	30	26	16	26	1.96
59007020--59007101	24	3.4	24	88	5	103	25	23	21	29	1.99
59007909--59007986	27	2.9	26	74	14	77	21	17	21	38	1.93
59008004--59008336	27	12.3	27	77	8	212	31	8	19	39	1.82
59008115--59008322	80	2.6	81	83	6	244	30	8	20	41	1.81
59008004--59008336	54	6.1	54	75	8	255	31	8	19	39	1.82
59008314--59008442	27	4.7	27	88	0	168	42	8	21	27	1.82
59008288--59008420	54	2.5	54	84	0	167	41	8	20	30	1.81
59008287--59008444	54	2.9	54	80	1	156	40	8	21	29	1.82
59008436--59008618	27	6.8	27	78	7	97	30	8	21	40	1.82
59008441--59008618	81	2.2	81	81	4	198	29	7	21	41	1.81
59008494--59008618	27	4.6	27	88	0	178	29	7	20	42	1.79
59013620--59013806	6	30.8	6	73	16	145	49	13	16	19	1.79
59013599--59013806	30	7.1	30	79	12	200	49	13	16	19	1.79
59013620--59013806	85	2.2	85	94	0	320	49	13	16	19	1.79
59013924--59013997	27	2.8	26	86	10	96	36	20	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59013948--59014005	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
59014162--59014220	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
59014308--59014390	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
59014588--59014776	27	7.0	26	82	5	175	25	18	19	37	1.94
59014589--59014777	54	3.5	54	86	4	249	25	19	19	36	1.94
59014607--59014784	27	6.6	27	84	2	216	25	17	19	37	1.94
59014911--59014993	27	3.1	26	86	5	103	38	21	20	19	1.93
59015206--59015387	27	6.7	27	86	0	220	26	19	18	35	1.95
59015206--59015387	54	3.4	54	86	3	249	26	19	18	35	1.95
59015192--59015387	81	2.4	81	85	1	250	27	19	17	35	1.94
59014248--59015454	603	2.0	603	97	0	2290	32	22	17	26	1.96
59015392--59015776	27	14.3	27	83	6	440	42	9	20	27	1.84
59015392--59015776	81	4.8	81	87	4	510	42	9	20	27	1.84
59016699--59016754	29	2.0	29	89	3	87	21	16	26	35	1.94
59016707--59016763	29	2.0	29	85	0	78	24	15	22	36	1.94
59021652--59021703	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
59021574--59021940	103	3.6	104	94	2	609	19	20	29	29	1.97
59028772--59028823	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
59028694--59029060	103	3.6	102	93	2	594	19	20	29	30	1.97
59028976--59029027	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
59030491--59030651	41	3.9	41	83	1	198	33	20	24	21	1.97
59030491--59030650	82	2.0	82	86	2	223	33	20	25	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59030809--59030906	7	13.4	7	72	8	52	27	1	24	46	1.59
59030817--59030901	21	3.9	21	76	11	89	28	1	25	44	1.61
59030824--59030917	46	2.0	46	95	0	170	29	2	25	42	1.67
59030944--59031064	7	17.1	7	69	8	68	21	0	40	37	1.59
59031944--59031989	17	2.8	17	93	3	76	13	15	10	60	1.58
59032218--59032307	46	2.0	46	84	8	121	37	2	4	55	1.32
59032245--59032307	23	2.7	23	77	18	85	38	0	6	55	1.25
59036343--59036375	12	2.8	12	100	0	66	48	6	9	36	1.60
59036995--59037029	18	2.0	17	88	5	52	22	0	0	77	0.78
59037935--59038004	25	2.8	25	95	0	122	22	22	27	27	1.99
59038665--59038710	22	2.1	22	95	0	83	23	19	19	36	1.95
59041211--59041299	29	3.0	30	88	3	83	29	24	7	38	1.84
59041231--59041299	29	2.3	29	97	2	129	21	28	7	42	1.80
59042398--59042475	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
59042516--59042567	27	1.9	27	88	7	79	34	11	13	40	1.81
59042577--59042701	27	4.6	27	79	5	128	31	6	20	41	1.78
59042738--59042824	27	3.2	27	87	6	122	41	9	21	27	1.84
59047969--59048141	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
59047966--59048136	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
59056465--59056635	46	3.7	45	80	12	204	22	19	28	29	1.98
59066375--59066408	17	2.0	17	88	0	50	32	2	14	50	1.58
59066830--59067004	49	3.5	49	81	3	224	25	19	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59066823--59067017	49	3.9	49	79	2	219	26	20	26	27	1.99
59066825--59067012	100	1.9	100	93	0	322	25	20	26	27	1.99
59075090--59075404	46	6.8	46	76	13	288	29	26	20	23	1.99
59075143--59075312	47	3.6	47	77	13	197	28	27	19	24	1.98
59075102--59075354	93	2.7	93	92	0	416	28	28	19	23	1.99
59078134--59078202	15	4.7	15	77	8	70	57	17	14	10	1.63
59078134--59078202	30	2.3	30	82	7	88	57	17	14	10	1.63
59081164--59081480	46	6.8	46	79	7	338	29	26	21	22	1.99
59081171--59081434	93	2.8	93	92	1	422	28	26	21	22	1.99
59083858--59083955	40	2.5	40	81	5	117	33	26	15	24	1.95
59084332--59084397	28	2.3	29	86	2	89	30	27	3	39	1.72
59090497--59090530	17	1.9	18	94	5	61	64	17	5	11	1.45
59092325--59092496	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
59092318--59092493	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
59099283--59099454	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
59099284--59099451	46	3.6	46	78	15	193	29	28	20	21	1.98
59099284--59099470	46	4.0	44	73	16	139	28	28	20	21	1.98
59105551--59105619	9	7.4	9	78	3	66	55	18	1	24	1.51
59108740--59108769	15	2.0	15	93	0	51	30	3	0	66	1.07
59109751--59109789	11	3.5	11	89	6	53	56	23	0	20	1.42
59109758--59109826	9	7.4	9	79	9	68	53	21	1	23	1.54
59111199--59111321	41	3.0	41	100	0	246	41	21	2	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59114062--59114100	20	2.0	21	90	10	64	43	5	10	41	1.61
59117209--59117269	30	2.0	30	90	0	95	40	3	22	32	1.70
59120250--59120742	47	10.4	47	92	1	779	32	8	29	29	1.87
59120250--59120742	143	3.5	143	94	1	832	32	8	29	29	1.87
59120250--59120742	190	2.6	189	92	1	808	32	8	29	29	1.87
59120860--59120938	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
59122545--59122720	50	3.5	49	80	4	185	27	18	23	30	1.98
59126774--59126854	28	2.9	28	75	5	83	27	16	32	24	1.96
59127154--59127734	27	21.6	27	77	6	411	38	22	9	29	1.86
59127154--59127709	54	10.3	54	80	3	548	38	22	9	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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