genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6984698--6984722	11	2.3	11	100	0	50	80	0	0	20	0.72
6984916--6985271	3	117.3	3	67	16	85	28	7	3	60	1.41
6984967--6985015	20	2.4	21	82	6	64	30	0	4	65	1.11
6985432--6985694	125	2.1	128	84	5	338	34	13	15	36	1.87
6988977--6989009	9	3.7	9	95	0	57	30	18	12	39	1.87
6991777--6991803	7	3.9	7	100	0	54	74	14	11	0	1.08
6994697--6994849	52	2.9	53	76	12	163	32	25	16	26	1.96
6999918--6999942	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
7000322--7000397	38	2.0	38	85	10	102	40	2	22	34	1.68
7000319--7000411	37	2.5	35	79	16	98	40	2	24	32	1.67
7002511--7002557	23	2.0	23	84	8	60	42	8	4	44	1.54
7003401--7003461	30	2.1	28	85	11	79	45	0	9	44	1.37
7003533--7003583	20	2.5	20	96	0	93	37	3	23	35	1.74
7015147--7017250	265	8.0	261	77	9	1686	37	24	13	24	1.92
7015325--7016743	522	2.7	522	84	5	1742	38	25	12	23	1.90
7016375--7017250	272	3.2	272	80	7	821	37	24	13	24	1.92
7018813--7018860	26	1.9	24	83	8	60	66	2	2	29	1.14
7018948--7018981	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
7019157--7019199	22	2.0	22	90	0	68	58	4	0	37	1.19
7019728--7019815	37	2.4	38	76	14	94	29	1	4	64	1.20
7019755--7019818	19	3.4	19	75	12	60	31	1	3	64	1.19
7023728--7023801	36	2.1	36	97	0	139	33	9	25	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7025599--7025664	32	2.1	32	85	0	87	46	6	7	39	1.57
7026170--7026233	30	2.1	30	97	0	119	39	4	20	35	1.73
7032824--7033535	254	2.8	249	85	6	872	47	14	14	24	1.81
7033277--7033706	139	3.1	139	90	2	641	51	13	12	23	1.74
7034356--7034396	12	3.2	13	81	18	50	17	9	0	73	1.09
7036325--7036377	15	3.4	15	82	12	54	67	5	24	1	1.22
7037183--7037232	18	2.8	18	82	11	66	48	10	12	30	1.73
7037183--7037240	18	3.2	18	75	18	57	46	10	10	32	1.72
7039032--7039159	41	3.2	40	72	9	120	34	24	13	28	1.93
7040805--7040844	9	4.3	9	90	3	62	40	0	5	55	1.22
7048246--7048295	20	2.4	21	90	3	75	34	8	26	32	1.85
7049001--7049052	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7060844--7060907	31	2.3	27	73	21	67	31	10	9	48	1.70
7060855--7060917	31	2.0	31	90	6	101	33	11	12	42	1.78
7061669--7061733	33	2.0	33	87	0	94	30	9	30	29	1.88
7062232--7062307	34	2.2	34	83	6	91	25	1	1	72	1.00
7070796--7070883	45	2.0	45	97	0	167	61	11	5	21	1.50
7076066--7076127	32	1.9	33	87	9	92	41	4	3	50	1.40
7083968--7084135	88	1.9	86	86	7	241	38	12	19	30	1.88
7086507--7086637	64	2.0	65	85	5	176	44	6	16	32	1.74
7088263--7088305	6	6.8	6	79	10	50	48	4	0	46	1.22
7088265--7088304	20	2.0	20	90	0	62	47	5	0	47	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7089298--7089323	8	3.2	8	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7092698--7092723	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
7092778--7092836	31	1.9	31	86	3	84	45	28	15	10	1.78
7093028--7093179	21	6.9	21	75	11	142	26	0	26	45	1.58
7093028--7093179	67	2.3	67	94	0	259	26	0	26	45	1.58
7093105--7093194	46	2.0	46	95	0	162	27	2	26	43	1.67
7093020--7093184	7	22.4	7	69	9	78	26	0	26	46	1.57
7093524--7093896	74	5.0	74	92	2	633	51	10	11	26	1.70
7094026--7094069	18	2.4	18	85	7	54	22	40	0	36	1.54
7098194--7098343	42	3.6	43	78	6	139	23	17	26	33	1.96
7107889--7107976	42	2.1	42	93	0	149	37	22	17	22	1.94
7108278--7108308	15	2.1	15	94	5	55	41	6	0	51	1.27
7108429--7108597	84	2.0	84	96	0	311	41	10	31	15	1.82
7120317--7120360	18	2.4	18	88	11	63	43	9	13	34	1.76
7121163--7121221	30	1.9	31	86	3	84	44	3	23	28	1.70
7121425--7121478	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
7121464--7121512	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
7121468--7121506	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
7121464--7121505	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
7125997--7126084	30	2.9	29	88	6	122	5	27	21	45	1.74
7127064--7127104	20	2.0	20	100	0	82	34	4	9	51	1.56
7126998--7127190	106	1.8	106	98	0	377	32	11	13	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7130292--7130379	43	2.0	44	84	2	115	25	17	7	50	1.73
7137270--7137300	16	1.9	16	100	0	62	74	6	0	19	1.03
7141325--7141380	26	2.2	26	93	0	94	39	25	5	30	1.78
7142700--7142846	40	3.7	40	93	0	240	29	27	21	21	1.98
7148641--7148691	25	2.0	25	100	0	102	39	5	27	27	1.79
7148745--7148885	70	2.0	70	98	0	273	27	33	14	24	1.94
7151267--7151322	26	2.2	26	93	0	94	39	25	5	30	1.78
7161726--7161796	26	2.8	25	80	8	72	30	14	0	54	1.40
7161759--7161796	13	2.9	14	80	11	53	36	7	0	55	1.29
7162795--7162831	19	1.9	19	94	0	65	35	13	10	40	1.80
7162798--7162839	19	2.3	19	84	8	52	38	9	14	38	1.78
7163180--7163377	45	4.4	45	86	1	263	23	28	16	31	1.96
7163180--7163363	89	2.1	90	89	1	280	24	28	15	30	1.96
7163393--7163687	78	3.8	78	90	1	484	25	23	18	32	1.97
7174255--7174301	18	2.5	19	96	3	87	36	14	12	36	1.85
7175016--7175062	20	2.3	22	75	14	55	44	14	0	40	1.46
7182030--7182082	26	2.0	26	85	7	72	1	24	3	69	1.15
7183492--7183533	20	2.1	20	86	0	57	30	9	2	57	1.44
7183942--7183988	20	2.3	20	85	3	58	2	17	6	74	1.12
7184052--7184108	26	2.2	25	82	17	73	45	3	0	50	1.18
7185843--7185882	6	6.7	6	100	0	80	32	50	0	17	1.47
7188159--7188395	118	2.0	118	97	0	447	30	17	18	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7190429--7190523	36	2.6	36	96	0	172	27	32	12	27	1.93
7195082--7195169	31	2.8	31	82	3	97	36	9	12	42	1.75
7195923--7195973	23	2.3	23	74	19	54	62	5	0	31	1.19
7199838--7199871	16	2.1	16	94	0	59	29	2	17	50	1.61
7202151--7202330	43	4.2	43	84	0	218	25	16	28	30	1.96
7202153--7202331	86	2.1	86	86	1	252	25	16	27	30	1.96
7202388--7202469	31	2.6	31	80	1	83	59	19	4	15	1.54
7202701--7202755	21	2.6	21	79	0	65	1	47	18	32	1.59
7203170--7203198	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
7207723--7207759	18	2.1	18	100	0	74	5	40	16	37	1.71
7208344--7208483	27	5.1	27	80	16	171	35	1	10	52	1.45
7208345--7208416	14	5.3	14	70	29	57	36	2	12	48	1.56
7208354--7208451	13	7.5	13	76	23	91	36	2	9	52	1.45
7209065--7209255	88	2.2	88	81	2	222	38	7	15	38	1.77
7209606--7209663	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
7209607--7209664	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
7209609--7209664	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
7210015--7210053	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
7210549--7210589	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
7213324--7213591	41	6.5	42	84	7	225	37	22	22	17	1.94
7213356--7213591	82	2.9	82	87	3	262	36	22	23	17	1.94
7213766--7213846	21	3.7	21	75	12	81	27	0	25	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7213771--7213861	46	2.0	46	88	0	137	27	1	26	45	1.61
7213919--7213970	22	2.5	20	80	14	61	21	0	44	34	1.52
7213919--7213971	21	2.6	21	82	11	65	20	0	43	35	1.52
7220928--7221161	46	5.6	43	81	13	226	35	14	21	27	1.93
7220966--7221076	37	3.0	37	93	0	186	38	13	19	27	1.90
7222859--7222909	26	1.9	27	84	11	70	47	5	9	37	1.61
7222945--7222977	15	2.2	15	94	0	57	57	0	3	39	1.14
7224109--7224164	20	2.9	19	78	10	60	33	0	39	26	1.57
7224723--7224753	14	2.2	14	94	0	53	35	45	6	12	1.68
7224764--7224858	7	13.4	7	73	9	59	47	32	0	20	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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