genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77854527--77854585	31	1.9	30	93	3	100	76	1	13	8	1.09
77855372--77855400	7	4.1	7	100	0	58	13	58	0	27	1.36
77865113--77865137	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
77866374--77866442	25	2.7	25	72	2	66	52	1	0	46	1.09
77868716--77869070	47	7.6	46	74	12	233	22	28	20	28	1.98
77868707--77869072	94	3.9	93	78	8	350	22	28	19	28	1.98
77873191--77873221	8	4.0	8	95	4	55	74	0	0	25	0.82
77878008--77878079	30	2.4	30	88	4	101	11	27	34	26	1.90
77878501--77878814	174	1.8	174	84	1	432	22	25	14	37	1.92
77878739--77878877	45	3.1	45	76	8	131	22	25	14	37	1.92
77878747--77878942	90	2.2	91	83	4	245	22	23	14	38	1.92
77878792--77878955	45	3.6	44	68	8	132	23	22	14	40	1.90
77883340--77883383	21	2.1	21	86	0	61	18	25	38	18	1.92
77903442--77903479	18	2.1	18	100	0	76	28	5	15	50	1.66
77905983--77906028	17	2.7	18	78	21	55	0	23	2	73	0.94
77905983--77906027	16	2.8	15	86	10	54	0	24	2	73	0.95
77905995--77906027	8	4.1	8	85	14	50	0	24	3	72	0.98
77907597--77907896	70	4.3	69	77	3	298	25	16	24	33	1.96
77914833--77914886	23	2.5	22	77	14	58	24	0	25	50	1.50
77919126--77919294	46	3.7	46	77	13	177	26	20	30	21	1.98
77919126--77919340	46	4.7	44	73	17	161	26	20	30	23	1.98
77920463--77920501	21	1.9	21	89	5	62	17	38	23	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77925466--77925509	21	2.1	21	100	0	88	38	4	13	43	1.65
77929228--77929275	21	2.3	21	89	3	71	25	25	10	39	1.87
77929228--77929281	21	2.6	21	82	5	65	25	24	12	37	1.91
77931205--77931236	16	2.0	16	100	0	64	37	6	25	31	1.81
77934290--77934341	4	13.5	4	86	11	65	75	0	3	21	0.97
77935814--77936527	89	8.0	89	75	5	501	29	20	17	32	1.95
77936337--77936595	96	2.7	96	88	0	356	29	20	15	34	1.93
77936395--77936576	51	3.7	49	73	10	158	30	19	17	32	1.95
77936343--77936668	96	3.5	96	83	3	317	30	19	15	34	1.93
77935813--77936947	44	24.9	44	69	10	557	29	20	17	32	1.96
77936618--77937007	94	4.1	94	88	0	546	26	19	20	33	1.96
77947769--77948026	74	3.5	74	83	5	308	20	37	2	39	1.65
77947763--77948026	73	3.6	72	82	10	300	19	38	2	39	1.66
77947991--77948030	20	2.0	20	85	9	55	20	45	0	35	1.51
77951118--77951176	29	2.0	29	100	0	118	40	10	16	32	1.82
77954787--77954963	50	3.5	50	88	2	248	36	16	20	26	1.94
77954941--77955111	31	5.5	31	88	0	261	29	18	25	26	1.98
77955117--77955145	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
77964716--77964748	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
77964747--77964790	3	14.7	3	100	0	88	34	0	31	34	1.58
77965040--77965080	21	2.0	20	85	4	55	60	0	12	26	1.31
77965090--77965117	11	2.5	11	100	0	56	50	0	14	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77967093--77967138	21	2.1	23	88	8	69	19	4	10	65	1.41
77967129--77967159	13	2.4	13	94	0	53	16	3	12	67	1.35
77968738--77968821	42	2.0	42	95	0	150	33	11	9	45	1.73
77969058--77969110	27	1.9	27	85	11	72	75	9	5	9	1.18
77969058--77969108	15	3.7	13	79	15	50	74	9	5	9	1.21
77970234--77970302	21	3.0	23	74	18	65	60	1	1	36	1.14
77970313--77970353	21	2.0	20	90	4	64	60	0	14	24	1.34
77970318--77970360	21	2.0	21	86	8	61	62	4	11	20	1.46
77970363--77970387	11	2.3	11	100	0	50	48	0	16	36	1.46
77982474--77982525	26	2.0	26	100	0	104	53	19	11	15	1.71
77988669--77988944	48	5.8	48	72	13	171	25	27	17	29	1.97
77989650--77989688	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
77995315--77995340	12	2.2	12	100	0	52	15	15	0	69	1.20
78002740--78003165	221	1.9	221	95	0	762	34	14	15	35	1.88
78005637--78005694	30	1.9	30	86	6	82	20	29	29	20	1.98
78007028--78007096	34	2.0	34	100	0	138	37	26	23	13	1.91
78008585--78008655	37	1.9	37	91	0	115	25	29	19	25	1.99
78008790--78008935	46	3.1	46	85	5	186	26	29	8	34	1.87
78008909--78009006	47	2.1	47	88	0	142	27	31	10	30	1.90
78012670--78012852	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
78012668--78012852	40	4.7	40	83	7	234	25	28	22	23	2.00
78020718--78020900	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78020716--78020900	40	4.7	40	81	9	209	25	28	22	23	1.99
78023519--78023923	40	10.1	39	88	2	540	26	25	21	27	1.99
78023519--78023923	80	5.1	80	92	0	623	26	25	21	27	1.99
78023532--78023923	120	3.3	120	90	1	599	26	25	21	27	1.99
78025402--78025538	46	3.0	46	85	0	184	26	31	8	34	1.85
78025512--78025609	47	2.1	47	88	0	142	26	30	10	32	1.89
78029921--78030103	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
78029900--78030103	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
78037943--78038125	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
78037922--78038125	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
78040601--78041005	40	10.1	39	88	1	531	26	25	21	26	2.00
78040601--78041005	80	5.1	80	93	0	641	26	25	21	26	2.00
78040614--78041005	120	3.3	120	90	0	606	26	25	21	26	2.00
78042488--78042624	46	3.0	46	86	0	193	25	31	8	35	1.85
78042598--78042695	47	2.1	47	90	0	151	27	30	10	31	1.90
78047640--78047699	28	2.1	28	90	6	95	30	30	3	36	1.74
78047640--78047699	14	4.3	14	79	8	68	30	30	3	36	1.74
78048059--78048087	11	2.6	11	100	0	58	72	6	6	13	1.26
78054632--78054691	28	2.1	28	90	0	93	30	33	3	33	1.74
78054632--78054691	14	4.3	14	79	8	68	30	33	3	33	1.74
78057820--78057991	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
78057812--78057987	46	3.8	46	78	10	196	28	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78063324--78063467	46	3.1	44	71	21	116	29	28	20	22	1.98
78066749--78066793	12	3.6	12	84	6	54	73	0	2	24	0.95
78075179--78075227	20	2.4	21	80	10	57	0	36	0	63	0.95
78080767--78080821	28	2.0	28	82	3	67	49	1	1	47	1.23
78080765--78080826	27	2.3	26	81	8	70	46	1	1	50	1.20
78081780--78081834	18	3.0	18	82	10	67	52	1	0	45	1.11
78081866--78081957	37	2.5	35	79	15	96	53	4	3	39	1.37
78091822--78091906	19	3.7	23	73	20	63	55	0	41	3	1.17
78091843--78091880	19	2.0	19	94	0	67	60	0	39	0	0.97
78091878--78091913	18	2.0	18	88	0	54	61	0	36	2	1.11
78092980--78093022	20	2.2	20	91	0	68	34	16	13	34	1.88
78098422--78098502	29	2.7	30	78	3	76	30	13	16	39	1.87
78098440--78098502	29	2.2	29	88	0	90	33	12	17	36	1.88
78099412--78099531	63	1.9	62	93	1	204	43	23	10	22	1.84
78102209--78102275	20	3.2	22	81	8	77	65	0	2	31	1.07
78102222--78102275	21	2.7	20	81	18	67	62	0	3	33	1.12
78108012--78108128	54	2.2	54	89	3	173	26	18	22	32	1.97
78109097--78109128	13	2.5	13	100	0	64	6	21	46	25	1.74
78109404--78109447	20	2.2	20	95	0	79	25	34	31	9	1.87
78116649--78116712	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
78116924--78117047	24	5.2	24	95	1	214	27	20	21	29	1.98
78117105--78117161	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78117093--78117163	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
78117098--78117152	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
78119781--78119937	57	2.8	57	84	3	192	34	22	15	27	1.94
78119781--78119986	57	3.6	57	79	4	182	33	20	16	28	1.95
78120146--78120171	8	3.2	8	100	0	52	34	11	11	42	1.77
78125839--78125900	18	3.4	18	95	0	106	32	12	17	37	1.88
78125908--78126189	141	2.0	141	97	0	528	40	21	7	29	1.81
78137433--78137458	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
78144264--78144328	32	2.0	32	85	5	87	23	24	15	36	1.93
78144646--78144712	20	3.3	20	89	4	100	31	19	13	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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