genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42893738--42893813	34	2.2	34	97	0	143	25	9	26	39	1.85
42893949--42893994	23	2.0	24	86	4	67	32	2	30	34	1.70
42895959--42896037	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
42896156--42896596	47	9.4	47	94	0	758	29	29	8	32	1.87
42896156--42896596	234	1.9	234	94	0	783	29	29	8	32	1.87
42910761--42910891	46	2.8	47	79	14	155	21	19	29	29	1.98
42910759--42910884	47	2.7	46	83	13	152	21	20	29	28	1.98
42912545--42912617	34	2.2	34	82	7	87	30	19	24	26	1.98
42928616--42928722	47	2.3	47	85	0	133	25	14	25	35	1.93
42930685--42930726	21	2.0	21	90	0	66	38	14	19	28	1.90
42937317--42937450	40	2.9	49	71	23	135	26	19	26	27	1.99
42937334--42937419	40	2.2	40	91	0	136	23	19	29	27	1.98
42939204--42939245	19	2.2	19	95	0	75	16	33	30	19	1.94
42940187--42940499	47	6.7	46	73	11	196	27	18	28	25	1.98
42940186--42940501	95	3.4	92	77	12	299	27	18	28	25	1.98
42940279--42940552	141	1.9	142	79	7	308	28	17	28	25	1.98
42943721--42943864	50	2.9	50	94	0	243	25	20	28	26	1.99
42946934--42947202	94	2.9	92	76	13	266	27	19	28	24	1.99
42947974--42948031	30	1.9	30	92	0	98	17	25	34	22	1.96
42948298--42948343	21	2.1	21	84	4	56	21	21	28	28	1.99
42951388--42951418	16	1.9	16	100	0	62	19	32	0	48	1.49
42951397--42951459	20	3.2	20	93	0	108	20	25	0	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42952889--42952926	20	2.1	18	85	14	51	57	13	0	28	1.36
42958481--42958695	39	5.5	39	91	2	326	29	28	22	19	1.98
42964637--42964812	46	3.8	46	78	4	183	23	21	27	27	1.99
42967678--42967892	39	5.5	39	89	3	317	29	28	23	18	1.97
42971589--42971898	46	6.7	46	85	0	406	20	22	14	42	1.88
42973754--42973812	11	5.2	11	78	8	55	61	1	3	33	1.23
42984989--42985039	17	3.0	17	73	15	52	39	9	1	49	1.47
42985604--42985669	29	2.4	27	80	11	80	31	0	1	66	1.01
42987591--42987654	22	2.8	23	83	4	85	37	14	15	32	1.87
42991669--42991731	21	3.0	21	88	0	90	28	19	19	33	1.96
42992716--42992775	28	2.1	29	84	3	77	46	18	11	23	1.81
42995289--42995342	25	2.2	24	83	12	65	20	27	18	33	1.96
42996498--42996666	53	3.1	53	66	14	155	20	27	28	23	1.98
42996438--42996670	109	2.1	109	100	0	466	20	27	30	22	1.98
42996438--42996702	109	2.4	109	92	2	381	20	26	29	23	1.99
42998681--42998736	27	2.1	27	89	0	85	33	10	23	32	1.89
42999963--43000016	20	2.7	20	80	13	58	29	18	18	33	1.95
43004413--43004528	48	2.5	44	83	5	124	37	9	6	46	1.63
43004924--43004985	21	3.0	21	66	17	56	62	4	1	30	1.25
43013331--43013355	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
43018808--43018865	25	2.3	25	96	0	107	36	3	10	50	1.54
43020519--43020568	19	2.5	21	78	12	52	48	0	16	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43023222--43023268	22	2.1	22	85	14	62	53	2	12	31	1.51
43023222--43023268	23	2.1	21	84	7	58	53	2	12	31	1.51
43032312--43032387	27	2.8	27	87	0	98	22	23	15	38	1.93
43032312--43032399	27	3.3	27	79	3	88	25	23	15	35	1.95
43032311--43032424	54	2.1	54	78	3	122	26	23	14	35	1.94
43039499--43039523	10	2.5	10	100	0	50	76	0	0	24	0.80
43039499--43039545	23	2.0	23	83	0	58	68	4	0	27	1.08
43039547--43039656	54	2.0	54	91	3	177	56	3	4	35	1.37
43039782--43039859	33	2.4	33	82	4	86	35	2	2	58	1.25
43039834--43039911	9	8.4	9	74	13	52	39	3	1	55	1.26
43039841--43039890	26	1.9	25	88	8	73	42	2	0	56	1.11
43060677--43061062	35	10.6	34	75	11	279	37	14	22	25	1.93
43060718--43061062	147	2.4	146	81	4	383	37	14	22	25	1.92
43060677--43061102	73	5.8	73	78	5	378	38	14	21	26	1.91
43061193--43061252	26	2.3	25	81	13	68	65	5	0	30	1.14
43061209--43061251	6	6.8	6	84	10	59	67	2	0	30	1.03
43063910--43064032	44	2.7	46	90	6	189	31	15	17	35	1.91
43064493--43064557	30	2.2	30	81	10	71	50	27	1	20	1.57
43064654--43064732	22	4.0	21	72	23	71	53	31	0	15	1.42
43064679--43064710	15	2.1	16	94	5	57	56	25	0	18	1.42
43064686--43064732	15	3.2	15	84	3	51	55	31	0	12	1.38
43064664--43064741	37	2.1	37	87	0	111	52	30	0	16	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43065035--43065531	132	3.8	132	91	0	798	33	25	15	25	1.95
43065431--43065622	91	2.1	90	85	3	260	33	24	15	27	1.95
43067620--43067695	35	2.2	35	86	9	102	39	0	5	55	1.23
43067893--43067945	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
43068095--43068345	70	3.6	70	87	2	308	28	25	17	27	1.98
43068591--43068757	83	2.0	83	98	0	325	34	7	13	44	1.71
43069645--43069778	44	3.1	42	81	10	146	23	14	26	36	1.92
43071467--43072455	279	3.5	276	78	3	854	29	26	17	25	1.98
43071420--43072456	349	3.0	348	78	3	830	29	27	17	25	1.98
43072166--43072417	139	1.8	139	84	0	351	31	26	16	25	1.96
43071402--43072456	70	15.1	70	75	1	761	29	27	18	25	1.98
43078401--43078461	19	3.2	19	77	6	61	59	1	3	36	1.24
43080254--43080286	12	2.8	12	90	0	57	0	27	54	18	1.44
43084553--43084615	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
43087603--43087634	15	2.1	15	100	0	64	34	12	21	31	1.91
43088941--43088991	22	2.3	23	80	10	61	54	0	0	45	0.99
43090738--43090791	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
43090781--43090808	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
43092955--43093224	46	5.9	46	91	0	391	40	15	22	21	1.91
43095494--43095717	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
43095636--43095787	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
43103126--43103176	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43103048--43103270	103	2.2	104	92	2	369	17	18	31	31	1.95
43103189--43103340	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
43104891--43104936	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
43104904--43105020	29	4.0	29	67	16	80	62	2	9	25	1.38
43104885--43104971	44	2.0	44	82	13	108	65	0	9	25	1.22
43104901--43104969	15	4.7	14	77	12	59	63	0	10	26	1.25
43107472--43107549	27	2.9	27	76	3	68	30	23	12	33	1.92
43118018--43118047	15	2.0	15	93	0	51	20	16	20	43	1.88
43138555--43138595	15	2.8	15	75	17	50	70	0	0	29	0.87
43139855--43139889	7	5.1	7	96	3	63	45	0	0	54	0.99
43141476--43141539	22	2.9	22	73	19	60	37	15	14	32	1.87
43142685--43142735	3	17.0	3	87	0	75	60	0	5	33	1.21
43142685--43142735	12	4.2	12	97	0	93	60	0	5	33	1.21
43154244--43154283	20	2.0	20	90	0	62	65	2	0	32	1.06
43154252--43154582	110	2.8	117	82	9	424	51	12	3	32	1.56
43163289--43163333	6	7.7	6	90	5	74	84	0	2	13	0.72
43165354--43165564	28	7.5	28	85	0	242	24	20	14	40	1.90
43165354--43165564	56	3.8	56	87	0	269	24	20	14	40	1.90
43168158--43168292	54	2.5	54	88	0	189	28	23	27	20	1.99
43170225--43170308	43	2.0	43	97	0	159	25	17	7	50	1.72
43171001--43171463	48	9.6	48	88	1	608	24	16	31	27	1.97
43179599--43179644	20	2.3	20	85	3	58	23	2	13	60	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43185172--43185209	16	2.4	16	86	0	58	28	36	13	21	1.91
43192149--43192199	7	7.3	7	78	6	50	56	1	41	0	1.10
43194626--43194684	27	2.2	27	84	0	73	22	23	33	20	1.97
43194634--43194706	27	2.7	27	76	0	65	26	21	30	21	1.99
43199333--43199365	11	3.1	11	86	4	50	72	0	27	0	0.85
43200840--43200872	11	3.0	11	91	8	50	54	0	0	45	0.99
43201770--43201840	2	35.5	2	100	0	142	0	49	0	50	1.00
43203233--43203476	124	2.0	124	89	3	375	22	18	20	38	1.93
43207450--43207531	34	2.6	31	78	16	87	40	0	15	43	1.47
43207453--43207521	34	2.0	34	86	5	95	43	0	14	42	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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