genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7224783--7224881	28	3.5	28	78	8	103	44	36	1	18	1.56
7225170--7225217	16	3.2	16	80	14	57	37	41	0	20	1.53
7225404--7225455	24	2.2	23	80	16	54	34	5	1	57	1.33
7234258--7234498	119	2.0	119	95	0	437	42	16	13	28	1.85
7239878--7240091	75	2.8	76	90	2	324	53	7	2	36	1.44
7245954--7246031	39	2.0	39	97	0	147	33	8	23	34	1.86
7248308--7248376	30	2.3	30	78	9	70	50	10	4	34	1.56
7248509--7248654	43	3.4	42	84	3	177	30	26	16	26	1.97
7248512--7248801	150	1.9	150	81	5	354	31	25	16	26	1.96
7248596--7248719	65	1.9	65	90	3	196	32	25	16	25	1.96
7248662--7248933	42	6.4	43	78	2	264	31	26	16	25	1.96
7248555--7248762	108	1.9	107	83	2	265	32	26	15	25	1.96
7248662--7248933	85	3.2	84	77	7	228	31	26	16	25	1.96
7260995--7261044	15	3.5	15	78	15	70	34	46	14	6	1.69
7260992--7261053	27	2.3	27	100	0	124	32	45	14	8	1.74
7261010--7261053	12	3.4	12	77	17	52	34	45	13	6	1.70
7266708--7266734	13	2.1	13	100	0	54	25	7	0	66	1.17
7266767--7266978	98	2.2	99	84	0	264	39	13	17	29	1.89
7267233--7267302	35	2.0	35	91	5	115	14	22	32	30	1.94
7274749--7274813	11	5.9	11	76	7	69	81	6	7	4	0.98
7274749--7274810	22	2.8	22	85	4	81	82	6	6	4	0.95
7275554--7275624	35	2.0	35	97	0	133	14	23	33	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7283201--7283249	11	4.3	11	80	10	62	36	0	2	61	1.08
7283201--7283251	24	2.1	24	88	0	75	37	0	1	60	1.08
7285047--7285366	46	7.0	46	87	2	410	42	15	23	19	1.88
7285057--7285351	138	2.1	138	90	0	455	43	15	23	18	1.87
7291322--7291358	19	2.0	20	89	10	60	56	2	2	37	1.28
7292384--7292429	21	2.2	21	84	0	56	41	17	17	23	1.90
7293622--7293663	21	2.0	22	90	4	68	54	0	7	38	1.28
7294449--7294486	20	1.9	19	89	5	58	55	2	0	42	1.14
7301800--7301838	18	2.2	18	86	9	53	43	2	2	51	1.29
7307873--7307915	21	2.0	22	90	4	70	18	0	9	72	1.11
7308913--7308960	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
7317061--7317133	9	8.1	9	76	15	55	63	1	1	34	1.12
7317071--7317110	8	4.8	8	84	9	53	70	2	0	27	1.01
7322466--7322536	26	2.8	24	79	10	70	32	2	4	60	1.30
7340927--7340960	17	2.0	17	94	0	59	47	0	2	50	1.16
7342862--7343021	51	3.2	50	91	1	248	29	23	15	32	1.95
7350647--7350806	51	3.2	50	91	1	248	29	23	15	32	1.95
7356630--7356754	59	2.1	58	80	1	133	20	16	16	46	1.84
7365601--7365645	19	2.4	18	86	13	65	68	0	31	0	0.89
7366998--7367046	20	2.4	21	73	10	57	61	2	6	30	1.32
7367400--7367695	36	8.0	36	70	13	181	35	11	15	37	1.84
7367400--7367695	18	16.1	18	71	11	152	35	11	15	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7368587--7368621	16	2.1	17	89	5	54	42	8	0	48	1.33
7377128--7377200	24	3.0	24	83	4	92	32	19	24	23	1.97
7384929--7385004	26	2.9	26	75	9	82	56	3	0	39	1.18
7390177--7390215	20	1.9	20	89	5	60	64	2	0	33	1.08
7390905--7391093	96	2.0	96	97	0	360	38	16	10	34	1.83
7394284--7394411	64	2.0	64	90	0	202	34	17	16	31	1.93
7395640--7395672	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
7395617--7395750	58	2.4	56	84	10	168	44	1	2	51	1.26
7395916--7395986	32	2.2	33	92	5	119	35	25	2	36	1.71
7395916--7395987	16	4.5	16	89	3	101	34	25	4	36	1.75
7398656--7398802	49	3.0	49	91	1	224	38	23	14	23	1.92
7401534--7401575	22	2.0	22	90	4	68	0	11	0	88	0.53
7406027--7406051	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
7421258--7421298	17	2.4	17	80	19	50	51	2	0	46	1.14
7423135--7423176	17	2.4	18	80	15	52	47	9	2	40	1.49
7423181--7423238	28	2.1	28	93	0	98	37	6	0	55	1.27
7423195--7423255	28	2.2	28	87	0	86	42	3	1	52	1.27
7424408--7424442	18	1.9	18	88	0	52	40	14	20	25	1.90
7439433--7439486	16	3.4	16	92	0	81	35	0	33	31	1.58
7439465--7439555	45	2.0	44	85	2	119	32	5	27	34	1.80
7439685--7439750	25	2.6	24	80	9	69	51	3	0	45	1.16
7439925--7439985	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7439891--7440107	91	2.4	89	85	6	299	47	4	3	45	1.38
7439925--7440067	44	3.2	42	70	20	119	48	2	2	46	1.28
7439932--7440088	47	3.4	47	68	15	128	49	3	1	44	1.31
7443001--7443033	14	2.4	14	94	0	57	51	6	18	24	1.68
7449836--7449864	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
7452737--7452772	3	12.0	3	93	0	63	63	2	0	33	1.08
7455257--7455305	9	5.4	9	80	0	53	36	22	12	28	1.90
7467617--7467707	19	4.8	19	78	9	87	64	1	4	29	1.20
7467895--7467961	28	2.4	28	80	9	82	40	0	0	59	0.97
7467940--7467976	11	3.2	12	81	11	51	24	0	0	75	0.80
7468106--7468306	91	2.2	91	82	6	230	36	6	20	36	1.78
7485899--7485944	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
7485906--7485950	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
7489236--7489265	7	4.1	7	95	4	51	30	26	13	30	1.94
7496223--7496279	21	2.7	21	83	8	71	22	8	8	59	1.55
7500994--7501138	73	2.0	73	90	5	231	33	13	22	31	1.92
7506149--7506201	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
7507686--7507795	26	4.2	26	96	0	175	36	25	5	32	1.79
7509879--7509921	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
7509879--7509920	21	2.0	22	90	4	68	21	47	2	28	1.63
7510457--7510531	18	4.2	18	80	0	87	33	18	13	34	1.90
7510456--7510527	36	2.0	36	86	0	99	31	19	13	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7517237--7517266	8	3.8	8	100	0	60	60	0	0	40	0.97
7517963--7518009	26	1.9	25	83	12	62	55	2	8	34	1.42
7521488--7521562	11	7.0	11	71	17	50	57	4	2	36	1.32
7521731--7521760	14	2.1	15	93	6	53	16	13	6	63	1.50
7525607--7525660	27	2.1	26	82	6	65	53	7	3	35	1.47
7525723--7525777	11	4.9	11	77	2	56	65	1	5	27	1.25
7525722--7525776	25	2.2	24	81	15	67	65	1	5	27	1.25
7529908--7529968	24	2.6	24	82	14	74	34	3	6	55	1.42
7531802--7531873	22	3.4	22	72	14	62	54	4	2	38	1.34
7535800--7535827	8	3.5	8	100	0	56	25	10	0	64	1.26
7537719--7537890	84	2.0	83	80	12	186	47	11	6	34	1.65
7537913--7537993	29	2.8	30	73	15	80	55	12	13	18	1.69
7538765--7539013	96	2.5	96	80	10	268	40	1	18	39	1.60
7539057--7539595	126	4.3	126	90	1	812	33	17	22	26	1.96
7542604--7543216	116	5.3	116	94	0	1050	46	8	3	40	1.53
7543697--7543762	30	2.2	30	86	5	89	6	18	45	30	1.73
7546680--7546970	46	6.5	46	87	7	402	38	15	24	21	1.92
7546631--7546936	84	3.5	84	92	3	468	37	16	23	22	1.93
7547241--7547287	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
7547883--7547913	7	4.6	7	96	4	55	61	12	0	25	1.32
7547875--7547908	14	2.4	14	90	0	50	64	8	0	26	1.22
7549067--7549113	20	2.2	22	88	7	71	40	0	27	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7549067--7549118	11	4.9	11	81	9	63	44	0	26	28	1.55
7549067--7549130	31	2.1	31	82	11	78	43	0	25	31	1.55
7555959--7555990	6	5.3	6	96	0	55	34	12	0	53	1.39
7556348--7556378	16	1.9	16	93	0	53	38	0	32	29	1.57
7556510--7556538	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
7556589--7556629	22	1.9	21	85	5	55	58	0	2	39	1.11
7565921--7565950	11	2.8	11	95	5	53	83	0	6	10	0.81
7565923--7565971	18	2.8	17	78	9	53	79	2	8	10	1.01
7566082--7566116	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
7567354--7567379	9	2.9	9	100	0	52	34	7	0	57	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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