genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27965941--27965971	16	1.9	16	93	0	53	54	12	3	29	1.53
27970610--27970955	47	7.3	47	92	3	500	32	9	30	27	1.89
27970806--27970927	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
27978412--27978506	6	15.3	6	73	18	79	49	15	15	18	1.80
27978426--27978506	31	2.6	31	96	2	144	49	16	16	18	1.80
27978871--27978935	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
27979970--27980047	27	2.9	27	74	11	70	20	19	20	39	1.92
27980065--27980397	27	12.3	27	78	5	251	30	9	20	39	1.85
27980176--27980382	81	2.6	81	87	0	290	29	8	21	40	1.83
27980376--27980505	27	4.8	27	83	3	163	43	8	19	28	1.80
27980348--27980505	54	2.9	54	82	0	190	41	8	20	30	1.81
27983874--27983951	34	2.3	34	95	0	138	30	29	11	28	1.92
27989406--27989443	19	2.0	19	94	0	67	34	10	13	42	1.78
27997226--27997250	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
27999177--27999230	22	2.5	23	85	11	62	20	7	12	59	1.58
27999191--27999234	22	2.0	22	100	0	88	22	4	18	54	1.61
27999606--28000387	390	2.0	391	87	3	1139	33	16	14	35	1.89
28009376--28009412	19	1.9	19	88	0	56	45	13	8	32	1.73
28013812--28013836	13	1.9	13	100	0	50	8	16	0	76	1.02
28019488--28019616	46	2.9	44	83	7	138	24	27	23	25	2.00
28019609--28019769	38	4.2	38	92	0	268	31	26	22	20	1.98
28023740--28023782	18	2.4	17	81	11	50	20	46	0	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28029684--28029740	30	1.9	30	85	7	80	26	36	24	12	1.91
28030457--28030496	20	2.0	20	100	0	80	35	5	30	30	1.79
28033359--28033433	38	2.0	37	97	2	141	28	21	10	40	1.86
28033413--28033442	7	4.3	7	100	0	60	26	13	0	60	1.34
28033676--28033758	26	3.2	25	79	16	73	24	19	21	34	1.96
28033685--28033758	26	2.8	27	93	4	125	24	21	24	29	1.99
28033808--28033874	20	3.3	20	87	4	91	34	19	10	35	1.86
28041484--28041577	38	2.5	38	96	1	172	24	22	14	38	1.92
28041804--28041877	27	2.8	27	91	2	114	25	21	22	29	1.99
28041927--28041993	20	3.3	20	87	4	91	35	19	10	34	1.86
28046161--28046218	29	2.0	29	100	0	116	27	6	17	48	1.72
28047855--28048028	86	2.0	86	84	4	226	31	20	23	24	1.98
28048393--28048426	15	2.3	15	94	0	59	0	29	0	70	0.87
28048724--28048766	23	1.9	22	86	13	61	20	11	0	67	1.22
28050440--28050533	6	15.7	6	87	4	127	18	2	2	77	0.97
28063034--28063141	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
28064762--28064902	27	5.2	27	80	11	155	17	21	23	36	1.94
28064762--28064919	54	2.9	53	86	2	210	18	22	21	36	1.95
28064762--28064920	27	5.9	27	76	16	127	18	22	22	36	1.95
28066751--28066849	43	2.3	43	76	11	105	33	26	13	27	1.93
28073602--28073639	15	2.5	15	100	0	76	18	31	42	7	1.79
28073602--28073646	15	3.1	14	90	6	56	15	33	42	8	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28079880--28080104	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
28079880--28080137	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
28090876--28090911	13	2.8	13	86	0	54	8	33	36	22	1.84
28096082--28096212	47	2.8	48	78	11	137	23	26	21	28	1.99
28106014--28106044	14	2.2	14	100	0	62	19	6	22	51	1.69
28112648--28112876	47	4.9	47	81	6	220	21	27	18	31	1.97
28112651--28112918	47	5.7	46	75	16	164	22	26	19	31	1.97
28112746--28112918	94	1.9	92	83	7	224	21	26	19	32	1.97
28119519--28119637	43	2.8	43	80	5	125	22	18	27	31	1.97
28121180--28121232	27	2.0	27	88	0	79	24	24	20	30	1.99
28122106--28122284	46	3.9	46	90	1	259	19	23	15	41	1.90
28122106--28122284	93	1.9	93	88	2	270	19	23	15	41	1.90
28122257--28122312	28	2.0	28	96	0	103	21	19	12	46	1.83
28122211--28122352	74	1.9	74	97	0	266	20	22	15	41	1.90
28122285--28122454	46	3.7	46	95	0	286	22	22	13	40	1.89
28122164--28122398	120	2.0	121	91	0	382	20	23	14	40	1.90
28122118--28122440	166	1.9	167	88	1	488	20	23	15	41	1.90
28125098--28125312	27	8.0	27	78	2	225	29	11	20	38	1.88
28125099--28125312	81	2.6	81	80	3	259	29	10	21	38	1.87
28129362--28129537	43	4.1	43	93	1	284	30	34	23	11	1.91
28136113--28136146	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
28140831--28140864	17	2.0	17	94	0	59	29	26	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28146702--28146744	21	2.1	21	86	4	61	25	2	23	48	1.62
28151230--28151281	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
28153310--28153350	17	2.4	17	100	0	82	51	9	29	9	1.67
28158124--28158187	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
28158149--28158208	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
28165277--28165388	58	1.9	58	85	3	154	25	32	16	26	1.96
28165280--28165388	29	3.8	29	78	8	114	24	31	16	27	1.96
28170115--28170163	18	2.5	20	78	18	59	34	16	8	40	1.78
28171228--28171348	29	4.2	29	83	5	149	29	31	14	23	1.95
28171235--28171347	58	2.0	57	89	6	176	28	31	15	24	1.95
28174017--28174237	40	5.6	40	86	5	288	24	21	28	25	1.99
28182413--28182676	102	2.6	104	89	3	399	29	29	20	19	1.97
28183003--28183066	29	2.2	29	81	10	76	31	26	6	35	1.81
28183010--28183066	29	1.9	30	85	3	80	31	22	7	38	1.81
28189906--28190170	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
28190498--28190562	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
28190505--28190562	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
28191377--28191562	40	4.7	40	89	4	261	25	20	27	25	1.99
28191391--28191595	80	2.6	80	85	4	229	26	20	27	25	1.99
28195980--28196013	17	2.0	17	88	11	52	5	8	14	70	1.31
28202840--28202878	20	2.0	21	85	10	55	30	0	15	53	1.42
28208048--28208153	48	2.2	48	89	0	158	34	5	25	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28208289--28208429	37	3.9	37	91	3	225	24	15	33	26	1.95
28208286--28208427	73	2.0	71	92	2	239	23	16	33	26	1.96
28210122--28210331	43	4.9	43	97	0	384	12	24	31	31	1.92
28210529--28210634	29	3.7	29	71	9	90	23	16	29	30	1.97
28210475--28210630	58	2.8	57	82	7	203	24	16	28	30	1.97
28210594--28210655	29	2.2	29	82	2	72	19	12	40	27	1.88
28214024--28214266	48	5.0	48	89	3	371	37	6	24	32	1.81
28214024--28214281	98	2.7	97	88	2	376	36	6	24	32	1.81
28214022--28214293	145	1.9	144	89	2	420	36	7	24	31	1.83
28214410--28214553	37	3.9	37	90	0	225	24	16	31	27	1.96
28218231--28218263	16	2.1	16	94	0	57	30	21	30	18	1.97
28226341--28226389	23	2.1	23	81	7	55	6	6	14	73	1.22
28228644--28228686	22	2.0	21	90	4	68	16	30	25	27	1.97
28230140--28230175	18	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
28233593--28233640	23	2.1	23	88	7	71	16	22	10	50	1.76
28234218--28234258	20	2.1	19	86	4	55	17	12	46	24	1.82
28234660--28234724	18	3.6	18	81	4	69	21	20	15	43	1.88
28234715--28234782	33	2.0	34	86	8	95	30	19	19	30	1.96
28238401--28238503	42	2.5	41	85	4	136	31	27	13	28	1.94
28238662--28238701	20	2.0	20	95	0	71	17	15	7	60	1.57
28242241--28242325	44	1.9	44	97	0	161	37	22	14	25	1.92
28242262--28242329	20	3.2	20	69	19	57	36	25	13	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28245750--28245776	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
28245737--28245765	9	3.3	9	90	9	51	34	0	10	55	1.34
28251178--28251222	12	3.9	11	80	8	54	17	4	2	75	1.07
28251177--28251222	17	2.6	17	82	3	56	17	4	2	76	1.06
28254122--28254150	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
28254396--28254717	48	6.7	48	89	1	403	25	27	16	30	1.97
28254356--28254717	96	3.8	95	84	2	422	25	27	16	29	1.97
28262528--28262595	20	3.2	20	67	15	55	39	25	13	22	1.90
28263648--28263687	13	3.1	13	92	0	62	12	37	32	17	1.87
28283446--28283699	47	5.4	47	90	0	373	32	9	29	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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