genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16791327--16791376	26	1.9	26	95	0	91	12	34	38	16	1.85
16795313--16795369	30	1.9	30	92	0	96	12	26	35	26	1.92
16796625--16796672	23	2.1	23	100	0	96	45	16	12	25	1.82
16796829--16796926	49	2.0	49	100	0	196	36	22	6	34	1.79
16798688--16799306	309	2.0	309	100	0	1238	39	7	12	40	1.71
16799377--16799508	58	2.3	58	81	7	153	44	1	3	50	1.29
16799596--16799688	44	2.1	46	84	8	120	36	24	4	34	1.75
16799670--16799713	16	2.8	16	89	0	70	29	27	4	38	1.76
16803126--16803171	21	2.2	21	96	0	83	28	21	36	13	1.91
16807356--16807393	18	2.2	18	85	4	51	60	10	5	23	1.50
16807861--16807898	18	2.1	18	95	0	67	47	13	5	34	1.65
16808954--16809000	25	2.0	24	87	8	69	53	6	0	40	1.27
16809243--16809273	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
16818183--16818224	21	2.0	21	90	9	68	33	14	4	47	1.65
16818292--16818398	50	2.1	50	98	0	205	50	9	4	35	1.55
16818387--16818507	61	2.0	61	100	0	242	46	9	3	40	1.54
16818620--16818675	29	1.9	29	96	0	103	33	1	8	55	1.42
16818622--16818686	29	2.2	29	88	0	94	33	3	7	55	1.44
16818707--16818758	23	2.3	23	80	9	63	46	3	1	48	1.31
16818819--16818883	32	2.0	32	85	8	87	47	4	0	47	1.22
16825841--16825904	26	2.5	26	80	10	76	20	15	25	39	1.92
16834274--16834300	10	2.7	10	100	0	54	18	11	0	70	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16841855--16841881	10	2.7	10	100	0	54	18	11	0	70	1.16
16842479--16842518	9	4.3	9	82	17	55	32	0	0	67	0.91
16842479--16842547	28	2.5	28	81	6	70	36	2	1	59	1.21
16842785--16842888	51	2.0	51	100	0	208	41	7	19	31	1.79
16847158--16847278	62	2.0	62	86	0	170	35	16	22	25	1.95
16846771--16847572	378	2.1	381	95	2	1432	30	13	20	34	1.92
16847489--16847694	54	3.5	54	65	21	137	28	14	20	36	1.92
16847412--16847697	123	2.3	123	95	0	518	27	15	22	34	1.94
16846771--16847572	194	4.2	193	94	3	1442	30	13	20	34	1.92
16847714--16847747	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
16847653--16847901	91	2.8	86	82	9	263	27	18	18	36	1.93
16847653--16848065	193	2.2	183	81	11	468	27	16	17	38	1.92
16848009--16848218	54	4.1	55	80	15	259	27	16	17	38	1.92
16848034--16848218	98	1.9	97	91	3	300	27	16	19	36	1.93
16848460--16848494	14	2.4	15	90	4	54	68	2	0	28	1.04
16848490--16848593	30	3.5	30	84	2	120	32	21	1	44	1.63
16848487--16848619	30	4.5	30	77	10	112	34	19	1	44	1.60
16849132--16849179	12	3.6	13	83	11	62	77	10	8	4	1.12
16849192--16849244	26	2.0	26	85	0	70	30	45	18	5	1.73
16849324--16849378	11	4.6	11	82	12	65	81	0	18	0	0.68
16849332--16849378	7	6.4	7	86	13	60	82	0	17	0	0.66
16849739--16849781	22	2.0	22	86	8	63	34	13	9	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16849885--16849953	36	1.9	35	85	2	93	27	14	13	44	1.82
16849885--16850207	17	18.2	17	67	15	163	30	14	10	44	1.78
16860534--16860565	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
16860679--16860840	45	3.6	45	94	0	270	38	16	19	25	1.91
16864178--16864209	16	2.0	16	93	0	55	12	9	25	53	1.68
16864323--16864484	45	3.6	45	94	0	270	38	16	19	25	1.91
16866939--16866969	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
16872708--16872742	18	1.9	19	88	11	56	22	0	14	62	1.31
16877539--16877586	25	1.9	25	91	0	78	37	16	27	18	1.92
16887591--16887629	8	4.9	8	84	9	53	58	28	0	12	1.34
16887591--16887629	15	2.4	16	83	12	53	58	28	0	12	1.34
16887591--16887635	16	2.9	15	83	6	54	57	26	2	13	1.48
16890665--16890726	30	2.1	30	81	6	72	38	3	12	45	1.59
16895641--16895675	15	2.4	15	95	4	63	37	0	5	57	1.23
16896588--16896631	22	2.0	22	86	8	63	54	0	0	45	0.99
16897863--16897896	17	2.0	17	88	0	50	50	8	0	41	1.34
16904672--16904704	11	3.1	11	91	4	50	6	0	21	72	1.05
16909839--16909888	24	2.2	23	86	13	68	66	4	6	24	1.32
16912580--16912622	13	3.2	13	75	18	52	62	6	4	25	1.40
16914494--16914544	20	2.5	19	81	12	57	58	3	1	35	1.28
16914955--16915002	23	2.1	23	84	0	60	37	4	4	54	1.39
16921464--16921568	48	2.2	48	87	0	156	21	15	27	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16921464--16921580	48	2.4	48	84	2	146	21	15	29	33	1.94
16926401--16926470	21	3.4	21	80	4	88	50	18	0	31	1.48
16926405--16926466	20	3.0	20	78	2	79	50	17	0	32	1.47
16926461--16926494	15	2.3	15	89	0	50	58	32	0	8	1.29
16926820--16926891	30	2.5	28	80	15	76	47	2	0	50	1.15
16927887--16927940	27	2.0	27	100	0	108	33	22	7	37	1.82
16928008--16928072	32	2.0	32	90	0	103	27	16	12	43	1.84
16929013--16929103	17	5.3	18	70	27	58	53	3	3	39	1.33
16930791--16930957	28	6.0	28	75	8	108	20	14	8	55	1.67
16930797--16930934	56	2.5	55	76	4	143	21	15	7	55	1.66
16931480--16931642	85	1.9	85	87	0	236	32	15	20	31	1.94
16932116--16932166	24	2.3	21	80	12	57	39	9	11	39	1.75
16932124--16932166	21	1.9	23	86	13	63	39	6	9	44	1.64
16932194--16932242	22	2.3	19	78	21	53	44	8	2	44	1.45
16935935--16935991	15	3.5	15	69	17	51	50	5	0	43	1.24
16938015--16938056	21	2.0	22	90	4	68	21	4	14	59	1.53
16941108--16941223	44	2.7	42	73	21	116	60	0	6	33	1.21
16941191--16941223	10	3.3	10	84	16	50	60	0	3	36	1.12
16941191--16941234	17	2.6	18	85	7	56	63	0	2	34	1.07
16941149--16941234	20	4.3	21	73	20	78	62	0	5	31	1.18
16941212--16941291	42	1.9	42	84	5	108	61	5	2	31	1.31
16948320--16948381	23	2.5	26	82	10	76	43	6	6	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16952136--16952191	16	3.5	16	85	9	71	33	0	0	66	0.92
16952148--16952198	14	3.5	15	81	10	61	35	0	0	64	0.94
16954417--16954464	24	2.0	24	91	0	78	18	20	16	43	1.88
16954426--16954539	25	4.6	25	76	5	90	19	25	20	35	1.96
16954443--16954556	25	4.6	25	76	6	79	21	25	20	33	1.97
16955011--16955077	33	2.0	33	88	5	100	26	25	14	32	1.95
16961240--16961347	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
16967626--16967652	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
16968303--16968350	16	2.9	16	87	6	60	39	2	0	58	1.10
16968700--16968748	11	4.4	11	82	12	64	38	2	0	59	1.09
16968703--16968731	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
16973715--16973775	19	3.2	20	81	11	65	68	4	1	24	1.18
16974192--16974243	24	2.2	24	96	0	95	48	0	3	48	1.20
16983627--16983698	28	2.7	26	78	15	76	31	0	1	66	1.00
16983647--16983699	22	2.4	22	78	15	63	33	0	1	64	1.05
16983650--16983711	26	2.3	26	78	15	65	33	3	1	61	1.22
16983983--16984020	19	1.9	20	84	10	51	36	0	2	60	1.11
16985185--16985480	136	2.2	136	84	0	376	26	22	18	32	1.97
16986652--16986693	14	3.3	12	79	20	50	45	0	0	54	0.99
16986652--16986696	13	3.5	13	80	14	58	46	0	0	53	1.00
16986613--16986714	51	2.0	49	81	7	116	43	0	4	51	1.23
16996681--16996706	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16999660--16999697	20	1.9	20	84	10	51	52	5	2	39	1.38
17001018--17001070	23	2.7	18	75	25	61	18	30	24	26	1.98
17001022--17001067	23	2.0	23	100	0	92	21	30	21	26	1.99
17002105--17002152	25	1.9	25	83	8	62	45	4	2	47	1.33
17002138--17002189	11	4.9	11	75	17	56	55	0	1	42	1.10
17004457--17004600	51	2.9	49	83	6	191	25	20	25	29	1.99
17006462--17006525	20	3.2	20	64	24	53	37	6	25	31	1.81
17006466--17006545	40	2.0	40	97	0	151	35	6	25	33	1.81
17006471--17006535	20	3.2	20	67	16	53	33	4	24	36	1.76
17007211--17007261	27	1.9	27	84	4	68	31	11	1	54	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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