genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71271707--71271818	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
71271707--71271818	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
71290437--71290561	29	4.3	29	87	1	171	25	14	29	30	1.95
71303813--71303854	22	1.9	22	100	0	84	33	23	14	28	1.94
71305832--71306111	96	2.9	96	86	2	357	26	17	29	26	1.97
71305842--71306111	48	5.6	48	78	4	231	27	17	29	26	1.97
71310800--71311058	49	5.5	46	73	8	166	28	25	19	26	1.99
71310858--71311058	49	4.2	49	77	5	209	28	25	19	26	1.99
71310791--71311110	96	3.4	96	84	5	384	27	26	20	26	1.99
71315598--71315666	31	2.2	31	97	0	129	21	43	26	8	1.81
71315598--71315676	31	2.6	30	90	7	124	21	39	27	11	1.88
71317868--71317999	40	3.3	40	80	7	144	28	26	21	24	1.99
71323591--71323762	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
71323584--71323759	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
71331153--71331324	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
71331146--71331321	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
71334470--71334513	23	1.9	23	95	0	79	15	47	22	13	1.81
71335592--71335724	48	2.7	49	81	3	169	24	31	16	27	1.96
71339753--71339803	19	2.7	19	93	0	93	13	45	25	15	1.83
71341579--71341906	50	7.0	47	76	12	289	23	29	18	27	1.98
71341679--71341854	45	4.0	41	72	17	138	23	30	15	30	1.95
71343635--71343686	20	2.6	20	96	0	95	11	28	36	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71349378--71349404	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
71353434--71353484	25	2.0	25	100	0	102	43	7	3	45	1.51
71363246--71363303	29	2.0	29	96	0	107	17	15	22	44	1.86
71366606--71366680	38	2.0	38	89	0	114	21	21	26	30	1.98
71366678--71366888	43	4.9	43	92	0	332	12	23	33	30	1.92
71378816--71378885	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
71384273--71384393	49	2.5	47	80	11	131	29	25	17	27	1.97
71389741--71389782	17	2.5	17	76	7	50	7	11	7	73	1.23
71398202--71398305	46	2.2	48	86	5	140	36	14	24	25	1.93
71398202--71398341	46	3.0	46	78	8	138	35	14	24	26	1.93
71410428--71410456	11	2.7	11	94	5	51	41	10	0	48	1.37
71414562--71414594	17	1.9	17	100	0	66	57	6	30	6	1.47
71414646--71414687	21	2.2	19	87	12	59	19	4	50	26	1.67
71414979--71415025	7	6.6	7	97	2	85	40	0	0	59	0.97
71414978--71415052	7	9.2	8	80	16	68	37	0	2	60	1.11
71415840--71415881	18	2.6	16	81	11	50	47	4	0	47	1.23
71415944--71416005	7	8.9	7	77	7	54	41	38	1	17	1.59
71416292--71416326	15	2.3	15	90	0	52	48	31	0	20	1.50
71416474--71416586	47	2.4	45	83	13	149	20	0	30	49	1.49
71416460--71416586	46	2.8	45	87	10	177	19	0	29	50	1.48
71416599--71416769	41	4.2	41	85	7	206	22	22	18	36	1.95
71417143--71417187	20	2.3	20	88	3	65	11	17	4	66	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71420053--71420137	28	3.0	28	85	0	125	55	8	7	29	1.56
71422458--71422589	48	2.8	48	75	8	142	26	18	27	28	1.98
71422517--71422682	90	1.8	90	83	2	217	28	18	25	27	1.98
71422515--71422706	90	2.1	90	79	1	206	27	18	26	28	1.98
71433103--71434776	830	2.0	830	99	0	3316	44	7	7	40	1.62
71437252--71437413	42	3.8	42	85	1	207	25	22	17	33	1.96
71444875--71444998	40	3.1	40	79	10	146	23	20	27	28	1.99
71445226--71445267	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
71447191--71447229	19	2.1	19	85	9	53	61	23	0	15	1.33
71447880--71448033	42	3.6	42	83	3	193	29	23	15	31	1.95
71450650--71450872	48	4.6	48	90	0	356	23	17	33	25	1.96
71450650--71450915	144	1.8	144	83	3	347	25	17	31	25	1.97
71453445--71453543	37	2.8	35	83	6	128	31	32	7	29	1.84
71453448--71453539	34	2.6	36	84	5	116	31	31	7	29	1.85
71464600--71464624	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
71465670--71465700	6	5.0	6	92	7	53	83	0	0	16	0.64
71465670--71465700	13	2.5	13	94	5	55	83	0	0	16	0.64
71472078--71472247	65	2.7	64	76	10	186	29	17	29	23	1.97
71493182--71493224	20	2.2	20	100	0	86	37	41	4	16	1.69
71498226--71498391	80	2.1	80	82	4	201	34	20	18	25	1.96
71498226--71498391	40	4.2	39	83	6	172	34	20	18	25	1.96
71498327--71498628	114	2.7	108	83	5	320	32	20	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71505457--71505959	47	10.6	47	90	2	763	33	8	29	29	1.86
71505457--71505959	96	5.3	96	93	1	802	33	8	29	29	1.86
71506078--71506185	37	2.9	37	91	0	171	24	17	29	28	1.97
71507467--71507676	40	5.2	40	91	2	296	24	20	27	26	1.99
71511742--71512336	47	12.6	47	92	2	978	33	8	29	29	1.87
71512455--71512556	37	2.8	37	92	0	159	26	18	28	26	1.98
71514681--71514727	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
71514986--71515097	40	2.7	43	80	8	140	23	16	25	33	1.96
71523729--71523827	27	3.7	27	77	4	85	31	21	16	31	1.95
71529412--71529488	35	2.2	35	97	2	147	46	10	18	24	1.80
71541385--71541658	96	2.9	94	84	4	336	21	28	21	28	1.99
71541384--71541667	48	5.9	48	78	1	282	22	28	20	28	1.99
71545458--71545717	41	6.3	41	88	3	355	36	25	18	20	1.94
71552422--71552481	27	2.3	26	85	2	75	33	20	23	23	1.97
71553159--71553311	80	1.9	81	87	1	227	24	17	20	37	1.94
71553141--71553309	53	3.2	53	84	2	203	25	18	19	36	1.95
71553141--71553312	27	6.4	27	84	1	202	25	19	19	36	1.95
71554643--71554678	15	2.5	14	86	8	54	66	0	11	22	1.22
71555923--71555990	23	2.9	24	88	4	111	19	13	30	36	1.90
71555952--71556004	24	2.2	24	86	0	70	20	11	28	39	1.87
71562985--71563236	27	9.4	27	85	1	283	27	19	17	36	1.94
71563013--71563235	81	2.8	81	90	2	333	27	18	16	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71567805--71567961	68	2.4	64	78	7	145	29	14	28	27	1.95
71567874--71568058	64	2.8	63	77	10	185	30	16	29	23	1.96
71571047--71571095	18	2.7	19	81	6	57	65	0	0	34	0.93
71584638--71584715	25	3.2	25	64	20	65	28	26	14	30	1.95
71584526--71584757	48	4.9	47	80	5	241	23	31	17	28	1.97
71586153--71586226	25	2.9	26	81	4	105	36	17	22	22	1.95
71596736--71596880	26	5.4	26	75	13	107	40	15	16	26	1.89
71596735--71596895	27	6.0	27	75	7	130	40	16	14	27	1.88
71604466--71604491	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
71605304--71605416	48	2.3	48	82	7	131	21	16	32	29	1.95
71613527--71613552	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
71615840--71616018	27	6.7	26	73	6	128	32	8	20	39	1.82
71619179--71619304	39	3.2	39	93	0	198	22	20	29	27	1.98
71619179--71619338	78	2.1	78	80	4	180	23	21	28	27	1.99
71621163--71621229	24	2.8	24	73	8	64	28	32	2	35	1.72
71624948--71624978	15	2.1	15	100	0	62	35	0	25	38	1.56
71625182--71625333	40	3.8	39	84	8	207	24	23	26	25	2.00
71625181--71625334	80	1.9	80	94	0	272	24	23	27	24	2.00
71626735--71626781	21	2.4	19	82	10	58	29	2	21	46	1.63
71632170--71632351	40	4.6	40	92	2	296	26	26	22	24	2.00
71634450--71634493	23	2.0	22	86	4	61	54	20	0	25	1.45
71648677--71648714	19	2.0	19	100	0	76	10	10	36	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71652419--71652498	41	2.0	41	92	0	133	46	13	17	22	1.83
71652674--71652707	13	2.6	13	95	0	59	32	20	0	47	1.51
71653069--71653102	13	2.6	13	100	0	68	35	47	17	0	1.48
71654941--71655031	24	3.7	24	83	2	101	27	21	17	32	1.96
71654965--71655056	48	1.9	47	84	6	123	26	22	17	33	1.96
71654941--71655054	24	4.7	24	80	5	97	27	22	17	32	1.96
71654964--71655066	47	2.2	48	79	8	113	27	23	16	33	1.96
71658996--71659056	30	2.0	30	83	0	77	31	19	8	40	1.81
71664294--71664335	21	2.0	21	85	0	57	21	16	40	21	1.91
71667630--71667776	54	2.7	55	80	3	154	37	21	17	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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