genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  268  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86191537--86191654	60	2.0	59	83	5	148	50	15	20	14	1.78
86191639--86191676	6	6.3	6	88	8	51	84	0	15	0	0.63
86191639--86191676	13	3.1	13	88	7	53	84	0	15	0	0.63
86192856--86193144	144	2.0	144	85	2	384	32	16	24	26	1.96
86193007--86193536	177	3.0	176	81	5	622	30	17	23	28	1.97
86193010--86193582	178	3.2	175	78	6	575	30	17	23	28	1.97
86196242--86196354	41	2.8	41	87	0	163	32	22	24	20	1.98
86196347--86196454	41	2.6	41	85	4	146	23	22	26	27	1.99
86196640--86196685	14	3.2	14	82	11	58	17	0	41	41	1.49
86196662--86196723	21	2.9	22	78	4	65	22	0	33	43	1.54
86196936--86197040	7	15.0	7	75	7	88	20	0	39	40	1.59
86196936--86196989	21	2.6	21	96	0	99	14	0	40	44	1.46
86199501--86199635	69	2.0	69	89	0	207	37	20	11	31	1.88
86201113--86201291	91	2.0	91	97	0	340	24	15	17	43	1.87
86206003--86206145	72	2.0	72	85	0	196	18	26	17	37	1.93
86211794--86211831	7	5.3	7	90	3	58	15	0	15	68	1.22
86212287--86212458	66	2.6	66	77	6	177	44	32	1	22	1.60
86212469--86212523	28	1.9	29	85	3	76	49	27	3	20	1.65
86212468--86212544	28	2.7	28	79	4	73	49	25	2	22	1.63
86212498--86212550	22	2.5	21	79	14	63	54	24	0	20	1.44
86212733--86212784	7	7.6	7	76	10	54	75	3	0	21	0.97
86212730--86212790	21	3.0	20	80	7	77	72	3	1	22	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86213154--86213468	171	1.8	168	81	9	388	17	33	15	33	1.92
86214519--86214650	34	4.0	34	85	7	182	24	6	4	64	1.37
86214546--86214597	15	3.2	15	72	27	52	23	5	3	67	1.29
86214519--86214607	17	5.1	18	68	29	59	25	5	4	64	1.35
86214519--86214650	64	2.0	66	88	5	196	24	6	4	64	1.37
86217354--86217481	43	3.0	43	75	8	116	32	14	22	30	1.94
86217374--86217567	43	4.5	43	80	5	178	30	16	25	27	1.97
86222569--86222635	15	4.5	15	79	3	73	10	19	13	56	1.65
86222560--86222635	30	2.5	30	79	12	84	10	18	15	55	1.68
86227897--86227960	32	2.0	32	100	0	128	28	15	28	28	1.96
86229197--86229244	22	2.1	23	81	11	55	60	0	0	39	0.97
86229213--86229243	12	2.6	12	89	0	53	64	0	0	35	0.94
86229548--86229614	27	2.5	27	100	0	134	44	5	8	40	1.60
86242408--86242452	21	2.2	20	84	4	54	66	13	15	4	1.39
86244766--86244822	23	2.5	23	78	18	66	57	3	1	36	1.26
86245278--86245327	24	2.1	24	88	0	73	36	28	14	22	1.92
86248809--86248863	27	2.0	27	96	0	101	34	9	10	45	1.71
86254065--86254475	46	9.0	46	91	1	565	21	24	15	38	1.92
86256615--86256665	19	2.7	19	82	11	61	54	5	0	39	1.24
86257228--86257630	201	2.0	201	99	0	797	42	15	16	25	1.87
86268392--86268470	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
86268589--86268811	47	4.7	47	91	1	331	27	30	8	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86275496--86275529	17	1.9	18	88	5	52	47	29	17	5	1.71
86276031--86276251	75	3.0	73	90	1	325	27	16	23	31	1.96
86276158--86276335	86	2.0	87	82	7	218	26	15	18	39	1.90
86276245--86276409	74	2.2	74	91	4	262	29	14	18	38	1.90
86276100--86276585	174	2.9	166	77	9	483	27	16	20	35	1.94
86276582--86276617	14	2.6	14	90	0	54	25	16	5	52	1.65
86276593--86276763	88	1.9	90	82	5	213	29	18	18	33	1.94
86276940--86277117	52	3.3	52	72	13	178	27	24	17	30	1.97
86276987--86277175	52	3.3	59	72	13	207	30	21	17	31	1.96
86276887--86277204	111	2.9	111	92	1	523	29	22	17	30	1.96
86286233--86286299	35	1.9	35	84	6	91	25	4	8	61	1.45
86288381--86288421	20	2.1	19	86	4	55	58	0	7	34	1.26
86292573--86292692	4	30.0	4	100	0	240	25	0	25	50	1.50
86298743--86298767	11	2.3	11	100	0	50	36	16	8	40	1.77
86304211--86304273	31	2.0	31	100	0	126	46	6	15	31	1.71
86304895--86304953	30	2.0	29	90	3	91	25	1	15	57	1.47
86305058--86305091	12	2.8	12	90	0	50	70	0	0	29	0.87
86305443--86305484	21	2.0	22	90	4	68	35	0	0	64	0.94
86305445--86305491	21	2.2	21	85	7	60	38	2	0	59	1.09
86305463--86305593	57	2.3	57	81	6	142	40	1	3	54	1.28
86307442--86307493	24	2.2	24	89	0	77	36	1	7	53	1.41
86312831--86312868	12	3.4	11	83	16	51	0	2	7	89	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86316982--86317027	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
86317761--86317789	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
86321799--86321891	45	2.1	45	100	0	186	39	18	10	31	1.85
86325409--86325531	18	6.8	18	87	0	156	29	23	14	32	1.94
86325407--86325530	36	3.4	36	88	0	194	29	22	15	33	1.95
86325403--86325535	54	2.5	54	88	0	194	30	22	15	32	1.94
86334881--86334921	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
86351475--86351506	6	5.3	6	100	0	64	31	15	18	34	1.93
86360511--86360547	15	2.5	15	95	0	65	32	37	5	24	1.78
86362004--86362140	60	2.3	59	81	8	143	26	24	20	29	1.99
86362145--86362187	19	2.2	20	83	4	52	34	25	18	20	1.96
86364486--86364531	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
86367786--86367970	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
86367787--86367970	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
86367839--86368003	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
86369604--86369656	27	2.0	27	88	0	79	30	11	22	35	1.89
86371719--86371890	45	4.0	45	68	14	128	31	25	17	25	1.97
86374343--86374421	27	3.0	27	81	1	97	26	16	16	40	1.89
86380817--86380855	20	2.0	20	89	0	60	17	30	23	28	1.97
86385239--86385316	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
86385435--86385862	47	9.1	47	94	1	714	28	29	9	32	1.88
86388897--86388943	24	2.0	24	82	0	58	46	19	6	27	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86389262--86389344	41	2.0	42	83	6	107	31	30	18	20	1.96
86393996--86394037	18	2.4	17	88	4	57	23	42	16	16	1.88
86401928--86402087	26	6.2	26	90	0	257	34	7	22	35	1.82
86401928--86402087	52	3.1	52	97	0	293	34	7	22	35	1.82
86403811--86403858	21	2.3	20	82	13	53	12	2	52	33	1.51
86409027--86409134	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
86412594--86412651	26	2.2	26	84	6	73	18	24	18	37	1.94
86415438--86415656	46	4.7	46	73	12	151	23	29	19	27	1.98
86419536--86419593	16	3.2	17	79	16	64	46	0	29	24	1.53
86420010--86420042	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
86420010--86420044	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
86422276--86422329	22	2.4	23	84	3	74	22	3	40	33	1.71
86423841--86423938	19	5.2	19	85	7	137	38	11	16	33	1.84
86423847--86423918	36	2.0	36	91	0	117	40	12	13	33	1.83
86430886--86430942	19	3.1	19	87	9	82	84	0	15	0	0.63
86430900--86430942	11	4.1	11	76	11	54	86	0	13	0	0.58
86431887--86432915	84	12.3	84	88	3	1524	30	22	21	25	1.99
86431885--86432915	334	3.1	333	89	4	1531	30	22	21	25	1.99
86431885--86432915	418	2.5	418	92	0	1697	30	22	21	25	1.99
86433656--86433734	19	4.2	19	82	9	99	40	8	13	36	1.76
86433662--86433734	36	2.0	38	89	5	114	41	9	12	36	1.75
86435500--86435588	44	2.0	44	97	0	169	34	16	8	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86436780--86436832	26	2.0	26	85	7	72	41	7	15	35	1.75
86440652--86440705	21	2.8	18	74	15	54	46	0	3	50	1.19
86441674--86441762	7	12.7	7	74	0	52	22	1	31	44	1.60
86442049--86442288	124	1.9	122	80	4	275	35	20	19	25	1.96
86445215--86445290	25	3.0	25	82	7	91	6	2	26	64	1.31
86446288--86446324	17	2.3	17	86	9	51	40	2	5	51	1.39
86458703--86458732	14	2.2	14	94	5	53	83	0	16	0	0.65
86458699--86458748	17	2.8	17	85	14	57	76	0	22	2	0.89
86458703--86458741	15	2.8	14	85	11	53	79	0	20	0	0.73
86469466--86469522	15	3.5	15	69	17	51	47	1	1	49	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290