genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75527882--75527951	21	3.3	21	77	0	86	20	25	35	18	1.95
75527882--75527970	42	2.1	42	93	0	151	21	24	34	19	1.96
75527897--75527963	21	3.2	20	76	4	62	20	25	34	19	1.96
75527903--75527970	21	3.2	20	71	8	55	20	23	35	20	1.96
75528674--75528722	25	2.0	24	84	4	62	73	10	4	12	1.22
75533373--75533402	14	2.1	14	93	0	51	10	10	0	80	0.92
75533551--75533594	20	2.2	21	80	12	56	54	0	2	43	1.12
75536660--75536684	13	1.9	13	100	0	50	20	16	0	64	1.30
75536677--75536782	50	2.1	51	81	8	119	27	20	8	43	1.81
75549373--75549407	17	2.0	18	88	5	54	77	2	20	0	0.90
75555937--75555977	19	2.1	20	86	4	57	29	19	19	31	1.96
75558947--75558985	15	2.5	16	91	4	62	5	20	0	74	1.01
75562273--75562405	67	2.0	67	89	0	203	29	30	16	24	1.96
75564255--75564279	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
75565164--75565235	27	2.6	27	91	2	108	43	9	15	31	1.79
75565729--75565800	26	2.8	26	80	2	74	44	12	15	27	1.82
75587000--75587042	14	3.0	14	78	15	52	4	18	4	72	1.20
75590952--75591010	10	5.7	11	78	9	63	69	0	0	30	0.89
75590978--75591007	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
75590948--75591023	37	2.0	39	87	10	113	67	0	0	32	0.91
75591906--75591990	7	12.4	7	71	14	52	41	27	2	29	1.68
75591946--75591990	13	3.4	13	81	6	54	44	26	0	28	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75592288--75592339	24	2.2	24	100	0	104	30	3	9	55	1.50
75600806--75600881	39	1.9	39	94	0	134	31	11	14	42	1.82
75603218--75603245	3	9.3	3	100	0	56	32	32	35	0	1.58
75607940--75607992	18	2.9	18	77	5	61	39	1	18	39	1.62
75615538--75615772	53	4.4	54	90	0	330	33	11	17	37	1.86
75615514--75615763	27	9.3	27	84	2	281	32	12	19	36	1.88
75616088--75616151	28	2.3	28	83	0	74	28	37	15	18	1.92
75617783--75617835	18	2.9	18	73	15	54	39	3	18	37	1.69
75620521--75620565	6	7.5	6	100	0	90	84	0	0	15	0.62
75623152--75623268	45	2.6	45	78	7	123	31	28	17	23	1.96
75628063--75628089	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
75636428--75636471	24	1.9	22	86	9	61	50	4	18	27	1.66
75638870--75639142	46	5.9	45	84	6	305	39	14	24	21	1.91
75638878--75639142	93	2.9	92	82	2	325	39	15	24	21	1.91
75639225--75639274	26	1.9	26	87	0	73	34	2	24	40	1.66
75642134--75642173	15	2.6	15	84	4	53	77	0	7	15	0.98
75642217--75642243	13	2.1	13	100	0	54	14	29	29	25	1.95
75646069--75646110	10	4.2	10	85	11	59	38	23	0	38	1.55
75646965--75646989	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
75656352--75656402	26	2.0	26	92	0	84	25	19	13	41	1.88
75665440--75665589	43	3.5	43	74	7	162	28	25	18	27	1.98
75666196--75666234	19	2.1	19	95	0	69	53	23	0	23	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75666912--75666955	23	2.0	22	86	4	61	36	6	15	40	1.74
75676730--75677096	187	2.0	187	92	0	617	30	13	20	35	1.91
75696583--75696611	14	2.1	14	100	0	58	55	6	31	6	1.53
75702029--75702074	22	2.1	22	91	0	74	15	21	15	47	1.81
75704328--75704412	28	3.0	28	86	3	107	11	25	22	40	1.88
75704342--75704413	28	2.5	28	90	2	108	12	23	22	41	1.88
75704250--75704438	79	2.4	79	80	2	211	15	26	18	39	1.90
75705019--75705068	24	2.1	24	92	0	82	36	24	4	36	1.74
75705027--75705081	24	2.5	22	82	8	67	34	23	5	36	1.78
75706482--75706514	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
75706730--75706772	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
75707080--75707132	15	3.4	15	80	15	63	45	0	1	52	1.11
75717017--75717090	11	6.5	11	80	11	78	28	1	0	70	0.96
75717006--75717056	13	4.3	13	81	18	67	27	0	0	72	0.85
75717006--75717090	34	2.5	33	87	9	120	28	1	0	70	0.95
75717020--75717081	13	5.2	13	74	21	64	30	0	0	69	0.89
75720461--75720535	21	3.4	23	82	12	95	13	21	26	38	1.90
75730595--75730658	16	4.0	16	71	15	51	68	1	28	1	1.07
75730717--75730768	21	2.5	21	80	0	59	30	1	1	65	1.14
75732328--75732364	16	2.3	16	100	0	74	29	13	5	51	1.63
75733917--75734103	50	3.8	49	83	7	216	25	18	28	27	1.98
75735948--75735977	14	2.1	14	100	0	60	26	6	30	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75737114--75737178	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
75737110--75737178	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
75755354--75755418	26	2.5	26	82	0	76	41	13	20	24	1.88
75767379--75767443	26	2.5	26	82	0	76	41	13	20	24	1.88
75771276--75771460	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
75771257--75771460	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
75779172--75779356	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
75779153--75779356	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
75785380--75785420	22	1.9	21	85	5	55	14	31	4	48	1.65
75789877--75789924	15	3.2	15	71	11	53	39	12	14	33	1.84
75796695--75796738	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
75808757--75808785	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
75815214--75815425	48	4.5	48	82	7	213	30	17	27	24	1.97
75815214--75815615	94	4.3	94	76	11	288	27	18	28	25	1.98
75815445--75815613	49	3.5	49	79	5	157	27	19	28	24	1.99
75815214--75815567	142	2.5	138	82	10	382	28	18	28	24	1.98
75816727--75816781	29	1.9	28	89	10	85	14	21	45	18	1.85
75818179--75818220	20	2.0	20	82	13	50	57	11	2	28	1.47
75821251--75821292	22	1.9	22	90	9	68	45	14	21	19	1.85
75822858--75822910	19	2.7	20	88	8	81	33	0	7	58	1.26
75822858--75822916	19	3.0	19	82	5	73	33	0	6	59	1.24
75835039--75835155	9	12.3	9	77	10	108	32	0	21	45	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75835043--75835155	39	3.0	38	73	20	110	31	0	21	46	1.58
75835041--75835153	57	2.0	57	87	0	163	30	0	22	46	1.58
75836393--75836434	17	2.5	17	96	0	75	28	4	16	50	1.66
75838208--75838277	24	2.9	24	72	18	72	45	10	4	40	1.57
75838855--75838900	24	1.9	24	100	0	92	58	8	15	17	1.61
75839548--75839639	42	2.2	41	84	5	114	19	15	19	45	1.85
75839848--75839885	14	2.7	14	87	0	58	52	34	0	13	1.40
75840256--75840290	15	2.4	14	86	9	52	34	37	0	28	1.58
75840330--75840359	14	2.1	14	100	0	60	56	23	0	20	1.42
75840516--75840562	14	3.5	13	82	2	58	48	29	0	21	1.50
75841635--75841740	40	2.6	41	83	2	117	30	25	16	28	1.96
75842160--75842209	20	2.5	20	93	0	82	22	4	32	42	1.72
75846977--75847011	18	1.9	18	100	0	70	31	0	22	45	1.53
75847151--75847287	46	3.1	44	83	8	154	27	17	29	25	1.97
75855392--75855450	30	2.0	30	89	0	91	32	13	25	28	1.94
75863967--75864078	54	2.1	55	98	1	217	52	8	8	29	1.63
75864562--75864658	50	1.9	50	100	0	194	36	6	14	43	1.70
75871611--75871635	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
75873196--75873236	15	2.7	15	96	0	73	12	31	9	46	1.74
75875290--75875461	39	4.4	39	83	0	218	27	6	22	43	1.77
75876492--75876589	47	2.1	47	94	0	169	17	12	33	36	1.87
75876513--75876586	22	3.2	22	72	23	80	17	8	33	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75888864--75888903	21	1.9	21	85	10	55	67	12	0	20	1.22
75889055--75889118	32	1.9	33	81	12	78	20	21	25	32	1.97
75893553--75893584	11	3.1	11	82	17	50	43	0	18	37	1.51
75896952--75897067	58	2.0	58	94	0	205	25	23	3	47	1.67
75897251--75897292	13	3.1	13	78	21	50	0	23	0	76	0.79
75897251--75897323	33	2.1	36	85	7	98	0	27	0	72	0.85
75897255--75897317	16	3.9	16	75	4	54	0	28	0	71	0.86
75897277--75897316	20	2.1	19	90	4	62	0	25	0	75	0.81
75898163--75898233	35	2.0	35	100	0	142	22	19	16	40	1.91
75905489--75905567	37	2.1	37	88	4	115	26	31	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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