genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14704496--14704544	15	3.2	15	75	16	55	24	0	2	73	0.94
14704624--14704678	13	3.9	14	77	17	60	27	5	0	67	1.12
14704776--14704815	3	13.7	3	84	5	55	32	0	5	62	1.17
14704866--14704927	3	21.0	3	80	3	63	32	8	1	58	1.37
14705519--14705755	128	1.9	126	84	6	325	35	16	11	36	1.85
14706104--14706245	68	2.1	68	98	0	275	35	18	15	30	1.92
14707629--14707789	3	53.7	3	66	18	68	31	6	2	59	1.37
14707631--14707676	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
14707991--14708054	16	4.1	15	80	11	67	35	1	3	59	1.23
14708034--14708138	21	4.7	22	73	11	79	36	2	4	56	1.35
14707974--14708065	31	3.1	30	71	14	84	34	3	3	58	1.30
14707974--14708066	29	3.2	28	73	19	84	34	3	3	59	1.30
14708036--14708143	44	2.4	47	78	7	116	36	2	4	56	1.34
14708133--14708169	16	2.2	17	90	4	58	24	0	24	51	1.49
14708217--14708359	72	2.0	74	83	8	186	30	9	6	53	1.59
14710060--14710102	18	2.4	19	84	7	54	44	0	4	51	1.22
14714404--14714441	19	2.0	19	94	0	67	23	21	13	42	1.88
14714410--14714456	24	2.0	24	95	0	85	21	19	14	44	1.86
14716377--14716402	7	3.7	7	100	0	52	46	15	0	38	1.46
14718271--14719312	132	7.9	130	83	5	1063	29	18	25	27	1.98
14718267--14719324	264	4.0	261	88	3	1174	29	18	25	27	1.98
14718292--14718760	45	10.6	44	65	9	175	30	18	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14719517--14720009	44	11.2	44	92	0	797	26	15	31	26	1.96
14721156--14721181	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
14721206--14721332	41	3.1	41	87	3	130	36	24	20	18	1.95
14721489--14721540	14	3.7	14	81	0	59	26	0	25	48	1.52
14721494--14721542	21	2.3	21	78	0	62	24	0	28	46	1.53
14721605--14721633	14	2.0	15	93	6	51	27	0	31	41	1.56
14722633--14722741	37	2.9	37	82	8	141	14	47	11	25	1.79
14726171--14726211	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
14726396--14726449	28	2.0	27	85	3	72	31	3	3	61	1.31
14730446--14730483	12	3.2	12	92	3	60	60	15	0	23	1.35
14730451--14730485	12	2.9	12	95	0	61	60	20	0	20	1.37
14737121--14737168	25	2.0	24	84	8	62	41	6	0	52	1.27
14741402--14741525	58	2.1	57	81	10	135	56	7	6	29	1.52
14741557--14741610	22	2.5	22	87	6	83	59	5	1	33	1.31
14741667--14741709	22	2.0	21	81	4	50	48	9	13	27	1.73
14743414--14743536	43	2.8	45	76	8	144	19	20	24	35	1.95
14743595--14743756	88	1.8	88	82	2	209	21	19	21	37	1.95
14743592--14743780	88	2.1	88	78	3	202	19	18	22	39	1.93
14743464--14743981	222	2.3	222	88	2	754	20	19	22	37	1.94
14743818--14744071	88	2.9	88	78	6	273	20	21	20	37	1.95
14743855--14744064	43	4.8	43	68	8	129	20	21	21	36	1.95
14756360--14756413	22	2.5	22	87	6	83	59	5	1	33	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14756470--14756512	22	2.0	21	81	4	50	48	9	13	27	1.73
14756674--14756698	13	1.9	13	100	0	50	88	12	0	0	0.53
14759873--14759917	22	2.1	21	87	4	63	55	2	0	42	1.12
14762339--14762485	75	2.0	75	94	0	258	25	20	12	42	1.87
14765996--14766039	22	2.0	22	86	0	61	38	22	6	31	1.81
14767931--14767986	21	2.7	21	80	5	60	66	3	1	28	1.19
14768020--14768125	27	3.9	27	73	18	78	58	4	8	28	1.48
14769770--14769909	27	5.2	28	88	5	175	35	22	23	18	1.96
14771526--14771635	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
14771964--14772294	131	2.6	130	85	5	415	36	19	17	26	1.94
14774690--14774752	27	2.3	27	78	15	74	60	3	3	33	1.28
14776024--14776717	44	15.1	44	69	10	268	30	19	21	28	1.97
14776068--14776209	51	2.8	51	91	2	223	30	21	20	26	1.98
14776025--14776570	140	3.9	138	78	10	485	30	18	21	28	1.97
14776395--14777028	227	2.8	230	79	5	656	30	17	21	29	1.96
14776443--14777009	233	2.5	234	79	5	564	30	18	21	29	1.97
14777427--14777505	38	2.1	38	97	0	149	15	22	17	44	1.86
14778225--14778265	19	2.1	20	86	4	57	14	2	21	60	1.45
14778537--14778703	44	3.8	44	81	5	160	29	20	17	32	1.96
14779436--14779480	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
14781442--14781576	54	2.4	54	84	8	155	25	17	23	32	1.97
14781660--14782144	46	10.7	46	92	4	799	36	15	24	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14785080--14785124	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
14787302--14787712	46	9.5	46	91	4	521	36	15	25	22	1.94
14788449--14789223	44	16.7	44	72	10	410	28	21	20	30	1.98
14788442--14789085	95	6.9	96	71	11	363	27	20	20	31	1.98
14788445--14789180	140	5.3	140	77	8	676	27	20	20	30	1.98
14788823--14789179	51	7.4	51	74	14	292	27	19	21	31	1.97
14788442--14789179	286	2.6	280	85	4	981	27	20	20	31	1.98
14788769--14789230	95	4.9	95	72	14	369	27	20	20	30	1.98
14790507--14790563	25	2.2	26	81	12	64	36	3	5	54	1.40
14790696--14790793	52	1.9	49	81	6	115	29	8	7	55	1.56
14792501--14792607	53	2.0	53	94	0	187	37	8	11	42	1.71
14797338--14797602	131	2.0	132	98	0	514	32	15	4	47	1.64
14803345--14803374	12	2.5	12	88	0	51	0	26	46	26	1.53
14803565--14803607	18	2.4	18	85	11	54	18	27	37	16	1.92
14806212--14806259	6	7.5	6	86	13	69	83	0	14	2	0.74
14806212--14806264	27	1.9	28	92	3	90	83	0	15	1	0.74
14807035--14807068	17	1.9	18	94	5	61	35	5	0	58	1.22
14807636--14807689	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
14807688--14807716	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
14807826--14807884	15	4.1	15	81	16	72	37	0	8	54	1.31
14811212--14811423	49	4.6	46	79	12	170	29	26	14	29	1.95
14811253--14811423	47	3.6	47	85	6	193	30	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14811255--14811429	95	1.9	94	83	4	228	30	26	15	28	1.96
14811452--14811693	31	7.8	31	90	0	376	25	28	20	25	1.99
14815060--14815115	22	2.5	22	85	2	76	26	23	3	46	1.68
14815094--14815118	4	6.2	4	100	0	50	24	24	0	52	1.48
14818604--14818654	18	2.9	18	88	2	68	15	27	39	17	1.90
14819746--14819794	19	2.5	20	77	9	57	69	0	8	22	1.14
14822074--14822141	31	2.2	30	84	5	82	27	20	10	41	1.85
14822094--14822161	31	2.2	31	86	0	91	32	16	8	42	1.79
14829012--14829139	65	2.0	64	92	1	211	53	10	16	20	1.71
14830000--14830037	4	9.5	4	88	0	58	23	5	0	71	1.07
14846181--14846224	19	2.3	19	92	0	70	47	6	9	36	1.62
14851814--14851872	31	1.9	31	93	3	102	28	11	11	47	1.76
14854994--14855193	10	20.4	9	69	16	57	61	3	4	31	1.32
14855432--14855473	21	2.0	22	85	4	59	57	21	16	4	1.58
14856894--14856937	18	2.4	18	88	7	63	31	9	0	59	1.29
14856896--14856937	15	2.9	14	89	7	57	30	9	0	59	1.29
14857489--14857545	27	2.0	28	83	12	73	28	10	7	54	1.60
14857613--14857697	28	3.2	27	82	9	104	36	5	4	52	1.46
14857655--14857714	11	5.5	11	73	15	61	36	3	5	55	1.38
14857613--14857714	15	7.4	13	69	23	50	36	4	4	53	1.44
14861256--14861289	17	2.0	17	94	0	59	17	2	0	79	0.86
14861455--14861488	17	1.9	18	88	5	52	26	2	0	70	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14871317--14871354	19	2.0	19	100	0	76	15	10	15	57	1.64
14881094--14881176	41	2.0	41	97	0	157	40	12	15	31	1.84
14885732--14885801	29	2.3	29	78	4	77	41	5	10	42	1.62
14889183--14889287	45	2.3	45	96	1	192	40	11	15	32	1.83
14900697--14900734	20	1.9	20	84	10	51	50	0	2	47	1.15
14902149--14902195	20	2.3	21	85	7	62	36	0	2	61	1.08
14904979--14905011	16	2.1	16	100	0	66	42	6	24	27	1.78
14914000--14914075	37	2.1	37	83	14	95	36	5	2	55	1.37
14914634--14914658	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
14918640--14918684	22	2.0	22	87	8	65	22	13	0	64	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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