genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19525645--19525817	80	2.2	80	79	0	184	46	24	13	15	1.82
19528447--19528565	53	2.3	52	81	7	143	52	2	3	41	1.31
19530452--19530524	31	2.4	29	82	13	78	45	35	2	16	1.62
19531456--19531509	28	1.9	28	92	0	90	5	14	31	48	1.67
19535042--19535089	16	3.2	14	77	8	51	45	35	0	18	1.50
19535057--19535106	25	2.0	25	84	7	66	50	32	0	18	1.47
19535314--19535346	17	1.9	17	93	0	57	54	9	0	36	1.32
19535438--19535528	31	2.9	30	73	11	85	45	4	2	48	1.34
19536784--19536820	3	12.3	3	100	0	74	0	32	0	67	0.91
19547165--19547333	88	1.9	88	100	0	338	30	18	12	38	1.88
19554094--19554137	19	2.3	19	84	0	52	70	4	0	25	1.06
19554312--19554377	7	8.9	7	74	12	60	71	0	0	28	0.87
19554312--19554377	16	4.4	14	80	10	69	71	0	0	28	0.87
19557633--19557685	25	2.2	24	86	3	70	18	20	20	39	1.92
19559880--19559921	16	2.6	16	92	7	68	61	2	0	35	1.09
19563518--19563609	48	1.9	48	100	0	184	35	18	18	27	1.94
19570519--19570598	40	2.0	40	100	0	160	27	15	2	55	1.53
19571801--19571842	12	3.5	12	83	6	50	42	0	2	54	1.13
19571800--19571837	19	2.0	19	85	10	51	39	0	2	57	1.12
19571929--19571984	24	2.4	24	82	5	71	53	3	1	41	1.29
19574646--19574685	20	2.0	20	85	5	53	67	0	10	22	1.20
19579418--19579476	25	2.4	25	94	0	109	28	27	23	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19581601--19581710	53	2.1	53	91	3	177	31	3	2	61	1.27
19582597--19582621	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
19586783--19587279	126	4.0	126	85	3	653	27	15	17	38	1.91
19587315--19587391	28	2.6	30	79	4	95	42	19	0	37	1.51
19587440--19587481	22	1.9	22	90	0	66	40	16	0	42	1.48
19587538--19587590	22	2.4	22	87	0	88	39	16	1	41	1.60
19587583--19587887	56	5.6	57	66	15	178	46	17	0	35	1.55
19587647--19587701	22	2.5	22	87	0	83	45	14	0	40	1.45
19587342--19587932	109	5.5	108	85	4	751	45	17	1	36	1.55
19587785--19587848	34	1.9	33	84	9	85	48	18	0	32	1.49
19587827--19587876	22	2.3	22	89	3	75	52	16	0	32	1.44
19587861--19587913	22	2.4	22	83	0	70	41	15	0	43	1.46
19590184--19590220	16	2.4	16	90	4	58	43	13	0	43	1.44
19593618--19593652	10	3.5	10	88	11	54	54	5	14	25	1.62
19597386--19597429	20	2.1	21	87	4	63	9	11	4	75	1.19
19609147--19609216	35	2.0	35	91	0	113	67	8	10	14	1.42
19609147--19609234	35	2.7	32	78	15	90	67	7	9	15	1.41
19612235--19612265	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
19617148--19617216	32	2.2	32	89	0	102	34	8	18	37	1.82
19622663--19622703	4	10.0	4	84	5	55	51	2	0	46	1.14
19622660--19622703	12	3.6	12	87	6	61	54	2	0	43	1.12
19624147--19624198	22	2.4	22	96	0	95	40	17	13	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19625381--19625411	15	2.1	15	93	0	53	70	3	0	25	1.02
19625734--19625961	3	75.0	3	67	15	85	58	1	8	31	1.36
19625769--19625846	23	3.4	22	75	16	70	61	1	7	29	1.32
19625768--19625892	17	7.6	17	69	19	63	59	0	7	32	1.30
19625838--19625895	14	3.9	15	75	20	52	56	0	5	37	1.21
19625770--19625963	11	17.3	11	66	17	71	59	0	8	31	1.31
19625984--19626026	18	2.4	18	84	7	52	65	0	4	30	1.13
19626669--19626733	4	16.2	4	100	0	130	24	0	24	50	1.49
19634926--19634973	19	2.7	18	78	9	53	66	6	4	22	1.32
19635388--19635470	36	2.3	36	80	0	94	36	28	7	27	1.84
19635517--19635547	8	3.9	8	95	0	53	38	22	0	38	1.54
19639596--19639634	16	2.3	18	86	8	55	2	23	0	74	0.94
19642852--19642941	4	22.5	4	95	0	162	47	24	2	25	1.63
19649662--19649704	17	2.5	17	81	11	52	13	9	2	74	1.16
19651775--19651818	19	2.4	19	81	11	56	61	0	0	38	0.96
19651835--19651869	18	1.9	18	88	0	52	62	0	0	37	0.95
19652475--19652535	15	4.0	15	76	4	59	8	13	9	68	1.38
19652476--19652535	31	1.9	31	90	6	95	8	13	10	68	1.39
19654023--19654051	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
19658861--19658896	19	1.9	19	88	5	56	38	2	5	52	1.39
19668128--19668312	84	2.2	84	90	0	289	23	37	20	18	1.94
19674499--19674563	3	23.0	3	70	17	50	58	1	1	38	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19674522--19674578	24	2.4	23	77	13	62	54	3	0	42	1.17
19675215--19675259	21	2.1	21	87	0	63	57	20	6	15	1.60
19675896--19675926	16	1.9	16	100	0	62	64	0	0	35	0.94
19676154--19676228	32	2.3	32	79	0	87	21	20	21	37	1.95
19676976--19677036	3	20.7	3	86	3	70	1	31	0	67	1.01
19677456--19677512	28	2.0	28	86	6	80	17	19	1	61	1.43
19677462--19677522	28	2.2	27	80	13	70	18	18	1	62	1.41
19678594--19678669	17	4.3	18	70	12	52	36	0	2	60	1.11
19678632--19678688	19	3.1	19	85	12	66	36	0	5	57	1.21
19685866--19685907	17	2.5	17	81	11	50	26	14	14	45	1.83
19688932--19688974	20	2.2	20	86	0	59	13	16	39	30	1.87
19690939--19690988	24	2.0	25	81	11	59	4	30	0	66	1.10
19708229--19708489	128	2.0	128	96	0	486	37	18	15	29	1.91
19709777--19709811	15	2.3	15	95	0	61	77	0	0	22	0.78
19709774--19709808	9	3.9	9	88	11	54	77	0	0	22	0.78
19710032--19710150	3	39.3	3	72	8	89	60	2	7	29	1.37
19710034--19710150	31	3.7	32	74	16	100	60	2	7	29	1.38
19710993--19711017	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
19713110--19713192	31	2.6	31	80	3	85	61	19	3	15	1.48
19719060--19719187	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
19719060--19719187	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
19719306--19719740	241	1.8	241	99	0	861	32	15	18	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19719863--19719912	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
19722400--19722429	14	2.1	15	93	6	53	36	0	13	50	1.42
19722899--19723058	76	2.1	76	98	1	313	23	27	8	40	1.84
19724485--19724531	21	2.2	22	84	3	60	31	0	21	46	1.51
19724834--19725112	41	6.9	40	85	4	319	24	18	22	34	1.96
19724833--19725112	81	3.5	81	83	1	337	24	18	22	34	1.96
19726150--19726180	16	1.9	16	93	0	53	25	29	19	25	1.99
19726149--19726187	16	2.5	15	84	12	51	25	33	17	23	1.96
19726205--19726343	34	4.1	34	85	0	188	33	17	18	30	1.94
19726499--19726643	34	4.3	34	85	0	182	37	16	13	33	1.87
19726205--19726781	302	1.9	303	87	2	838	33	18	17	31	1.94
19733066--19733095	7	4.1	7	95	4	51	13	3	0	83	0.77
19735299--19735367	23	3.0	23	76	4	77	55	1	0	43	1.08
19735582--19735625	22	2.1	20	83	8	52	25	2	2	70	1.10
19736015--19736068	29	1.9	27	85	7	72	50	7	22	20	1.73
19736420--19736464	10	4.7	10	74	20	51	68	6	0	24	1.13
19738465--19738502	17	2.4	17	91	8	62	10	13	0	76	1.02
19739372--19739454	34	2.4	34	89	0	130	33	12	14	39	1.83
19739367--19739479	34	3.3	34	83	0	118	33	8	12	45	1.73
19743908--19743999	43	2.1	44	82	6	107	31	14	21	32	1.93
19746691--19746750	30	2.0	30	96	0	111	30	20	21	28	1.98
19749644--19749688	20	2.2	20	80	7	56	26	24	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19754062--19754100	15	2.6	15	79	0	51	20	35	0	43	1.52
19763574--19763697	47	2.6	47	84	2	151	20	15	28	35	1.93
19765167--19765233	30	2.3	29	86	2	89	23	14	23	37	1.93
19765195--19765261	29	2.3	29	84	2	82	22	11	25	40	1.88
19779859--19779891	17	1.9	17	88	11	50	21	0	15	63	1.30
19780926--19781199	130	2.1	130	80	2	300	28	16	15	39	1.89
19781104--19781286	94	1.9	94	79	0	204	31	19	12	36	1.89
19781180--19781896	130	5.5	130	85	0	905	31	17	13	38	1.88
19780980--19781422	224	2.0	224	83	0	555	30	16	14	38	1.89
19781342--19781545	67	3.1	65	71	11	175	30	18	13	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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