genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82690719--82690891	47	3.7	47	76	13	194	28	28	20	21	1.98
82690672--82690887	93	2.3	93	92	0	369	29	29	19	21	1.98
82690665--82690840	46	3.8	46	72	12	162	30	28	19	21	1.98
82693606--82693650	15	3.0	15	73	0	54	60	15	11	13	1.60
82695881--82696036	27	5.8	27	79	10	167	35	21	23	19	1.96
82695881--82696036	54	2.9	54	87	2	217	35	21	23	19	1.96
82697634--82697741	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
82699631--82699805	46	3.8	46	84	6	205	30	28	20	21	1.98
82699631--82699805	92	1.9	91	83	9	230	30	28	20	21	1.98
82708061--82708210	64	2.2	65	81	8	167	33	17	28	21	1.96
82708085--82708268	67	2.8	64	80	8	212	30	17	29	22	1.97
82714716--82714900	40	4.6	39	81	5	194	24	22	27	24	2.00
82714769--82714933	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
82722544--82722727	40	4.7	40	82	9	209	24	22	27	25	2.00
82722544--82722727	78	2.3	81	82	9	227	24	22	27	25	2.00
82725184--82725340	43	3.7	43	92	0	251	31	19	18	31	1.95
82725151--82725340	86	2.2	86	87	0	272	32	17	18	31	1.94
82733224--82733262	19	2.1	19	90	0	60	69	0	5	25	1.09
82733202--82733260	6	10.2	6	76	10	52	69	3	1	25	1.13
82733262--82733299	19	2.0	20	84	5	51	73	2	7	15	1.17
82753571--82753616	24	1.9	24	90	0	74	54	15	21	8	1.68
82753845--82753942	29	3.4	29	84	6	119	27	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82754234--82754290	27	2.1	27	83	0	69	47	21	12	19	1.81
82757703--82757741	20	2.0	19	85	14	53	15	25	35	23	1.94
82758187--82758274	27	3.3	27	77	17	87	14	20	22	42	1.89
82768019--82768129	55	2.0	55	100	0	222	30	9	16	44	1.78
82774554--82774774	40	5.7	38	85	7	250	24	22	27	25	2.00
82782439--82782658	40	5.7	40	85	9	278	25	22	27	24	2.00
82786481--82786807	47	7.1	47	92	2	513	32	9	30	28	1.89
82786569--82786641	21	3.3	21	63	10	56	31	10	28	28	1.91
82786481--82786792	136	2.3	139	91	3	497	31	9	30	28	1.89
82788809--82788920	43	2.6	43	100	0	224	24	14	34	26	1.93
82788894--82788935	15	2.8	15	92	0	66	23	14	40	21	1.90
82788851--82788969	58	2.1	58	96	0	220	21	15	37	25	1.92
82788951--82789024	29	2.6	28	87	8	96	25	14	32	27	1.95
82789336--82789492	40	3.9	40	78	7	140	26	22	26	24	2.00
82792889--82793360	47	10.1	47	94	0	750	32	8	30	28	1.88
82792889--82793360	140	3.4	140	91	0	739	32	8	30	28	1.88
82793479--82793557	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
82796449--82796606	43	3.7	42	82	5	201	17	29	34	18	1.95
82796451--82796606	85	1.8	85	88	0	240	17	29	33	19	1.94
82796689--82796878	43	4.5	43	82	5	217	20	33	27	18	1.96
82796689--82796932	85	2.9	86	79	8	241	20	32	27	20	1.97
82796683--82797481	128	6.4	126	73	11	497	19	31	29	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82796715--82797489	170	4.6	169	75	12	643	18	31	29	19	1.96
82796893--82796994	43	2.4	43	78	6	116	21	30	27	20	1.98
82796673--82797300	328	1.9	326	83	5	800	19	31	29	20	1.97
82797016--82797489	43	11.1	43	77	6	421	18	32	29	18	1.95
82798486--82798634	39	3.8	39	90	0	217	29	28	20	22	1.98
82798454--82798614	78	2.1	78	79	2	171	29	29	18	22	1.97
82806462--82806573	39	2.9	39	87	0	170	25	30	21	22	1.99
82808636--82808797	85	1.9	86	84	3	220	19	30	29	20	1.97
82812968--82813001	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
82817596--82817629	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
82824149--82824178	13	2.4	13	94	5	53	6	33	36	23	1.81
82831329--82831406	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
82831359--82831686	174	1.9	174	96	0	611	30	14	23	30	1.95
82839344--82839421	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
82839374--82839701	174	1.9	174	96	0	611	30	14	23	30	1.95
82841971--82842023	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
82843503--82843584	26	3.2	26	98	0	155	36	26	6	30	1.81
82848932--82848982	25	2.0	26	85	7	70	25	15	19	39	1.91
82850458--82850513	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
82864480--82864601	58	2.1	59	87	1	174	34	22	18	24	1.96
82865118--82865165	25	1.9	25	87	8	71	14	37	14	33	1.87
82865319--82865706	42	9.1	43	77	7	321	16	27	35	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82865319--82865495	85	2.1	86	86	3	250	16	27	36	20	1.94
82865484--82865802	42	7.5	42	77	8	270	16	28	33	21	1.95
82865689--82865917	115	2.0	116	86	0	325	17	29	32	20	1.95
82865738--82865874	72	1.9	73	87	1	204	18	28	34	18	1.95
82865811--82866002	43	4.5	42	89	1	258	18	32	30	18	1.95
82865817--82866014	85	2.3	85	85	2	265	19	32	29	17	1.95
82865860--82866046	85	2.2	86	81	2	216	21	32	28	17	1.96
82867417--82867601	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
82867417--82867601	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
82869258--82869573	43	7.4	43	76	8	279	18	31	30	20	1.96
82869258--82869583	85	3.8	85	77	7	324	17	31	30	20	1.96
82869243--82869573	128	2.6	126	84	5	416	17	30	31	20	1.96
82881725--82881842	58	2.0	58	85	0	155	37	20	16	25	1.93
82887516--82887550	18	1.9	18	100	0	70	42	0	28	28	1.56
82887611--82887796	43	4.3	43	82	4	214	24	19	16	39	1.91
82887611--82887876	86	3.1	85	82	4	293	25	16	16	40	1.90
82887648--82887876	43	5.3	43	83	0	233	25	16	17	40	1.90
82887852--82887901	25	2.0	25	96	0	91	30	16	18	36	1.92
82887899--82887998	43	2.3	43	93	3	166	27	13	19	41	1.88
82887766--82887979	111	1.9	111	86	1	304	28	14	17	39	1.89
82892201--82892331	47	2.8	47	86	0	172	33	27	16	22	1.95
82895882--82895911	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82896328--82896357	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
82896407--82896463	5	11.0	5	75	14	53	31	7	0	61	1.23
82898469--82898693	40	5.7	40	86	5	269	25	28	21	24	1.99
82898471--82898693	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	24	1.99
82905689--82905912	39	5.7	40	83	7	244	25	27	21	25	1.99
82905689--82905912	79	2.8	80	83	7	253	25	27	21	25	1.99
82905691--82905912	118	1.9	120	82	7	283	25	27	21	25	1.99
82917013--82917051	19	2.1	19	85	0	51	71	0	20	7	1.10
82917934--82918317	206	1.9	206	90	3	621	30	17	22	28	1.97
82919939--82919994	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
82920085--82920114	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
82920538--82920567	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
82920615--82920673	10	5.7	10	80	13	66	28	5	0	66	1.13
82920616--82920673	5	11.2	5	74	7	53	29	5	0	65	1.14
82922277--82922311	18	2.1	17	89	10	54	14	34	31	20	1.92
82923606--82923645	18	2.2	18	86	0	53	65	15	5	15	1.44
82930718--82930771	22	2.4	23	81	12	67	11	1	11	75	1.11
82930734--82930765	16	2.0	16	93	0	55	9	0	9	81	0.88
82931317--82931412	43	2.2	45	86	3	133	31	26	12	30	1.93
82931109--82931458	176	2.0	175	82	3	418	28	23	17	30	1.97
82932634--82932787	53	3.0	49	79	14	168	14	22	18	44	1.85
82932636--82932787	51	2.9	51	81	10	166	14	21	19	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82943779--82944238	231	2.0	230	98	0	893	49	7	12	31	1.68
82946052--82946083	16	2.0	16	93	0	55	6	0	15	78	0.95
82947717--82953378	510	11.1	512	92	1	9143	36	14	13	35	1.86
82949990--82950023	17	2.1	17	88	5	52	29	0	11	58	1.33
82950516--82950559	20	2.3	19	88	11	63	50	0	6	43	1.29
82950516--82950559	19	2.2	20	84	11	56	50	0	6	43	1.29
82951029--82951072	20	2.2	20	88	11	65	50	0	6	43	1.29
82954404--82954495	27	3.4	27	81	11	116	28	21	8	41	1.83
82954391--82954495	54	1.9	54	82	3	131	32	20	8	38	1.83
82954547--82954623	27	2.8	26	82	7	91	44	23	6	25	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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