genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68472065--68472192	43	3.0	42	78	7	123	25	17	27	29	1.97
68479337--68479478	27	5.3	28	85	7	172	35	21	21	20	1.96
68480112--68480157	22	2.1	22	95	0	83	19	32	17	30	1.95
68483143--68483226	30	3.0	29	69	20	70	33	0	21	45	1.52
68483305--68483343	21	1.9	19	85	10	51	41	0	17	41	1.50
68483373--68483406	16	2.1	16	89	10	52	55	0	8	35	1.31
68483586--68483689	53	2.0	53	90	0	163	17	14	25	43	1.86
68483848--68483911	18	3.6	18	76	0	65	42	10	9	37	1.73
68483837--68483920	36	2.3	36	83	0	96	40	8	10	40	1.70
68487231--68487291	30	2.1	29	93	3	104	32	4	14	47	1.66
68490077--68490140	30	2.2	29	91	2	101	34	20	18	26	1.96
68497317--68497380	30	2.2	30	94	2	112	32	23	17	26	1.96
68510981--68511030	18	2.8	18	90	0	73	30	18	16	36	1.92
68515815--68515949	70	1.9	70	95	0	243	30	11	26	31	1.91
68521522--68521833	40	7.8	40	80	4	378	24	21	28	25	1.99
68521523--68521834	80	3.9	80	96	0	561	24	21	28	26	1.99
68529586--68529907	40	8.3	40	77	10	323	25	21	28	25	1.99
68529587--68529907	79	4.2	80	89	7	484	24	21	28	25	1.99
68529586--68529907	151	2.1	156	88	5	485	25	21	28	25	1.99
68535454--68535626	46	3.7	46	75	13	174	20	19	29	30	1.97
68535448--68535619	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
68543000--68543175	46	3.8	46	76	12	180	21	21	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68548023--68548172	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
68548047--68548230	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
68552263--68552289	13	2.1	13	100	0	54	22	7	7	62	1.46
68555691--68555803	6	18.3	6	69	18	72	46	15	18	19	1.83
68555705--68555800	25	3.8	25	82	6	106	45	15	19	18	1.85
68555700--68555803	31	3.6	29	81	15	108	47	14	19	19	1.83
68556203--68556392	27	7.0	27	82	3	204	25	21	18	35	1.95
68556204--68556392	54	3.5	54	84	1	245	25	21	17	35	1.95
68556231--68556383	81	1.9	81	90	0	243	26	20	17	35	1.95
68556411--68556667	27	9.6	27	81	5	254	28	8	22	40	1.83
68556420--68556667	81	3.1	80	79	6	286	29	8	22	39	1.83
68558646--68558758	6	18.3	6	69	18	72	47	15	17	19	1.82
68558660--68558728	25	2.8	25	86	0	93	47	15	17	18	1.82
68558655--68558758	31	3.6	28	79	15	97	48	14	18	19	1.82
68560640--68560713	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
68571012--68571175	27	6.1	27	81	4	170	26	20	16	37	1.93
68571191--68571426	27	8.7	27	84	1	267	30	10	21	38	1.86
68571175--68571447	54	5.1	54	83	4	282	30	10	21	37	1.87
68583270--68583371	27	3.9	27	84	7	129	28	23	6	41	1.80
68583349--68583569	27	8.2	27	75	9	148	40	23	8	28	1.83
68583349--68583614	54	4.9	53	76	9	207	40	21	8	29	1.82
68583363--68583569	80	2.6	79	80	6	220	41	22	8	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68583696--68583754	27	2.2	27	84	0	82	30	20	27	22	1.98
68583696--68583776	27	3.0	27	80	3	74	32	20	23	23	1.98
68584585--68584665	24	3.4	24	88	6	103	29	23	22	24	1.99
68584871--68585047	31	5.7	31	93	0	293	28	16	25	29	1.97
68588449--68588651	40	5.1	40	84	7	227	27	28	22	21	1.99
68588474--68588651	79	2.2	80	88	1	259	26	28	23	21	1.99
68592189--68592365	40	4.5	39	83	6	214	27	23	22	26	2.00
68592185--68592365	80	2.3	80	84	4	242	26	24	22	27	2.00
68594772--68595145	27	13.9	27	79	6	215	37	21	8	32	1.83
68594909--68595240	54	6.1	54	77	9	271	40	20	8	30	1.82
68594923--68595129	80	2.6	81	87	3	276	42	21	7	28	1.80
68594918--68595239	107	3.0	108	80	6	287	41	19	8	30	1.81
68595121--68595219	27	3.6	27	80	14	112	39	17	9	34	1.81
68595273--68595364	27	3.4	27	87	3	132	34	20	23	20	1.96
68595260--68595364	27	3.9	27	83	7	117	35	21	20	21	1.96
68596434--68596574	31	4.5	31	93	0	237	27	17	26	28	1.98
68598854--68599071	27	8.2	27	79	7	92	33	24	8	34	1.85
68598881--68599009	27	4.8	27	82	4	163	27	24	8	39	1.84
68598907--68599035	54	2.4	54	84	0	150	31	21	8	38	1.84
68598990--68599309	54	6.0	55	74	13	208	40	20	9	29	1.83
68598988--68599289	27	11.4	27	80	10	130	40	20	8	30	1.83
68599353--68599427	23	3.1	25	77	12	84	32	18	26	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68600215--68600283	25	2.8	24	93	2	111	26	26	23	24	2.00
68600215--68600296	24	3.4	24	89	5	112	29	23	23	24	1.99
68600501--68600639	31	4.5	31	90	7	221	28	17	25	29	1.97
68600501--68600639	60	2.3	62	90	5	221	28	17	25	29	1.97
68600502--68600673	91	1.9	90	83	8	224	29	18	24	28	1.98
68602904--68603061	54	2.9	54	81	0	163	31	22	7	39	1.82
68602904--68603034	27	4.9	27	87	0	163	29	22	7	41	1.81
68602958--68603315	27	13.2	27	78	8	201	39	19	8	32	1.82
68602866--68603317	81	5.6	81	74	6	216	37	19	8	33	1.82
68603026--68603236	80	2.6	81	83	5	257	41	20	9	29	1.83
68603012--68603344	27	12.3	27	80	5	235	39	20	9	30	1.83
68603383--68603466	27	3.1	27	86	3	116	30	23	25	20	1.98
68604213--68604243	16	1.9	16	93	0	53	29	25	16	29	1.96
68604284--68604355	24	3.0	24	89	6	101	26	25	22	26	2.00
68604561--68604734	31	5.6	31	91	2	260	29	16	24	29	1.96
68604562--68604732	62	2.8	62	92	0	297	28	16	24	30	1.96
68609471--68609621	42	3.6	42	88	1	212	29	24	15	30	1.96
68616410--68616451	13	3.2	13	96	0	75	16	40	23	19	1.91
68619971--68620027	29	2.0	29	89	0	87	28	26	8	36	1.86
68636426--68636780	45	7.9	45	88	1	482	23	20	28	27	1.99
68639193--68639290	27	3.5	28	91	2	144	27	13	27	31	1.94
68639193--68639303	27	4.0	27	83	6	98	29	12	25	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68639193--68639304	28	4.0	27	84	6	116	29	12	25	33	1.92
68646294--68646439	40	3.7	40	88	2	197	25	28	21	24	1.99
68647704--68647744	21	2.0	21	85	9	57	36	26	2	34	1.70
68647715--68647754	21	1.9	21	84	0	53	37	25	2	35	1.69
68654037--68654182	40	3.7	40	88	2	197	25	28	21	24	1.99
68655443--68655483	21	2.0	21	85	9	57	36	24	4	34	1.77
68657504--68657560	26	2.2	25	84	9	78	33	0	24	42	1.55
68657515--68657560	14	3.4	14	72	22	53	30	0	23	45	1.53
68657516--68657567	26	2.0	26	100	0	104	30	0	23	46	1.53
68663963--68664418	47	9.6	47	93	2	750	32	8	29	29	1.86
68663963--68664418	143	3.2	143	94	1	772	32	8	29	29	1.86
68664537--68664674	37	3.7	37	94	0	231	25	18	29	26	1.98
68666833--68667062	50	4.6	50	78	7	216	25	19	26	29	1.98
68674297--68674522	50	4.5	50	78	8	208	24	18	26	29	1.98
68683984--68684088	55	1.9	55	90	3	167	25	21	32	20	1.97
68687840--68687874	18	1.9	18	88	0	52	45	14	40	0	1.45
68691766--68691791	13	2.0	13	100	0	52	15	23	7	53	1.67
68695718--68695751	3	11.3	3	100	0	68	67	32	0	0	0.91
68706281--68706351	35	2.0	35	97	0	133	40	12	14	32	1.83
68713929--68714153	40	5.7	40	82	6	233	25	28	21	25	1.99
68714085--68714162	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
68721842--68722066	40	5.7	40	82	6	233	25	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68721998--68722075	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
68727961--68728540	291	2.0	288	95	1	1054	31	12	11	44	1.78
68730232--68730444	27	7.9	27	80	12	224	34	21	23	21	1.97
68730250--68730447	54	3.7	54	94	1	335	34	22	22	20	1.97
68732044--68732149	26	4.1	26	93	0	185	35	23	7	33	1.83
68734682--68734853	93	1.8	93	93	0	299	28	30	20	20	1.97
68734674--68734849	46	3.8	46	78	10	205	29	30	19	20	1.97
68737226--68737314	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
68737226--68737305	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
68737237--68737314	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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