genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68205011--68205191	6	29.8	6	72	16	142	47	14	18	19	1.82
68205011--68205166	30	5.4	30	81	13	182	48	14	17	19	1.81
68205019--68205191	79	2.2	79	87	4	242	46	14	18	20	1.83
68205011--68205191	85	2.2	79	90	5	272	47	14	18	19	1.82
68205011--68205191	55	3.3	54	85	5	231	47	14	18	19	1.82
68205333--68205390	27	2.1	27	81	6	64	37	27	18	15	1.92
68205547--68205605	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
68205693--68205775	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
68205974--68206121	27	5.5	27	82	1	109	25	20	17	36	1.94
68205973--68206160	54	3.5	53	80	5	173	25	18	18	37	1.94
68205982--68206169	81	2.3	81	82	2	209	26	18	18	37	1.93
68206002--68206168	27	6.2	27	82	3	194	26	16	17	39	1.91
68206173--68206555	27	14.2	27	83	3	421	40	8	21	29	1.82
68206173--68206555	81	4.7	81	84	3	466	40	8	21	29	1.82
68211092--68211156	28	2.3	28	83	0	85	36	7	23	32	1.83
68216839--68216965	27	4.7	27	84	0	146	34	22	19	23	1.96
68216839--68216986	54	2.7	54	80	0	134	34	20	18	25	1.96
68217118--68217196	27	2.9	27	81	3	79	24	20	17	37	1.93
68217386--68217449	33	1.9	33	83	0	83	25	23	25	26	2.00
68219893--68219971	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
68225476--68225554	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
68225672--68226118	47	9.5	47	93	0	705	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68225672--68226118	190	2.4	188	92	0	732	29	29	8	32	1.87
68232671--68232749	29	2.7	29	84	5	97	27	31	15	25	1.95
68240905--68241480	27	21.3	27	75	6	139	34	19	9	35	1.84
68240936--68241077	54	2.6	54	82	2	160	38	19	9	31	1.85
68241057--68241258	54	3.7	54	84	2	217	28	20	8	43	1.81
68241057--68241269	81	2.6	81	84	5	270	29	19	7	43	1.79
68241127--68241386	54	4.8	54	80	6	195	34	21	7	36	1.82
68241116--68241295	81	2.2	81	85	3	238	30	21	7	40	1.81
68240922--68241309	81	4.8	81	74	5	212	33	20	8	37	1.83
68241249--68241439	81	2.4	81	83	2	206	39	21	7	31	1.82
68241259--68241480	54	4.1	54	84	2	257	38	18	9	32	1.83
68241476--68241698	81	2.8	80	81	5	261	39	16	18	25	1.91
68241484--68241698	27	8.0	27	83	3	218	39	16	19	25	1.92
68241474--68241699	54	4.2	54	83	1	242	39	16	18	25	1.91
68242101--68242179	31	2.5	31	89	0	113	20	17	13	48	1.81
68242157--68242209	18	3.0	18	78	13	56	22	11	15	50	1.75
68245569--68245736	43	4.0	41	76	4	140	27	13	23	35	1.93
68249398--68249541	77	1.9	77	82	5	184	50	11	11	27	1.73
68254053--68254813	378	2.0	379	96	0	1416	27	21	16	33	1.95
68259080--68259723	47	13.6	47	92	1	1011	32	8	29	29	1.87
68259080--68259723	239	2.7	239	96	0	1150	32	8	29	29	1.87
68265388--68265562	40	4.4	40	89	3	239	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68270928--68271015	43	2.0	43	100	0	176	27	6	19	46	1.75
68271156--68271180	13	1.9	13	100	0	50	8	0	36	56	1.29
68275367--68275554	49	3.8	49	83	2	250	28	26	19	26	1.98
68275372--68275559	100	1.9	100	94	0	331	28	26	20	25	1.99
68280565--68280707	77	1.9	77	80	5	173	50	9	10	30	1.68
68284022--68284467	47	9.6	47	93	2	731	29	29	8	32	1.87
68284022--68284467	189	2.4	186	92	2	727	29	29	8	32	1.87
68288384--68288415	16	1.9	17	93	6	57	37	12	0	50	1.41
68290343--68290404	30	2.1	30	84	0	79	30	22	8	38	1.83
68297216--68297330	42	2.7	42	78	5	135	27	25	15	31	1.96
68309278--68309425	40	3.7	40	93	0	251	24	18	29	27	1.98
68309295--68309461	80	2.1	80	82	0	199	23	19	29	26	1.98
68318205--68318386	42	4.2	42	76	8	161	27	24	16	31	1.96
68318191--68318360	84	2.0	84	81	4	200	27	25	16	30	1.97
68322815--68322991	47	3.8	47	77	6	198	24	30	18	25	1.98
68322816--68322986	94	1.8	93	85	6	238	25	30	17	26	1.97
68347409--68347570	38	4.0	38	73	13	117	30	25	12	30	1.92
68347417--68347605	85	2.2	85	92	0	315	31	24	12	31	1.92
68348983--68349204	39	5.6	39	88	5	281	26	26	21	25	2.00
68348983--68349204	79	2.8	78	85	7	290	26	26	21	25	2.00
68356949--68357139	40	4.9	39	87	8	250	25	27	21	25	1.99
68356949--68357139	73	2.5	79	83	11	261	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68361078--68361119	15	2.8	15	81	0	57	52	16	14	16	1.75
68363406--68363657	45	5.6	45	91	2	382	26	27	21	24	1.99
68364622--68364722	37	2.7	37	98	0	193	24	31	18	24	1.98
68364841--68365349	47	10.7	47	93	1	838	28	29	8	33	1.87
68369493--68369545	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
68372629--68372840	47	4.7	47	79	10	262	31	23	14	30	1.94
68372622--68372799	85	2.1	85	92	0	302	32	23	14	29	1.94
68372709--68372847	48	2.9	48	84	1	190	31	22	14	31	1.94
68372629--68372874	133	1.9	132	89	0	384	31	24	14	29	1.95
68373807--68373965	27	5.9	27	75	2	140	26	11	19	42	1.86
68373821--68373967	54	2.7	54	81	2	161	25	12	20	42	1.87
68380993--68381105	27	4.2	27	87	3	149	18	24	22	34	1.96
68380991--68381105	55	2.1	53	85	7	160	18	24	22	34	1.96
68386187--68386365	27	6.6	27	83	4	180	30	27	15	26	1.96
68386187--68386365	55	3.3	54	82	4	207	30	27	15	26	1.96
68386208--68386364	82	1.9	82	87	5	228	29	28	15	26	1.96
68387623--68387647	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
68388638--68388699	26	2.3	27	94	5	108	33	14	25	25	1.94
68392171--68392257	27	3.2	27	85	12	124	20	24	21	33	1.97
68397797--68397895	33	3.0	33	85	4	119	26	26	20	27	1.99
68397834--68397924	33	3.1	29	78	17	91	28	21	20	28	1.99
68398086--68398162	27	2.8	26	84	3	82	33	22	24	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68398305--68398356	27	1.9	27	88	0	77	32	21	13	32	1.92
68403623--68403647	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
68404808--68404927	43	2.8	43	81	7	145	27	17	25	29	1.98
68408683--68408716	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
68415408--68415613	40	5.2	40	94	0	342	22	22	28	26	1.99
68421808--68422098	38	6.9	38	70	19	150	31	25	14	29	1.94
68421816--68422021	85	2.4	85	93	0	358	31	24	13	30	1.94
68421853--68422064	47	4.7	47	78	13	264	32	23	14	30	1.94
68421933--68422071	48	2.9	48	85	1	199	31	22	15	30	1.94
68421858--68422098	133	1.8	132	90	2	394	31	24	14	29	1.95
68424349--68424390	15	2.8	15	88	0	66	52	14	16	16	1.75
68429083--68429207	40	3.1	40	85	4	155	27	21	25	25	1.99
68429192--68429256	34	1.9	34	87	6	96	27	21	27	23	1.99
68429148--68429299	74	2.1	73	81	8	175	28	19	25	25	1.99
68431260--68431476	40	5.5	40	89	3	289	23	28	24	23	2.00
68433329--68433516	45	4.2	45	90	1	288	28	28	20	23	1.99
68433329--68433516	90	2.1	90	93	2	324	28	28	20	23	1.99
68438472--68438683	47	4.7	47	82	10	271	31	24	14	30	1.95
68438515--68438720	38	4.9	40	74	19	177	29	24	15	30	1.95
68438465--68438642	85	2.1	85	92	0	302	32	24	14	29	1.94
68438557--68438690	48	2.8	48	91	1	216	31	23	14	30	1.94
68438472--68438720	133	1.9	132	90	0	399	30	24	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68439650--68439808	27	5.9	27	75	2	140	25	13	19	40	1.89
68439650--68439778	54	2.4	54	80	0	159	26	13	19	41	1.88
68440110--68440149	17	2.3	18	86	4	55	17	17	17	47	1.83
68446898--68447010	27	4.2	28	83	5	135	19	23	21	35	1.96
68454720--68454829	27	4.1	28	87	5	142	20	23	21	34	1.97
68454720--68454829	55	2.1	51	85	10	141	20	23	21	34	1.97
68460352--68460489	33	4.3	33	80	12	146	27	23	21	28	1.99
68460638--68460717	27	3.0	26	83	3	88	35	22	23	18	1.96
68460860--68460911	27	1.9	27	88	0	77	30	19	17	32	1.95
68470878--68470902	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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