genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27176342--27176368	13	2.1	13	100	0	54	14	7	11	66	1.43
27180093--27180130	20	1.9	20	84	10	51	5	13	0	81	0.85
27190459--27190506	19	2.5	19	75	25	55	41	8	16	33	1.78
27190447--27190497	17	2.8	19	88	11	88	39	11	13	35	1.82
27190447--27190520	17	3.7	22	82	14	65	37	9	14	37	1.79
27190489--27190534	21	2.1	22	84	8	58	36	4	15	43	1.66
27190476--27190534	22	2.7	23	79	7	61	37	5	16	40	1.71
27197789--27197842	18	2.9	18	97	2	99	74	0	22	3	0.98
27204128--27204231	33	3.2	32	79	8	102	23	13	41	22	1.89
27204136--27204242	33	3.2	32	76	10	101	23	13	42	21	1.88
27206988--27209592	648	4.0	649	95	1	4596	39	19	8	32	1.82
27219955--27220009	6	9.3	6	73	11	51	78	1	7	12	1.04
27220813--27220950	69	2.0	69	97	0	258	32	23	19	23	1.97
27231296--27231327	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
27231296--27231326	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
27235751--27235782	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
27235751--27235781	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
27237247--27237383	56	2.4	56	85	2	168	36	23	13	27	1.92
27237993--27238022	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
27238522--27238565	14	3.1	14	86	3	52	63	15	2	18	1.41
27247646--27247696	26	2.0	26	96	0	93	15	9	31	43	1.80
27249565--27249607	21	2.0	21	100	0	86	39	18	9	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27250543--27250578	3	12.0	3	93	0	63	69	0	0	30	0.89
27252395--27252433	21	1.9	20	84	5	51	35	2	7	53	1.43
27252844--27252927	25	3.2	25	66	21	73	50	19	7	23	1.72
27252846--27252934	29	3.2	29	64	20	82	49	17	6	25	1.71
27252833--27252937	53	2.0	53	100	0	210	49	19	6	24	1.72
27262019--27262057	20	2.0	20	100	0	78	17	25	30	25	1.97
27266076--27266104	8	3.8	8	90	9	51	0	13	0	86	0.58
27266076--27266104	15	1.9	15	100	0	58	0	13	0	86	0.58
27268956--27269063	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
27271824--27271852	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
27273039--27273115	38	2.0	38	100	0	154	36	2	22	38	1.68
27273054--27273137	38	2.2	38	82	4	98	40	3	17	38	1.67
27277825--27277950	40	3.2	40	82	8	168	42	27	15	13	1.85
27281590--27281697	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
27283316--27283456	27	5.2	27	79	11	146	17	22	22	36	1.94
27283314--27283456	54	2.6	54	90	2	207	17	23	22	37	1.94
27286852--27286877	12	2.2	12	100	0	52	50	7	7	34	1.60
27287076--27287109	8	4.4	8	92	7	61	64	0	0	35	0.94
27287076--27287109	15	2.2	15	94	5	59	64	0	0	35	0.94
27287256--27287285	11	2.8	11	95	5	53	6	13	0	80	0.91
27288739--27288784	18	2.6	18	82	0	56	32	2	2	63	1.19
27292232--27292257	9	2.9	9	100	0	52	92	0	7	0	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27292223--27292262	11	3.5	11	83	16	55	87	0	10	2	0.63
27292223--27292265	14	3.0	15	86	6	54	86	0	11	2	0.67
27292229--27292265	12	3.2	12	88	7	58	89	0	10	0	0.49
27293343--27293410	33	2.1	33	97	0	127	47	2	16	33	1.62
27293709--27293792	41	2.0	41	90	0	132	42	8	4	44	1.55
27293834--27293891	29	2.0	29	89	0	89	46	6	6	39	1.57
27295244--27295283	21	2.0	21	95	5	73	22	7	5	65	1.38
27312836--27313193	46	7.6	48	75	14	268	26	19	30	23	1.98
27312839--27313193	94	3.8	93	81	10	300	26	19	30	23	1.98
27318785--27318954	47	3.7	44	79	14	150	28	17	29	24	1.97
27318785--27319003	46	4.7	46	78	13	191	29	16	29	24	1.97
27318785--27318999	94	2.3	94	83	7	249	29	16	29	24	1.97
27318825--27319003	50	3.7	50	79	12	205	29	16	30	24	1.96
27320125--27320156	17	1.9	16	93	6	55	34	34	18	12	1.89
27324994--27325031	4	9.5	4	83	11	51	0	26	0	73	0.83
27328492--27328540	24	2.0	24	88	0	71	20	30	2	46	1.62
27334431--27334456	7	3.7	7	100	0	52	73	26	0	0	0.84
27338484--27338534	13	3.8	13	71	19	50	25	27	21	25	1.99
27339694--27339793	23	4.1	26	75	11	77	31	20	24	25	1.98
27339699--27339792	47	2.0	49	81	8	113	30	21	24	23	1.99
27341290--27341325	11	3.3	11	88	0	54	44	0	0	55	0.99
27342360--27342455	27	3.5	27	72	20	90	43	8	17	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27344482--27344522	12	3.5	12	84	12	50	65	4	7	21	1.37
27344516--27344555	16	2.4	16	95	4	71	70	5	5	20	1.26
27344939--27344978	2	20.0	2	94	0	71	2	0	47	50	1.14
27348043--27348245	43	4.7	43	78	0	201	29	25	22	23	1.99
27349064--27349092	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
27354105--27354329	27	7.9	27	73	13	132	33	2	17	46	1.63
27354138--27354368	9	25.9	9	73	8	159	34	1	18	45	1.60
27354244--27354367	63	2.0	63	93	0	212	33	0	20	45	1.51
27358006--27358053	14	3.4	14	77	5	51	47	25	2	25	1.62
27358604--27358773	41	4.1	41	83	3	171	22	22	16	38	1.92
27359213--27359278	34	2.0	33	85	8	89	33	12	10	43	1.76
27366489--27366537	23	2.1	23	82	14	57	20	8	4	67	1.34
27371019--27371056	16	2.4	17	82	13	53	18	10	0	71	1.14
27371396--27371582	43	4.4	42	78	7	164	34	24	15	26	1.95
27375659--27375714	7	8.0	7	100	0	112	28	0	0	71	0.86
27375656--27375740	7	10.9	8	86	9	83	31	0	1	67	0.99
27375885--27375957	28	2.6	27	84	6	92	19	2	26	52	1.59
27376758--27376885	40	3.2	40	76	1	130	27	23	18	30	1.98
27379729--27379756	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
27382113--27382145	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
27383981--27384038	30	1.9	31	89	3	91	62	17	1	18	1.42
27384565--27384609	17	2.5	18	82	10	56	71	0	15	13	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27384630--27384683	19	2.9	18	81	10	56	70	0	24	5	1.08
27388003--27388030	14	2.0	14	100	0	56	42	14	0	42	1.45
27419368--27419392	13	1.9	13	100	0	50	20	16	24	40	1.91
27443061--27443128	34	2.0	34	85	5	93	32	23	23	20	1.98
27446933--27446968	17	2.1	17	100	0	72	38	11	11	38	1.76
27458040--27458087	25	1.9	25	95	0	87	37	6	18	37	1.76
27459935--27460001	30	2.3	30	82	10	84	40	4	4	50	1.43
27460834--27460879	18	2.4	19	82	7	58	67	0	6	26	1.15
27461778--27461814	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
27461778--27461811	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
27464129--27464204	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
27464291--27464319	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
27464424--27464462	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
27471465--27471540	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
27471626--27471654	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
27471759--27471797	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
27480098--27480291	97	2.0	97	95	0	352	27	23	13	34	1.93
27483584--27483621	19	2.0	20	84	5	51	50	2	5	42	1.39
27491912--27492035	26	4.8	26	71	7	76	54	6	8	30	1.57
27492257--27492342	26	3.4	26	77	6	77	62	3	3	30	1.28
27492530--27492587	18	3.3	18	85	4	75	63	3	5	27	1.31
27492545--27492587	3	14.7	3	81	13	54	65	0	4	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27501285--27501323	16	2.3	18	91	8	64	69	17	0	12	1.19
27517140--27517182	16	2.6	16	82	14	52	58	4	2	34	1.32
27517733--27517808	6	12.7	6	74	14	59	17	2	5	75	1.11
27523822--27523869	22	2.2	22	88	0	69	52	18	14	14	1.75
27525459--27525532	21	3.5	21	74	7	78	14	17	18	48	1.81
27525461--27525575	42	2.8	42	82	4	117	17	21	18	42	1.89
27526027--27526053	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
27527502--27527612	47	2.4	47	80	6	136	36	22	15	26	1.94
27528367--27528395	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
27534741--27534850	46	2.4	47	81	7	136	35	21	16	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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