genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12821649--12821986	44	7.5	44	76	7	257	31	15	21	31	1.94
12821678--12821917	88	2.7	88	82	2	302	29	15	20	33	1.94
12823676--12823717	18	2.4	17	84	15	50	21	2	0	76	0.90
12823781--12823848	29	2.4	28	77	20	77	19	5	1	73	1.11
12823800--12823853	20	2.6	21	75	13	58	18	7	1	72	1.17
12828469--12828523	29	2.0	27	85	7	74	49	7	16	27	1.72
12835238--12835285	22	2.1	23	82	17	57	60	8	0	31	1.26
12835997--12836084	46	1.9	46	90	0	140	35	11	19	34	1.87
12841068--12841106	14	2.8	14	88	0	51	41	10	17	30	1.83
12841569--12841620	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
12841653--12841689	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
12846517--12846550	15	2.2	16	94	5	61	58	5	0	35	1.22
12846609--12846691	41	2.0	41	88	0	121	31	25	21	21	1.98
12847828--12847863	18	1.9	19	88	5	56	33	0	8	58	1.28
12848510--12848547	12	3.2	12	96	0	67	36	0	0	63	0.95
12859550--12859895	46	7.7	46	88	5	476	36	14	25	23	1.93
12859560--12859816	130	2.0	130	97	0	487	34	15	26	23	1.95
12860168--12860214	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
12861678--12861719	19	2.2	19	86	0	57	42	0	0	57	0.99
12865787--12865850	29	2.2	30	80	5	76	34	7	17	40	1.78
12865964--12865997	8	4.2	8	92	0	59	85	0	14	0	0.60
12869948--12870009	31	2.0	31	84	6	81	40	6	14	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12872326--12872371	22	2.1	22	91	0	74	73	2	0	23	0.94
12873769--12873839	15	4.5	15	68	14	54	50	5	0	43	1.25
12874764--12874795	16	1.9	16	93	6	55	59	0	0	40	0.97
12882208--12882247	19	2.0	19	85	9	53	7	47	0	45	1.31
12892503--12892597	45	2.1	46	92	2	156	31	16	4	47	1.66
12912050--12912454	188	2.1	186	82	8	474	44	19	11	24	1.83
12915815--12916040	111	2.0	112	99	0	445	34	14	19	31	1.91
12923243--12923302	31	1.9	31	83	6	77	50	3	8	38	1.49
12936473--12936548	31	2.5	31	91	4	118	52	10	2	34	1.50
12938731--12938772	19	2.3	19	87	4	59	33	0	7	59	1.25
12939113--12939144	16	2.0	16	93	0	55	37	21	12	28	1.90
12939323--12939370	20	2.4	20	79	6	53	50	0	0	50	1.00
12939315--12939393	31	2.5	30	82	15	90	49	0	0	50	1.00
12942214--12942273	31	1.9	31	86	0	84	50	13	3	33	1.58
12942224--12942290	31	2.2	31	88	0	98	50	11	1	35	1.48
12945843--12945895	26	2.0	26	82	7	63	45	5	1	47	1.37
12955134--12955164	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
12956301--12956339	21	1.9	20	94	5	69	5	0	48	46	1.24
12961561--12961589	12	2.3	13	94	5	51	37	0	0	62	0.96
12969152--12969281	60	2.2	60	83	5	167	27	12	14	45	1.81
12969443--12969509	31	2.2	31	83	0	80	37	20	16	25	1.93
12973458--12973500	18	2.4	18	84	7	52	60	2	4	32	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12974520--12974571	20	2.5	20	85	14	79	50	9	15	25	1.74
12986145--12986190	24	1.9	24	95	0	83	17	28	4	50	1.65
12987547--12987595	16	3.2	16	66	16	50	57	0	30	12	1.36
12987540--12987598	29	2.0	29	100	0	118	55	0	30	13	1.38
12989947--12989976	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
12995281--12995315	18	1.9	18	88	11	54	40	0	2	57	1.14
12995346--12995386	20	2.0	20	90	0	64	63	7	7	21	1.45
12996683--12996724	20	2.0	20	90	4	66	71	0	4	23	1.05
12996828--12996971	3	48.7	3	73	5	60	56	2	8	32	1.44
12996810--12996848	15	2.7	15	84	4	53	71	2	5	20	1.17
13001614--13001647	17	2.0	17	100	0	68	17	35	11	35	1.87
13003218--13003482	18	14.3	18	72	12	178	36	15	12	35	1.86
13003650--13003793	45	3.2	45	88	0	207	40	20	18	19	1.91
13004573--13004633	21	2.9	21	79	13	63	47	18	0	34	1.49
13009701--13009735	16	2.2	16	100	0	70	51	17	5	25	1.67
13012597--13012727	42	3.1	42	86	2	201	29	41	15	14	1.86
13012759--13012961	69	2.9	69	91	2	298	27	36	16	19	1.93
13012747--13012967	36	6.3	36	86	4	256	27	38	15	18	1.91
13012886--13013400	168	3.1	168	98	0	987	27	41	14	16	1.87
13013053--13013129	36	2.1	37	95	2	138	24	40	19	15	1.90
13013221--13013297	36	2.1	37	97	2	147	25	40	18	15	1.90
13013410--13013468	24	2.5	24	80	0	73	25	44	11	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13014441--13014479	17	2.2	18	86	4	53	25	2	2	69	1.14
13014712--13014799	46	1.9	46	95	0	158	25	11	15	47	1.79
13018973--13019001	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
13019682--13019720	19	2.0	20	85	5	53	28	2	0	69	1.02
13020360--13020411	20	2.4	22	78	21	65	61	0	0	38	0.96
13020368--13020416	22	2.3	22	86	10	66	59	2	0	38	1.09
13022931--13023005	31	2.4	31	79	0	87	38	5	8	48	1.56
13024388--13024428	21	2.0	21	85	4	57	56	4	0	39	1.21
13033442--13033475	17	1.9	17	88	5	50	26	23	20	29	1.99
13041321--13041397	33	2.5	31	82	12	79	50	6	16	25	1.69
13041336--13041398	33	1.9	33	93	0	108	52	7	12	26	1.67
13041570--13041595	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
13041573--13041612	16	2.4	17	83	4	55	37	0	2	60	1.11
13043661--13043754	49	1.9	49	83	12	122	18	26	22	32	1.97
13043656--13043779	25	5.0	25	75	11	103	20	25	21	32	1.98
13047422--13047457	19	1.9	18	88	5	54	55	5	0	38	1.23
13047901--13047958	31	1.9	29	82	6	71	37	3	6	51	1.46
13049698--13049752	22	2.5	22	100	0	110	27	14	29	29	1.95
13051432--13051484	23	2.3	22	79	20	63	41	1	1	54	1.22
13052198--13052251	22	2.3	24	78	9	58	37	5	5	51	1.49
13057138--13057199	14	4.2	15	80	15	67	22	1	0	75	0.88
13057142--13057215	21	3.3	21	76	14	76	22	4	0	72	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13057233--13057275	21	2.0	23	86	9	63	20	6	2	69	1.23
13058370--13058415	23	2.0	23	100	0	92	65	4	8	21	1.38
13064731--13064775	23	2.0	23	82	8	56	20	2	2	75	1.01
13065498--13065522	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
13065598--13065622	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
13066690--13066756	5	13.4	5	100	0	134	59	0	0	40	0.97
13066690--13066771	20	4.6	18	87	11	82	59	0	0	40	0.97
13069780--13069809	10	3.1	10	90	9	53	16	20	10	53	1.71
13073362--13073427	19	3.3	20	76	16	73	60	3	1	34	1.21
13084187--13084305	20	5.8	20	67	21	50	59	0	5	34	1.25
13084237--13084315	39	1.9	39	82	10	95	58	0	6	35	1.24
13085997--13086030	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
13086246--13086288	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
13086253--13086293	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
13093506--13093558	26	2.0	26	100	0	106	15	35	7	41	1.75
13102453--13102480	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
13105222--13105283	20	3.0	20	83	6	63	51	12	11	24	1.72
13105415--13105455	21	2.0	21	85	9	57	58	2	2	36	1.24
13105515--13105745	117	2.0	117	95	0	417	40	14	19	25	1.90
13106275--13106364	42	2.2	41	85	2	117	22	35	16	25	1.95
13108353--13108402	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
13112990--13113039	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13115334--13115380	25	2.0	24	91	8	78	46	4	27	21	1.69
13118181--13118221	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
13123575--13123599	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
13125708--13125952	132	1.9	132	84	1	330	35	20	17	26	1.94
13139779--13139829	11	4.6	11	77	15	52	68	17	11	1	1.29
13141216--13141257	16	2.6	17	81	11	52	54	9	0	35	1.33
13142987--13143122	45	3.1	45	85	4	179	33	26	16	24	1.96
13142987--13143113	43	2.9	44	86	5	177	31	26	17	24	1.97
13146424--13146487	21	3.4	21	65	34	63	43	15	4	35	1.68
13146426--13146497	35	2.1	35	100	0	144	45	13	5	34	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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