genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63080028--63080093	30	2.2	30	91	0	105	16	24	40	18	1.90
63082870--63082924	29	1.9	29	85	3	76	21	41	18	18	1.90
63084681--63084759	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
63084878--63085214	47	7.1	47	91	2	539	28	30	9	31	1.89
63084878--63085214	143	2.4	141	90	3	539	28	30	9	31	1.89
63084878--63085211	96	3.5	96	94	0	564	28	30	9	31	1.89
63090731--63090797	30	2.2	30	83	2	80	23	29	11	34	1.91
63090789--63090867	29	2.7	30	82	7	108	17	24	12	45	1.83
63090795--63090978	30	6.2	29	73	6	111	21	24	13	41	1.88
63090836--63091005	89	1.9	90	81	3	209	22	24	13	38	1.91
63093277--63093461	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
63093278--63093461	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
63093330--63093494	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
63097268--63097296	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
63097406--63097431	5	5.2	5	100	0	52	0	76	0	23	0.78
63106211--63106270	24	2.4	25	81	8	70	36	0	1	61	1.06
63111800--63111935	72	1.9	73	81	7	170	36	17	22	23	1.95
63111878--63111995	48	2.5	47	75	8	114	36	18	22	22	1.95
63112412--63112441	15	2.0	15	100	0	60	33	20	6	40	1.78
63119820--63119845	13	2.0	13	100	0	52	30	38	23	7	1.83
63119833--63120098	38	6.9	38	88	1	370	21	21	25	31	1.98
63119833--63120099	116	2.3	115	88	1	383	21	21	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63132824--63132987	47	3.5	46	79	7	163	23	28	20	28	1.99
63132817--63133035	93	2.4	89	76	15	219	23	29	19	27	1.98
63133388--63133451	29	2.2	29	83	2	76	35	25	12	26	1.91
63149509--63149630	46	2.7	45	83	10	142	23	29	18	28	1.97
63152687--63152769	31	2.7	31	88	3	125	27	21	16	33	1.95
63152989--63153058	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
63153870--63153946	27	2.9	27	79	11	86	20	20	20	37	1.94
63153987--63154094	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
63153984--63154153	54	3.1	55	82	4	184	32	10	18	39	1.84
63154036--63154206	27	6.3	27	76	9	143	29	9	20	40	1.85
63154049--63154173	54	2.3	54	86	2	162	28	8	22	41	1.82
63154205--63154296	27	3.4	27	84	0	121	42	8	20	28	1.82
63157874--63158030	41	3.9	40	77	12	142	32	27	13	26	1.94
63171728--63171760	17	1.9	17	88	11	50	21	0	12	66	1.23
63175029--63175204	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
63175026--63175197	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
63182580--63182755	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
63182577--63182748	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
63184172--63184236	27	2.4	27	87	7	89	27	13	27	30	1.94
63184172--63184249	27	2.9	28	83	11	74	29	12	24	33	1.92
63191846--63191942	28	3.5	28	84	2	115	28	13	25	31	1.94
63191878--63191936	27	2.1	28	90	3	93	30	15	22	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63194558--63194732	40	4.4	40	94	0	305	21	18	29	30	1.97
63194558--63194756	80	2.5	80	86	3	240	22	20	27	29	1.98
63198541--63198719	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
63200905--63201339	47	9.1	47	89	4	618	31	12	30	26	1.93
63201027--63201102	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
63201149--63201223	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
63201313--63201403	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
63201548--63201692	37	3.9	37	96	0	254	24	19	31	25	1.98
63202961--63203190	79	2.9	79	91	2	372	23	22	29	24	1.99
63202961--63203190	119	1.9	119	91	1	372	23	22	29	24	1.99
63202961--63203190	40	5.8	40	92	2	374	23	22	29	24	1.99
63203401--63203508	56	1.9	56	88	1	162	24	19	27	28	1.98
63203383--63203534	56	2.7	56	76	12	152	25	16	28	29	1.97
63204955--63205133	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
63207317--63207796	47	9.9	47	87	5	681	31	12	29	26	1.93
63207317--63207796	94	5.0	98	93	4	766	31	12	29	26	1.93
63207638--63207712	22	3.3	22	66	23	64	32	13	30	24	1.93
63207317--63207796	97	5.0	96	92	4	736	31	12	29	26	1.93
63207317--63207851	147	3.7	140	84	8	484	32	12	29	26	1.92
63208011--63208119	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
63219716--63219795	40	2.0	40	100	0	160	32	20	15	32	1.93
63225949--63226045	40	2.4	41	81	10	103	27	29	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63226366--63226395	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
63245717--63245814	27	3.5	28	87	2	126	32	28	12	26	1.92
63254668--63254842	40	4.4	40	95	0	314	29	29	19	22	1.98
63258836--63258947	27	4.2	26	84	8	136	28	15	16	40	1.88
63273503--63273908	46	8.6	50	73	14	204	23	29	18	28	1.98
63273553--63274090	138	3.8	141	87	3	655	23	29	19	27	1.98
63273605--63274090	46	10.5	46	74	11	309	23	29	19	27	1.98
63273507--63274095	92	6.3	93	72	13	308	23	29	18	27	1.98
63273787--63274095	93	3.4	90	79	10	227	23	30	19	26	1.98
63275417--63275445	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
63277148--63277239	27	3.4	27	86	0	130	30	22	5	41	1.76
63277271--63277394	27	4.6	27	78	7	128	41	21	8	28	1.81
63277271--63277472	54	3.7	55	73	11	182	41	18	8	31	1.80
63277406--63277457	27	1.9	27	88	7	79	42	13	9	34	1.77
63277502--63277574	26	2.8	26	75	6	76	36	21	19	21	1.95
63278384--63278453	25	2.8	25	91	4	106	27	24	22	25	2.00
63278383--63278478	25	3.9	24	82	9	104	28	22	22	26	1.99
63278384--63278478	50	1.9	50	82	8	122	28	23	23	25	1.99
63278730--63278794	33	1.9	34	87	3	96	23	20	26	30	1.98
63283906--63283996	9	10.1	9	80	4	103	37	0	20	41	1.53
63283920--63284016	45	2.2	45	92	0	158	38	0	17	44	1.49
63284529--63284567	17	2.3	17	81	0	51	56	0	12	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63285057--63285097	20	2.0	20	85	0	55	39	19	7	34	1.80
63285362--63285467	35	3.3	35	70	20	120	48	12	13	26	1.77
63285344--63285467	62	2.0	62	98	0	239	47	11	13	27	1.77
63290830--63290943	21	5.4	20	73	14	88	44	29	2	22	1.66
63290809--63290899	42	2.2	42	89	0	137	42	32	4	19	1.71
63294996--63295108	39	2.9	39	84	4	120	24	18	20	36	1.95
63294927--63295108	41	4.5	42	73	12	132	25	15	21	36	1.93
63308696--63308756	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
63316039--63316201	27	6.0	27	80	7	161	37	20	11	30	1.88
63316043--63316201	81	2.0	81	86	2	221	38	19	11	30	1.87
63316048--63316221	54	3.2	54	72	14	153	39	18	11	29	1.86
63317619--63317659	17	2.3	18	84	12	50	36	9	17	36	1.82
63330273--63330313	17	2.4	17	100	0	82	51	4	29	14	1.63
63341093--63341143	27	1.9	26	84	4	66	17	27	17	37	1.93
63341656--63341697	21	2.0	21	100	0	84	19	19	9	52	1.72
63342816--63342952	27	5.1	27	85	1	152	37	20	10	31	1.87
63342822--63342978	54	2.9	55	84	5	187	40	19	8	31	1.82
63342821--63342978	27	5.9	27	80	5	131	39	18	9	31	1.83
63342820--63342978	81	2.0	81	86	2	221	39	18	10	31	1.84
63343542--63343746	27	7.9	27	72	14	144	40	19	7	32	1.80
63343570--63343708	74	1.9	74	86	3	199	43	17	7	31	1.77
63343543--63343736	101	1.9	101	84	4	257	40	18	8	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63345850--63345928	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
63346046--63346413	47	7.7	47	98	0	637	29	30	8	31	1.87
63360868--63361043	50	3.6	50	87	5	234	24	28	18	28	1.98
63360868--63361318	46	9.6	45	81	10	299	22	29	18	28	1.98
63361014--63361318	138	2.2	137	87	3	418	21	30	19	28	1.97
63365127--63365151	11	2.3	11	100	0	50	60	16	16	8	1.58
63375155--63375331	40	4.4	40	93	2	286	22	22	29	25	1.99
63379147--63379171	13	1.9	13	100	0	50	48	8	12	32	1.69
63379424--63379532	50	2.1	52	85	6	143	31	13	13	41	1.84
63379440--63379540	52	2.0	50	82	7	123	33	14	12	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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