genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15493997--15494186	98	1.9	97	90	5	303	32	0	15	52	1.44
15498601--15498708	31	3.5	31	91	2	173	28	17	27	25	1.98
15498696--15498721	13	2.0	13	100	0	52	38	7	38	15	1.76
15498666--15498752	44	2.0	43	95	2	156	31	18	29	20	1.96
15498635--15498783	75	2.0	74	93	1	253	28	18	28	24	1.98
15498709--15498784	31	2.5	31	93	0	134	27	19	28	23	1.98
15498819--15498939	46	2.6	46	88	2	163	28	14	26	29	1.95
15500839--15500867	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
15501287--15501340	21	2.6	21	100	0	108	35	22	42	0	1.54
15501606--15501671	31	2.1	31	91	0	105	16	7	21	54	1.66
15515845--15516090	131	1.9	130	86	2	350	25	19	20	34	1.96
15517016--15517069	15	3.5	15	71	14	56	22	3	1	72	1.10
15517013--15517071	31	1.9	31	100	0	118	27	5	1	66	1.22
15519192--15519446	132	1.9	132	83	1	332	35	20	17	26	1.95
15519733--15519767	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
15520397--15520421	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
15521336--15521407	26	2.7	26	93	4	117	18	27	0	54	1.44
15522846--15522890	22	1.9	25	86	13	69	22	4	2	71	1.15
15523038--15523137	32	3.2	30	73	8	83	46	7	4	43	1.49
15524182--15524230	21	2.3	21	82	0	62	34	12	4	48	1.59
15524189--15524242	21	2.4	24	72	18	60	33	12	5	48	1.65
15524469--15524522	23	2.4	23	81	3	65	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15524539--15524616	40	2.0	40	84	0	102	23	2	10	64	1.37
15527298--15527660	131	2.8	131	76	6	340	35	19	19	25	1.95
15530296--15530337	15	2.9	15	82	13	52	16	0	11	71	1.14
15530607--15531079	44	11.0	44	85	6	576	25	29	15	28	1.96
15530886--15530951	34	1.9	34	90	0	105	31	28	15	24	1.95
15530754--15531078	166	2.0	166	86	2	456	26	30	15	27	1.96
15533590--15533647	29	2.0	29	100	0	116	27	10	27	34	1.89
15537768--15537819	26	2.0	26	96	0	95	21	23	23	32	1.98
15545184--15545225	13	3.4	12	78	15	50	7	7	14	71	1.29
15545604--15545637	15	2.3	15	90	5	52	11	0	8	79	0.94
15545776--15545837	29	2.1	30	82	8	74	35	4	3	56	1.37
15547009--15547049	12	3.4	12	81	18	50	24	0	9	65	1.22
15552693--15552733	19	2.2	19	90	0	64	9	21	46	21	1.80
15554544--15554576	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
15554544--15554577	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
15554870--15554960	19	4.9	19	85	8	125	36	15	8	39	1.78
15554902--15554939	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
15555335--15555492	45	3.5	45	90	1	228	27	29	13	29	1.95
15555523--15555739	78	2.8	78	92	1	364	24	23	20	31	1.98
15555818--15556103	78	3.7	78	89	0	439	25	25	16	32	1.96
15555523--15556253	364	2.0	363	92	2	1207	25	23	17	32	1.97
15562766--15562847	41	2.0	41	85	0	110	29	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15564425--15564457	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
15564425--15564458	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
15564751--15564822	17	3.9	19	90	7	114	36	15	11	37	1.83
15565572--15565610	19	2.1	19	100	0	78	43	0	5	51	1.24
15565674--15565710	19	1.9	19	88	0	56	54	2	2	40	1.29
15565707--15565761	23	2.5	20	78	18	65	63	0	3	32	1.12
15565708--15565766	24	2.4	25	78	13	70	64	0	3	32	1.10
15567394--15567842	44	10.2	44	84	3	503	28	26	14	31	1.95
15567394--15567842	132	3.4	132	84	3	582	28	26	14	31	1.95
15567394--15567842	88	5.1	88	87	1	596	28	26	14	31	1.95
15579703--15579741	19	2.1	19	100	0	78	43	0	5	51	1.24
15579804--15579902	19	5.0	19	72	20	62	61	0	3	35	1.11
15579815--15579892	19	3.8	20	75	17	70	62	0	2	34	1.09
15579753--15579896	51	2.9	49	74	17	125	61	0	4	33	1.17
15579839--15579897	24	2.4	25	78	13	70	64	0	3	32	1.10
15585747--15585794	15	3.5	15	67	21	50	37	0	41	20	1.53
15585745--15585796	26	2.0	26	100	0	104	38	0	38	23	1.55
15589315--15589366	20	2.5	20	81	9	61	69	1	5	23	1.20
15608571--15608602	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
15608942--15608967	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
15614722--15614789	34	2.0	34	100	0	136	35	11	2	50	1.54
15617781--15617841	30	2.0	30	84	6	79	62	3	1	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15617797--15617832	16	2.2	16	95	0	63	66	0	2	30	1.06
15632143--15632263	59	2.1	59	98	0	233	19	20	25	33	1.97
15636959--15637036	39	2.0	39	94	0	138	43	16	14	25	1.85
15639342--15639379	20	1.9	20	94	0	67	28	0	21	50	1.49
15639648--15639687	20	2.0	20	100	0	80	30	10	10	50	1.69
15640638--15640709	3	24.0	3	97	0	126	63	0	2	33	1.08
15641198--15642258	528	2.0	531	92	1	1765	32	18	15	33	1.92
15642527--15642585	30	2.0	30	86	3	84	44	0	6	49	1.29
15643225--15643270	20	2.3	20	100	0	92	52	0	19	28	1.47
15643278--15643313	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
15655546--15656137	44	12.9	44	70	13	189	28	18	18	34	1.95
15655706--15656126	88	4.6	89	74	11	354	28	19	17	33	1.95
15655545--15656101	233	2.4	232	83	3	699	28	18	18	34	1.95
15655970--15656144	88	2.0	88	90	2	280	29	19	18	32	1.95
15655970--15656144	44	4.0	44	88	1	253	29	19	18	32	1.95
15664002--15664145	55	2.6	55	79	4	182	13	28	29	28	1.94
15667783--15667813	13	2.4	13	88	0	53	32	0	16	51	1.44
15668082--15668133	21	2.5	21	75	15	54	23	3	1	71	1.13
15669690--15669731	20	2.1	20	100	0	84	28	19	21	30	1.97
15673156--15673246	6	15.3	6	78	11	89	16	5	1	76	1.02
15673154--15673224	28	2.7	25	89	8	106	18	4	0	77	0.93
15673154--15673241	37	2.5	34	84	12	115	17	4	1	77	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15676135--15676167	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
15676854--15676882	13	2.3	13	94	5	51	68	0	6	24	1.13
15682209--15682267	23	2.6	23	91	0	91	15	37	30	16	1.90
15682612--15682662	25	2.0	25	96	0	93	23	19	13	43	1.87
15690015--15690172	43	3.7	43	81	5	169	30	24	16	28	1.96
15690656--15690721	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
15712821--15712990	43	4.0	43	77	6	175	25	14	25	33	1.94
15715606--15715664	6	9.8	6	94	0	64	67	11	0	20	1.21
15715609--15715643	9	3.9	9	88	0	52	68	20	0	11	1.20
15715630--15715666	3	12.3	3	94	0	65	67	2	0	29	1.04
15716371--15716421	21	2.4	21	86	0	66	17	25	3	52	1.61
15716371--15716427	10	5.5	10	73	8	51	17	29	3	49	1.63
15716560--15716636	38	2.0	38	100	0	154	42	7	10	38	1.68
15717303--15717332	16	1.9	16	93	6	53	63	0	6	30	1.20
15720656--15720746	46	2.0	46	100	0	182	48	17	4	29	1.67
15729392--15729431	17	2.4	16	88	8	62	47	12	15	25	1.80
15729395--15729556	18	9.1	17	68	17	73	48	11	12	26	1.76
15730714--15730766	26	1.9	28	82	17	67	11	11	16	60	1.59
15731031--15731145	30	3.9	29	80	5	115	42	2	21	33	1.67
15731015--15731145	59	2.2	59	78	2	138	41	3	20	34	1.68
15734698--15735136	78	5.6	77	85	6	546	29	17	19	32	1.95
15734711--15735171	235	2.0	234	84	5	599	29	18	19	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15735365--15735480	30	3.9	30	77	5	128	29	19	4	46	1.69
15735455--15735511	29	2.0	29	82	0	69	33	17	10	38	1.84
15744512--15744607	18	5.4	18	71	14	83	50	10	11	28	1.71
15746087--15746203	30	3.9	31	80	5	118	42	3	24	29	1.71
15746217--15746246	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
15752771--15752804	14	2.5	14	95	4	61	55	0	0	44	0.99
15753804--15753857	19	2.8	20	81	10	69	55	9	0	35	1.32
15753852--15753891	17	2.3	18	86	4	55	57	5	2	35	1.34
15755370--15755434	33	2.0	33	96	3	123	40	9	6	44	1.61
15780539--15780592	25	2.2	25	86	0	72	33	1	22	42	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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