genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76229156--76229272	24	4.9	24	78	14	109	26	23	17	31	1.97
76232357--76232407	25	2.0	25	100	0	102	15	11	35	37	1.84
76236704--76236839	23	5.8	22	78	14	105	27	20	18	33	1.96
76236704--76236842	46	2.9	46	78	13	149	27	20	18	33	1.96
76253241--76253322	40	2.0	41	97	2	157	47	4	19	28	1.70
76255580--76255745	49	3.3	49	79	4	179	30	25	19	25	1.98
76274381--76274412	9	3.8	9	88	12	50	0	9	9	81	0.88
76276478--76276614	43	3.2	43	83	4	134	33	15	24	27	1.95
76280351--76280409	30	1.9	31	86	3	84	16	28	33	20	1.95
76281503--76281567	32	2.0	33	87	3	96	36	24	10	27	1.89
76283473--76283588	43	2.7	43	85	5	146	27	17	25	30	1.97
76302488--76302555	34	2.0	34	97	0	127	29	16	23	30	1.96
76302888--76303128	43	5.6	43	96	1	430	22	19	34	23	1.96
76302885--76303154	129	2.1	129	89	2	418	23	20	32	23	1.98
76309060--76309100	9	4.6	9	88	11	66	31	0	21	46	1.52
76309163--76309290	9	13.6	9	76	9	112	32	0	20	46	1.56
76309163--76309290	57	2.2	57	84	0	166	32	0	20	46	1.56
76309410--76310327	241	3.8	241	96	0	1687	33	14	17	33	1.91
76313509--76313558	11	4.4	11	80	9	64	38	14	8	40	1.75
76313937--76313972	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
76314564--76314640	40	1.9	41	89	2	120	18	20	20	40	1.92
76315986--76316047	28	2.2	29	85	8	83	27	0	22	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76315987--76316047	21	2.9	21	82	2	59	27	0	21	50	1.49
76316348--76316627	41	6.9	41	87	2	332	25	15	24	34	1.95
76316349--76316626	81	3.4	80	85	5	346	24	15	24	34	1.95
76316336--76316683	41	8.6	41	81	4	323	24	16	25	33	1.96
76323971--76324136	73	2.3	73	95	1	298	26	27	22	23	1.99
76326776--76326834	9	6.7	9	82	3	66	49	18	10	22	1.77
76326840--76326974	17	7.4	17	65	14	63	48	14	5	31	1.66
76326857--76326957	20	5.3	20	65	13	70	46	15	5	31	1.70
76326834--76326979	37	3.9	37	93	0	256	47	15	5	31	1.69
76333825--76333854	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
76338818--76338855	15	2.5	15	87	8	51	13	2	47	36	1.56
76340213--76340300	35	2.5	34	78	5	95	35	21	19	23	1.96
76352869--76352921	21	2.5	22	79	11	67	50	1	0	47	1.12
76353103--76353147	22	2.0	22	100	0	90	17	42	17	22	1.89
76355481--76355515	18	1.9	18	94	0	61	40	0	0	60	0.97
76356581--76356625	22	2.0	22	95	0	81	24	17	28	28	1.97
76365515--76365583	20	3.4	20	76	9	61	69	0	28	1	0.97
76366092--76366153	29	2.1	31	87	6	92	46	6	14	32	1.70
76372791--76372833	22	2.0	21	82	8	52	27	0	51	20	1.48
76373530--76373555	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
76375937--76375995	30	1.9	31	89	3	93	47	1	20	30	1.60
76377462--76377573	51	2.2	51	88	0	161	43	8	17	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76382505--76382545	21	1.9	22	85	14	59	36	26	2	34	1.70
76389558--76389714	35	4.5	35	90	0	242	31	13	25	29	1.94
76389560--76389732	35	4.9	35	88	1	168	30	15	24	30	1.95
76389560--76389752	70	2.8	69	83	7	221	30	13	24	31	1.94
76393075--76393654	48	12.0	48	97	0	1025	35	6	27	30	1.83
76393795--76393897	37	2.8	37	93	0	170	23	20	32	24	1.98
76395167--76395432	40	6.7	40	97	0	487	20	21	29	28	1.98
76395611--76395661	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
76399321--76399360	5	7.6	5	83	10	53	80	0	2	17	0.83
76399326--76399360	17	2.1	17	94	0	61	80	0	2	17	0.84
76404159--76404224	32	2.1	32	100	0	132	25	15	15	43	1.85
76404848--76404959	27	4.2	26	84	7	134	38	23	24	14	1.92
76406891--76406923	17	1.9	17	88	11	50	36	18	12	33	1.88
76419542--76419645	53	2.0	53	88	0	154	34	21	14	29	1.93
76422489--76422526	19	2.0	19	89	0	58	21	5	31	42	1.75
76423681--76423837	6	25.8	6	77	16	155	48	14	17	19	1.81
76423704--76423837	61	2.2	61	90	2	207	47	14	17	20	1.82
76423955--76424020	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
76423955--76424028	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
76423979--76424036	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
76424339--76424422	27	3.2	26	85	8	98	38	20	21	20	1.94
76424620--76424807	27	7.0	27	84	2	198	26	18	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76424620--76424807	54	3.5	54	84	0	232	26	18	18	36	1.94
76424667--76424815	81	1.8	81	86	2	219	26	15	18	40	1.90
76424820--76425364	27	20.2	27	85	3	650	40	9	22	27	1.84
76427161--76427188	8	3.5	8	100	0	56	50	0	10	39	1.37
76431233--76431269	18	2.1	18	100	0	74	35	21	5	37	1.77
76432126--76432205	41	2.0	41	100	0	160	36	21	15	27	1.93
76438364--76438443	40	2.0	40	97	0	151	27	3	25	43	1.71
76443119--76443160	18	2.3	18	87	0	57	47	11	4	35	1.61
76444137--76444209	28	2.6	28	80	0	74	23	12	17	46	1.82
76445602--76445644	13	3.6	13	76	23	58	39	9	23	27	1.85
76445597--76445644	22	2.2	22	100	0	96	43	8	22	25	1.81
76448562--76448615	27	2.0	27	92	0	90	59	22	0	18	1.38
76453940--76453987	23	2.1	23	84	0	60	39	10	10	39	1.74
76455314--76455371	28	2.1	28	100	0	116	36	17	13	32	1.89
76456489--76456549	26	2.3	26	88	0	95	37	13	16	32	1.87
76456489--76456563	26	2.9	25	86	5	89	37	10	20	32	1.87
76463084--76463141	16	3.4	16	70	25	55	37	5	5	51	1.46
76463624--76463686	22	2.7	24	79	18	71	49	1	1	47	1.20
76463750--76463800	26	2.0	26	84	3	68	50	9	0	39	1.35
76463870--76463961	44	2.0	46	87	4	134	33	25	6	34	1.82
76464054--76464104	20	2.5	20	84	6	59	47	0	29	23	1.52
76465730--76465937	99	2.1	99	95	0	371	32	39	14	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76465773--76465980	99	2.1	98	81	8	226	34	38	13	13	1.85
76475728--76475879	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
76475839--76476306	52	9.3	52	86	7	630	27	22	14	35	1.93
76475807--76476312	150	3.4	150	95	1	871	28	21	15	34	1.94
76475796--76476312	98	5.3	97	84	9	667	28	22	14	34	1.93
76476110--76476245	46	3.1	41	76	17	116	30	20	15	33	1.94
76483088--76483113	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
76489897--76489948	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
76489928--76489966	16	2.4	16	86	0	51	38	2	28	30	1.70
76490199--76490233	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
76494802--76494873	35	2.0	37	86	5	103	11	6	23	58	1.56
76497711--76497864	73	2.1	73	86	2	211	35	12	23	29	1.91
76497852--76497918	27	2.5	27	82	4	73	38	17	26	16	1.91
76500341--76500428	39	2.3	39	95	0	158	28	27	22	21	1.99
76504215--76504266	28	1.9	27	84	7	70	38	21	1	38	1.64
76504224--76504279	28	2.0	28	82	6	69	39	17	1	41	1.60
76504426--76504602	57	3.1	57	86	3	239	27	20	7	44	1.78
76505986--76506023	18	2.1	18	85	9	51	23	7	18	50	1.73
76507980--76508023	20	2.3	19	85	11	63	54	0	2	43	1.12
76522917--76522961	20	2.2	20	84	0	54	31	24	0	44	1.54
76522930--76522972	20	2.2	20	86	0	59	23	25	2	48	1.62
76537897--76537949	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76539426--76539486	32	1.9	32	100	0	122	37	24	6	31	1.81
76545936--76545988	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
76547468--76547532	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
76571486--76571558	28	2.7	26	80	15	78	46	0	1	52	1.09
76575362--76575476	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
76575362--76575495	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
76580571--76580617	23	2.0	23	87	8	67	61	0	4	34	1.15
76590722--76591080	47	7.7	46	72	14	213	28	18	29	23	1.98
76590722--76591080	94	3.9	94	79	8	319	28	18	29	23	1.98
76594146--76594176	15	2.1	15	94	5	55	51	0	16	32	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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