genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74961706--74961753	19	2.5	18	77	12	51	37	20	8	33	1.83
74961925--74962028	48	2.1	49	81	13	126	36	15	23	25	1.93
74961962--74962027	24	2.8	24	80	0	87	36	18	21	24	1.95
74962261--74962296	18	2.1	18	89	5	56	27	16	11	44	1.82
74963541--74963643	28	3.7	28	84	0	134	28	32	14	25	1.95
74971495--74971574	19	4.2	19	76	10	83	38	20	8	32	1.83
74971757--74971827	24	3.0	24	83	4	81	35	14	23	26	1.93
74981746--74981977	49	4.7	49	78	3	239	24	18	27	29	1.98
74981745--74982023	150	1.9	150	84	3	382	25	18	26	29	1.98
74994347--74994380	17	2.0	17	100	0	68	47	0	17	35	1.48
74994866--74995035	48	3.6	48	73	7	159	27	20	27	24	1.99
74994864--74995035	94	1.8	94	86	5	249	27	19	27	24	1.99
74995055--74995180	49	2.6	49	84	3	173	27	21	27	23	1.99
74996739--74996807	28	2.5	28	95	0	120	18	23	43	14	1.87
75000989--75001386	27	14.7	27	90	2	282	35	16	14	34	1.89
75001013--75001386	54	6.9	54	90	0	577	35	16	13	34	1.88
75001013--75001386	81	4.6	81	90	0	568	35	16	13	34	1.88
75006412--75006579	46	3.6	46	79	4	167	28	20	27	23	1.99
75006449--75006623	94	1.9	94	86	2	253	29	20	27	23	1.99
75012514--75012573	31	1.9	31	89	0	93	18	36	28	16	1.93
75014135--75014198	19	3.3	19	73	16	60	40	20	6	32	1.77
75014390--75014436	24	2.0	24	86	0	67	36	19	25	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75016239--75016362	41	2.9	43	78	11	121	27	27	16	29	1.97
75016302--75016400	45	2.2	45	88	0	144	33	28	15	23	1.95
75020677--75020788	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
75020677--75020788	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
75022205--75022251	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
75027748--75027850	25	4.1	26	77	9	106	41	4	21	32	1.74
75027748--75027850	13	8.2	13	74	10	88	41	4	21	32	1.74
75027805--75027874	25	2.7	26	76	12	63	45	2	14	37	1.59
75028536--75028580	22	2.0	22	83	12	56	20	17	28	33	1.95
75032762--75033215	47	9.6	47	94	2	705	32	8	30	29	1.87
75032762--75033215	96	4.8	96	93	3	717	32	8	30	29	1.87
75038774--75039028	55	4.8	53	80	7	252	35	17	25	21	1.95
75038781--75038981	108	1.8	110	89	4	318	33	17	25	22	1.96
75042392--75042579	40	4.7	40	79	4	207	24	25	25	25	2.00
75042393--75042547	83	1.9	83	88	0	238	23	24	27	23	2.00
75050462--75050689	40	5.7	40	85	3	287	24	22	26	26	2.00
75050463--75050689	83	2.8	80	86	5	289	24	22	26	25	2.00
75057836--75058091	55	4.8	54	79	8	260	36	17	24	21	1.95
75060106--75060216	3	35.7	3	68	22	61	35	2	0	62	1.10
75060162--75060216	11	4.6	11	77	16	56	34	0	0	65	0.93
75060443--75060493	15	3.3	15	71	15	50	29	0	7	62	1.23
75060437--75060497	31	1.9	32	87	9	90	32	0	6	60	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75060782--75060853	33	2.1	35	85	10	96	26	11	6	55	1.60
75065242--75065465	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
75065384--75065535	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
75072417--75072467	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
75072339--75072561	103	2.2	104	92	2	369	17	18	31	31	1.95
75072480--75072631	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
75080524--75080570	24	2.0	24	82	0	58	31	2	4	61	1.27
75085076--75085366	38	6.9	38	68	21	136	31	23	14	30	1.94
75085087--75085289	85	2.4	85	96	0	379	31	24	14	30	1.94
75085206--75085366	48	3.6	47	84	8	205	31	24	14	29	1.94
75085121--75085366	133	1.9	132	86	0	357	32	23	13	30	1.94
75086360--75086584	49	4.5	49	78	5	254	30	26	18	25	1.98
75086360--75086589	100	2.3	100	84	3	286	30	26	18	25	1.98
75092484--75092574	30	2.9	30	80	6	92	28	6	19	45	1.76
75098007--75098067	16	3.8	16	68	8	52	45	3	3	47	1.35
75100055--75100252	43	4.6	43	93	0	333	31	32	24	11	1.90
75100250--75100390	38	3.7	38	93	0	219	28	24	24	22	2.00
75104509--75104620	27	4.1	27	82	10	131	38	23	23	15	1.92
75104513--75104619	54	2.0	54	87	3	153	39	22	22	15	1.92
75106040--75106110	24	3.0	24	85	0	97	25	36	1	36	1.65
75110100--75110162	30	2.1	30	87	0	90	23	1	14	60	1.43
75111021--75111070	9	5.4	9	83	4	64	16	0	2	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75111019--75111070	19	2.8	19	91	5	81	17	0	1	80	0.80
75111020--75111079	19	3.3	18	86	9	77	20	0	3	76	0.92
75114695--75115002	156	2.0	156	99	0	607	41	12	9	36	1.75
75115112--75115153	3	15.0	3	85	14	63	71	0	0	28	0.86
75122910--75123059	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
75122934--75123117	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
75124781--75124825	22	2.0	22	100	0	90	48	0	8	42	1.34
75126075--75126174	50	2.0	50	100	0	200	44	18	22	16	1.87
75127277--75127318	19	2.2	19	86	0	57	42	9	21	26	1.83
75133867--75133952	39	2.2	39	95	2	156	29	9	16	45	1.78
75137340--75137458	29	4.2	29	72	14	104	27	26	14	31	1.95
75141844--75141961	29	4.2	29	77	3	116	27	26	14	32	1.95
75141846--75141957	58	2.0	58	87	3	165	25	26	15	32	1.95
75151168--75151796	49	13.1	49	92	3	1012	28	30	9	31	1.88
75151168--75151793	96	6.5	96	93	2	994	28	30	9	31	1.89
75156394--75156436	22	2.0	22	86	9	61	27	30	27	13	1.95
75158360--75158460	46	2.2	46	87	7	143	26	25	15	31	1.96
75164097--75164165	33	2.1	33	100	0	138	39	5	30	24	1.79
75169221--75169266	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
75180444--75180508	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
75181968--75182020	26	2.0	26	85	7	72	41	22	11	24	1.86
75188203--75188267	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75189737--75189789	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
75189801--75189840	21	1.9	21	85	10	55	15	15	20	50	1.79
75192906--75192963	28	2.1	28	100	0	116	25	27	20	25	1.99
75196897--75196942	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
75196904--75196953	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
75200479--75200560	26	3.2	26	98	0	155	31	7	25	35	1.84
75201651--75201799	76	2.0	76	100	0	298	24	22	23	29	1.99
75201804--75201902	22	4.4	22	73	16	103	31	14	31	23	1.94
75201826--75202233	47	8.5	47	88	4	555	32	12	29	26	1.92
75201826--75202233	98	4.2	96	89	3	599	32	12	29	26	1.92
75202023--75202098	23	3.2	25	62	24	63	31	13	31	23	1.93
75202043--75202117	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
75201826--75202233	145	2.8	142	88	4	595	32	12	29	26	1.92
75202081--75202152	24	3.1	22	66	24	58	33	9	30	26	1.89
75202207--75202296	46	2.0	46	88	0	135	34	7	30	27	1.85
75202436--75202585	37	4.0	37	95	0	255	25	18	29	26	1.98
75218938--75218998	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
75225583--75225615	16	2.0	17	88	5	50	0	30	0	69	0.88
75229122--75229177	15	3.7	15	81	9	60	19	8	16	55	1.67
75239547--75239635	27	3.3	27	79	3	81	19	25	29	25	1.98
75245635--75245676	23	2.0	21	81	13	50	59	2	2	35	1.23
75247318--75247384	28	2.3	31	85	10	88	59	0	1	38	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75249667--75249715	25	1.9	26	87	4	73	2	32	0	65	1.04
75255397--75255652	87	3.0	88	82	4	281	44	10	12	32	1.78
75273143--75273221	29	2.7	29	80	3	79	36	15	5	43	1.69
75273251--75273394	64	2.2	65	82	4	177	44	25	0	29	1.59
75273901--75273996	49	1.9	50	85	10	135	57	0	1	41	1.06
75283951--75284004	26	2.1	26	100	0	108	38	11	7	42	1.68
75290030--75290219	69	2.8	68	80	6	177	21	23	17	37	1.94
75290126--75290315	99	1.9	99	88	2	283	22	26	16	34	1.95
75290220--75290481	69	3.8	69	81	4	312	23	26	14	34	1.94
75290053--75290384	168	2.0	168	81	2	389	23	25	16	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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