genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73424997--73425178	47	3.9	47	94	0	319	31	8	30	29	1.86
73425107--73425256	71	2.1	72	93	5	268	33	5	30	31	1.80
73425156--73425209	24	2.2	25	96	3	101	35	0	31	33	1.58
73425180--73425399	47	4.7	47	91	1	343	31	8	31	27	1.87
73425060--73425303	118	2.1	119	93	3	429	32	6	30	30	1.82
73425015--73425348	165	2.0	165	94	2	591	32	6	30	30	1.84
73425180--73425399	93	2.4	94	91	0	343	31	8	31	27	1.87
73440067--73440141	35	2.1	35	92	0	123	16	16	34	33	1.90
73441759--73441933	46	3.8	45	75	16	178	21	20	28	30	1.98
73441756--73441926	93	1.8	93	89	0	270	21	21	28	29	1.98
73445350--73445430	34	2.4	34	76	11	87	25	25	16	32	1.96
73446142--73446191	24	2.1	24	88	0	73	6	24	18	52	1.67
73458831--73459071	131	1.8	131	89	1	376	28	19	19	32	1.96
73462824--73463005	40	4.6	40	93	2	305	25	26	23	24	2.00
73473925--73474260	45	7.6	45	70	6	218	25	19	25	29	1.98
73473912--73474357	133	3.4	133	90	0	694	26	18	25	29	1.98
73478362--73478483	47	2.6	47	97	0	226	36	13	24	25	1.93
73478462--73478608	54	2.7	55	78	5	165	36	17	23	23	1.95
73478470--73478650	55	3.3	55	76	9	149	36	18	22	23	1.95
73478470--73478680	108	2.0	109	80	1	246	38	17	21	22	1.93
73480319--73480382	22	2.9	22	75	9	67	45	26	0	28	1.54
73487904--73488064	27	6.0	27	86	2	216	33	18	20	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73487905--73488093	27	7.0	27	83	2	184	33	19	20	26	1.96
73487904--73488093	81	2.3	81	82	5	206	33	18	20	27	1.96
73488296--73488384	28	3.2	28	81	7	103	21	22	20	35	1.96
73488294--73488408	27	4.3	26	79	8	99	21	21	19	37	1.94
73488526--73488641	6	18.8	6	71	15	85	19	19	11	49	1.78
73488529--73488623	19	4.7	19	72	21	86	20	21	11	47	1.81
73488529--73488592	25	2.6	25	82	0	74	20	20	10	48	1.79
73488526--73488629	31	3.4	31	74	15	115	20	20	11	48	1.80
73488548--73488642	37	2.6	37	86	0	127	20	20	11	48	1.80
73492240--73492529	48	6.0	48	91	0	481	37	6	24	31	1.81
73492670--73492816	37	4.0	37	96	0	258	23	19	31	25	1.97
73500577--73500610	18	1.9	18	88	5	52	32	17	11	38	1.86
73501970--73502023	24	2.3	23	84	6	72	18	25	11	44	1.83
73503206--73503237	16	2.0	16	93	0	55	9	0	34	56	1.32
73507149--73507181	12	2.6	13	90	4	50	18	0	0	81	0.68
73508330--73508375	10	4.2	11	78	16	51	10	17	13	58	1.62
73512750--73512808	24	2.5	24	83	8	68	30	20	27	22	1.98
73512818--73512900	24	3.5	24	79	11	89	42	16	21	19	1.89
73512943--73513003	27	2.3	26	86	8	79	39	21	19	19	1.93
73512943--73513010	27	2.6	25	80	13	75	39	20	20	19	1.92
73515677--73515857	46	3.9	46	75	8	152	23	19	25	31	1.98
73520659--73520700	4	10.5	4	100	0	84	50	23	0	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73520797--73520826	15	1.9	16	93	6	53	50	13	16	20	1.78
73523861--73523986	49	2.6	49	92	0	207	24	18	26	30	1.98
73529869--73529984	39	3.0	39	87	0	169	23	20	28	27	1.99
73532156--73532314	43	3.7	43	72	10	128	23	19	26	30	1.98
73540568--73540594	14	1.9	14	100	0	54	29	22	11	37	1.89
73544344--73544591	40	6.2	40	93	1	397	32	23	20	24	1.98
73544344--73544591	122	2.0	121	91	1	399	32	23	20	24	1.98
73552065--73552356	40	7.2	40	92	3	458	31	23	20	24	1.98
73552065--73552360	42	7.2	41	91	4	413	32	23	19	24	1.98
73557121--73557242	45	2.7	45	79	1	138	23	13	24	37	1.92
73558621--73558645	13	1.9	13	100	0	50	24	24	48	4	1.68
73567537--73567593	23	2.4	24	83	16	66	45	3	0	50	1.18
73571625--73571662	5	7.4	5	88	5	58	15	2	0	81	0.80
73576024--73576061	5	7.4	5	88	5	58	15	2	0	81	0.80
73582063--73582244	28	6.5	28	92	1	276	33	26	12	28	1.92
73585241--73585305	28	2.3	28	89	0	94	32	29	7	30	1.85
73585411--73585501	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
73592785--73592816	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
73593064--73593128	28	2.3	28	83	0	85	30	29	9	30	1.88
73593234--73593316	28	3.0	28	91	3	132	21	25	21	31	1.98
73593234--73593349	56	2.1	55	80	9	128	20	24	20	34	1.97
73594391--73594415	12	2.1	12	100	0	50	60	8	32	0	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73595949--73596005	28	2.0	28	96	0	105	59	3	1	35	1.25
73595991--73596051	21	3.1	19	86	13	88	49	0	0	50	1.00
73596160--73596186	14	1.9	14	100	0	54	33	22	0	44	1.53
73598546--73598622	34	2.3	34	81	4	93	37	6	19	36	1.78
73605676--73605786	34	3.3	34	84	0	150	35	6	22	36	1.80
73616791--73616846	15	3.7	15	78	7	69	12	16	12	58	1.62
73624412--73624462	5	10.0	5	80	16	52	21	0	0	78	0.75
73624415--73624459	6	7.5	6	92	7	58	20	0	0	80	0.72
73624410--73624468	24	2.4	25	81	16	70	25	0	0	74	0.82
73634161--73634275	57	2.0	57	96	0	212	44	10	11	33	1.75
73642657--73642721	32	2.0	32	100	0	130	18	9	24	47	1.77
73643259--73643295	18	2.1	18	100	0	74	62	10	16	10	1.55
73643539--73643602	22	3.0	21	80	15	69	59	0	3	37	1.13
73643539--73643602	23	3.0	21	81	11	76	59	0	3	37	1.13
73645769--73645884	61	1.9	59	84	10	155	49	3	4	43	1.39
73649595--73649668	28	2.6	28	93	0	121	27	33	14	24	1.94
73650148--73650187	21	1.9	21	84	0	53	35	25	10	30	1.88
73652110--73652138	14	2.0	15	93	6	51	34	13	3	48	1.60
73652906--73652930	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
73653599--73653964	46	7.7	46	74	11	221	27	19	29	22	1.98
73653606--73653964	140	2.5	140	79	8	345	27	19	29	23	1.98
73663836--73663883	21	2.3	20	83	13	62	77	4	4	14	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73672788--73673012	121	1.9	121	90	1	362	40	11	19	28	1.86
73677430--73677472	21	2.1	20	83	12	52	20	20	23	34	1.96
73693545--73693596	25	2.1	25	100	0	104	26	19	23	30	1.98
73693888--73693942	20	2.7	19	81	13	58	49	5	9	36	1.58
73702892--73702959	31	2.2	31	97	0	127	27	16	8	47	1.76
73707195--73707219	13	1.9	13	100	0	50	24	28	24	24	2.00
73711749--73711773	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
73712270--73712312	12	3.6	12	81	9	52	74	0	25	0	0.82
73712274--73712307	17	1.9	18	94	5	61	70	0	29	0	0.87
73713302--73713407	45	2.4	45	84	6	135	19	16	19	43	1.88
73719107--73719138	7	4.7	7	96	3	57	31	15	9	43	1.78
73722818--73722860	12	3.6	12	81	9	52	74	0	25	0	0.82
73722822--73722855	17	1.9	18	94	5	61	70	0	29	0	0.87
73723557--73723642	40	2.2	40	84	0	109	33	11	16	38	1.85
73723853--73723960	45	2.4	46	81	4	139	25	17	14	41	1.88
73729438--73729670	27	8.6	27	86	4	319	29	22	8	39	1.83
73731096--73731174	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
73731293--73731593	47	6.4	47	93	0	503	28	29	8	32	1.88
73733497--73733646	27	5.6	27	79	3	167	26	21	9	42	1.83
73733502--73733646	54	2.7	54	87	0	209	26	21	8	42	1.82
73733497--73733646	81	1.9	81	85	2	212	26	21	9	42	1.83
73733663--73733850	27	7.0	27	86	0	232	35	18	20	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73733655--73733822	54	3.1	54	90	2	266	37	18	18	25	1.93
73734049--73734131	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
73734219--73734277	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
73734442--73734515	27	2.8	25	84	10	85	17	24	21	36	1.95
73734633--73734728	6	15.8	6	73	18	83	19	16	13	50	1.78
73734633--73734699	25	2.7	25	90	6	102	20	17	13	47	1.81
73734658--73734735	30	2.6	30	89	4	113	19	14	14	52	1.74
73735522--73735567	20	2.4	20	82	13	53	41	0	21	36	1.54
73741835--73742007	93	1.9	93	86	0	247	28	27	20	24	1.99
73741828--73742003	46	3.8	46	78	10	178	29	26	19	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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