genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--2328	7	325.3	7	78	14	1805	48	39	0	11	1.43
1--2328	22	108.4	21	78	13	1805	48	39	0	11	1.43
1021--1059	10	4.3	10	78	21	50	61	28	0	10	1.28
1239--1281	12	3.5	12	81	6	59	58	30	0	11	1.34
1710--1752	10	4.3	10	88	11	70	62	27	0	9	1.25
1701--1745	11	4.1	11	91	8	74	64	26	0	8	1.23
1839--2127	29	10.1	29	81	12	149	41	46	0	11	1.45
2154--2328	36	4.9	35	77	7	147	36	55	2	6	1.38
2332--2566	22	11.4	20	65	23	80	44	22	20	12	1.84
2332--2566	21	11.5	21	70	15	111	44	22	20	12	1.84
2336--2557	43	5.4	40	78	14	172	45	22	20	12	1.84
2336--2539	64	3.3	60	78	11	189	45	22	20	12	1.84
2335--2566	42	5.7	38	75	18	132	45	22	19	12	1.84
2533--2577	20	2.4	19	85	7	56	40	31	24	4	1.75
3393--3432	19	2.1	19	85	0	53	65	2	12	20	1.38
4755--4783	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
13761--13826	31	2.1	31	97	0	123	27	19	19	33	1.96
17100--17190	33	2.8	33	93	0	155	30	42	8	17	1.80
25280--25311	16	2.0	16	100	0	64	68	6	25	0	1.12
29449--29599	78	1.9	78	87	0	221	27	23	22	27	1.99
32774--32819	15	3.0	15	78	6	56	30	23	28	17	1.97
33473--34142	341	2.0	338	98	0	1304	34	16	13	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47248--47286	20	2.0	20	84	0	51	30	10	2	56	1.46
47817--47861	14	2.8	17	74	22	51	0	15	11	73	1.10
54012--54042	14	2.2	14	100	0	62	22	22	19	35	1.96
56111--56140	13	2.3	13	94	0	51	50	6	13	30	1.67
57690--57724	18	2.0	18	94	5	63	42	0	0	57	0.99
57709--57765	26	2.2	26	78	12	64	40	1	3	54	1.28
57812--57847	18	2.0	18	100	0	72	33	0	0	66	0.92
57838--57895	13	4.3	13	79	16	64	41	1	0	56	1.09
57816--57855	18	2.2	18	86	0	53	42	0	0	57	0.98
57613--57920	121	2.6	120	93	1	519	40	1	4	52	1.34
58101--58191	45	2.0	44	85	2	119	35	28	5	30	1.80
58170--58239	16	4.4	16	90	0	113	31	35	1	31	1.67
58874--59104	115	2.0	115	99	0	453	35	15	12	35	1.86
60691--60738	7	6.9	7	87	0	69	16	4	39	39	1.68
60692--60738	14	3.4	14	90	0	76	17	4	40	38	1.69
60738--60776	7	5.6	7	100	0	78	25	58	15	0	1.37
61222--61251	15	1.9	16	93	6	53	46	10	0	43	1.37
61665--61933	46	5.8	46	78	11	280	23	20	27	28	1.99
61711--61879	47	3.6	47	79	10	229	23	19	27	28	1.98
61662--61925	93	2.8	93	93	0	447	23	20	27	28	1.99
78437--78504	16	4.2	16	94	0	109	27	0	35	36	1.58
78485--78579	45	2.1	44	84	1	118	36	5	24	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78741--78775	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
78699--78771	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
78888--78922	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
78660--78934	147	1.9	149	95	1	500	46	3	2	47	1.35
78990--79042	16	3.4	17	73	21	53	56	0	0	43	0.99
78916--79102	60	3.1	59	66	13	157	49	6	2	41	1.42
78868--79162	119	2.5	120	94	2	504	50	4	2	43	1.33
84436--84950	256	2.0	257	98	0	987	49	15	14	20	1.79
84982--85027	20	2.3	20	100	0	92	43	21	8	26	1.81
85925--86098	89	2.0	89	96	0	321	45	13	13	27	1.81
92292--92397	53	2.0	53	98	0	203	18	14	23	43	1.87
103500--103675	46	3.8	46	81	12	225	21	21	28	28	1.98
103497--103667	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
110581--110637	30	1.9	30	85	0	78	43	8	21	26	1.81
111058--111233	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
111055--111226	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
114898--115001	38	2.7	38	70	2	93	21	17	24	37	1.94
118394--118528	48	2.8	49	83	6	168	25	20	30	24	1.98
131937--131961	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
133694--133742	18	2.7	17	84	12	62	69	0	2	28	1.00
133694--133759	18	3.6	18	82	13	57	66	0	3	30	1.06
134081--134205	64	2.0	64	93	0	214	43	12	22	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135070--135150	40	2.0	41	87	2	119	39	1	4	54	1.30
136612--136673	25	2.5	25	97	0	115	22	20	19	37	1.95
136622--136690	25	3.0	23	87	6	86	20	26	18	34	1.96
146372--146469	44	2.3	42	89	8	162	46	2	6	44	1.39
146382--146472	44	2.1	44	100	0	182	50	2	6	40	1.41
146567--146612	19	2.4	19	85	7	58	41	6	17	34	1.75
146737--146783	18	2.5	19	80	13	53	27	29	0	42	1.56
150306--150332	14	1.9	14	100	0	54	51	0	3	44	1.19
150341--150388	17	2.6	18	80	9	53	50	2	8	39	1.44
152287--152327	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
153850--153908	23	2.6	23	81	7	75	67	3	0	28	1.06
159330--159534	94	2.2	94	95	0	365	20	30	26	22	1.98
161330--161403	22	3.4	22	96	0	130	17	24	40	17	1.91
161418--161482	30	2.2	30	82	0	76	33	21	26	18	1.96
163783--163839	18	3.3	18	71	14	66	49	19	10	21	1.78
163776--163850	33	2.3	33	97	0	141	49	17	9	24	1.75
163833--163893	31	2.0	31	87	9	90	59	9	4	26	1.50
164770--164817	19	2.5	19	96	0	87	20	22	0	56	1.43
164770--164817	9	5.0	10	85	10	73	20	22	0	56	1.43
167482--167660	39	4.6	39	93	0	286	12	26	23	37	1.90
169674--169698	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
171233--171429	41	4.8	41	92	5	317	28	20	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171643--171705	33	1.9	32	90	3	99	25	9	25	39	1.86
171649--171722	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
176421--176481	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
188283--188325	21	2.0	21	95	0	77	48	13	11	25	1.77
190451--190492	20	2.1	20	95	0	75	30	14	7	47	1.71
197233--197334	51	2.0	51	100	0	204	33	29	17	19	1.95
197559--197609	25	2.0	25	100	0	102	9	11	27	50	1.70
208798--208847	23	2.2	23	82	7	57	48	12	2	38	1.52
210524--210597	33	2.2	33	97	0	139	45	6	18	28	1.75
211850--211884	15	2.3	15	90	0	52	57	0	0	42	0.99
212767--212809	14	3.1	14	77	12	52	58	0	0	41	0.98
216287--216352	26	2.5	27	85	7	100	25	25	27	21	1.99
225735--226744	503	2.0	503	100	0	2020	28	18	23	30	1.97
227547--227582	18	2.1	17	94	5	63	38	0	11	50	1.38
227713--227777	28	2.3	28	86	5	87	61	4	4	29	1.36
228191--228527	164	2.0	169	93	4	576	28	30	8	32	1.88
228895--228938	9	4.9	9	80	8	54	0	25	2	72	0.96
229274--229319	22	2.1	22	83	0	56	71	10	8	8	1.30
233414--233471	28	2.1	28	96	0	107	27	22	10	39	1.86
244412--244735	134	2.4	133	85	2	436	30	16	13	38	1.88
244854--244896	19	2.2	20	84	12	54	34	11	6	46	1.67
245023--245062	21	1.9	21	89	0	62	37	20	10	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257360--257461	48	2.1	48	87	1	141	47	7	21	23	1.77
261046--261077	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
272104--272133	14	2.1	14	93	0	51	50	13	6	30	1.67
272491--272523	11	3.0	11	100	0	66	63	0	9	27	1.24
282177--282279	52	2.0	52	98	0	197	24	18	7	49	1.73
286732--286786	21	2.7	21	82	2	67	56	0	3	40	1.17
288580--288666	26	3.4	25	74	13	79	25	17	22	34	1.96
291716--291775	24	2.7	21	74	10	57	45	3	0	51	1.17
304390--304559	84	2.0	84	97	0	322	25	27	14	32	1.95
308476--308508	16	2.1	15	94	5	57	6	3	6	84	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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