genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49052739--49052925	56	3.3	56	90	1	295	25	15	23	35	1.94
49052741--49052980	112	2.1	111	81	6	270	26	15	23	35	1.94
49057698--49057750	26	2.0	26	100	0	106	39	7	11	41	1.69
49066145--49066328	40	4.6	40	80	10	207	25	27	22	24	2.00
49066145--49066329	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
49082300--49082477	27	6.6	27	84	5	180	29	28	15	26	1.96
49082321--49082476	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
49085903--49086055	47	3.3	47	91	0	252	36	7	28	27	1.85
49097708--49097976	46	5.8	46	76	14	257	21	19	29	29	1.98
49097705--49097969	93	2.8	93	92	0	458	22	19	29	28	1.98
49104427--49104650	47	4.8	47	83	10	207	21	19	29	29	1.97
49104425--49104596	47	3.7	47	87	8	237	22	19	29	29	1.98
49110868--49111026	43	3.7	43	77	7	153	24	16	26	32	1.97
49114082--49114169	28	3.1	29	82	4	101	35	20	22	21	1.96
49115376--49115408	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
49121884--49121952	26	2.5	28	83	9	88	34	24	23	17	1.96
49121884--49121972	28	3.2	27	78	10	92	32	24	23	19	1.97
49122077--49122137	28	2.2	28	88	5	88	29	9	29	31	1.89
49123206--49123238	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
49135842--49135901	28	2.1	28	81	6	68	31	18	18	31	1.95
49144122--49144313	24	8.0	24	89	1	269	29	21	20	27	1.98
49152438--49152591	24	6.4	24	87	5	195	31	20	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49152439--49152591	71	2.1	72	86	3	218	32	19	20	27	1.97
49159585--49159632	4	11.8	4	87	12	55	0	20	0	79	0.74
49159585--49159632	5	10.4	5	89	10	52	0	20	0	79	0.74
49159585--49159632	10	5.3	9	88	11	64	0	20	0	79	0.74
49163722--49163782	27	2.3	27	85	0	86	37	13	19	29	1.90
49163978--49164092	27	4.3	26	91	5	158	18	23	22	35	1.95
49165681--49165848	68	2.5	68	77	12	150	21	27	17	33	1.96
49169063--49169121	27	2.2	27	96	0	109	37	13	20	28	1.91
49169345--49169459	27	4.3	27	79	6	108	18	23	21	36	1.95
49170668--49170713	23	2.0	23	95	0	83	30	19	21	28	1.98
49171012--49171087	28	2.7	28	95	0	134	25	6	15	52	1.67
49175303--49175380	32	2.5	32	91	2	122	34	12	10	42	1.77
49176140--49176185	17	2.7	18	76	10	51	23	15	17	43	1.87
49183385--49183547	32	5.2	32	89	0	240	36	21	19	22	1.95
49183988--49184097	27	4.1	27	85	0	139	28	10	23	37	1.89
49187018--49187321	47	6.4	47	90	1	419	34	8	29	27	1.86
49189751--49189825	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
49189879--49190106	40	5.7	40	92	0	350	24	22	28	24	1.99
49193465--49193773	47	6.6	47	90	1	413	34	8	29	28	1.86
49198270--49198431	32	5.1	32	80	0	184	36	21	19	22	1.95
49198869--49198983	27	4.3	26	76	5	104	27	10	24	37	1.88
49205851--49205911	27	2.3	27	85	0	86	39	22	6	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49205915--49206076	27	6.0	27	88	0	198	38	19	17	24	1.93
49206055--49206118	27	2.4	27	74	10	67	18	20	25	35	1.95
49206271--49206385	54	2.1	53	83	3	140	21	22	19	36	1.95
49206271--49206385	27	4.3	27	83	4	117	21	22	19	36	1.95
49206621--49206685	34	2.0	32	85	8	87	23	18	26	32	1.97
49208273--49208495	49	4.5	49	78	5	250	30	26	17	26	1.97
49208276--49208495	101	2.2	98	83	4	262	30	26	17	25	1.97
49209709--49209782	37	2.0	37	84	5	96	29	33	16	20	1.94
49209907--49210311	47	8.6	47	89	2	546	25	31	10	33	1.89
49214924--49215386	40	11.6	40	92	2	736	24	27	22	25	2.00
49217055--49217134	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
49217252--49217652	47	8.6	47	88	3	535	25	30	10	33	1.89
49217271--49217625	186	1.9	186	93	1	613	24	31	11	32	1.91
49223809--49224166	47	7.6	47	89	2	477	33	10	31	25	1.89
49224285--49224364	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
49226035--49226408	40	9.6	40	87	6	495	24	22	28	25	1.99
49231002--49231395	47	8.4	47	91	2	558	32	10	30	25	1.90
49231514--49231593	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
49237080--49237156	25	3.1	24	85	5	91	24	19	23	32	1.97
49237362--49237522	27	6.0	27	91	0	232	26	21	17	34	1.95
49237567--49237719	81	1.9	81	87	2	227	29	7	20	42	1.79
49237526--49237719	27	7.2	27	83	2	201	31	8	19	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49237526--49237908	27	14.2	27	83	3	191	35	8	20	35	1.84
49237594--49237838	81	3.0	81	78	2	215	35	7	21	35	1.82
49237712--49237895	54	3.4	54	92	0	305	40	8	22	28	1.83
49237712--49237895	81	2.3	81	92	0	305	40	8	22	28	1.83
49237712--49237933	81	2.7	81	87	0	282	38	9	21	31	1.84
49240121--49240197	25	3.1	25	86	1	102	28	19	20	31	1.97
49240404--49240539	27	5.0	27	91	0	209	25	22	19	32	1.97
49240529--49240590	27	2.4	26	74	15	65	32	11	19	37	1.87
49240580--49240656	27	2.9	27	96	0	136	31	10	19	38	1.85
49240673--49240785	27	4.2	27	93	0	199	41	9	22	26	1.84
49245911--49246082	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
49245904--49246079	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
49253465--49253636	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
49253458--49253633	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
49263264--49263500	40	5.9	40	83	4	246	16	16	24	42	1.88
49263264--49263480	120	1.8	120	84	4	303	17	16	24	41	1.89
49264164--49264219	20	2.8	20	86	0	67	50	0	28	21	1.49
49281056--49281206	75	2.0	75	92	0	248	29	20	13	36	1.91
49287270--49287321	23	2.2	23	86	6	68	25	26	9	38	1.86
49291067--49291243	40	4.4	40	92	1	275	22	24	27	24	2.00
49291067--49291267	40	5.0	40	87	4	255	22	23	27	25	2.00
49299163--49299337	40	4.4	40	82	7	180	21	22	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49305240--49305346	56	1.9	57	94	1	189	51	14	9	24	1.72
49317270--49317302	15	2.1	17	88	11	52	48	18	15	18	1.81
49319548--49319701	42	3.7	42	76	1	148	29	13	25	31	1.94
49329528--49329677	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
49329500--49329677	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
49329501--49329656	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
49332285--49332376	43	2.1	43	93	0	157	68	4	21	5	1.28
49334453--49334555	28	3.7	28	77	5	109	29	33	12	25	1.92
49339765--49339876	27	4.1	27	75	7	102	39	21	21	17	1.93
49340289--49340321	8	4.1	8	92	0	57	3	24	24	48	1.65
49343167--49343227	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
49346605--49346665	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
49349610--49349793	67	2.8	64	74	8	176	29	16	30	23	1.96
49353247--49353307	30	2.0	30	83	0	77	39	8	22	29	1.83
49362019--49362075	28	2.1	27	87	6	80	38	24	22	14	1.91
49362031--49362123	48	1.9	49	82	6	118	33	22	23	20	1.97
49362539--49362570	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
49366755--49366863	37	2.9	37	93	0	173	26	31	19	22	1.98
49367009--49367193	48	3.8	48	91	5	309	31	27	7	34	1.83
49367009--49367192	98	1.9	98	93	4	320	30	27	7	34	1.83
49367163--49367356	47	4.1	47	89	0	280	27	29	10	32	1.90
49367256--49367327	22	3.1	22	66	24	58	25	29	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49367116--49367356	94	2.6	94	84	4	281	28	29	9	33	1.88
49370477--49370501	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
49376946--49377090	37	3.9	37	93	0	236	24	31	20	22	1.98
49377209--49377806	47	12.6	47	94	1	998	29	29	8	33	1.87
49393525--49393555	15	2.1	15	100	0	62	32	0	12	54	1.38
49393527--49393555	8	3.8	8	90	9	51	34	0	13	51	1.42
49394390--49394629	42	5.7	41	77	2	183	34	23	12	30	1.92
49394461--49394626	84	2.0	84	86	2	235	34	23	12	29	1.92
49397635--49397734	47	2.2	45	83	8	121	47	12	9	32	1.72
49400304--49400337	16	2.1	16	88	5	50	5	23	5	64	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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