genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  245  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80321318--80321466	21	7.2	21	76	7	126	45	17	21	15	1.85
80321318--80321469	63	2.4	62	85	4	191	46	17	21	15	1.83
80321318--80321466	42	3.6	42	81	5	153	45	17	21	15	1.85
80322101--80322155	21	2.6	21	94	0	92	41	14	7	36	1.74
80326256--80326337	41	2.0	41	97	0	155	26	10	14	47	1.77
80328101--80328150	15	3.4	15	86	2	75	34	0	12	54	1.38
80334201--80334311	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
80339692--80339884	21	9.3	21	81	4	196	45	17	22	15	1.85
80342714--80342739	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
80343382--80343475	31	3.1	31	81	9	122	50	6	5	38	1.51
80347878--80348016	69	2.0	69	98	0	269	28	32	12	26	1.93
80354657--80354745	39	2.2	40	86	7	128	55	3	1	40	1.24
80355183--80355211	15	1.9	15	100	0	58	20	6	37	34	1.80
80361060--80361111	26	2.0	26	84	0	68	36	13	17	32	1.89
80366731--80366771	21	2.0	21	90	0	64	29	4	24	41	1.75
80378082--80378131	6	8.3	6	93	0	55	18	0	14	68	1.22
80378109--80378134	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
80382207--80382260	27	2.0	27	100	0	108	33	7	25	33	1.84
80389300--80389330	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
80390246--80390302	23	2.4	23	79	2	60	43	0	5	50	1.24
80394477--80394556	25	3.2	25	83	0	106	31	22	27	18	1.97
80394458--80394556	50	1.9	50	83	4	126	30	24	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80396509--80396766	47	5.7	47	82	8	327	31	23	15	30	1.95
80396556--80396724	85	2.0	85	92	0	284	30	24	14	30	1.95
80396471--80396766	132	2.2	133	91	0	486	30	23	14	30	1.95
80396641--80396763	48	2.6	47	87	3	158	30	24	14	30	1.95
80400630--80400667	9	4.2	9	86	10	51	18	0	2	78	0.86
80400630--80400667	13	2.8	14	84	15	53	18	0	2	78	0.86
80401196--80401312	15	8.1	14	72	17	62	26	7	0	64	1.26
80401184--80401291	29	3.8	28	73	22	82	26	7	1	63	1.31
80401259--80401304	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
80401227--80401348	52	2.4	54	74	18	125	27	7	0	64	1.20
80433190--80433237	24	2.0	24	100	0	96	41	0	25	33	1.55
80434456--80434510	29	1.9	28	85	3	74	45	0	0	54	0.99
80436647--80436684	16	2.3	17	82	17	53	50	15	0	34	1.45
80437382--80437427	19	2.3	22	85	14	64	39	2	2	56	1.24
80440992--80441099	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
80440986--80441109	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
80445623--80445746	30	4.1	30	92	1	194	43	5	24	26	1.76
80445675--80445724	15	3.3	15	72	10	57	46	8	20	26	1.78
80447255--80447297	19	2.3	19	87	0	59	39	0	0	60	0.97
80447265--80447323	28	2.1	27	87	9	84	37	1	0	61	1.07
80463967--80463996	10	3.1	10	90	9	53	50	0	0	50	1.00
80463964--80463997	9	3.7	9	92	7	59	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80471073--80471157	39	2.2	39	95	0	152	36	12	22	28	1.91
80473530--80473622	33	2.8	33	83	0	132	20	9	39	30	1.84
80475345--80475404	29	2.1	29	100	0	120	41	13	21	23	1.88
80478303--80478354	25	2.1	25	100	0	104	23	15	25	36	1.93
80479526--80479565	19	2.2	18	86	8	55	52	2	10	35	1.48
80484756--80484809	27	2.0	27	81	3	63	72	5	12	9	1.27
80487330--80487484	38	3.9	38	82	8	150	58	3	8	30	1.44
80487475--80487517	22	1.9	23	85	4	61	37	2	27	32	1.70
80490885--80490966	42	2.0	42	85	0	110	36	23	13	26	1.92
80498043--80498080	17	2.4	17	86	8	53	65	0	18	15	1.27
80509303--80509369	3	22.3	3	100	0	134	67	0	32	0	0.91
80512875--80512926	19	2.7	19	82	5	61	55	0	1	42	1.10
80513184--80513327	73	2.0	70	84	6	182	52	10	11	25	1.70
80513711--80513750	21	1.9	21	89	0	62	32	7	0	60	1.25
80513857--80513926	28	2.5	27	73	11	70	52	2	7	37	1.44
80515457--80515496	16	2.5	15	88	8	53	37	7	25	30	1.83
80515482--80515571	44	2.0	46	86	4	130	31	5	26	36	1.79
80516168--80516202	18	1.9	18	100	0	70	34	17	14	34	1.90
80516210--80516287	40	2.0	40	86	0	111	33	17	6	42	1.75
80517569--80517614	19	2.4	19	100	0	92	43	15	8	32	1.77
80517959--80518010	27	1.9	27	88	0	77	50	1	11	36	1.50
80517995--80518034	20	1.9	22	85	10	57	47	2	15	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80518033--80518081	24	2.0	25	84	4	64	53	2	4	40	1.32
80523283--80523337	22	2.5	22	79	2	67	27	27	30	14	1.95
80524367--80524412	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
80530259--80530333	3	25.0	3	100	0	150	33	0	0	66	0.92
80530702--80530745	19	2.4	19	88	7	65	36	0	2	61	1.09
80530702--80530745	18	2.4	18	88	7	63	36	0	2	61	1.09
80530841--80530885	16	3.1	15	81	12	58	33	0	6	60	1.23
80530845--80530884	18	2.2	19	86	4	55	35	0	5	60	1.19
80534278--80534338	29	2.1	29	100	0	122	42	19	18	19	1.89
80542529--80542634	45	2.5	45	81	7	123	54	12	17	15	1.70
80546239--80546325	42	2.1	42	97	2	167	20	20	4	54	1.62
80546860--80547072	88	2.4	88	85	6	272	28	17	20	33	1.95
80547028--80547175	78	1.9	79	84	4	201	28	16	22	32	1.96
80547170--80547208	14	2.9	13	88	7	60	20	15	7	56	1.63
80547105--80547306	102	2.0	104	83	3	257	26	17	17	38	1.92
80547272--80547306	14	2.5	14	90	0	52	20	17	2	60	1.49
80547190--80547647	90	5.2	89	74	16	339	27	17	18	36	1.93
80547405--80547767	83	4.4	83	72	17	258	27	14	20	36	1.93
80557736--80557769	15	2.3	15	89	0	50	32	0	2	64	1.08
80557753--80557821	30	2.3	30	85	7	86	46	1	5	46	1.35
80559550--80559595	17	2.6	17	80	19	51	43	0	32	23	1.54
80559558--80559595	17	2.2	18	86	13	53	44	0	28	26	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80561072--80561104	14	2.4	14	90	10	50	27	0	18	54	1.44
80567708--80567742	17	2.0	18	88	5	54	48	11	5	34	1.63
80569391--80569419	13	2.1	14	93	6	51	13	0	3	82	0.79
80572584--80572645	27	2.3	27	81	10	74	62	0	0	37	0.95
80574252--80574281	6	5.0	6	100	0	60	16	0	83	0	0.65
80577547--80577612	18	3.7	18	95	0	114	33	13	13	39	1.84
80578036--80578207	72	2.4	71	82	4	229	25	6	13	54	1.64
80581434--80581619	96	1.9	96	83	2	239	29	16	22	32	1.96
80581441--80581662	96	2.3	95	78	6	218	28	18	22	30	1.97
80582856--80582890	18	1.9	18	88	11	54	57	2	20	20	1.54
80588588--80588612	12	2.1	12	100	0	50	44	0	24	32	1.54
80591792--80591819	9	3.1	9	100	0	56	53	0	35	10	1.36
80592260--80592303	15	2.9	16	83	6	56	11	61	9	18	1.55
80595171--80595204	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
80599810--80599843	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
80601713--80601772	28	2.1	28	90	0	93	31	30	6	31	1.83
80606120--80606181	32	1.9	32	100	0	124	25	30	12	30	1.93
80607164--80607223	28	2.1	28	90	0	93	31	30	6	31	1.83
80608542--80608575	16	2.1	16	88	0	50	14	55	14	14	1.69
80609559--80609636	3	24.7	3	77	12	68	33	0	6	60	1.22
80609527--80609635	15	6.9	15	72	17	55	32	2	5	59	1.34
80609713--80609748	14	2.5	15	86	13	58	36	0	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80609556--80609746	24	7.7	24	68	19	72	32	1	5	59	1.30
80609687--80609745	26	2.3	26	85	5	75	33	1	3	61	1.23
80609647--80609772	40	3.0	40	74	17	105	36	1	3	57	1.27
80609731--80609794	22	2.7	24	81	18	80	32	3	3	60	1.28
80609731--80609825	23	4.1	23	79	16	83	33	4	4	57	1.37
80609916--80610071	18	8.6	18	66	21	69	35	5	3	55	1.40
80610037--80610106	37	1.9	36	83	13	90	28	10	1	60	1.38
80611533--80611658	67	1.9	66	88	9	193	44	4	0	50	1.28
80611533--80611678	67	2.2	67	84	10	183	45	4	0	49	1.26
80612676--80612718	16	2.7	15	82	10	50	32	0	4	62	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320