genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22293993--22294170	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
22293994--22294149	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
22293990--22294170	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
22321636--22321706	36	2.0	36	91	0	115	50	2	15	30	1.58
22336258--22336298	17	2.4	17	95	0	73	34	7	17	41	1.77
22336258--22336305	17	2.8	17	90	0	60	31	8	14	45	1.74
22350158--22350262	25	4.2	25	78	3	95	19	28	18	34	1.95
22350217--22350332	50	2.3	50	82	1	135	20	26	19	32	1.97
22353472--22353592	42	2.9	42	78	2	118	32	14	23	28	1.95
22370092--22370116	13	1.9	13	100	0	50	16	8	32	44	1.76
22377286--22377312	14	1.9	14	100	0	54	18	14	7	59	1.58
22382340--22382461	55	2.2	55	82	0	145	17	30	26	26	1.97
22386299--22386329	16	1.9	16	93	0	53	77	6	6	9	1.12
22391810--22391848	18	2.2	18	100	0	78	10	43	12	33	1.77
22403682--22403800	25	4.8	25	81	5	134	15	29	20	34	1.94
22403673--22403819	74	2.0	75	81	9	176	17	27	19	35	1.94
22416635--22416680	15	2.9	16	87	9	67	26	6	2	65	1.28
22416915--22416973	26	2.3	25	80	8	64	23	10	5	61	1.48
22424005--22424090	45	1.9	45	85	0	118	27	18	22	31	1.97
22424062--22424360	133	2.2	133	86	1	420	31	17	21	30	1.96
22424416--22424499	44	1.9	44	81	13	102	34	17	23	23	1.96
22424195--22424515	178	1.8	178	88	0	489	31	17	20	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22424512--22424830	44	7.2	44	63	14	147	31	21	25	21	1.98
22424492--22424878	88	4.4	88	89	0	567	33	20	23	22	1.98
22425917--22425962	15	2.9	15	90	6	65	23	8	2	65	1.32
22426204--22426263	26	2.3	25	77	8	66	26	10	3	60	1.45
22428294--22428336	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
22432418--22432444	12	2.2	12	100	0	54	22	18	7	51	1.70
22434595--22434644	20	2.6	19	87	6	82	36	32	0	32	1.58
22437710--22437756	22	2.1	23	92	4	78	51	8	12	27	1.69
22454494--22454811	48	6.6	48	85	2	415	30	19	27	22	1.98
22454494--22454811	96	3.3	96	89	1	503	30	19	27	22	1.98
22454535--22454854	48	6.7	47	79	11	195	32	19	26	21	1.97
22454535--22454863	144	2.3	144	84	3	385	31	19	26	21	1.97
22454535--22454917	144	2.7	142	81	7	373	31	19	25	22	1.98
22462409--22462582	48	3.6	48	78	1	197	31	18	25	25	1.98
22462409--22462632	96	2.3	96	86	2	297	31	17	25	25	1.97
22462446--22462632	48	3.9	47	79	2	185	31	17	25	25	1.97
22468543--22468594	26	2.0	26	85	7	70	59	11	1	26	1.42
22469424--22469448	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
22478272--22478313	17	2.5	17	96	0	75	23	23	0	52	1.47
22480628--22481005	48	7.9	48	79	4	350	26	30	17	25	1.97
22480625--22480992	144	2.6	143	82	1	439	25	31	17	25	1.97
22488431--22488698	48	5.6	48	75	7	220	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22488433--22488710	144	1.9	144	84	0	367	24	30	18	26	1.98
22492185--22492246	29	2.1	30	84	3	81	37	25	3	33	1.72
22498344--22498382	21	1.9	21	89	5	62	43	7	10	38	1.67
22498738--22498801	30	2.1	31	82	2	76	26	17	6	50	1.69
22502430--22502485	26	2.2	26	93	0	94	35	26	7	30	1.83
22505537--22505575	18	2.1	18	85	4	51	66	2	0	30	1.05
22505580--22505632	25	2.1	25	89	0	79	62	0	0	37	0.96
22507171--22507195	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
22511558--22511865	154	2.0	154	96	0	562	45	14	13	26	1.82
22512904--22512977	8	8.9	8	81	11	78	32	0	4	63	1.13
22512897--22512946	23	2.2	23	85	0	64	36	0	4	60	1.16
22512904--22512951	15	3.1	15	90	3	78	29	0	4	66	1.10
22512907--22512952	23	2.0	23	91	0	74	28	0	4	67	1.10
22513200--22513260	14	4.3	14	77	10	61	13	1	42	42	1.53
22513227--22513361	65	2.2	60	80	13	143	19	1	34	45	1.59
22513259--22513353	21	4.4	22	69	18	74	23	1	29	46	1.59
22513315--22513439	66	1.9	66	89	0	196	26	1	27	44	1.63
22514010--22514235	40	5.6	40	85	3	283	26	25	16	31	1.97
22514010--22514207	41	4.9	41	85	6	264	24	25	18	31	1.97
22514010--22514235	81	2.8	81	85	2	312	26	25	16	31	1.97
22515831--22515880	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
22515870--22515921	12	4.6	12	76	13	56	67	9	0	23	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22515851--22515909	21	2.8	21	80	12	68	69	6	0	23	1.12
22519195--22519244	25	2.0	25	88	7	75	20	30	18	32	1.96
22519371--22519452	37	2.2	38	93	2	139	42	8	13	35	1.75
22537839--22537869	15	2.1	15	94	5	55	25	0	0	74	0.82
22548956--22549078	50	2.5	51	86	9	173	23	30	19	26	1.98
22549139--22549772	42	15.0	44	75	15	503	22	31	16	29	1.96
22548991--22549352	129	2.7	127	81	13	398	19	32	17	30	1.95
22549345--22549557	40	5.4	40	71	18	128	23	32	15	28	1.95
22549317--22549554	121	2.0	118	82	12	288	23	31	15	28	1.96
22549432--22549533	38	2.6	40	82	3	118	26	32	14	26	1.95
22549633--22549753	40	3.0	41	81	11	151	23	30	17	28	1.97
22561997--22562034	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
22562916--22562955	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
22564750--22564803	23	2.2	25	87	6	76	68	5	1	24	1.21
22564749--22564806	24	2.4	24	82	8	73	68	5	1	24	1.19
22572006--22572057	23	2.3	23	93	0	86	21	25	21	32	1.98
22572006--22572069	23	2.8	23	87	0	74	21	23	21	32	1.98
22579618--22579660	20	2.2	20	88	8	63	67	6	0	25	1.15
22579487--22579692	9	21.2	9	66	24	50	56	6	1	34	1.36
22579632--22579690	31	1.9	31	89	0	91	61	6	0	32	1.22
22579666--22579707	18	2.3	18	84	8	50	64	2	2	30	1.19
22579585--22579707	49	2.5	49	82	11	128	59	6	0	33	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22579688--22579726	21	1.9	21	85	15	55	64	0	5	30	1.15
22580240--22580314	38	2.0	37	82	10	89	29	1	8	61	1.33
22580268--22580349	29	2.8	29	75	14	80	36	2	3	57	1.30
22580221--22580436	58	3.8	54	73	15	145	33	2	4	59	1.30
22580368--22580418	19	2.7	19	84	3	59	27	3	1	66	1.20
22580384--22580490	56	1.9	56	83	11	139	34	0	3	60	1.21
22580384--22580492	19	5.8	18	73	21	73	34	0	3	60	1.21
22580187--22580519	9	35.1	9	66	19	99	33	1	4	60	1.26
22580387--22580522	37	3.7	36	75	14	118	35	0	3	60	1.20
22601671--22601798	55	2.3	55	77	7	134	26	28	26	18	1.98
22606205--22606230	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
22614067--22614265	103	1.9	103	93	0	344	24	24	22	28	1.99
22631387--22631509	44	2.8	43	83	7	151	26	28	19	26	1.99
22649980--22650010	15	2.1	14	94	5	53	32	25	22	19	1.97
22656375--22656505	38	3.2	42	83	8	137	29	15	22	32	1.95
22657282--22657331	20	2.5	20	90	0	73	20	40	28	12	1.87
22660127--22660350	40	5.6	40	88	3	281	24	20	28	26	1.99
22660202--22660385	80	2.3	80	87	0	262	25	21	28	25	1.99
22660127--22660385	120	2.2	120	79	6	267	25	20	28	25	1.99
22670782--22670907	49	2.6	49	79	2	146	29	20	26	23	1.99
22674663--22674741	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
22674860--22675365	47	10.7	47	92	4	799	28	29	9	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22674860--22675344	96	5.1	96	92	4	794	28	29	9	32	1.88
22678372--22678547	42	4.0	42	78	12	169	30	26	14	28	1.95
22678442--22678625	49	3.8	49	80	10	175	30	25	14	29	1.94
22678647--22678795	31	4.8	31	91	0	235	26	28	18	26	1.98
22678771--22678899	50	2.5	51	91	2	206	24	22	17	35	1.95
22683775--22683812	20	1.9	20	88	0	58	39	7	0	52	1.31
22685335--22685483	72	2.1	72	88	0	217	22	28	22	26	1.99
22690369--22690415	17	2.8	17	90	0	67	31	25	19	23	1.98
22692357--22692573	49	4.4	49	78	3	236	29	25	18	26	1.98
22692364--22692484	50	2.5	48	83	5	143	31	28	14	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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