genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308567--308601	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
309417--309441	3	8.3	3	100	0	50	32	0	68	0	0.90
322685--322709	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
324597--324641	21	2.0	23	87	8	67	33	22	8	35	1.85
326165--326212	21	2.3	21	85	7	62	45	4	0	50	1.21
326963--327012	26	2.0	26	84	4	66	54	0	8	38	1.30
327036--327079	18	2.5	17	81	3	52	36	0	4	59	1.18
327124--327165	21	2.0	21	90	0	66	28	2	0	69	1.01
342892--342979	44	2.0	44	100	0	176	34	22	6	36	1.81
352359--352390	9	3.6	9	100	0	64	46	18	9	25	1.79
352410--352450	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
352475--352499	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
357547--357573	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
357728--357785	21	2.8	22	79	7	59	29	1	3	65	1.19
357728--357785	22	2.8	20	77	10	62	29	1	3	65	1.19
362615--362683	28	2.5	26	77	9	66	65	2	2	28	1.22
363978--364012	8	4.4	8	100	0	70	88	0	11	0	0.51
367366--367427	28	2.2	28	88	0	88	25	3	14	56	1.53
369480--369535	29	1.9	29	85	0	76	53	8	1	35	1.43
376664--376829	81	2.0	81	90	0	260	26	18	25	30	1.98
378629--378668	19	2.1	19	85	0	53	10	5	12	72	1.26
383125--383160	18	2.0	18	100	0	72	22	11	22	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
386373--386397	12	2.1	12	100	0	50	84	0	16	0	0.63
389988--390057	29	2.7	24	80	14	68	37	1	1	60	1.15
392361--392386	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
398341--398373	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
398659--398885	46	4.9	47	91	2	302	21	23	14	40	1.90
401024--401072	3	17.3	3	80	19	61	71	0	0	28	0.86
401031--401072	8	5.5	8	78	21	54	73	0	0	26	0.83
401030--401068	11	3.5	11	100	0	78	71	0	0	28	0.86
401031--401072	19	2.2	19	91	8	68	73	0	0	26	0.83
401042--401117	19	3.7	21	79	10	77	60	6	0	32	1.22
401313--401370	29	2.0	30	86	3	82	27	17	3	51	1.61
401723--402346	310	2.0	310	99	0	1230	37	17	10	33	1.85
403808--403865	29	2.0	30	86	3	82	51	3	17	27	1.61
404067--404120	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
404106--404147	8	5.5	8	78	21	54	26	0	0	73	0.83
404106--404154	3	17.3	3	80	19	61	28	0	0	71	0.86
404110--404148	11	3.5	11	100	0	78	28	0	0	71	0.86
404106--404147	19	2.2	19	91	8	68	26	0	0	73	0.83
406297--406611	46	6.8	46	91	2	445	42	14	23	19	1.89
406897--406929	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
407993--408267	46	6.0	46	92	0	406	21	23	13	40	1.89
407945--408253	138	2.2	138	88	3	440	20	23	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
410171--410209	16	2.4	16	82	0	51	0	33	0	66	0.92
410278--410306	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
427244--427725	161	3.0	162	95	1	896	35	20	16	27	1.94
427244--427729	162	3.0	162	96	1	904	34	20	16	27	1.94
428830--428900	18	3.9	18	88	0	97	29	23	15	30	1.95
435853--435877	9	2.8	9	100	0	50	92	0	8	0	0.40
436186--436220	3	11.7	3	100	0	70	65	0	34	0	0.93
436749--436774	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
437665--437882	111	2.0	111	88	0	328	36	8	15	40	1.77
444908--444965	28	2.0	28	83	9	73	25	18	13	41	1.88
474575--474634	30	2.0	30	96	0	111	26	18	18	36	1.94
476852--476942	39	2.3	40	78	17	102	36	6	7	49	1.58
480014--480379	46	8.0	46	86	0	473	41	13	22	22	1.88
480082--480157	25	3.2	25	61	14	61	42	11	25	21	1.86
480660--480692	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
489621--489658	19	2.0	20	89	5	60	50	2	0	47	1.15
491582--491640	30	2.0	30	87	9	86	40	3	0	55	1.16
499777--499968	88	2.2	86	79	7	201	40	14	8	35	1.77
500002--500041	17	2.2	18	86	8	55	52	0	2	45	1.14
500123--500170	20	2.4	19	76	10	51	64	2	8	25	1.32
500286--500375	9	9.5	10	69	15	50	28	4	2	64	1.25
500286--500375	19	4.8	19	72	15	80	28	4	2	64	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
500233--500354	56	2.2	55	82	7	140	30	6	1	61	1.31
500325--500391	17	3.8	17	76	19	66	25	2	2	68	1.18
506760--506827	18	3.8	18	80	3	75	35	16	13	35	1.87
506943--507057	51	2.2	53	84	4	144	41	20	20	17	1.90
508346--508393	20	2.3	21	92	3	80	50	4	0	45	1.21
515769--515810	16	2.6	17	85	7	52	54	2	0	42	1.13
516680--516729	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
521240--521289	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
523169--523218	22	2.5	19	80	9	55	60	8	8	24	1.52
523333--523375	17	2.4	17	80	7	50	53	0	0	46	1.00
528127--528170	22	1.9	22	81	9	52	27	4	6	61	1.41
535215--535373	27	5.9	27	80	11	166	35	22	23	19	1.96
535233--535373	54	2.6	54	90	2	221	35	23	22	18	1.96
536981--537088	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
543067--543092	12	2.2	12	100	0	52	15	23	34	26	1.94
553553--553586	6	5.7	6	92	0	50	17	0	8	73	1.08
553548--553586	12	3.2	12	88	3	51	20	0	7	71	1.10
558289--558318	14	2.1	14	93	0	51	43	23	23	10	1.83
558312--558374	29	2.2	29	85	0	90	26	20	25	26	1.99
559066--559094	13	2.2	13	100	0	58	37	24	10	27	1.88
560202--560241	8	5.0	8	100	0	80	25	0	0	75	0.81
560202--560247	16	2.9	16	93	3	67	26	0	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
561015--561045	16	2.0	15	93	6	53	67	0	0	32	0.91
563701--563757	29	1.9	30	89	3	89	47	21	3	28	1.67
564057--564090	16	2.2	16	89	5	52	52	0	2	44	1.16
569357--569403	24	2.0	24	91	0	76	42	14	14	27	1.86
586433--586557	61	2.0	61	98	0	241	40	6	9	43	1.63
587060--587117	30	2.0	28	83	9	73	46	0	0	53	1.00
589811--589913	18	5.4	18	70	13	80	37	24	24	13	1.91
589831--589895	21	3.2	21	74	12	73	41	21	24	12	1.87
589813--589916	39	2.7	39	96	0	190	39	24	24	12	1.89
593545--593582	16	2.5	15	91	4	58	34	0	0	65	0.93
593713--593801	31	3.0	30	85	4	108	34	10	12	42	1.76
597406--597441	19	1.9	19	94	5	65	41	2	5	50	1.40
599579--599612	14	2.4	14	86	13	52	58	0	0	41	0.98
607515--607544	15	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
613802--613963	80	2.0	82	87	2	238	32	9	11	46	1.73
615759--615790	4	8.0	4	100	0	64	25	0	50	25	1.50
619872--619910	19	2.0	19	85	5	51	20	10	28	41	1.85
621345--621382	17	2.2	17	90	0	58	34	2	2	60	1.24
626371--626415	23	2.0	22	82	4	54	42	6	2	48	1.41
626543--626567	12	2.1	12	100	0	50	92	8	0	0	0.40
626554--626595	16	2.6	16	80	0	57	80	4	4	9	0.99
626903--626946	22	2.0	22	81	0	52	61	2	9	27	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
638902--638947	20	2.2	21	85	11	60	69	4	0	26	1.07
640058--640107	24	2.1	24	84	0	64	16	8	32	44	1.76
640436--640465	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
641664--641703	5	7.8	5	94	5	71	22	0	77	0	0.77
642985--643095	47	2.4	47	80	6	127	36	21	15	27	1.93
650020--650103	18	4.3	21	72	13	72	41	2	29	26	1.68
650020--650115	39	2.5	39	89	0	138	39	2	30	28	1.68
650101--650145	21	2.1	21	87	0	63	40	2	31	26	1.68
650122--650228	33	3.1	34	78	14	114	44	0	26	28	1.60
656914--656976	31	2.0	32	82	11	78	47	12	4	34	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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