genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  271  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87612654--87612680	5	5.4	5	100	0	54	18	62	18	0	1.32
87613810--87613857	21	2.3	20	80	16	53	58	6	29	6	1.47
87614892--87614945	11	5.6	10	83	16	62	1	25	1	70	1.07
87614890--87614945	20	2.8	21	80	19	59	1	26	1	69	1.08
87617576--87617600	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
87622025--87622052	12	2.3	12	100	0	56	14	0	0	85	0.59
87624762--87624799	20	1.9	20	89	10	60	55	0	0	44	0.99
87628044--87628202	27	5.9	27	79	11	166	35	20	24	19	1.96
87628062--87628202	54	2.6	54	89	2	221	35	21	24	18	1.96
87629804--87629911	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
87636099--87636257	27	5.9	27	81	11	175	35	22	23	18	1.96
87636117--87636257	54	2.6	54	92	2	230	35	24	22	17	1.95
87637879--87637986	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
87642663--87642710	22	2.1	23	85	11	64	62	0	2	35	1.07
87659291--87659380	17	5.4	17	64	16	53	58	2	1	37	1.17
87659352--87659411	30	2.0	30	87	6	86	65	0	3	31	1.09
87659825--87659879	28	2.0	28	82	7	67	69	3	1	25	1.15
87660354--87660411	29	2.0	29	93	0	98	43	15	22	18	1.88
87663027--87663087	29	2.1	30	93	6	108	22	3	14	59	1.51
87668557--87668605	23	2.0	25	84	7	66	67	6	0	26	1.14
87668932--87668966	15	2.2	17	90	10	56	62	2	5	28	1.32
87684266--87684373	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87689033--87689079	22	2.1	22	85	14	62	61	0	2	36	1.08
87706677--87706734	29	2.0	29	93	0	98	43	15	22	18	1.88
87709377--87709438	29	2.1	30	93	3	108	24	3	14	58	1.51
87711119--87711144	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
87715115--87715183	28	2.5	27	76	6	66	62	0	7	30	1.22
87715148--87715192	23	2.0	23	86	0	63	64	0	4	31	1.13
87715394--87715435	18	2.3	18	91	0	66	66	2	4	26	1.23
87715858--87715887	12	2.4	13	94	5	53	36	0	0	63	0.95
87716038--87716086	25	2.0	24	92	4	80	44	0	0	55	0.99
87716087--87716162	29	2.6	29	77	12	73	39	1	1	57	1.15
87716114--87716154	19	2.2	18	86	4	55	34	0	2	63	1.08
87720312--87720485	85	2.0	85	100	0	348	39	13	17	28	1.88
87723759--87723791	4	8.2	4	87	12	50	0	3	24	72	0.98
87735376--87735457	40	2.0	40	100	0	164	40	12	24	23	1.88
87743317--87743378	31	2.0	30	87	9	90	56	11	4	27	1.54
87753235--87753421	40	4.6	40	83	2	196	22	15	25	35	1.94
87754610--87754922	46	6.8	46	94	0	491	22	25	13	38	1.91
87758872--87758949	5	16.0	5	80	12	83	41	1	1	56	1.15
87760889--87760929	20	2.0	20	85	0	55	60	2	7	29	1.36
87766264--87766300	16	2.3	16	90	0	56	27	21	10	40	1.86
87770522--87770567	22	2.1	22	100	0	92	32	26	26	15	1.95
87771633--87772603	181	5.3	181	81	4	1015	33	15	19	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87771993--87772301	44	7.0	44	66	12	132	32	13	20	32	1.92
87771632--87772600	361	2.7	363	81	5	1118	33	15	19	31	1.93
87772537--87772642	41	2.6	41	84	0	131	33	21	16	28	1.95
87772625--87772784	44	3.6	44	78	0	176	28	19	23	28	1.98
87772584--87772772	88	2.2	86	84	2	245	30	20	21	27	1.98
87772619--87772792	88	2.0	88	87	0	249	31	18	22	27	1.97
87774207--87774417	3	71.3	3	74	8	139	27	5	2	63	1.29
87774335--87774441	56	1.9	56	86	5	153	25	4	3	66	1.28
87774209--87774443	15	16.8	14	66	24	58	26	5	2	65	1.28
87790567--87790659	48	1.9	48	85	8	127	40	26	12	19	1.88
87793570--87793645	25	3.2	24	87	9	102	15	22	23	38	1.93
87793578--87793658	23	3.4	23	86	3	99	16	23	23	37	1.94
87794495--87794694	81	2.5	82	81	0	240	34	23	19	23	1.97
87794495--87794713	41	5.4	41	79	1	206	35	23	18	22	1.95
87795062--87795125	14	4.6	14	72	16	53	15	3	34	46	1.62
87795088--87795161	35	2.1	35	82	5	87	12	5	33	48	1.63
87796030--87796175	37	3.9	37	79	0	175	17	47	10	24	1.78
87798034--87798194	9	17.6	9	73	15	116	42	22	1	33	1.64
87798038--87798194	64	2.4	64	88	4	217	41	22	1	33	1.65
87798038--87798176	56	2.3	61	86	9	189	40	22	2	35	1.66
87801087--87801115	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
87804624--87804652	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87805530--87805733	43	4.7	43	82	3	225	29	30	15	24	1.96
87810499--87810529	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
87810609--87810638	12	2.5	12	94	0	51	73	0	26	0	0.84
87811908--87811975	31	2.2	30	82	15	77	48	0	14	36	1.44
87816809--87816919	40	2.8	40	82	4	127	27	24	20	27	1.99
87816865--87816971	40	2.7	40	81	11	130	24	24	19	31	1.98
87817228--87817273	22	2.1	22	83	0	56	21	0	32	45	1.52
87817228--87817374	29	5.1	29	73	12	117	20	1	34	44	1.60
87817233--87817352	14	8.4	14	74	13	84	17	1	35	45	1.59
87817228--87817375	7	20.7	7	70	9	75	20	1	34	43	1.60
87817469--87817511	14	3.2	13	87	9	59	18	2	32	46	1.62
87817537--87817584	15	3.3	15	77	16	55	18	0	33	47	1.49
87817532--87817581	22	2.3	21	77	16	57	22	0	30	48	1.51
87818304--87818366	19	3.8	17	78	13	69	65	1	0	33	1.03
87818331--87818370	7	5.7	7	93	0	71	72	0	0	27	0.85
87818316--87818371	21	2.8	19	82	15	69	69	1	0	28	0.98
87818332--87818377	22	2.2	20	84	11	56	69	2	0	28	1.00
87821357--87821397	22	2.0	22	85	9	59	14	24	4	56	1.58
87823299--87823456	86	1.9	84	85	2	217	25	17	27	29	1.97
87823299--87823456	43	3.7	42	84	3	183	25	17	27	29	1.97
87825516--87825555	21	1.9	21	94	0	71	37	15	15	32	1.88
87829435--87829475	21	2.0	21	85	0	55	29	21	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87832094--87832281	96	2.0	95	90	3	297	34	15	14	35	1.89
87837753--87837777	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
87841876--87841932	30	1.9	30	85	7	80	21	33	29	15	1.94
87847260--87847368	43	2.5	43	81	0	146	23	30	20	25	1.98
87851794--87851826	17	1.9	17	93	0	57	21	0	0	78	0.75
87851795--87851834	17	2.4	17	86	0	53	25	0	0	75	0.81
87860903--87861479	172	3.4	169	78	8	548	29	18	23	29	1.97
87869055--87869257	100	2.0	100	95	0	361	35	19	14	30	1.92
87871057--87871096	20	2.0	20	90	0	62	40	25	27	7	1.82
87874376--87874436	30	2.0	30	100	0	122	34	16	22	26	1.95
87878393--87878421	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
87883032--87883085	20	2.8	20	71	2	56	64	1	0	33	1.04
87883046--87883109	31	2.1	31	88	5	94	59	3	0	37	1.13
87883066--87883112	8	6.1	8	78	7	53	59	2	0	38	1.09
87883026--87883110	31	2.9	28	78	15	84	60	3	0	36	1.14
87885829--87886078	46	5.4	45	86	3	286	22	22	14	41	1.89
87885991--87886066	25	3.2	25	64	27	65	22	21	11	44	1.84
87885829--87886085	92	2.8	92	86	2	329	22	22	13	41	1.88
87885865--87886085	46	4.8	46	90	0	307	22	23	13	40	1.89
87886070--87886170	45	2.2	45	87	0	139	21	22	18	36	1.95
87886186--87886341	33	4.7	33	71	9	102	23	25	19	31	1.98
87889579--87889632	20	2.8	20	71	2	56	64	1	0	33	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87890702--87890792	45	2.0	45	100	0	182	31	15	10	41	1.82
87895796--87895883	44	2.0	42	85	8	115	50	3	9	37	1.51
87896000--87896154	79	2.0	80	97	1	294	40	10	9	40	1.71
87903385--87903418	10	3.3	11	88	12	54	50	0	0	50	1.00
87916163--87916198	15	2.4	15	100	0	72	8	58	0	33	1.28
87918253--87918300	11	4.7	11	75	17	50	66	2	0	31	1.03
87918256--87918300	19	2.4	19	80	0	63	68	2	0	28	1.01
87922594--87922648	27	2.0	27	89	0	83	30	16	36	16	1.91
87922640--87922693	27	2.0	27	85	0	72	24	22	25	27	2.00
87923174--87923225	27	1.9	27	88	0	77	17	36	17	28	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320