genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30065891--30066339	43	10.2	41	67	19	178	31	18	24	25	1.98
30065623--30066671	351	3.0	352	89	2	1563	31	18	23	26	1.97
30065623--30066671	527	2.0	529	88	2	1556	31	18	23	26	1.97
30066911--30066937	7	3.9	7	100	0	54	74	25	0	0	0.83
30069066--30069237	46	3.7	46	76	14	183	29	29	19	21	1.98
30069073--30069244	93	1.8	93	92	2	292	28	28	20	22	1.99
30069074--30069260	46	4.0	45	71	19	134	28	28	20	22	1.98
30071669--30071712	24	1.9	22	81	9	52	27	4	6	61	1.41
30078895--30079002	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
30081408--30081443	17	2.1	17	100	0	72	19	19	0	61	1.35
30082172--30082210	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
30083771--30083798	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
30098528--30098856	166	2.0	165	89	1	507	49	11	12	27	1.74
30100700--30100728	10	2.7	11	89	10	51	48	17	0	34	1.47
30119684--30119798	57	2.1	54	82	8	133	36	21	22	19	1.95
30119684--30119798	28	4.1	29	80	12	109	36	21	22	19	1.95
30120212--30120251	8	5.0	8	82	11	55	5	22	25	47	1.71
30121223--30121269	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
30138424--30138526	42	2.5	42	90	3	154	30	26	15	28	1.96
30144283--30144317	16	2.2	16	94	0	61	51	17	22	8	1.72
30144283--30144333	24	2.1	24	85	0	66	52	15	19	11	1.73
30144549--30144663	29	4.0	29	75	5	108	27	13	31	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30145698--30145732	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
30159623--30159800	27	6.6	27	86	3	223	30	27	14	27	1.95
30159644--30159799	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
30169760--30169791	17	1.9	16	93	6	55	28	12	28	31	1.93
30170588--30170691	50	2.1	50	98	0	199	31	7	20	40	1.80
30170592--30170668	23	3.2	23	64	25	59	31	7	20	40	1.81
30172992--30173038	10	4.9	10	79	10	53	29	17	38	14	1.89
30172992--30173039	19	2.5	19	89	0	69	29	16	37	16	1.91
30173113--30173220	28	3.8	29	77	10	98	29	13	31	25	1.94
30180408--30180451	16	2.8	16	82	6	54	52	15	20	11	1.74
30180407--30180459	24	2.3	23	80	6	61	52	16	18	11	1.73
30180674--30180788	29	4.0	29	75	5	108	29	13	30	26	1.94
30181822--30181856	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
30197115--30197292	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
30197116--30197271	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
30197112--30197292	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
30198707--30198814	42	2.6	42	92	0	171	18	29	29	22	1.97
30198747--30198986	109	2.2	109	93	0	426	27	28	25	18	1.98
30208936--30209097	81	2.0	81	97	0	306	38	16	22	23	1.93
30220127--30220429	40	7.6	40	89	2	387	27	28	20	24	1.99
30228120--30228422	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
30235352--30235501	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30235376--30235559	67	2.8	64	76	8	185	30	17	29	22	1.97
30239818--30240001	67	2.8	64	78	7	201	29	16	29	23	1.96
30244591--30244628	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
30244827--30244892	25	2.6	26	79	13	75	53	1	0	45	1.09
30245067--30245137	27	2.6	28	82	6	76	52	2	1	43	1.24
30245043--30245248	90	2.3	91	87	2	297	47	3	3	45	1.38
30251159--30251205	18	2.8	17	87	6	60	34	0	0	65	0.93
30252720--30252770	25	2.1	24	85	10	68	56	5	1	35	1.35
30252876--30252920	22	2.0	23	82	4	56	60	6	13	20	1.55
30258649--30258703	25	2.2	24	93	3	92	49	3	14	32	1.61
30258731--30258823	45	2.1	45	97	0	177	48	16	10	24	1.78
30261547--30261601	7	7.9	7	86	8	76	29	10	0	60	1.31
30280024--30280195	86	2.0	86	98	0	335	31	13	29	24	1.94
30280282--30280331	25	2.0	25	96	0	91	40	14	12	34	1.82
30280739--30280909	46	3.7	46	80	6	175	22	27	21	29	1.99
30284905--30285082	27	6.6	27	84	3	196	29	28	15	26	1.96
30284926--30285081	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
30288562--30288681	55	2.2	54	87	1	168	14	22	35	28	1.93
30289732--30289774	21	2.0	21	100	0	86	37	20	27	13	1.91
30289736--30289781	21	2.2	21	92	0	74	41	19	26	13	1.88
30293088--30293115	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
30299281--30299344	32	2.0	32	100	0	128	21	25	9	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30302095--30302205	50	2.2	50	90	0	177	24	29	16	29	1.96
30304381--30304434	20	2.7	19	75	11	54	38	20	25	14	1.91
30306817--30306875	26	2.2	27	84	3	75	42	6	15	35	1.73
30308491--30308651	46	3.4	46	78	7	121	23	29	18	28	1.97
30326940--30326990	17	3.0	17	88	0	75	33	15	13	37	1.87
30327665--30327776	41	2.8	40	73	9	104	29	27	20	22	1.98
30329156--30329219	21	3.1	21	69	22	64	0	23	10	65	1.24
30329147--30329224	40	1.9	41	94	2	140	0	25	10	64	1.25
30329236--30329283	5	9.2	5	93	6	78	60	0	0	39	0.97
30329236--30329283	21	2.3	20	92	7	78	60	0	0	39	0.97
30329236--30329292	21	2.7	21	86	10	64	61	1	0	36	1.07
30330835--30330909	24	3.1	24	90	0	114	50	20	16	13	1.77
30330846--30330909	12	5.3	12	71	0	56	54	20	14	10	1.69
30331204--30331231	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
30332168--30332213	22	2.1	22	83	0	56	41	21	23	13	1.88
30332226--30332319	25	3.9	24	82	10	102	36	20	23	20	1.95
30333618--30333668	17	3.0	17	88	0	75	33	15	13	37	1.87
30334344--30334454	37	2.8	40	74	8	111	29	27	20	22	1.99
30335841--30335904	21	3.1	21	69	22	64	0	23	10	65	1.24
30335832--30335909	40	1.9	41	94	2	140	0	25	10	64	1.25
30335929--30335979	3	19.0	3	74	22	51	60	0	0	39	0.97
30335921--30335982	5	12.2	5	85	14	83	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30335921--30335982	24	2.5	23	84	12	70	59	0	0	40	0.97
30336610--30336914	47	6.5	47	77	9	175	23	29	19	27	1.98
30336699--30336917	47	4.7	46	80	6	203	22	30	20	26	1.98
30344841--30344932	17	5.5	17	69	23	61	41	4	3	51	1.38
30344824--30344897	12	6.8	11	71	20	50	43	2	2	51	1.30
30350530--30350563	16	2.1	17	89	10	54	23	14	0	61	1.33
30359004--30359173	46	3.7	46	75	13	168	29	27	20	22	1.98
30359009--30359179	93	1.8	93	88	0	261	28	28	20	22	1.99
30359601--30359660	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
30366152--30366259	46	2.4	45	86	9	141	24	30	19	25	1.98
30366043--30366302	47	5.5	44	74	14	127	23	29	18	28	1.98
30387966--30388135	40	4.3	40	90	0	225	27	27	21	24	1.99
30387966--30388112	79	1.9	80	89	1	233	27	27	20	24	1.99
30387964--30388188	80	2.8	79	82	3	245	27	27	20	24	1.99
30387964--30388188	40	5.7	40	83	5	179	27	27	20	24	1.99
30396016--30396119	52	2.0	52	98	0	199	47	13	18	21	1.82
30399064--30399102	15	2.5	15	87	8	51	0	33	2	64	1.08
30400996--30401098	6	17.3	6	93	2	154	15	4	0	79	0.89
30405179--30405279	24	4.2	24	94	0	157	32	1	40	24	1.67
30406690--30406766	27	2.9	26	88	5	109	16	24	22	36	1.94
30411145--30411322	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
30416414--30416524	27	4.2	26	88	5	150	16	24	22	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30420989--30421061	39	1.9	37	83	10	94	50	4	2	42	1.35
30425206--30425231	5	5.2	5	100	0	52	0	61	0	38	0.96
30432294--30432339	24	1.9	24	90	0	74	56	6	2	34	1.37
30437916--30438057	18	7.9	18	72	9	101	38	15	11	35	1.83
30437915--30438048	54	2.5	55	80	7	148	37	14	11	35	1.84
30437916--30438057	36	3.9	36	74	9	119	38	15	11	35	1.83
30439362--30439539	46	3.8	46	74	10	182	30	28	20	20	1.98
30439369--30439540	93	1.8	93	89	0	272	29	28	20	20	1.98
30446947--30447118	93	1.8	93	93	0	299	27	28	22	21	1.99
30446940--30447115	46	3.8	46	78	12	198	28	28	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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