genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21924390--21924570	81	2.2	81	77	0	200	34	20	8	36	1.83
21924525--21924759	81	2.9	81	88	4	341	41	20	8	29	1.82
21925767--21925916	26	5.8	26	92	0	248	26	23	23	26	2.00
21925767--21925916	52	2.9	52	97	1	284	26	23	23	26	2.00
21926061--21926152	42	2.2	42	88	0	130	29	14	21	34	1.93
21926176--21926254	31	2.5	31	89	0	122	30	17	24	27	1.97
21934824--21934848	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
21935318--21935371	27	2.0	27	92	0	90	22	3	25	48	1.67
21939158--21939209	26	2.0	26	100	0	104	30	30	7	30	1.85
21941327--21941455	49	2.6	49	82	0	159	25	28	18	27	1.98
21941986--21942070	31	2.7	31	90	1	125	57	21	7	14	1.60
21942766--21942794	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
21947829--21947969	9	15.7	9	92	0	201	31	0	23	44	1.58
21948241--21948307	29	2.3	28	87	7	98	55	0	0	44	0.99
21948542--21948588	24	2.0	24	91	0	76	42	4	19	34	1.70
21951244--21951303	27	2.4	25	83	13	70	31	18	35	15	1.91
21951254--21951308	27	2.0	28	92	3	94	27	18	36	18	1.94
21952015--21952115	26	3.9	26	84	7	134	44	3	5	45	1.46
21952235--21952269	15	2.4	15	90	4	54	40	37	0	22	1.55
21952348--21952451	38	2.8	37	81	8	122	34	40	0	24	1.62
21952424--21952488	15	4.3	15	75	13	53	38	38	1	21	1.63
21952420--21952488	29	2.3	30	85	5	95	36	40	1	21	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21952424--21952492	22	3.1	22	81	10	86	39	37	1	21	1.63
21952561--21952600	7	5.7	7	84	0	53	52	30	0	17	1.45
21952563--21952600	14	2.7	14	95	0	67	52	28	0	18	1.45
21953299--21953401	41	2.5	42	93	3	174	29	20	16	33	1.94
21953293--21953505	40	5.3	39	77	7	158	24	20	21	33	1.97
21955230--21955270	22	1.9	22	90	5	66	19	26	41	12	1.87
21956431--21956553	47	2.6	47	81	5	131	22	28	20	28	1.99
21956426--21956746	46	6.8	47	73	12	203	23	30	18	28	1.98
21957415--21957439	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
21972349--21972387	19	2.0	20	85	14	55	38	15	0	46	1.46
21972567--21972726	43	3.7	43	80	5	180	31	26	17	23	1.97
21976907--21977005	28	3.4	28	75	15	92	27	26	22	24	2.00
21976907--21977010	33	3.3	33	76	13	119	27	25	22	24	1.99
21977168--21977219	27	2.0	26	84	3	68	36	21	23	19	1.95
21977356--21977527	27	6.4	27	84	0	209	24	19	18	37	1.94
21977358--21977528	81	2.1	81	89	2	254	25	19	18	36	1.94
21981875--21982098	47	4.8	47	83	7	269	29	19	29	21	1.98
21981875--21982095	46	4.7	47	82	7	254	28	19	29	22	1.98
21981880--21982095	93	2.3	93	84	7	269	28	19	29	22	1.98
21982077--21982119	21	2.0	21	95	0	77	27	23	30	18	1.98
21982916--21983024	37	2.9	37	93	0	182	27	31	18	22	1.97
21983165--21983504	48	7.0	48	96	0	599	31	27	6	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21991189--21991227	20	2.0	20	84	0	51	12	0	17	69	1.19
22009123--22009236	42	2.7	43	76	2	115	28	26	17	27	1.98
22012576--22012840	49	5.6	49	72	14	146	26	29	18	26	1.98
22012724--22012849	46	2.7	47	81	7	150	23	30	19	26	1.98
22013091--22013149	29	2.0	29	100	0	118	35	27	6	30	1.83
22015837--22015894	30	1.9	30	92	0	98	29	24	5	41	1.76
22023324--22023377	25	2.2	25	83	6	65	22	14	18	44	1.86
22023404--22023470	31	2.1	33	83	8	84	46	8	17	26	1.78
22025336--22025384	24	2.0	24	96	0	89	44	4	18	32	1.68
22038486--22038554	34	2.0	34	100	0	138	33	2	5	57	1.37
22038496--22038556	9	7.0	9	75	14	56	37	1	4	55	1.31
22046146--22046269	27	4.6	27	81	5	133	28	27	16	28	1.97
22046146--22046270	54	2.3	55	83	5	155	28	27	16	28	1.97
22048654--22048722	21	3.2	21	65	15	50	42	1	20	36	1.61
22048634--22048723	44	2.0	44	97	0	171	41	2	18	37	1.63
22051737--22051773	19	1.9	19	88	0	56	27	0	8	64	1.21
22057665--22057706	15	2.8	15	79	10	50	16	11	19	52	1.74
22077536--22077707	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
22077483--22077705	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
22077563--22077740	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
22083531--22083607	39	2.0	39	89	0	118	22	24	25	27	2.00
22084255--22084295	21	2.0	21	100	0	82	43	14	2	39	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22086116--22086140	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
22089936--22090137	40	5.1	40	89	3	277	25	27	22	24	2.00
22099876--22099900	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
22100948--22101038	46	2.0	46	86	4	130	25	31	18	24	1.97
22101643--22101688	24	1.9	24	100	0	92	17	13	21	47	1.81
22105612--22105681	22	3.2	22	93	4	115	37	30	12	20	1.90
22107195--22107236	19	2.2	19	100	0	84	35	30	0	33	1.58
22110167--22110287	43	2.8	44	76	9	117	33	25	14	25	1.94
22112484--22112555	25	2.8	25	81	10	83	27	22	26	23	1.99
22123354--22123449	40	2.4	39	82	3	120	29	26	14	30	1.95
22124288--22124327	21	1.9	21	85	10	55	35	32	12	20	1.90
22128580--22128751	46	3.7	45	79	10	195	21	19	29	29	1.98
22128573--22128743	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
22131706--22131761	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
22135750--22135786	18	2.1	18	100	0	74	43	10	5	40	1.63
22139195--22139236	17	2.4	17	96	4	75	23	0	0	76	0.79
22139192--22139238	11	4.4	11	78	5	51	25	0	0	74	0.82
22142213--22142388	50	3.5	49	83	6	210	28	27	17	26	1.97
22142213--22142396	101	1.8	99	87	2	269	28	27	17	26	1.98
22144622--22144658	7	5.3	7	86	0	56	32	0	51	16	1.45
22145959--22145999	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
22147718--22147972	55	4.8	53	79	8	218	21	24	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22147765--22147965	108	1.8	110	88	4	309	22	24	18	34	1.96
22155969--22156077	54	2.0	54	98	0	209	25	22	15	36	1.93
22156952--22156980	13	2.2	13	100	0	58	13	27	6	51	1.66
22170047--22170154	45	2.4	45	82	8	116	27	26	22	23	1.99
22170485--22170679	43	4.6	43	93	1	320	30	32	24	12	1.93
22170672--22170744	38	1.9	38	85	0	101	30	24	23	21	1.99
22174513--22174638	45	2.9	45	82	8	127	24	26	23	26	2.00
22174967--22175164	43	4.6	43	89	2	308	31	31	24	12	1.92
22174954--22175185	129	1.8	129	86	3	326	30	31	23	14	1.94
22175157--22175240	38	2.2	38	84	0	114	30	27	20	21	1.98
22177471--22177545	20	3.8	20	86	8	68	41	9	16	33	1.80
22177499--22177546	20	2.4	20	96	0	87	37	12	18	31	1.88
22177596--22177731	26	5.3	26	87	4	181	28	20	23	27	1.99
22177596--22177731	52	2.7	52	92	5	217	28	20	23	27	1.99
22179245--22179270	12	2.2	12	100	0	52	11	23	50	15	1.76
22185789--22185833	20	2.2	20	96	0	81	37	8	17	35	1.81
22185798--22185845	20	2.4	20	92	0	78	37	10	18	33	1.85
22185891--22185946	26	2.2	25	90	3	85	32	21	23	23	1.98
22188474--22188631	68	2.3	67	97	0	280	31	14	30	24	1.95
22205844--22206001	68	2.3	67	95	0	262	32	14	28	24	1.95
22207388--22207509	46	2.7	43	83	12	147	22	31	18	27	1.98
22220715--22220827	48	2.4	48	85	2	149	30	22	13	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22220736--22220831	46	2.1	45	81	11	108	30	23	12	33	1.92
22225056--22225174	47	2.6	47	81	6	136	26	22	14	36	1.93
22228482--22228659	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
22228483--22228638	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
22228479--22228659	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
22254120--22254171	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
22257119--22257357	41	5.8	41	88	6	299	27	20	24	28	1.99
22264752--22264989	41	5.8	41	88	6	297	27	19	24	28	1.99
22279402--22279595	50	4.0	49	76	6	196	30	9	18	41	1.82
22287950--22288211	39	6.7	40	87	7	328	24	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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