genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89281720--89281835	58	2.0	58	100	0	232	29	5	10	55	1.55
89301617--89301731	56	2.1	56	98	0	221	32	26	15	25	1.96
89303646--89303704	29	2.1	28	82	14	70	35	10	6	47	1.64
89305677--89305732	21	2.7	21	94	0	94	26	35	8	28	1.87
89305846--89305901	21	2.7	21	91	0	85	28	7	35	28	1.84
89307880--89308039	32	5.0	32	88	0	239	45	8	11	34	1.72
89307880--89308039	64	2.5	64	91	0	266	45	8	11	34	1.72
89313340--89313377	18	2.1	18	90	0	58	0	50	0	50	1.00
89313344--89313376	11	2.9	12	91	8	52	0	51	0	48	1.00
89313839--89313906	3	22.3	3	73	8	57	30	1	5	61	1.28
89313846--89313917	23	3.1	23	82	11	67	31	2	9	55	1.47
89314289--89314332	22	2.0	23	86	13	65	31	6	6	54	1.53
89320995--89321172	27	6.6	27	83	5	180	29	27	15	27	1.96
89321016--89321171	82	1.9	81	86	3	224	28	27	16	27	1.97
89329113--89329208	27	3.6	27	85	2	122	26	28	17	28	1.98
89342327--89342423	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
89344536--89344618	30	2.7	30	80	12	89	13	21	2	62	1.42
89344569--89344624	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
89344594--89344618	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
89344687--89344743	5	11.0	5	76	14	53	1	15	3	78	0.96
89344691--89344739	26	1.9	25	84	12	64	2	14	4	79	0.97
89344700--89344754	20	2.7	20	78	18	60	0	16	5	78	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89347313--89347409	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
89351338--89351372	12	2.9	12	86	0	52	71	0	22	5	1.07
89351396--89351449	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
89373153--89373355	74	2.7	74	84	4	259	28	18	24	28	1.98
89373517--89373545	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
89373219--89373953	164	4.5	162	75	16	527	27	19	21	31	1.97
89373443--89373716	90	3.1	89	85	4	349	25	19	19	35	1.96
89373288--89373785	254	2.0	254	93	0	854	26	20	20	32	1.97
89373642--89373850	73	2.9	72	85	7	278	27	20	22	30	1.98
89373388--89374001	327	1.9	318	81	8	738	27	18	20	33	1.96
89374436--89374546	53	2.1	53	96	0	204	25	21	14	38	1.91
89375785--89375858	3	24.3	3	75	8	69	31	1	5	62	1.26
89375803--89375869	23	3.0	23	80	8	59	31	2	8	56	1.45
89375958--89375987	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
89376247--89376290	22	2.0	23	86	13	65	31	6	6	54	1.53
89378555--89378593	19	2.1	19	95	0	69	28	23	20	28	1.99
89378656--89378713	25	2.3	25	87	0	89	44	10	29	15	1.79
89379370--89379404	18	1.9	18	100	0	70	45	31	11	11	1.76
89383398--89383430	13	2.4	14	85	10	50	18	18	15	48	1.81
89393474--89393561	43	2.0	43	89	4	133	36	20	18	25	1.95
89396552--89396605	28	1.9	28	85	7	74	46	0	0	53	1.00
89402346--89402370	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89403578--89403678	42	2.4	42	76	1	103	28	13	24	32	1.94
89403736--89403858	48	2.6	48	86	2	158	26	19	26	26	1.99
89422816--89422966	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
89427950--89428042	46	2.0	46	100	0	186	21	27	15	35	1.93
89430370--89430520	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
89446646--89446727	25	3.3	24	72	16	78	34	0	3	62	1.13
89451791--89451829	21	1.9	21	94	5	71	2	25	0	71	0.98
89451882--89451906	9	2.8	9	100	0	50	44	8	0	48	1.32
89452528--89452552	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
89452754--89452798	23	2.0	22	95	4	81	57	0	0	42	0.98
89452753--89452825	23	3.0	23	77	15	74	50	1	0	47	1.09
89452763--89452825	27	2.2	28	78	13	67	47	1	0	50	1.10
89461942--89462004	28	2.2	29	83	13	87	44	1	0	53	1.10
89463973--89464100	3	43.0	3	71	13	68	29	5	5	59	1.43
89465889--89465960	36	2.0	36	94	0	126	38	13	19	27	1.90
89466244--89466285	19	2.2	19	83	8	50	21	23	16	38	1.93
89470925--89471337	44	9.4	44	64	13	143	33	21	23	21	1.97
89470868--89471915	88	11.9	88	87	1	1404	33	21	23	21	1.97
89473316--89473443	3	43.0	3	71	13	50	29	6	6	57	1.48
89473347--89473443	15	6.3	15	73	7	70	31	8	5	54	1.52
89475590--89475649	28	2.1	28	81	9	68	21	1	16	60	1.45
89499399--89499448	12	4.2	13	78	17	54	54	0	4	42	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89499300--89499415	62	1.9	59	85	5	160	53	5	1	39	1.33
89499385--89499444	29	2.1	29	90	0	93	56	1	5	36	1.31
89501208--89501236	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
89506084--89506137	18	3.0	19	78	10	60	57	0	0	42	0.98
89507350--89507375	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
89517374--89517481	38	2.8	38	88	0	144	19	23	27	29	1.98
89517474--89517596	43	2.9	43	92	0	210	12	26	32	29	1.92
89519115--89519218	48	2.2	48	82	6	122	29	22	29	18	1.97
89521079--89521253	46	3.8	45	77	7	181	29	30	20	20	1.97
89521086--89521258	93	1.9	93	92	0	292	28	30	20	20	1.98
89527489--89527681	47	4.0	49	81	9	200	30	29	17	23	1.97
89529580--89529690	44	2.6	43	71	9	109	26	23	18	31	1.98
89529654--89530059	90	4.6	88	75	11	294	22	23	19	34	1.96
89529661--89530095	44	9.8	44	67	17	175	22	23	20	33	1.97
89537021--89537186	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
89555011--89555121	53	2.1	52	80	9	118	30	29	1	37	1.68
89555477--89555514	19	2.0	19	94	0	67	31	10	23	34	1.89
89557939--89558101	49	3.6	45	83	8	156	30	26	14	28	1.95
89557965--89558101	49	2.9	48	89	4	188	29	27	13	29	1.94
89557939--89558148	95	2.3	91	79	8	221	30	25	14	29	1.95
89557981--89558148	47	3.6	46	86	4	185	29	26	15	29	1.96
89558184--89558325	31	4.6	31	90	1	214	26	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89558301--89558429	50	2.5	51	92	2	215	25	23	17	34	1.96
89561517--89561612	47	2.0	48	85	2	131	20	15	30	33	1.94
89571884--89571936	24	2.2	24	86	0	70	22	22	24	30	1.99
89572595--89572633	15	2.6	16	84	8	55	53	0	12	33	1.39
89574942--89575454	261	2.0	263	85	1	708	35	18	18	27	1.94
89574938--89575454	132	3.9	131	77	3	513	35	18	18	27	1.94
89576512--89576537	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
89579603--89579627	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
89579881--89579949	30	2.3	30	82	7	77	33	17	4	44	1.68
89584766--89585999	411	3.0	411	97	0	2324	32	22	17	27	1.96
89589502--89589540	14	2.8	14	100	0	78	58	12	7	20	1.58
89590369--89590412	7	6.3	7	84	10	63	70	0	2	27	0.99
89591891--89591953	33	1.9	33	100	0	126	36	0	33	30	1.58
89594837--89594904	30	2.3	30	84	5	84	47	7	17	27	1.74
89600525--89600639	27	4.3	26	84	9	115	37	22	22	17	1.94
89600525--89600639	54	2.1	54	85	3	151	37	22	22	17	1.94
89602257--89602366	26	4.2	26	94	2	168	36	23	4	35	1.76
89602362--89602393	10	3.2	10	95	0	55	31	6	9	53	1.58
89610979--89611101	33	3.7	33	76	8	101	30	21	26	21	1.98
89611115--89611226	45	2.5	45	86	0	152	38	16	23	21	1.93
89611111--89611375	46	5.8	46	87	0	264	40	15	22	21	1.90
89611201--89611447	46	5.3	46	86	1	298	41	13	23	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89614174--89614238	29	2.2	31	83	10	82	35	0	3	61	1.12
89614216--89614240	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
89617921--89617948	14	2.0	14	100	0	56	57	14	7	21	1.61
89624806--89624902	40	2.5	38	72	6	95	35	37	12	15	1.85
89626246--89626276	15	2.1	15	100	0	62	35	19	12	32	1.90
89633399--89633467	34	2.0	34	97	0	129	37	40	10	11	1.75
89638994--89639075	29	2.8	29	83	0	83	58	2	4	34	1.32
89639022--89639073	19	2.7	18	78	21	52	61	3	1	32	1.25
89642101--89642158	30	2.0	29	82	3	71	56	3	0	39	1.16
89646172--89646237	25	2.7	24	76	9	62	30	3	4	62	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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