genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.301.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  301  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95755067--95755092	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
95758923--95759031	51	2.1	51	98	1	209	26	19	11	43	1.84
95761513--95761569	30	1.9	30	85	7	80	22	50	3	22	1.64
95773374--95773614	115	2.1	115	98	0	464	53	5	4	36	1.47
95773921--95773987	27	2.5	27	76	7	66	50	0	0	49	1.00
95775973--95776020	19	2.5	20	80	12	66	33	0	2	64	1.05
95777693--95777730	18	2.1	18	85	9	51	50	0	0	50	1.00
95777675--95777741	24	2.9	24	76	12	68	56	0	0	43	0.99
95792527--95792570	19	2.3	18	80	7	52	29	2	11	56	1.46
95794113--95794149	18	2.1	18	90	5	58	62	10	0	27	1.28
95797774--95797840	28	2.3	29	80	12	84	53	5	4	35	1.46
95799033--95799091	29	2.0	30	93	3	102	52	13	3	30	1.57
95800301--95800342	21	2.0	21	100	0	84	33	23	28	14	1.94
95800943--95801025	42	2.0	42	83	4	105	40	8	26	24	1.83
95803797--95804055	108	2.4	108	85	3	389	38	5	10	45	1.60
95806494--95806532	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
95807157--95807229	27	2.7	27	81	8	78	30	9	4	56	1.50
95807183--95807234	27	1.9	27	92	7	88	30	5	0	63	1.18
95807142--95807236	25	3.8	25	72	15	79	29	7	3	60	1.40
95807774--95808146	127	2.9	127	81	1	417	26	15	19	38	1.91
95809199--95809486	42	6.6	46	77	15	199	30	26	14	28	1.95
95809232--95809439	91	2.4	83	82	11	233	31	26	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95809335--95809406	36	2.0	36	100	0	144	30	30	16	22	1.96
95809371--95809490	47	2.6	46	86	2	159	30	26	15	28	1.96
95809508--95809588	31	2.6	31	90	0	126	25	28	22	23	1.99
95809570--95809694	50	2.5	50	88	3	182	25	22	17	34	1.96
95815382--95815408	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
95816667--95816712	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
95818487--95818529	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
95821006--95821108	3	34.0	3	85	1	71	54	2	9	33	1.48
95823141--95823182	21	2.0	22	85	4	59	73	7	0	19	1.05
95829103--95829144	12	3.5	12	93	0	75	0	21	30	47	1.51
95831514--95831656	63	2.3	61	79	7	160	37	16	6	39	1.73
95832872--95832930	29	2.0	30	86	3	84	49	15	6	28	1.70
95833714--95833752	9	4.4	9	80	6	53	66	2	2	28	1.18
95833745--95833783	20	2.0	19	90	5	60	53	5	2	38	1.37
95833801--95833835	19	1.9	19	88	11	56	60	2	2	34	1.26
95833739--95833916	27	6.5	27	67	19	77	57	3	4	33	1.37
95834534--95834594	19	3.3	19	75	11	54	24	1	4	68	1.18
95835977--95836013	19	2.0	20	84	10	51	32	2	5	59	1.34
95838112--95838148	15	2.3	17	86	9	51	54	2	8	35	1.44
95843312--95843337	12	2.2	12	100	0	52	42	7	42	7	1.62
95844896--95844923	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
95845600--95845628	13	2.2	13	100	0	58	24	0	20	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95856550--95856590	21	2.0	21	85	0	55	9	12	4	73	1.24
95861556--95861663	55	2.0	55	100	0	216	33	20	14	31	1.93
95866155--95866216	13	4.7	13	76	4	70	25	9	25	38	1.86
95866155--95866216	27	2.3	26	86	5	88	25	9	25	38	1.86
95866442--95866491	20	2.6	20	81	6	59	56	0	2	42	1.11
95871699--95871785	33	2.6	32	82	10	104	45	1	3	49	1.26
95871962--95872003	21	1.9	22	85	9	59	50	2	2	45	1.27
95886249--95886289	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
95890182--95890215	17	1.9	18	94	5	61	67	0	0	32	0.91
95890434--95890469	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
95890450--95890540	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
95890705--95890741	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
95890685--95890974	120	2.4	120	88	3	438	48	4	2	44	1.36
95891162--95891210	19	2.5	19	96	3	89	55	6	0	38	1.25
95891232--95891299	17	4.2	17	74	22	67	57	1	0	41	1.08
95891225--95891264	14	2.9	15	82	14	50	52	0	0	47	1.00
95891231--95891297	16	4.3	15	71	25	50	56	1	0	41	1.08
95896694--95896730	16	2.3	17	81	13	51	62	0	0	37	0.96
95896698--95896736	5	7.4	5	85	8	51	61	2	0	35	1.10
95896694--95896736	11	4.0	11	84	6	52	60	2	0	37	1.10
95896694--95896736	21	2.0	22	86	4	61	60	2	0	37	1.10
95898637--95898797	51	3.2	51	93	0	277	31	22	12	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95909668--95909731	31	2.1	31	96	0	119	56	7	0	35	1.28
95910471--95910521	17	2.9	17	85	2	57	37	5	17	39	1.74
95910499--95910549	24	2.2	23	82	6	59	31	5	17	45	1.72
95915174--95915229	28	2.0	28	96	0	103	44	7	16	32	1.74
95915281--95915434	52	2.9	52	85	2	202	25	18	27	27	1.98
95915576--95915639	31	2.1	31	100	0	128	43	9	28	18	1.81
95924460--95924505	17	2.8	17	83	9	51	50	2	4	43	1.34
95928493--95928558	32	2.1	32	100	0	132	39	25	16	18	1.91
95934228--95934265	12	3.1	13	85	7	53	34	0	0	65	0.93
95950184--95950316	53	2.5	53	90	3	198	27	16	26	29	1.97
95955890--95955930	21	1.9	22	90	5	66	29	4	21	43	1.73
95957905--95957958	26	2.2	24	83	12	65	55	1	1	40	1.21
95958263--95958404	31	4.4	31	73	8	113	48	4	6	40	1.48
95958348--95958412	33	2.0	33	87	0	94	49	6	4	40	1.48
95961961--95962018	24	2.4	24	80	8	73	77	0	15	6	0.97
95962814--95962867	27	2.0	27	100	0	108	33	11	11	44	1.75
95965553--95965583	16	1.9	16	93	0	53	35	0	16	48	1.46
95969410--95969619	105	2.0	104	98	0	402	44	10	21	23	1.83
95979462--95979492	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
95980998--95981022	4	6.2	4	100	0	50	24	48	0	28	1.52
95986617--95986664	24	1.9	25	84	16	64	2	29	0	68	1.01
95987569--95987612	23	1.9	23	90	9	72	54	15	6	22	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95997937--95997997	20	3.2	20	68	15	56	29	1	8	60	1.35
96005018--96005231	108	2.0	108	99	0	419	30	23	18	27	1.98
96008027--96008052	12	2.2	12	100	0	52	46	0	23	30	1.53
96019259--96019292	18	1.9	17	88	5	50	41	14	2	41	1.61
96024907--96024977	21	3.4	21	98	0	133	33	18	43	4	1.69
96028781--96028819	15	2.4	16	91	8	62	38	0	0	61	0.96
96028797--96028881	29	2.9	29	68	22	70	45	0	2	51	1.13
96041788--96041917	47	2.8	47	81	4	138	40	16	13	29	1.86
96051066--96051123	28	2.1	28	100	0	116	58	6	0	34	1.25
96052258--96052295	20	1.9	20	88	0	58	31	0	2	65	1.06
96052963--96052999	19	2.1	17	90	10	56	64	0	0	35	0.94
96053104--96053137	16	2.1	17	88	5	52	35	2	2	58	1.28
96059721--96059755	16	2.3	15	90	5	52	40	5	0	54	1.24
96059751--96059813	29	2.2	30	83	13	80	42	4	0	52	1.22
96061556--96061721	40	4.2	40	94	0	280	27	27	22	22	1.99
96069631--96069796	40	4.2	40	92	2	255	28	27	21	22	1.99
96074386--96074425	13	3.2	13	80	19	50	25	25	0	50	1.50
96074373--96074413	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
96074518--96074575	23	2.5	23	100	0	116	46	43	3	6	1.47
96074944--96074990	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
96075839--96075877	19	2.1	19	95	0	69	33	5	10	51	1.58
96075842--96075885	19	2.4	19	78	17	56	34	6	9	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96077873--96077897	9	2.8	9	100	0	50	80	0	20	0	0.72
96080336--96080390	27	2.0	27	92	0	92	30	9	12	47	1.73
96083999--96084051	26	2.0	26	100	0	106	32	0	7	60	1.25
96088459--96088501	16	2.6	17	79	13	54	65	0	18	16	1.28
96091853--96091883	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
96092354--96092387	13	2.6	13	90	0	50	23	0	2	73	0.97
96092414--96092476	22	2.9	21	81	9	65	38	3	1	57	1.24
96092426--96092513	22	3.7	25	75	18	64	39	1	2	56	1.19
96092502--96092536	16	2.2	16	89	0	52	45	0	0	54	0.99
96095185--96095217	3	11.0	3	93	0	57	30	0	3	66	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320