genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13485440--13485710	46	5.9	46	93	0	436	22	24	15	38	1.92
13490043--13490123	40	2.0	42	90	9	132	14	16	33	35	1.89
13492815--13493310	249	2.0	247	89	2	753	21	19	26	32	1.97
13494880--13496369	743	2.0	742	96	0	2766	24	16	26	31	1.96
13498231--13498327	40	2.5	38	86	6	140	12	16	35	36	1.86
13498457--13498561	43	2.5	44	78	10	103	28	18	19	34	1.95
13498580--13498657	41	1.9	41	91	0	129	14	23	30	32	1.94
13498460--13498665	112	1.8	114	86	4	301	28	19	22	30	1.98
13503343--13503444	42	2.4	43	82	6	111	29	24	18	27	1.98
13504935--13505045	24	4.5	25	78	11	104	25	18	23	33	1.97
13504969--13505125	24	6.4	24	73	18	105	27	16	22	33	1.96
13504934--13505057	49	2.5	50	78	13	148	23	18	24	33	1.97
13505019--13505125	49	2.2	49	86	1	144	28	14	22	34	1.94
13504950--13505106	73	2.1	74	84	3	201	24	17	23	33	1.96
13508394--13508432	20	2.0	19	90	5	60	74	0	25	0	0.82
13510189--13510296	44	2.4	45	79	10	132	43	19	14	22	1.87
13510278--13510312	6	5.8	6	93	0	61	45	17	17	20	1.85
13510526--13510570	22	2.0	22	86	0	63	42	22	11	24	1.86
13511345--13511377	17	1.9	17	93	0	57	3	9	9	78	1.05
13511648--13511708	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
13511656--13511735	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
13513795--13513831	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13515994--13516266	46	6.0	46	89	1	352	39	15	24	20	1.91
13515994--13516266	91	3.0	92	88	0	395	39	15	24	20	1.91
13516009--13516289	137	2.1	136	85	4	377	40	16	23	20	1.91
13519532--13519571	18	2.2	18	86	0	53	37	22	0	40	1.54
13520262--13520334	35	2.1	35	97	0	137	43	17	8	30	1.78
13521658--13521761	42	2.5	42	88	0	163	29	25	15	28	1.96
13527372--13527432	30	2.1	29	93	3	104	24	14	22	37	1.92
13527911--13527979	30	2.3	30	100	0	138	27	5	33	33	1.81
13533821--13533942	43	2.9	42	77	2	136	27	23	15	32	1.95
13536089--13536161	9	7.9	9	74	15	51	2	23	1	72	1.05
13536090--13536115	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
13536905--13536943	21	1.9	20	84	5	51	30	7	20	41	1.80
13537561--13537641	29	2.8	29	84	1	110	19	16	28	35	1.93
13540898--13541009	22	5.0	22	81	4	118	37	19	25	17	1.94
13540847--13541009	22	7.4	22	73	10	100	37	19	25	17	1.94
13540847--13541009	89	1.8	88	86	1	236	37	19	25	17	1.94
13540934--13541023	22	4.0	22	77	12	78	34	21	25	18	1.96
13546929--13546974	15	3.2	14	85	11	58	30	0	0	69	0.89
13555797--13555835	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
13555954--13555982	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
13556068--13556140	23	3.2	23	82	7	103	26	20	21	31	1.98
13569445--13569473	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13570280--13570314	15	2.3	16	85	14	56	60	0	0	40	0.97
13570560--13570598	14	2.7	15	84	8	53	41	0	0	58	0.98
13570764--13570800	11	3.4	11	100	0	74	40	0	8	51	1.32
13571200--13571337	75	1.9	74	89	7	217	25	5	15	52	1.65
13573386--13573464	19	4.3	19	72	15	58	69	3	1	25	1.12
13573386--13573464	9	8.6	9	78	10	72	69	3	1	25	1.12
13573506--13573543	19	2.0	20	89	5	60	65	0	2	31	1.06
13573558--13573609	10	5.4	10	80	15	56	69	0	5	25	1.10
13573509--13573609	39	2.5	39	79	9	105	68	0	4	26	1.10
13573671--13573716	19	2.4	19	82	7	58	69	0	4	26	1.07
13580274--13580346	23	3.2	23	88	7	121	31	24	20	23	1.98
13580433--13580461	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
13597359--13597504	73	2.0	74	87	4	215	32	13	20	33	1.92
13597359--13597536	73	2.5	69	83	5	205	30	14	21	33	1.93
13597540--13598895	72	18.2	72	78	11	1042	29	16	20	33	1.95
13598138--13598895	73	10.1	72	81	10	725	28	17	20	33	1.96
13597554--13598702	304	3.9	293	77	13	1010	30	16	19	33	1.94
13598147--13598895	231	3.3	226	85	6	905	28	17	20	32	1.96
13597536--13599149	158	10.6	154	73	14	719	29	16	19	34	1.94
13598823--13599064	86	2.7	86	77	6	223	30	18	19	32	1.95
13600016--13600078	22	2.9	22	87	0	99	25	50	11	12	1.73
13605890--13605955	29	2.2	30	81	2	80	42	13	7	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13617698--13617750	6	8.3	6	80	12	61	13	62	1	22	1.40
13623259--13623375	56	2.1	57	90	3	182	25	18	5	49	1.70
13626146--13626199	24	2.2	24	80	9	65	24	24	14	37	1.93
13631868--13631898	16	2.0	15	93	6	53	58	0	0	41	0.98
13632165--13632206	20	2.3	19	80	15	52	23	0	2	73	0.94
13639375--13639424	23	2.2	23	79	17	59	36	0	10	54	1.34
13639384--13639426	13	3.5	13	75	18	56	37	0	13	48	1.43
13639383--13639428	23	2.0	23	95	0	83	36	0	15	47	1.45
13643815--13643848	16	2.1	16	88	0	50	23	0	0	76	0.79
13649026--13649058	16	2.1	16	100	0	66	12	18	18	51	1.76
13651716--13651775	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
13652675--13652707	12	2.8	12	100	0	66	24	9	0	66	1.20
13654144--13654187	23	1.9	23	95	0	79	38	0	11	50	1.39
13657008--13657070	27	2.3	28	78	15	78	52	0	1	46	1.10
13657021--13657059	19	2.1	19	90	0	60	53	0	2	43	1.14
13657029--13657065	9	3.9	10	82	10	51	59	0	0	40	0.97
13657029--13657065	19	1.9	19	88	0	56	59	0	0	40	0.97
13669140--13669191	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
13685186--13685501	155	2.0	155	95	0	560	34	12	8	43	1.73
13685691--13685861	85	2.0	85	91	0	279	38	20	8	32	1.83
13688280--13688304	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
13688444--13688501	22	2.6	22	78	10	66	63	6	6	22	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13697790--13697823	18	1.9	17	88	5	50	29	2	0	67	1.05
13699500--13699543	21	2.1	21	95	0	79	38	27	4	29	1.76
13701163--13701189	6	4.5	6	100	0	54	14	0	48	37	1.45
13710740--13710796	26	2.2	26	84	12	73	45	1	0	52	1.11
13710874--13710915	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
13710878--13710914	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
13710947--13711003	15	3.5	15	71	17	51	50	0	1	47	1.11
13712274--13712319	23	2.0	23	95	0	83	39	2	17	41	1.62
13718729--13718766	19	2.0	20	89	5	60	34	0	0	65	0.93
13718915--13718954	18	2.2	19	86	13	57	67	2	5	25	1.23
13719659--13719686	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
13722147--13722325	90	2.0	90	94	0	313	32	15	13	39	1.86
13729419--13729458	18	2.2	18	86	0	53	50	0	0	50	1.00
13730072--13730110	21	1.9	21	89	5	62	28	2	7	61	1.37
13735637--13735674	19	2.0	19	89	0	58	55	2	5	36	1.37
13737700--13737739	16	2.6	16	88	4	55	50	7	25	17	1.72
13757465--13757576	33	3.4	32	75	4	98	28	10	42	17	1.83
13758408--13758439	16	2.1	16	94	5	57	56	6	0	37	1.25
13758497--13758939	115	3.9	113	89	3	624	53	14	1	31	1.49
13758497--13758939	112	3.9	114	89	3	619	53	14	1	31	1.49
13759209--13759267	3	19.0	3	75	6	55	1	42	0	55	1.09
13759209--13759269	22	2.8	22	87	5	88	1	42	0	55	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13759208--13759278	22	3.2	22	73	13	65	1	42	0	56	1.08
13769164--13769203	19	2.1	19	90	9	64	62	5	0	32	1.17
13779253--13779278	7	3.7	7	100	0	52	26	26	15	30	1.96
13787129--13787189	31	2.0	31	90	0	95	37	4	11	45	1.62
13788045--13788120	29	2.5	31	78	4	93	26	13	11	48	1.76
13790173--13790197	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
13798861--13798905	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
13799735--13799783	7	7.4	7	77	13	50	67	0	0	32	0.91
13799717--13799774	26	2.3	25	87	3	80	62	3	0	34	1.12
13800637--13800702	21	3.2	20	72	20	64	56	3	6	34	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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