Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  236  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
Indels
Score
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Indices
Period
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Period
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Score
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1.09
Indices
Period
Size
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Number
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Indels
Score
A
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(0-2)
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18
25
1.98
78059848--78059872
12
2.1
12
100
0
50
32
32
0
36
1.58
78066192--78066284
40
2.3
40
87
7
127
23
31
19
25
1.98
78066571--78066595
8
3.1
8
100
0
50
24
24
0
52
1.48
78070998--78071043
22
2.1
22
100
0
92
28
0
26
45
1.54
78074573--78074632
29
2.1
29
87
3
86
50
5
5
40
1.46
78076925--78077720
327
2.4
331
82
10
933
22
13
19
44
1.86
78076925--78077746
167
4.9
165
77
12
774
22
13
20
44
1.85
78079517--78079541
12
2.1
12
100
0
50
24
8
36
32
1.84
78080030--78080074
11
4.1
11
79
0
54
46
2
0
51
1.13
78080446--78080489
11
4.1
11
79
5
54
47
2
0
50
1.13
78079805--78080643
415
2.0
415
99
0
1662
45
6
3
44
1.45
78086999--78087056
28
2.1
28
81
12
66
34
1
1
62
1.16
78087125--78087186
23
2.7
23
80
2
63
35
3
0
61
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78087194--78087242
19
2.6
19
93
0
80
34
6
0
59
1.22
78087307--78087370
18
3.5
19
70
18
55
29
0
6
64
1.18
78095448--78095698
124
2.0
124
97
0
475
36
14
24
24
1.93
78099136--78099902
210
3.7
210
86
2
1003
31
19
21
28
1.97
78101553--78101664
17
6.5
17
70
15
63
31
5
1
61
1.28
78101751--78101814
23
2.7
23
80
7
67
34
3
0
62
1.11
78101774--78101870
19
5.5
19
75
15
84
30
5
2
61
1.29
78101936--78101999
18
3.5
19
70
18
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29
0
6
64
1.18
78108968--78109044
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1.9
40
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0
118
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5
5
36
1.46
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16
1.9
15
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6
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83
0
0
16
0.65
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35
2.0
35
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0
131
18
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18
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1.94
78132872--78132935
30
2.1
29
81
13
76
48
9
3
39
1.51
78135395--78135568
89
2.0
89
95
0
312
43
12
13
29
1.81
78138612--78138773
46
3.5
45
79
7
148
24
29
18
27
1.98
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3
28.7
3
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15
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26
10
2
60
1.40
78150069--78150118
25
2.0
25
100
0
100
24
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8
32
1.84
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79
1.9
79
85
2
208
33
10
14
41
1.80
78159770--78159812
12
3.2
13
84
15
52
69
0
2
27
1.00
78159716--78159839
65
1.9
65
85
6
171
59
4
10
25
1.48
78162666--78163312
45
13.8
45
71
10
316
30
20
15
33
1.94
78162663--78162878
89
2.4
89
85
1
272
30
19
16
33
1.94
78162851--78163312
51
9.6
49
73
12
377
31
20
15
32
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78162851--78163312
96
4.8
96
87
1
620
31
20
15
32
1.94
78166249--78166283
13
2.7
13
100
0
70
34
5
20
40
1.76
78167618--78167735
43
2.8
42
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148
23
17
27
31
1.97
78167907--78167947
20
2.0
20
100
0
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34
0
24
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1.55
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46
3.8
45
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7
186
28
27
21
23
1.99
78170421--78170591
93
1.8
93
91
0
279
27
28
21
22
1.99
78170464--78170607
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3.1
45
73
21
120
28
28
20
22
1.98
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280
22
23
13
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1.90
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2.0
38
100
0
152
26
23
13
36
1.91
78179284--78179335
17
2.9
17
75
10
50
59
0
5
34
1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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