genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29811260--29811414	81	1.9	81	86	5	224	26	15	28	29	1.96
29811256--29811435	81	2.2	81	82	4	220	26	15	27	30	1.96
29814609--29814673	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
29814609--29814677	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
29817295--29817669	47	8.1	47	91	3	546	33	11	28	26	1.91
29817295--29817626	93	3.6	93	93	2	537	33	11	28	26	1.91
29817505--29817579	22	3.3	22	68	23	64	32	12	28	28	1.92
29817295--29817626	140	2.4	138	92	2	549	33	11	28	26	1.91
29817295--29817682	140	2.8	138	88	5	484	33	11	28	26	1.91
29817643--29817779	46	3.0	46	91	0	220	34	8	31	25	1.86
29817318--29817715	187	2.1	182	83	9	509	33	11	28	25	1.91
29819260--29819432	79	2.2	79	92	2	285	27	20	24	27	1.99
29819260--29819432	39	4.4	40	92	2	278	27	20	24	27	1.99
29819260--29819452	79	2.5	79	84	7	259	26	21	24	27	1.99
29819260--29819452	39	4.9	39	86	5	214	26	21	24	27	1.99
29819464--29819618	28	5.5	28	75	9	98	21	19	29	30	1.97
29819492--29819620	29	4.5	28	78	8	118	21	17	30	31	1.96
29819460--29819648	57	3.3	57	85	2	238	22	18	30	29	1.97
29823420--29823752	47	7.1	47	88	3	447	33	10	28	26	1.90
29823420--29823752	97	3.5	94	85	5	433	33	10	28	26	1.90
29823420--29823752	144	2.3	138	85	4	459	33	10	28	26	1.90
29823610--29823688	25	3.3	25	67	16	76	34	8	26	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29823589--29823663	22	3.3	22	67	17	62	33	12	28	26	1.92
29823726--29823908	46	4.0	46	94	0	294	34	9	31	24	1.87
29823598--29823893	92	3.2	92	81	7	273	34	10	30	24	1.90
29837280--29837317	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
29842148--29842304	43	3.7	43	74	13	126	24	19	25	30	1.98
29847102--29847392	99	2.9	99	94	0	501	25	15	25	33	1.95
29850739--29850923	79	2.3	81	82	7	227	24	22	27	25	2.00
29850739--29850923	40	4.7	40	84	6	225	24	22	27	25	2.00
29850792--29850956	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
29858702--29858903	78	2.5	80	80	5	232	25	22	27	24	2.00
29858701--29858903	40	5.1	40	78	10	202	25	22	27	25	2.00
29874503--29874727	40	5.7	40	84	4	222	24	21	28	26	1.99
29874503--29874727	80	2.8	80	83	3	249	24	21	28	26	1.99
29874578--29874760	79	2.3	80	81	1	217	25	21	27	25	1.99
29890431--29890474	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
29893225--29893394	56	3.0	56	78	8	175	19	15	32	32	1.93
29896508--29896615	57	1.9	57	92	3	182	20	17	12	49	1.79
29903358--29903542	40	4.7	40	82	7	209	24	22	28	24	2.00
29903358--29903542	79	2.3	81	82	7	227	24	22	28	24	2.00
29903411--29903575	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
29903767--29904218	47	9.6	47	94	0	778	32	8	29	29	1.86
29904337--29904415	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29906849--29906902	21	2.6	21	84	0	63	33	5	35	25	1.80
29912816--29912842	14	1.9	14	100	0	54	44	0	11	44	1.39
29912906--29912940	17	2.1	18	89	10	56	42	8	17	31	1.79
29915545--29915584	20	2.0	20	85	0	53	50	0	12	37	1.41
29917188--29917220	7	4.7	7	100	0	66	45	15	0	39	1.46
29917389--29917415	12	2.2	12	100	0	54	7	14	33	44	1.73
29917422--29917512	39	2.3	39	90	0	137	35	23	20	20	1.96
29917582--29917721	40	3.6	38	75	11	122	27	20	20	30	1.98
29918129--29918268	28	5.1	29	78	12	127	20	0	36	43	1.52
29918152--29918215	22	2.9	22	86	11	87	18	0	40	40	1.51
29918097--29918213	29	4.1	30	79	8	84	23	0	33	42	1.55
29918153--29918292	7	19.6	7	74	7	84	20	0	37	41	1.57
29919741--29919941	56	3.8	56	84	15	309	46	7	22	22	1.77
29919797--29919892	44	2.2	44	100	0	192	47	7	21	22	1.75
29919734--29919941	100	2.1	100	99	0	407	46	8	23	22	1.78
29921532--29921754	47	4.7	47	91	1	331	32	8	30	27	1.88
29921579--29921657	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
29921873--29921951	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
29929261--29929445	43	4.3	43	92	0	289	23	19	30	27	1.98
29932818--29932985	86	2.0	86	91	0	273	38	14	11	36	1.82
29934736--29934802	31	2.2	31	84	10	84	43	1	2	52	1.25
29934734--29934802	29	2.3	30	82	9	79	44	1	2	50	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29938566--29938616	19	2.6	20	75	6	50	41	0	3	54	1.19
29941292--29941333	22	1.9	22	85	9	59	57	2	2	38	1.25
29949878--29949969	44	2.1	44	82	8	107	36	21	16	25	1.94
29950417--29950450	15	2.3	15	89	0	50	41	17	2	38	1.65
29951413--29951471	25	2.5	24	81	13	68	38	10	5	45	1.60
29951678--29951752	3	25.3	3	89	2	98	58	4	1	36	1.25
29954696--29954739	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
29955314--29955357	12	3.5	13	81	9	56	50	0	0	50	1.00
29955321--29955363	15	2.7	16	82	7	52	48	0	0	51	1.00
29955446--29955483	14	2.4	17	87	12	55	52	0	0	47	1.00
29956988--29957058	24	3.0	24	85	0	106	35	2	38	23	1.70
29956988--29957082	48	2.0	47	81	8	111	35	5	36	22	1.77
29958475--29958585	27	4.1	26	82	7	123	15	21	23	39	1.91
29958475--29958585	54	2.1	54	84	3	143	15	21	23	39	1.91
29963594--29963629	14	2.6	14	100	0	72	27	13	22	36	1.92
29964355--29964400	6	7.7	6	85	0	56	52	0	30	17	1.45
29966378--29966410	16	1.9	18	88	11	52	75	6	0	18	1.00
29966380--29966471	49	2.0	47	85	12	127	58	11	4	25	1.51
29967079--29967112	6	5.7	6	85	0	50	20	44	0	35	1.52
29968134--29968189	27	2.1	27	96	0	103	23	19	14	42	1.88
29970289--29970466	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
29970290--29970445	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29970286--29970466	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
29970371--29970477	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
29971903--29971951	25	1.9	26	87	4	73	63	10	10	16	1.52
29971903--29971957	25	2.2	25	83	6	67	65	9	10	14	1.47
29973368--29973462	46	2.1	45	84	2	118	46	16	20	16	1.84
29981111--29981146	18	2.0	18	100	0	72	27	33	11	27	1.91
29991336--29991381	20	2.2	21	81	14	60	39	4	2	54	1.32
29991434--29991482	20	2.5	19	77	9	53	59	0	8	32	1.27
29999780--29999837	29	2.0	29	100	0	116	51	6	6	34	1.55
30014216--30014720	47	10.7	47	97	0	920	31	8	28	30	1.87
30014838--30014916	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
30016826--30016896	29	2.4	29	88	4	99	26	16	30	25	1.97
30017209--30017564	40	8.9	40	83	2	378	25	22	26	25	2.00
30020969--30021331	47	7.7	47	96	0	654	31	8	28	30	1.87
30021100--30021274	22	7.5	23	61	11	70	31	9	28	30	1.88
30021449--30021527	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
30027006--30027039	11	2.9	12	86	8	52	26	2	0	70	1.01
30026971--30027496	154	3.5	153	89	4	802	27	5	7	59	1.46
30027760--30027784	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
30028113--30028139	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
30028278--30028344	27	2.5	27	87	4	91	14	37	28	19	1.91
30030381--30030419	21	2.0	21	90	10	64	25	28	35	10	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30031491--30031663	46	3.7	47	82	14	189	26	30	17	26	1.97
30034286--30034696	208	2.0	208	99	0	813	37	12	13	36	1.83
30035201--30035542	69	5.0	68	70	7	188	27	15	26	30	1.96
30034980--30035587	138	4.4	138	77	3	465	28	16	23	30	1.97
30045365--30045401	4	9.2	4	100	0	74	24	0	51	24	1.49
30049401--30049430	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
30049388--30049430	12	3.7	11	90	3	50	65	0	2	32	1.06
30064353--30064506	54	3.0	53	89	7	228	46	18	21	13	1.83
30065715--30065809	43	2.2	46	83	11	119	32	15	24	27	1.95
30065623--30066671	176	6.0	176	89	2	1511	31	18	23	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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