genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  65  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19591212--19591362	82	1.9	81	85	4	214	27	15	28	28	1.96
19591208--19591388	82	2.2	81	79	4	204	27	14	28	29	1.96
19591346--19591399	27	2.0	27	85	0	72	27	14	29	27	1.95
19593312--19593350	17	2.3	17	86	0	60	38	28	10	23	1.87
19599634--19599878	49	4.9	49	82	4	276	28	27	18	25	1.98
19599640--19599878	100	2.4	98	83	6	293	28	27	18	24	1.98
19601796--19601890	20	4.8	20	73	7	86	33	8	16	41	1.79
19601803--19601924	59	2.1	58	80	6	138	33	9	17	40	1.81
19602574--19602655	29	2.7	30	78	12	80	54	10	9	24	1.65
19605691--19605739	23	2.1	23	96	0	89	32	6	16	44	1.72
19615551--19615601	20	2.5	20	100	0	102	27	0	0	72	0.85
19619216--19619271	23	2.4	23	93	0	94	57	8	8	25	1.58
19619308--19619363	24	2.2	25	84	6	69	71	19	3	5	1.21
19619733--19619780	22	2.2	20	80	20	60	0	10	14	75	1.06
19625595--19625839	40	6.2	40	89	3	336	25	22	26	26	2.00
19627568--19627630	29	2.2	29	97	0	117	41	9	17	31	1.82
19637468--19637504	19	2.0	18	89	5	56	59	2	0	37	1.12
19644388--19644437	12	4.1	12	72	23	50	46	4	0	50	1.20
19646645--19646689	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
19648702--19648929	92	2.5	92	87	0	321	31	17	22	28	1.97
19651516--19651640	27	4.9	27	70	15	102	21	12	29	36	1.91
19651493--19651680	75	2.5	75	88	2	281	21	13	28	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19653355--19653412	30	1.9	30	96	0	107	24	10	18	46	1.80
19654019--19654190	46	3.7	46	80	11	174	22	29	19	29	1.98
19657128--19657209	40	2.0	40	97	0	155	29	12	19	39	1.88
19658386--19658447	31	2.0	31	100	0	124	19	12	19	48	1.81
19669395--19669577	40	4.6	41	80	12	197	26	22	26	24	2.00
19669446--19669600	79	2.0	79	81	10	183	27	21	26	25	1.99
19677328--19677511	40	4.6	41	79	12	190	25	21	27	26	1.99
19677380--19677544	79	2.1	79	80	8	176	26	20	27	26	1.99
19679916--19680129	46	4.6	46	78	11	190	21	28	20	29	1.98
19702810--19702977	40	4.2	40	78	9	130	28	27	19	23	1.98
19702847--19702977	40	3.3	40	84	2	183	29	28	19	22	1.98
19709631--19709669	10	4.0	10	83	6	53	46	0	12	41	1.42
19711953--19712043	37	2.5	37	92	0	146	29	30	16	23	1.96
19713370--19713519	39	3.8	40	82	7	119	27	28	20	24	1.99
19713417--19713552	40	3.4	40	85	6	179	29	27	18	25	1.98
19721318--19721485	40	4.2	40	81	8	139	27	26	20	25	1.99
19721353--19721538	80	2.3	80	83	9	220	27	26	20	24	1.99
19721355--19721538	40	4.6	40	82	7	196	27	26	21	24	1.99
19727177--19727256	40	2.0	40	100	0	160	40	5	17	37	1.72
19729367--19729406	21	2.0	21	85	5	55	20	25	40	15	1.90
19730579--19730702	49	2.5	49	83	7	162	20	24	22	32	1.98
19730722--19730936	46	4.6	47	78	6	213	21	28	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19730722--19730933	48	4.5	48	78	7	166	21	28	18	31	1.97
19730722--19730947	94	2.4	94	79	0	245	22	28	18	30	1.97
19735040--19735091	20	2.5	21	75	18	54	32	3	5	57	1.40
19741733--19741778	22	2.1	22	83	0	56	28	2	2	67	1.14
19741744--19741784	11	3.7	11	86	0	55	36	0	2	60	1.10
19741788--19741847	27	2.2	27	85	11	79	36	0	3	60	1.14
19741929--19741967	9	4.3	9	83	0	51	33	2	12	51	1.54
19741929--19741967	18	2.2	18	90	0	60	33	2	12	51	1.54
19746091--19746129	21	1.9	21	94	5	71	20	30	17	30	1.96
19757775--19757799	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
19759755--19759913	74	2.1	74	97	2	300	35	20	11	33	1.88
19764814--19764861	17	2.8	17	84	9	62	54	14	0	31	1.41
19767985--19768068	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
19768651--19768692	22	1.9	22	85	9	59	66	11	7	14	1.43
19775478--19775688	112	1.9	116	82	6	270	52	12	4	30	1.58
19775850--19775897	14	3.3	14	85	5	60	75	6	0	18	1.01
19776169--19776277	19	5.8	19	76	14	84	62	0	4	33	1.16
19776226--19776288	23	2.7	24	78	14	69	66	1	1	30	1.10
19776171--19776305	11	12.5	11	71	17	88	62	0	3	32	1.18
19776186--19776305	12	8.6	14	71	24	78	63	0	3	32	1.17
19776171--19776305	34	4.2	33	76	15	122	62	0	3	32	1.18
19776168--19776305	68	2.0	67	82	6	163	63	0	3	32	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19776292--19776329	19	1.9	19	89	5	58	47	2	2	47	1.30
19776335--19776387	25	2.2	24	86	10	72	69	0	0	30	0.88
19779314--19779423	26	4.2	26	94	2	168	37	22	5	34	1.78
19780925--19781185	45	5.8	46	68	19	167	27	27	14	30	1.96
19780940--19781439	90	5.6	90	89	0	768	27	26	14	31	1.95
19780992--19781410	45	9.3	44	67	14	248	27	25	14	32	1.95
19792507--19792546	14	2.9	14	88	0	53	47	7	32	12	1.69
19794376--19794586	112	1.9	116	82	6	270	52	12	4	30	1.58
19794748--19794795	14	3.3	14	85	5	60	75	4	0	20	0.97
19794718--19794794	38	2.0	38	82	9	95	72	5	1	20	1.11
19795042--19795215	29	6.4	27	78	14	137	64	1	2	31	1.18
19795126--19795198	24	3.1	24	88	5	105	65	1	1	31	1.09
19795064--19795172	33	3.3	31	77	16	96	62	0	3	33	1.19
19795061--19795213	55	2.8	52	81	13	159	63	1	3	32	1.19
19795180--19795214	17	2.0	18	88	5	54	68	2	0	28	1.04
19795061--19795214	53	2.9	53	80	7	143	63	1	3	31	1.18
19795202--19795239	19	1.9	19	89	5	58	47	2	2	47	1.30
19799355--19799391	17	2.2	17	95	0	65	27	29	10	32	1.90
19800837--19800893	29	2.0	29	96	0	105	5	31	8	54	1.53
19801056--19801088	14	2.5	13	90	9	50	63	18	0	18	1.31
19802768--19802848	40	2.0	41	83	9	103	32	1	3	62	1.20
19802814--19802853	20	2.0	20	90	4	64	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19802822--19802862	20	2.1	20	86	4	57	43	0	0	56	0.99
19802853--19802889	19	2.0	19	94	5	67	37	0	10	51	1.37
19802859--19802915	19	3.0	19	80	14	64	40	0	8	50	1.33
19802879--19802929	20	2.5	20	74	0	57	35	0	7	56	1.28
19829253--19829400	25	5.8	26	87	2	212	26	22	22	28	1.99
19829253--19829400	51	2.9	52	92	3	248	26	22	22	28	1.99
19832253--19832338	40	2.2	40	97	0	163	20	22	30	26	1.98
19832253--19832353	40	2.5	40	92	4	152	22	21	29	25	1.99
19832544--19832581	20	1.9	20	88	0	58	26	0	28	44	1.54
19840251--19840336	40	2.2	40	95	0	154	22	22	29	26	1.99
19840251--19840363	40	2.8	40	88	4	140	23	23	28	24	2.00
19855874--19855986	40	2.8	40	88	4	158	23	22	29	25	1.99
19857056--19857139	27	3.1	27	86	3	116	21	25	21	32	1.98
19857056--19857177	54	2.2	53	80	11	124	21	22	18	36	1.95
19857201--19857457	27	9.4	27	79	8	182	31	7	20	39	1.81
19857180--19857430	54	4.6	53	77	8	209	30	7	20	40	1.81
19857179--19857415	81	2.9	81	73	8	212	30	8	19	41	1.80
19857274--19857619	54	6.4	54	83	4	250	35	7	22	34	1.83
19857381--19857639	81	3.2	81	88	0	329	38	8	22	30	1.83
19857409--19857639	27	8.6	27	91	0	354	38	8	22	29	1.83
19860812--19860933	47	2.6	47	92	0	199	36	13	24	25	1.93
19860934--19861099	55	3.1	54	79	6	192	36	16	24	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19860946--19861112	53	3.1	54	77	7	187	35	16	24	22	1.95
19867518--19867638	47	2.6	47	95	0	215	35	14	24	25	1.93
19867618--19867801	55	3.4	54	83	5	228	35	17	25	21	1.95
19871748--19871825	34	2.3	34	82	4	86	30	21	21	25	1.98
19872341--19872374	17	1.9	18	94	5	61	26	44	23	5	1.76
19876785--19876823	16	2.5	15	84	8	51	53	0	2	43	1.14
19876787--19876824	20	1.9	19	85	15	51	52	0	2	44	1.14
19899272--19899629	47	7.6	47	89	2	477	33	10	31	25	1.89
19899748--19899827	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
19901504--19901886	40	9.6	40	91	2	576	24	22	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320