genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10013279--10013385	53	2.0	52	92	1	178	31	14	19	34	1.91
10013799--10013984	73	2.5	73	81	0	228	22	24	29	23	1.99
10014784--10014863	24	3.2	24	68	6	79	32	26	25	16	1.96
10014784--10014899	50	2.3	51	88	2	173	33	25	23	18	1.96
10016091--10016181	30	3.0	30	86	0	119	25	31	14	28	1.94
10016175--10016285	38	2.9	38	76	8	107	27	22	10	38	1.88
10018457--10018498	21	2.1	20	86	8	59	9	35	0	54	1.33
10020521--10020600	30	2.7	30	80	0	97	26	32	12	28	1.93
10020606--10020713	36	2.8	38	81	8	139	25	21	13	38	1.91
10027409--10027444	18	2.1	18	89	5	56	55	2	0	41	1.14
10027464--10027499	8	4.5	8	92	0	63	36	2	0	61	1.11
10034846--10034948	44	2.3	45	83	3	118	32	22	12	33	1.91
10034865--10034953	46	2.0	44	86	4	124	30	25	12	31	1.92
10037541--10037567	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
10037598--10037735	53	2.4	58	82	12	196	16	19	21	42	1.89
10037608--10037728	53	2.3	53	94	0	206	16	18	22	42	1.88
10037934--10037997	18	3.6	18	86	0	92	42	9	9	39	1.70
10037924--10037997	36	2.1	36	87	5	105	41	8	10	39	1.70
10043665--10043705	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
10043665--10043728	22	2.8	22	78	4	65	57	1	0	40	1.08
10044234--10044289	23	2.4	24	78	6	69	53	3	1	41	1.29
10044241--10044284	23	1.9	23	90	0	70	54	4	2	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10046442--10046470	13	2.2	13	100	0	58	31	27	6	34	1.83
10047167--10047191	11	2.3	11	100	0	50	16	8	16	60	1.58
10048476--10048569	46	2.0	46	97	0	179	39	14	23	22	1.91
10052885--10052910	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
10059452--10059481	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
10061663--10061704	22	2.0	22	86	13	63	50	2	4	42	1.36
10061789--10061834	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
10061777--10061874	31	2.9	32	71	15	83	52	2	2	43	1.24
10062083--10062112	13	2.3	13	94	0	51	30	6	10	53	1.60
10062580--10062617	19	2.0	19	89	0	58	31	26	7	34	1.85
10063054--10063097	19	2.4	18	88	7	70	29	0	38	31	1.58
10065795--10065861	27	2.5	27	92	7	111	50	2	19	26	1.62
10067175--10067203	10	3.0	10	95	5	51	0	17	0	82	0.66
10067238--10067266	15	1.9	15	100	0	58	27	3	0	68	1.05
10067319--10067356	12	3.0	13	92	3	60	50	7	0	42	1.31
10076684--10076729	21	2.2	21	92	0	74	23	45	17	13	1.83
10080222--10080289	25	2.8	23	80	12	82	39	0	19	41	1.51
10082385--10082460	28	2.6	27	80	12	80	30	14	28	26	1.95
10082479--10082533	28	1.9	29	82	17	71	29	21	20	29	1.98
10084902--10084954	26	2.0	26	100	0	106	43	30	0	26	1.55
10085090--10085123	17	2.0	17	94	0	59	44	11	2	41	1.56
10092824--10092854	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10097904--10097953	24	2.0	25	84	7	66	46	0	4	50	1.20
10099088--10099115	11	2.5	11	100	0	56	89	0	0	10	0.49
10099318--10099358	18	2.3	18	87	4	57	34	0	14	51	1.43
10101513--10101551	14	2.7	15	84	8	53	20	10	15	53	1.70
10112091--10112152	9	6.8	9	73	26	51	3	30	0	66	1.08
10113967--10114014	5	9.2	5	82	13	53	16	4	0	79	0.89
10113967--10114009	11	3.9	11	82	8	52	16	4	0	79	0.90
10113967--10114009	22	2.0	22	86	9	61	16	4	0	79	0.90
10122451--10122501	25	2.0	25	100	0	102	39	3	19	37	1.70
10124371--10124421	4	12.8	4	79	8	59	23	5	27	43	1.77
10124373--10124419	12	3.9	12	88	0	76	23	6	27	42	1.78
10126938--10126962	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
10127002--10127068	7	9.6	7	100	0	134	43	28	13	14	1.84
10129140--10129274	67	2.0	67	98	0	261	40	16	11	31	1.83
10129723--10129766	4	11.5	4	80	9	56	45	25	2	27	1.65
10131376--10131711	34	9.2	36	70	14	172	42	9	19	28	1.82
10131363--10131590	109	2.1	109	85	1	305	42	10	19	28	1.84
10131498--10131663	73	2.3	73	88	2	244	40	9	21	28	1.83
10131389--10131769	182	2.1	182	80	3	437	41	11	19	27	1.85
10131571--10131983	109	3.8	109	83	2	479	40	12	19	27	1.88
10131830--10132147	164	1.9	164	85	0	429	38	12	21	26	1.89
10138881--10138933	16	3.3	16	74	10	54	35	26	5	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10140649--10140798	42	3.5	44	80	9	177	24	16	26	32	1.96
10144087--10144111	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
10147722--10147755	12	2.8	12	100	0	68	52	14	0	32	1.42
10148306--10148393	31	2.8	31	88	6	126	22	32	32	11	1.90
10151842--10151873	8	4.0	8	95	0	55	50	21	0	28	1.49
10151860--10152151	62	4.7	62	92	0	478	47	8	6	36	1.61
10154128--10154271	46	3.1	45	71	11	112	30	28	19	21	1.98
10157844--10158428	47	12.3	47	92	2	927	29	28	8	33	1.87
10158062--10158137	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
10157844--10158428	96	6.2	94	94	1	927	29	28	8	33	1.87
10157844--10158428	143	4.1	143	93	1	944	29	28	8	33	1.87
10160212--10160236	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
10163244--10163301	30	1.9	30	92	0	98	12	27	37	22	1.89
10172600--10172717	62	1.9	62	96	0	218	35	24	11	27	1.91
10182184--10182215	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
10182184--10182214	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
10182987--10183122	72	1.9	71	84	11	183	39	3	7	49	1.48
10183561--10183598	18	2.1	18	85	9	51	36	0	5	57	1.21
10188461--10188509	25	2.0	25	92	8	82	38	12	24	24	1.90
10188462--10188515	25	2.2	25	86	6	74	42	11	24	22	1.85
10188868--10188925	25	2.3	25	80	11	73	20	20	17	41	1.90
10193259--10193287	15	1.9	15	100	0	58	27	3	20	48	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10194968--10195136	83	2.0	83	100	0	338	51	4	20	23	1.66
10195503--10195558	16	3.6	16	78	7	62	30	23	3	42	1.71
10203835--10203909	37	2.0	37	97	0	141	26	21	20	32	1.97
10208236--10208275	21	1.9	21	85	10	55	57	0	5	37	1.21
10211225--10211418	41	4.8	40	78	5	192	17	23	21	38	1.93
10211223--10211418	82	2.4	82	96	1	358	16	23	21	38	1.93
10211558--10211734	82	2.2	82	97	0	336	28	15	20	35	1.93
10212633--10212669	10	3.7	10	92	0	65	43	0	13	43	1.44
10212737--10212788	27	1.9	27	88	0	77	40	0	9	50	1.35
10215066--10215212	74	2.0	74	100	0	294	51	1	6	40	1.37
10215253--10215479	19	12.5	19	68	23	100	46	19	0	32	1.56
10215268--10215389	18	6.4	18	67	25	74	44	18	1	35	1.60
10215249--10215654	26	16.1	26	87	7	579	46	20	0	32	1.56
10215426--10215556	19	7.5	19	62	26	65	48	20	0	30	1.55
10215373--10215654	77	3.7	76	95	1	492	47	20	0	31	1.54
10215646--10215699	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
10215620--10215685	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
10215535--10215699	18	9.5	18	66	30	69	45	20	0	33	1.52
10221146--10221216	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
10221440--10221473	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
10221525--10221909	42	9.2	42	83	5	377	26	20	21	31	1.98
10221625--10221909	42	6.8	42	90	3	432	23	21	21	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10221539--10221909	84	4.4	83	85	3	449	26	20	21	31	1.98
10222673--10222700	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
10225672--10225715	22	1.9	23	81	9	54	56	9	4	29	1.50
10229440--10229501	27	2.3	26	86	2	79	43	12	11	32	1.79
10236400--10236452	22	2.4	23	90	9	92	18	45	3	32	1.68
10238279--10238390	55	2.0	55	94	0	197	33	16	10	38	1.84
10241219--10241307	44	2.0	44	100	0	178	38	11	11	39	1.77
10242826--10242871	20	2.4	19	85	10	58	32	6	13	47	1.68
10243291--10243342	15	3.2	15	73	19	50	42	0	1	55	1.10
10243496--10243524	7	4.1	7	100	0	58	13	13	0	72	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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