genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15966177--15966219	6	7.2	6	89	0	68	62	0	20	16	1.32
15972348--15972381	17	2.0	17	100	0	68	29	23	35	11	1.90
15972775--15972802	14	2.0	14	100	0	56	50	0	7	42	1.30
15980129--15980175	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
15980131--15980172	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
15982946--15982975	15	2.0	15	100	0	60	80	0	13	6	0.91
15983079--15983153	36	2.1	36	97	0	141	28	18	10	42	1.83
15984748--15984829	39	2.1	39	97	0	155	30	10	17	41	1.83
15986314--15986568	55	4.8	53	80	7	245	21	24	17	36	1.95
15986361--15986561	108	1.8	110	87	4	300	23	24	17	34	1.96
15989181--15989205	9	2.8	9	100	0	50	12	0	20	68	1.21
15989583--15989658	38	2.0	38	100	0	152	31	0	21	47	1.51
16004233--16004417	40	4.7	40	79	6	189	25	27	22	24	2.00
16012291--16012403	40	2.8	40	83	2	129	25	26	22	25	2.00
16012310--16012439	40	3.3	40	83	3	129	26	26	20	26	1.99
16036611--16036646	18	2.0	18	89	10	56	58	19	0	22	1.40
16038196--16038482	48	6.0	48	80	1	279	24	30	18	26	1.98
16039104--16039154	24	2.1	24	100	0	102	37	23	9	29	1.87
16040956--16040997	22	1.9	22	90	0	66	54	21	0	23	1.44
16043617--16043702	43	2.0	43	88	0	127	24	11	26	37	1.90
16043636--16043723	43	2.1	42	86	2	122	25	11	23	39	1.88
16045079--16045120	18	2.3	18	83	0	57	23	0	23	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16052579--16052634	21	2.7	21	91	0	85	21	28	23	26	1.99
16054280--16054340	29	2.1	29	100	0	122	36	26	4	32	1.78
16061290--16061337	25	1.9	25	91	0	78	29	14	37	18	1.91
16066585--16066634	25	2.0	25	96	0	91	50	8	16	26	1.72
16069895--16069935	20	2.1	19	86	4	55	53	0	24	21	1.46
16078685--16078846	85	1.9	84	87	1	234	34	17	21	25	1.96
16079105--16079148	21	2.1	21	91	0	70	25	0	29	45	1.54
16079690--16079729	18	2.2	18	100	0	80	15	5	35	45	1.68
16079727--16079759	14	2.4	14	94	0	57	12	0	33	54	1.37
16083056--16083249	62	3.2	60	75	15	213	36	5	2	56	1.35
16083056--16084108	99	10.7	98	87	7	1519	38	6	3	51	1.46
16083145--16083188	19	2.4	19	96	3	81	31	0	0	68	0.90
16083056--16083286	117	2.0	117	93	1	401	36	5	2	54	1.38
16083163--16084108	197	4.9	196	92	4	1580	38	6	4	51	1.46
16083169--16084108	99	9.7	98	92	4	1604	38	6	4	51	1.47
16083788--16083966	85	2.1	85	93	1	304	37	5	5	52	1.45
16083788--16083989	85	2.4	85	88	5	255	37	5	4	51	1.46
16084218--16084365	9	16.1	9	71	18	92	44	12	2	39	1.57
16084226--16084322	16	6.1	16	70	13	56	43	13	3	40	1.60
16084244--16084355	30	3.6	29	75	13	107	42	13	3	40	1.61
16084213--16084365	64	2.4	64	91	1	243	45	13	2	39	1.57
16084493--16084564	9	8.2	9	77	9	60	47	16	1	34	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16084493--16084527	18	1.9	18	100	0	70	45	17	0	37	1.48
16084486--16084560	34	2.2	34	83	4	89	49	16	1	33	1.54
16090060--16090121	21	3.0	21	85	0	79	30	20	46	1	1.60
16090362--16090431	31	2.3	31	84	0	86	18	10	18	52	1.72
16103360--16103535	68	2.6	68	79	12	184	21	28	15	34	1.94
16107869--16107926	30	2.0	30	96	3	109	34	24	15	25	1.95
16114138--16114232	29	3.3	29	76	8	86	30	13	20	35	1.91
16115457--16115579	47	2.6	48	87	10	173	26	18	30	23	1.98
16122964--16123295	48	6.9	48	76	8	309	24	18	29	26	1.98
16122977--16123294	144	2.2	142	85	4	406	25	19	29	26	1.98
16128688--16128867	40	4.4	40	83	2	218	25	14	26	33	1.94
16129045--16129080	17	2.1	17	94	0	63	27	8	16	47	1.75
16140620--16140659	13	3.1	13	96	0	71	15	35	32	17	1.91
16151009--16151058	22	2.3	21	83	13	57	38	4	0	58	1.17
16152911--16153214	162	1.9	163	84	3	407	37	18	11	32	1.87
16157613--16157643	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
16160029--16160086	17	3.4	17	76	19	59	34	0	5	60	1.19
16171550--16171585	13	2.8	13	95	0	63	36	13	13	36	1.85
16177952--16178039	28	3.1	28	85	0	95	19	28	15	36	1.93
16179984--16180011	14	2.0	14	100	0	56	50	21	14	14	1.78
16180426--16180491	28	2.4	28	89	0	96	24	30	12	33	1.91
16185726--16185900	46	3.8	46	76	13	169	30	30	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16185733--16185905	93	1.9	93	91	0	283	30	30	19	19	1.97
16185819--16185856	20	1.9	19	89	5	58	31	36	18	13	1.89
16190470--16190537	25	2.8	24	84	10	77	22	25	23	29	1.99
16190481--16190547	25	2.7	25	86	9	84	25	23	23	26	2.00
16205904--16206029	44	2.7	46	80	13	141	23	25	18	32	1.97
16207628--16207787	87	1.8	86	89	4	250	36	18	16	28	1.93
16217395--16217446	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
16219365--16219416	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
16223671--16223718	20	2.3	22	79	17	57	64	2	8	25	1.32
16223672--16223717	21	2.2	21	85	11	60	63	2	8	26	1.35
16224073--16224140	20	3.3	20	76	11	66	35	1	0	63	1.04
16228559--16228609	24	2.1	24	85	7	68	58	7	1	31	1.37
16233244--16233275	16	2.0	16	100	0	64	31	6	12	50	1.65
16238732--16238844	27	4.2	27	77	4	75	27	23	30	18	1.97
16238757--16238863	27	4.0	28	77	7	96	28	24	28	18	1.98
16241725--16241774	26	1.9	26	91	0	82	22	26	14	38	1.91
16244919--16244963	15	3.0	15	93	0	63	22	17	57	2	1.50
16244928--16244963	15	2.4	15	100	0	72	19	22	58	0	1.40
16252655--16252704	23	2.0	24	85	11	66	28	6	12	54	1.60
16259845--16259947	52	2.0	53	88	5	156	22	15	8	53	1.69
16260331--16260470	46	3.0	46	89	0	208	33	17	24	25	1.96
16260973--16261099	44	2.8	46	77	8	136	29	19	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16260829--16261248	143	2.9	143	86	1	592	30	20	22	25	1.98
16262930--16262966	3	12.3	3	88	0	56	32	0	2	64	1.07
16263122--16263163	18	2.5	17	81	11	50	28	0	2	69	1.01
16265527--16265623	47	2.1	47	98	0	185	36	10	18	35	1.85
16265906--16265947	17	2.5	17	80	3	50	23	0	16	59	1.37
16267536--16267571	6	6.0	6	100	0	72	50	16	16	16	1.79
16271246--16271282	18	2.1	17	90	5	56	48	0	0	51	1.00
16275780--16275934	42	3.7	41	78	5	159	29	14	24	30	1.95
16278800--16278911	42	2.7	42	87	5	156	28	23	17	30	1.97
16284893--16284952	10	6.0	10	84	11	70	66	1	8	23	1.28
16285587--16285765	96	1.9	96	87	0	268	32	25	14	27	1.95
16294494--16294543	10	5.0	10	79	13	50	68	2	10	20	1.29
16305630--16305693	20	3.2	20	76	8	76	37	21	21	18	1.94
16305630--16305701	20	3.6	20	74	7	74	36	22	22	19	1.95
16317321--16317369	21	2.3	21	83	13	57	22	0	12	65	1.26
16335787--16335941	67	2.3	68	92	3	260	32	21	28	18	1.96
16340754--16340927	40	4.4	39	86	5	199	24	27	21	26	2.00
16340787--16340934	40	3.7	40	87	5	228	25	27	22	25	2.00
16340787--16340934	79	1.9	80	88	4	228	25	27	22	25	2.00
16343196--16343346	28	5.4	28	92	1	223	33	28	11	25	1.92
16351403--16351553	28	5.4	28	91	1	214	34	27	11	25	1.91
16356304--16356375	21	3.6	20	76	12	76	45	26	1	26	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16356525--16356564	21	1.9	20	85	10	53	77	0	2	20	0.88
16356923--16356975	16	3.4	16	79	12	65	60	1	1	35	1.19
16356910--16356976	30	2.2	32	78	10	77	58	2	1	37	1.23
16358369--16358422	24	2.2	24	100	0	108	38	9	7	44	1.65
16358664--16358709	18	2.4	18	85	7	56	67	2	2	28	1.14
16358729--16358786	21	2.8	21	85	12	68	70	1	0	27	0.97
16358778--16358837	26	2.3	26	85	8	77	61	5	3	30	1.33
16363205--16363422	48	4.6	47	76	7	163	22	27	19	30	1.98
16363205--16363434	96	2.4	96	82	4	293	23	28	19	29	1.98
16366006--16366132	60	2.1	60	81	7	141	14	30	18	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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