genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28648994--28649432	151	2.9	151	91	1	695	29	25	18	26	1.98
28669488--28669613	49	2.6	49	85	2	164	23	26	19	29	1.99
28678167--28678204	20	1.9	20	94	0	67	39	26	2	31	1.70
28678291--28678412	43	2.9	42	79	7	138	29	24	16	29	1.96
28679857--28679916	30	2.0	30	83	0	75	38	5	25	31	1.77
28680327--28680407	42	1.9	42	82	0	99	32	16	23	28	1.96
28684426--28684462	17	2.2	17	95	0	65	16	27	16	40	1.89
28689315--28689771	48	9.5	48	82	0	556	26	28	17	28	1.98
28689304--28689771	96	4.9	96	90	0	738	25	27	17	28	1.98
28694395--28694478	42	2.1	39	86	6	114	71	7	7	14	1.29
28699856--28699888	13	2.5	13	95	0	57	24	24	33	18	1.97
28726458--28726584	50	2.7	48	82	11	147	26	29	17	26	1.97
28728956--28728990	17	2.1	17	100	0	70	17	31	17	34	1.93
28733917--28734223	140	2.2	140	93	0	515	22	26	20	30	1.98
28733967--28734179	94	2.3	92	80	8	225	23	28	19	29	1.98
28733774--28734232	46	9.8	45	71	16	204	23	28	18	29	1.98
28739662--28739720	24	2.5	24	86	10	93	62	6	18	11	1.50
28744834--28744943	42	2.6	42	92	0	184	27	32	22	17	1.96
28747520--28747691	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
28747513--28747688	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
28752462--28752639	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28752483--28752638	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28758254--28758431	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
28758255--28758410	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
28758251--28758431	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
28763836--28764013	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
28763857--28764012	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
28765883--28765945	20	3.2	20	73	8	65	34	17	9	38	1.82
28765957--28766024	20	3.4	20	83	4	75	36	13	5	44	1.68
28765896--28766025	40	3.2	40	75	12	99	36	14	7	40	1.75
28765970--28766031	20	3.1	20	90	0	88	33	16	6	43	1.73
28772777--28772813	19	1.9	19	89	10	58	37	16	16	29	1.90
28774138--28774195	27	2.2	25	81	6	62	25	25	20	27	1.99
28774152--28774248	25	3.9	25	77	0	95	27	25	17	28	1.98
28774152--28774247	50	1.9	50	84	0	129	28	25	17	29	1.98
28780747--28780884	40	3.5	40	88	4	183	24	24	27	23	2.00
28787425--28787647	40	5.6	40	80	4	191	24	21	28	26	1.99
28787501--28787647	79	1.9	80	85	1	206	23	20	29	25	1.99
28787500--28787682	79	2.3	80	79	1	190	25	20	29	25	1.99
28795372--28795539	39	4.3	40	84	3	198	23	21	29	25	1.99
28795360--28795539	79	2.3	78	81	4	209	24	21	29	24	1.99
28812909--28812968	30	2.0	30	93	0	102	28	25	6	40	1.80
28813917--28813973	14	4.1	14	78	13	64	15	7	35	42	1.75
28816642--28816678	18	2.1	18	100	0	74	48	21	5	24	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28820775--28820818	21	2.0	22	83	12	56	6	6	18	68	1.35
28822982--28823169	49	3.8	49	82	2	250	26	18	26	29	1.98
28822975--28823164	100	1.9	100	94	0	335	25	18	26	28	1.98
28826171--28826235	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
28826167--28826235	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
28828697--28828886	100	1.9	100	93	0	326	26	18	25	29	1.98
28828706--28828891	49	3.8	49	84	2	246	26	17	25	29	1.98
28832725--28832896	48	3.6	48	81	2	184	26	20	28	24	1.99
28836339--28836474	56	2.4	56	92	0	227	32	25	13	28	1.94
28837011--28837062	28	1.9	26	84	7	68	28	17	3	50	1.64
28837625--28837657	15	2.2	16	89	10	52	54	15	0	30	1.41
28853823--28853869	23	2.0	23	100	0	94	27	25	12	34	1.92
28862739--28862776	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
28868455--28868579	43	2.9	43	89	0	196	13	24	32	29	1.93
28870797--28871021	42	5.2	42	74	8	193	30	27	16	25	1.96
28870897--28870994	48	2.0	48	88	3	144	33	25	13	27	1.93
28870993--28871065	36	2.0	37	84	12	98	28	30	16	24	1.96
28875294--28875327	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
28875336--28875411	40	1.9	40	86	0	107	35	31	15	17	1.91
28879723--28879824	44	2.3	44	94	0	177	29	18	21	30	1.97
28881157--28881379	46	4.8	46	77	9	195	26	19	30	24	1.98
28883692--28883811	47	2.7	44	83	6	134	26	20	32	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28887230--28887314	42	2.0	42	93	0	143	27	12	31	28	1.93
28893570--28893696	43	3.0	43	76	13	118	32	26	19	21	1.97
28903670--28903717	21	2.2	22	92	7	89	35	25	0	39	1.56
28907597--28907879	48	5.9	48	74	3	201	26	20	27	25	1.99
28907594--28907879	144	2.0	144	82	1	349	26	19	27	25	1.99
28919519--28919623	43	2.5	43	78	10	110	25	18	28	27	1.98
28919981--28920024	21	2.1	21	100	0	88	9	20	18	52	1.72
28920466--28920525	26	2.3	26	76	0	75	10	21	41	26	1.85
28926168--28926225	23	2.4	25	77	16	68	24	6	17	51	1.69
28929750--28929842	42	2.2	42	81	9	109	27	16	23	32	1.96
28953878--28953932	28	2.0	27	82	3	65	70	7	3	18	1.25
28963110--28963183	37	2.0	37	94	0	130	25	22	20	31	1.98
28973705--28973783	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
28973902--28974173	47	5.7	47	90	2	402	29	29	8	32	1.87
28985723--28985799	38	2.0	38	100	0	154	42	20	0	36	1.53
28987993--28988017	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
28991508--28991546	8	4.6	8	84	9	51	61	0	0	38	0.96
28993019--28993043	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
28998528--28998578	11	4.2	12	78	14	52	3	17	0	78	0.90
28998536--28998578	22	2.0	22	90	0	68	2	18	0	79	0.85
28999761--28999800	19	2.1	19	95	0	71	42	5	22	30	1.75
29005191--29005245	22	2.4	24	80	17	71	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29005188--29005263	24	3.3	23	80	10	75	34	0	1	64	1.02
29028691--29028871	87	2.1	87	91	2	292	22	28	22	27	1.99
29031297--29031359	31	2.0	31	100	0	126	42	12	3	41	1.59
29034739--29034773	13	2.7	13	95	0	61	31	0	5	62	1.18
29038687--29038741	10	5.5	10	77	0	65	14	25	25	34	1.94
29038687--29038741	20	2.8	20	94	0	101	14	25	25	34	1.94
29038687--29038766	40	2.0	40	85	4	108	17	23	22	36	1.95
29038981--29039015	13	2.7	13	90	0	61	31	0	2	65	1.07
29047177--29047237	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
29051033--29051185	67	2.3	65	81	10	168	21	29	16	32	1.96
29055917--29055969	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
29057455--29057562	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
29063011--29063063	26	2.0	27	85	7	74	24	16	22	35	1.95
29064548--29064655	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
29066554--29066690	38	3.6	38	81	2	157	33	27	19	19	1.96
29072818--29072891	24	3.3	22	76	14	71	55	17	1	25	1.50
29094697--29094761	29	2.2	30	86	8	89	50	3	1	44	1.26
29094751--29094783	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
29095557--29095646	45	2.0	45	93	0	153	42	18	15	23	1.89
29097360--29097642	18	15.3	18	71	12	153	36	14	12	36	1.84
29097360--29097642	36	7.6	36	70	13	180	36	14	12	36	1.84
29097440--29097642	54	3.8	54	76	12	193	36	14	12	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29097441--29097642	72	2.8	71	81	9	230	36	14	12	36	1.84
29097810--29098038	45	5.1	45	88	0	305	41	20	18	20	1.91
29098458--29098504	5	9.2	5	90	4	58	36	25	0	38	1.56
29099875--29099909	9	4.0	9	88	7	54	17	11	0	71	1.14
29099875--29099921	17	2.7	18	86	6	69	17	10	0	72	1.12
29099875--29099917	13	3.3	13	83	9	52	16	11	0	72	1.13
29100445--29100491	19	2.5	19	96	0	85	31	19	0	48	1.49
29106106--29106195	46	2.0	46	97	0	171	56	8	12	22	1.63
29108437--29108510	30	2.5	30	97	0	139	43	14	13	28	1.84
29111520--29111642	46	2.7	46	96	0	219	23	22	25	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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