genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26615171--26615228	21	2.8	20	80	19	66	72	0	5	22	1.04
26615171--26615228	20	2.9	18	82	17	62	72	0	5	22	1.04
26615458--26615521	28	2.2	30	83	8	78	68	1	3	26	1.13
26617171--26617342	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
26617164--26617339	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
26619853--26619971	51	2.3	51	98	0	229	24	18	20	36	1.94
26620038--26620290	44	5.8	43	71	14	169	27	23	19	29	1.98
26620039--26620264	88	2.6	87	84	0	308	27	23	19	29	1.98
26620193--26620865	88	7.7	88	83	5	728	27	18	24	29	1.98
26620193--26620816	263	2.4	264	86	3	853	27	18	24	29	1.98
26620193--26620745	44	12.6	44	66	9	216	27	18	23	30	1.98
26620669--26620797	44	3.1	39	63	23	89	27	19	25	27	1.99
26620879--26621389	86	6.0	85	69	10	313	26	23	21	28	1.99
26620879--26621456	44	13.5	43	70	9	261	26	24	20	28	1.99
26620870--26621252	130	2.9	130	92	0	604	25	24	21	27	1.99
26621216--26621290	38	2.0	38	92	5	125	28	24	20	28	1.99
26621051--26621415	168	2.1	171	85	5	481	26	23	21	28	1.99
26621227--26621298	38	1.9	38	88	2	101	30	23	18	27	1.97
26621224--26621506	129	2.2	126	84	6	367	28	22	19	29	1.98
26621264--26621551	129	2.2	130	85	4	384	27	22	19	30	1.98
26628661--26628742	13	6.8	12	71	18	55	70	2	2	24	1.11
26628661--26628724	28	2.2	30	83	8	78	68	1	3	26	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26629715--26629762	22	2.2	21	81	3	60	4	16	20	58	1.55
26630359--26630387	7	4.1	7	100	0	58	27	0	0	72	0.85
26630624--26630667	16	2.6	17	82	3	54	27	0	2	70	0.99
26637854--26638028	49	3.5	49	84	3	251	29	26	18	25	1.98
26637841--26638035	49	3.9	49	83	2	246	28	27	18	25	1.98
26637841--26638033	100	1.9	100	95	0	350	28	26	19	25	1.99
26638282--26638335	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
26644168--26644204	14	2.6	15	83	12	51	29	0	2	67	1.04
26644294--26644347	27	2.0	28	85	3	74	33	0	1	64	1.04
26644297--26644346	18	2.9	17	75	19	50	34	0	2	64	1.05
26647538--26647575	17	2.2	17	95	0	67	55	7	10	26	1.61
26650550--26650870	96	3.3	96	82	1	340	28	20	28	22	1.98
26650539--26650870	144	2.3	143	82	4	382	28	19	28	23	1.99
26650554--26650870	48	6.6	48	77	3	280	29	19	28	23	1.98
26660298--26660467	40	4.3	40	83	1	198	23	21	30	25	1.99
26684475--26684644	40	4.3	40	83	1	198	23	21	30	25	1.99
26691745--26691914	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
26695026--26695055	12	2.5	12	94	0	51	16	10	26	46	1.78
26697131--26697449	48	6.6	48	78	5	297	29	20	28	22	1.98
26697131--26697449	96	3.3	96	84	1	354	29	20	28	22	1.98
26697118--26697450	144	2.3	144	83	4	395	28	19	28	23	1.98
26697480--26697505	10	2.6	10	100	0	52	50	0	19	30	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26709871--26709899	11	2.5	12	94	5	51	79	6	0	13	0.93
26713074--26713169	48	2.0	48	93	0	165	25	15	8	51	1.71
26714143--26714201	29	2.0	29	100	0	118	32	13	20	33	1.91
26716744--26716808	28	2.4	28	84	2	78	20	26	23	30	1.98
26718412--26718444	10	3.2	11	91	8	52	42	0	27	30	1.56
26718939--26719094	42	3.7	42	82	8	183	31	17	24	26	1.97
26721890--26721950	31	1.9	31	81	18	72	4	26	0	68	1.09
26721890--26721972	25	3.4	25	76	18	68	4	22	2	69	1.19
26735306--26735362	12	4.5	12	79	14	53	78	0	21	0	0.74
26735306--26735355	12	4.4	11	75	9	55	80	0	20	0	0.72
26737793--26737832	21	1.9	21	85	10	55	35	20	0	45	1.51
26742774--26742927	41	3.8	41	81	3	168	32	29	16	22	1.95
26742774--26742927	81	1.9	82	83	5	204	32	29	16	22	1.95
26760986--26761048	33	1.9	33	93	0	108	30	31	12	25	1.93
26765090--26765144	28	1.9	29	85	3	76	21	43	20	14	1.87
26770483--26770541	16	3.7	16	72	17	59	67	3	0	28	1.06
26772791--26772866	28	3.0	25	81	14	84	39	15	18	26	1.91
26772815--26772877	28	2.2	28	94	0	108	36	12	23	26	1.91
26772901--26773048	51	2.9	51	90	2	235	30	14	27	28	1.95
26775612--26775636	9	2.8	9	100	0	50	56	0	44	0	0.99
26776315--26776364	11	4.5	11	72	18	50	68	4	28	0	1.08
26780061--26780283	80	2.8	80	83	7	249	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26780061--26780230	40	4.3	40	93	0	261	27	28	20	23	1.99
26780061--26780283	120	1.9	119	81	6	272	26	28	20	24	1.99
26782086--26782284	39	5.1	39	92	0	326	21	23	30	25	1.99
26792334--26792372	12	3.2	12	83	16	53	30	25	33	10	1.89
26805299--26805346	20	2.3	21	92	3	80	50	4	0	45	1.21
26812483--26812539	30	1.9	29	92	3	96	12	15	15	56	1.68
26822065--26822193	49	2.6	49	90	3	188	31	18	27	22	1.97
26842121--26842305	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
26842121--26842305	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
26844927--26844983	30	1.9	30	88	0	87	40	8	22	28	1.84
26848714--26848767	27	2.0	27	100	0	108	25	14	7	51	1.68
26855103--26855149	24	2.0	24	100	0	94	46	17	12	23	1.82
26856255--26856395	69	2.0	69	90	0	219	32	12	22	31	1.92
26856819--26856901	41	2.0	41	100	0	166	33	2	12	51	1.52
26857620--26857684	34	1.9	34	87	0	94	26	23	21	29	1.99
26860324--26860479	43	3.7	43	76	10	124	26	25	21	26	1.99
26862928--26862970	21	2.0	21	100	0	86	44	4	18	32	1.71
26868300--26868433	60	2.2	63	80	9	161	28	26	18	26	1.98
26870037--26870144	37	2.9	38	94	2	184	23	32	21	23	1.98
26870285--26870430	48	3.0	48	90	0	238	30	27	6	35	1.81
26882011--26882164	43	3.6	43	69	11	118	29	22	20	27	1.99
26886724--26886814	40	2.3	40	79	11	98	28	21	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26896263--26896320	30	1.9	30	85	0	80	39	8	20	31	1.83
26900383--26900418	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48
26900869--26901051	56	3.3	55	85	6	235	25	13	28	32	1.94
26900894--26901074	28	6.5	28	94	1	276	26	13	28	31	1.94
26905089--26905279	40	4.8	40	81	7	185	25	21	27	25	1.99
26905144--26905305	79	2.1	78	80	8	177	26	19	27	25	1.99
26908204--26908375	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
26908151--26908373	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
26908231--26908408	79	2.2	80	79	3	182	25	21	28	24	1.99
26916144--26916315	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
26916091--26916313	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
26916171--26916348	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
26924077--26924248	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
26924024--26924246	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
26924104--26924281	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
26942199--26942376	27	6.6	27	84	5	180	29	28	15	26	1.96
26942220--26942375	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26950202--26950379	27	6.6	27	84	5	180	29	28	15	26	1.96
26950223--26950378	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26956419--26956500	43	1.9	43	94	0	146	28	21	28	21	1.99
26956506--26956610	40	2.6	40	76	1	111	27	19	28	24	1.98
26957624--26957657	16	2.1	16	94	0	59	38	2	17	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26963119--26963264	27	5.4	27	85	3	186	34	17	19	27	1.95
26965824--26965930	43	2.5	44	80	10	123	26	16	28	28	1.97
26967768--26967855	29	3.0	29	93	1	149	28	23	10	37	1.88
26971003--26971034	16	1.9	17	93	6	57	31	9	3	56	1.47
26974343--26974371	15	1.9	15	100	0	58	13	37	13	34	1.85
26983098--26983123	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
26985619--26985775	43	3.7	43	74	10	133	32	24	16	26	1.96
26987322--26987499	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
26995257--26995287	6	5.2	6	92	0	53	80	0	3	16	0.83
27000367--27000435	26	2.7	26	77	4	77	17	24	18	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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