genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62965175--62965281	12	9.3	11	75	16	60	29	6	3	59	1.40
62974746--62974808	31	2.0	31	93	0	108	26	22	23	26	2.00
62977662--62977834	46	3.7	46	78	7	197	21	20	28	30	1.98
62977659--62977829	93	1.8	93	92	0	288	21	20	29	29	1.98
62981620--62981655	18	2.0	18	100	0	72	55	16	11	16	1.68
62982561--62982633	28	2.6	27	82	10	76	39	21	20	17	1.92
62986654--62986689	12	2.8	14	80	20	51	47	0	0	52	1.00
62986814--62986861	3	16.0	3	82	8	62	37	0	2	60	1.09
62987686--62987861	70	2.4	74	82	11	191	42	1	18	38	1.58
62987731--62987881	79	1.9	78	83	5	194	41	1	19	37	1.60
62988022--62988069	17	2.8	17	84	9	71	43	2	22	31	1.65
62988217--62988299	38	2.2	38	85	6	107	16	25	28	28	1.97
62997234--62997712	27	17.6	28	76	9	125	35	20	9	34	1.85
62997329--62997510	54	3.4	54	89	0	274	28	23	8	39	1.84
62997275--62997460	81	2.3	82	75	6	180	30	23	10	36	1.88
62997329--62997510	81	2.2	81	85	3	242	28	23	8	39	1.84
62997491--62997740	81	3.1	79	71	9	189	38	20	9	32	1.85
62997491--62997630	54	2.6	54	84	4	183	38	21	8	31	1.83
62997533--62997658	54	2.3	54	82	8	150	40	22	8	28	1.83
62997669--62997720	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
62998944--62998991	25	1.9	25	86	0	69	33	25	14	27	1.94
62999039--62999094	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62999028--62999094	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
62999144--62999286	24	6.0	24	87	4	191	30	23	20	25	1.99
62999143--62999265	47	2.6	47	89	1	192	31	22	19	26	1.98
62999145--62999286	71	2.0	72	88	4	216	29	23	21	26	1.99
62999480--62999543	31	2.1	31	90	0	101	39	15	23	21	1.92
63003259--63003370	28	4.0	28	95	1	199	34	27	10	26	1.90
63003333--63003408	38	2.0	38	97	0	143	39	27	7	25	1.83
63003371--63003432	28	2.2	28	97	0	115	38	25	9	25	1.86
63003305--63003441	66	2.0	68	97	2	260	38	26	8	26	1.85
63006807--63006843	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
63015383--63015440	28	2.0	29	93	3	100	36	25	22	15	1.94
63028404--63028429	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
63036776--63036959	39	4.7	40	85	7	225	24	28	22	25	1.99
63044693--63044950	39	6.6	39	87	7	341	23	27	22	25	1.99
63053434--63053513	15	5.4	15	75	12	76	11	18	12	57	1.64
63053425--63053504	30	2.6	31	81	11	94	12	18	13	55	1.70
63055076--63055247	46	3.7	46	76	0	191	22	20	26	30	1.98
63055073--63055242	92	1.8	92	91	0	277	21	21	27	29	1.99
63065277--63065375	50	2.0	50	88	7	148	50	12	11	26	1.73
63068516--63068582	26	2.6	26	87	0	98	25	23	23	26	2.00
63071987--63072024	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
63072253--63072418	46	3.6	45	76	8	163	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63072254--63072424	93	1.8	93	88	0	261	29	27	19	22	1.98
63072844--63072903	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
63076570--63076613	19	2.4	19	81	7	56	61	13	6	18	1.54
63077306--63077339	17	2.0	17	88	11	52	26	41	20	11	1.87
63077483--63077515	15	2.2	15	100	0	66	21	45	15	18	1.85
63083256--63083339	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
63083208--63083432	49	4.5	49	87	2	306	25	17	28	29	1.97
63086442--63086480	15	2.6	15	95	0	69	5	15	23	56	1.59
63088698--63088781	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
63088650--63088887	49	4.8	49	87	2	314	26	18	26	28	1.98
63088648--63088887	99	2.4	100	86	2	331	26	19	26	28	1.99
63092737--63092823	42	2.1	42	100	0	174	28	13	24	33	1.93
63093899--63093992	40	2.3	40	87	0	125	21	18	27	32	1.96
63093980--63094063	28	3.0	28	89	0	114	21	13	35	29	1.91
63096749--63096907	43	3.7	43	79	9	173	21	18	28	32	1.97
63107276--63107336	26	2.3	26	97	2	113	47	22	0	29	1.52
63108962--63109045	43	2.0	43	90	0	132	28	33	17	20	1.95
63111029--63111096	22	3.1	22	93	0	109	35	25	8	30	1.86
63113313--63113378	3	22.0	3	87	0	87	28	3	3	65	1.23
63115218--63115296	37	2.1	37	90	0	122	26	30	17	25	1.97
63115417--63115571	47	3.3	47	85	3	211	28	31	9	30	1.88
63115497--63115646	75	2.0	74	93	2	257	28	29	11	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63115544--63115597	26	2.1	26	96	0	99	25	29	16	27	1.97
63115570--63115735	49	3.4	49	96	1	300	28	29	10	31	1.90
63115417--63115735	171	1.9	169	92	1	539	28	30	9	31	1.89
63118768--63118821	25	2.2	25	86	0	72	24	27	22	25	2.00
63118777--63118828	25	2.1	25	96	0	95	25	25	25	25	2.00
63121174--63121230	25	2.3	25	87	0	78	33	12	26	28	1.92
63137908--63137986	42	1.9	42	92	5	126	17	21	35	25	1.95
63141795--63141888	12	7.8	12	67	9	57	21	38	3	37	1.69
63141783--63141888	24	4.4	24	89	1	149	18	38	4	37	1.72
63146880--63146909	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
63147488--63147621	45	3.1	44	77	11	143	23	17	26	32	1.97
63147500--63147639	41	3.3	42	75	13	126	25	18	27	28	1.98
63149839--63149885	19	2.4	20	78	3	51	8	25	27	38	1.85
63149839--63149947	20	5.5	20	65	14	64	9	29	23	37	1.86
63166572--63166653	40	2.0	40	100	0	164	21	17	28	32	1.96
63170461--63170625	43	3.8	43	79	7	165	24	16	26	32	1.96
63174953--63175065	44	2.7	41	76	14	113	24	17	25	31	1.97
63181837--63181861	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
63182970--63183070	42	2.3	44	86	6	136	23	18	27	29	1.98
63183150--63183214	32	2.0	32	100	0	130	33	12	21	32	1.90
63187150--63187195	24	1.9	24	82	8	58	30	30	15	23	1.95
63193644--63193916	49	5.7	47	77	11	236	29	20	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63193647--63193916	98	2.8	97	81	8	261	30	20	27	22	1.98
63193739--63193954	49	4.4	49	78	9	192	29	20	27	22	1.98
63197780--63197887	41	2.6	41	86	2	146	19	21	25	34	1.96
63200206--63200249	14	2.9	15	86	6	54	13	15	13	56	1.67
63202721--63202884	46	3.5	47	80	6	181	29	17	28	25	1.98
63202861--63203074	44	4.6	46	83	6	231	21	19	31	28	1.97
63202813--63203071	137	1.9	140	84	8	352	22	18	31	27	1.98
63202902--63203075	93	1.8	97	86	7	259	21	19	31	27	1.98
63211998--63212040	19	2.2	20	83	8	52	58	0	41	0	0.98
63212333--63212357	12	2.1	12	100	0	50	8	32	44	16	1.76
63220865--63220946	34	2.4	33	82	6	92	26	24	21	26	2.00
63220884--63220968	34	2.5	34	81	11	86	24	27	25	22	2.00
63239934--63239997	30	2.2	29	94	2	110	23	17	23	35	1.95
63243858--63243944	39	2.2	39	91	0	138	28	28	22	19	1.98
63252081--63252206	39	3.2	39	93	2	209	29	26	22	21	1.99
63265115--63265235	43	2.9	42	80	7	136	32	23	18	26	1.97
63265133--63265235	42	2.4	43	84	7	138	32	21	19	27	1.97
63275362--63275458	39	2.5	40	84	6	126	22	27	29	19	1.98
63278160--63278897	47	15.6	47	91	2	1165	30	10	32	26	1.89
63278254--63278278	9	2.8	9	100	0	50	36	0	32	32	1.58
63279028--63279107	37	2.2	37	86	4	108	25	17	30	27	1.97
63280447--63280545	40	2.5	40	85	3	128	24	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63288397--63288587	40	4.8	40	90	2	269	23	24	29	23	1.99
63301288--63301378	28	3.2	28	92	0	146	20	34	21	23	1.97
63302556--63302729	46	3.7	48	76	15	159	21	29	21	27	1.99
63305040--63305166	43	3.0	43	86	0	182	21	18	29	30	1.97
63314193--63314295	42	2.4	43	83	6	129	32	24	17	26	1.97
63314807--63314841	9	3.8	9	96	3	61	68	20	0	11	1.20
63317978--63318065	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
63324153--63324297	44	3.4	42	72	13	118	26	17	24	31	1.97
63324153--63324309	43	3.7	43	72	13	135	26	16	25	31	1.96
63326462--63326488	11	2.5	11	100	0	54	29	0	18	51	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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