genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57555794--57555906	45	2.5	45	92	1	192	13	33	9	43	1.77
57558475--57558530	27	2.1	27	100	0	112	41	17	10	30	1.84
57562012--57562126	49	2.4	49	85	5	146	27	22	27	21	1.99
57561879--57562137	140	1.9	138	80	9	303	26	20	28	24	1.99
57574015--57574106	20	4.6	20	90	0	139	46	1	28	23	1.59
57577692--57577756	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
57577692--57577742	21	2.4	21	90	0	75	37	11	19	31	1.88
57577694--57577754	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
57578052--57578134	31	2.7	31	88	3	125	28	18	25	27	1.98
57580741--57580862	22	5.3	22	62	21	61	25	28	11	34	1.91
57580713--57580969	47	5.4	47	88	3	356	26	29	9	33	1.88
57600006--57600183	27	6.6	27	79	3	160	28	29	16	25	1.97
57600027--57600182	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
57607989--57608166	27	6.6	27	79	3	160	28	29	16	25	1.97
57608010--57608165	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
57610907--57610936	15	2.0	15	100	0	60	26	6	20	46	1.75
57612439--57612724	48	6.0	48	78	8	273	24	27	18	28	1.98
57612439--57612724	96	3.0	94	81	4	313	24	27	18	28	1.98
57620150--57620365	46	4.6	45	82	7	236	22	29	20	27	1.98
57620195--57620367	94	1.9	92	86	7	251	21	30	21	27	1.98
57627781--57627997	46	4.6	46	76	13	169	24	29	18	28	1.98
57632891--57632994	47	2.2	48	87	1	147	28	19	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57632891--57633014	48	2.6	47	84	3	160	27	19	29	23	1.98
57633052--57633145	42	2.2	42	83	3	109	28	15	27	27	1.97
57637807--57637872	34	1.9	34	96	0	123	34	3	22	39	1.70
57638058--57638085	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
57647319--57647592	137	2.0	137	99	0	539	30	15	20	33	1.94
57658802--57658827	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
57658846--57658872	13	2.1	13	100	0	54	70	7	7	14	1.32
57658802--57658872	13	5.1	14	74	17	51	71	4	11	12	1.27
57661028--57661081	23	2.2	25	78	15	60	62	3	22	11	1.43
57669287--57669311	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
57671046--57671220	48	3.7	48	79	9	196	30	20	26	23	1.98
57671046--57671366	94	3.3	94	80	5	331	29	19	26	24	1.98
57671046--57671366	49	6.7	49	79	7	259	29	19	26	24	1.98
57675010--57675061	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
57676507--57676580	25	3.0	25	84	4	96	22	22	18	35	1.96
57680565--57680612	25	1.9	25	83	8	62	16	20	20	41	1.90
57691808--57691863	29	2.0	29	89	3	87	17	5	28	48	1.69
57692068--57692140	21	3.4	21	80	3	83	13	27	28	30	1.94
57692506--57692539	16	2.1	16	100	0	68	26	5	5	61	1.42
57692506--57692548	16	2.7	16	89	7	52	27	4	6	60	1.43
57701803--57702103	40	7.6	40	82	4	306	24	25	22	26	2.00
57709717--57710017	40	7.6	40	82	4	306	24	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57717131--57717265	48	2.8	48	83	0	171	24	17	27	31	1.97
57725722--57725752	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
57725719--57725758	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
57725945--57726198	53	4.8	54	77	8	229	22	24	15	37	1.93
57726004--57726198	55	3.6	53	77	8	153	22	24	16	36	1.94
57731413--57731466	26	2.0	27	83	16	69	33	12	9	44	1.75
57735807--57735837	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
57735804--57735843	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
57736075--57736284	55	3.9	55	77	6	205	24	24	16	34	1.95
57742774--57742809	18	1.9	19	88	5	56	36	8	22	33	1.84
57749752--57749783	6	5.3	6	96	0	55	28	0	0	71	0.86
57757835--57757874	19	2.1	19	86	9	55	30	7	10	52	1.62
57759690--57759802	43	2.7	43	87	6	160	23	18	26	31	1.97
57761866--57761928	33	1.9	33	96	0	117	31	4	22	41	1.74
57768024--57768071	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
57768119--57768174	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
57768108--57768174	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
57768224--57768401	24	7.4	24	94	0	284	31	21	20	26	1.98
57776352--57776399	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
57776447--57776502	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
57776436--57776502	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
57776551--57776716	24	7.0	24	91	4	232	30	21	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57776551--57776702	47	3.2	46	90	7	225	30	21	21	26	1.98
57782127--57782257	49	2.7	50	82	5	169	21	26	21	30	1.98
57782275--57782444	48	3.6	48	83	3	218	22	29	19	28	1.98
57782275--57782486	46	4.5	47	79	7	209	23	29	17	29	1.97
57782275--57782489	94	2.3	93	84	4	281	23	29	18	28	1.97
57784956--57785037	39	2.1	39	97	0	155	43	23	4	28	1.74
57788984--57789155	46	3.7	46	77	13	190	22	22	27	27	1.99
57789988--57790054	33	2.0	33	100	0	134	19	23	26	29	1.98
57796920--57797000	22	3.5	23	66	11	67	30	9	28	30	1.89
57796788--57797106	47	6.7	47	96	1	539	31	8	29	31	1.87
57797224--57797301	36	2.1	36	88	2	111	24	17	32	25	1.97
57799166--57799311	43	3.4	43	97	0	274	23	13	35	27	1.92
57799293--57799366	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
57799678--57800033	40	8.9	40	85	2	387	24	22	27	25	2.00
57799678--57800028	120	2.9	120	84	3	431	24	22	27	25	2.00
57803548--57803794	47	5.3	47	99	0	485	31	9	28	30	1.89
57803775--57803813	19	2.1	19	100	0	78	25	20	28	25	1.99
57803728--57803859	66	2.0	67	93	3	230	30	10	28	30	1.90
57803681--57803911	115	2.0	115	92	3	385	30	9	29	30	1.89
57803802--57803931	49	2.6	49	95	1	233	30	8	31	30	1.87
57804049--57804127	37	2.1	37	88	4	115	24	20	31	24	1.98
57810800--57810829	11	2.7	11	89	0	51	33	0	10	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57821878--57821925	15	3.3	15	73	5	53	41	29	2	27	1.67
57824791--57824850	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
57824797--57824844	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
57825063--57825096	12	2.8	12	83	16	52	73	8	2	14	1.19
57829408--57829467	29	2.1	29	90	0	93	41	28	0	30	1.56
57829414--57829461	15	3.3	15	73	5	53	43	25	0	31	1.55
57832215--57832256	13	3.5	12	90	6	59	78	2	4	14	1.01
57841980--57842033	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
57841980--57842053	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
57841980--57842044	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
57843950--57843988	15	2.6	15	87	0	51	82	0	15	2	0.79
57845009--57845126	12	9.8	12	68	18	50	70	3	18	7	1.26
57845026--57845129	18	5.6	18	75	5	82	71	3	18	6	1.24
57845022--57845129	6	17.7	6	70	6	74	71	3	18	6	1.23
57845090--57845127	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
57845091--57845141	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
57845144--57845206	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
57847127--57847180	20	2.7	20	82	0	63	22	20	20	37	1.95
57847127--57847200	30	2.5	30	86	4	96	20	20	20	39	1.93
57847127--57847191	20	3.2	20	71	16	53	21	21	18	38	1.93
57848990--57849036	10	4.7	10	83	0	58	12	25	21	40	1.89
57851527--57851700	46	3.8	46	78	14	205	20	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57851524--57851695	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
57864846--57864893	25	1.9	25	83	8	62	43	2	2	52	1.24
57864850--57864899	20	2.7	19	80	20	61	44	2	2	52	1.24
57864878--57864995	62	1.9	59	83	5	146	42	4	4	49	1.42
57873557--57873592	12	3.3	11	88	11	56	13	0	8	77	0.98
57873557--57873592	11	3.2	12	92	7	58	13	0	8	77	0.98
57878859--57879088	40	5.8	40	92	2	322	23	21	28	26	1.99
57878859--57879114	40	6.4	39	90	4	313	23	21	27	26	1.99
57885664--57885835	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
57885657--57885832	46	3.8	46	77	14	200	29	28	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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