genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  113  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36577395--36577436	20	2.1	20	100	0	84	30	4	0	64	1.14
36595074--36595248	46	3.8	46	76	13	187	29	28	20	21	1.98
36595081--36595252	93	1.8	93	92	0	290	28	28	20	22	1.99
36595125--36595268	46	3.1	44	73	15	123	29	27	19	22	1.98
36600279--36600305	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
36613124--36613161	6	6.5	6	93	6	69	0	15	0	84	0.63
36613158--36613205	12	3.8	12	74	15	51	14	2	12	70	1.25
36615028--36615115	30	2.9	30	88	3	124	20	32	26	20	1.97
36615726--36615778	26	2.0	26	100	0	106	41	15	15	28	1.87
36627648--36627913	46	5.7	46	73	13	149	27	20	28	23	1.99
36627644--36627771	47	2.8	43	77	18	125	25	21	28	24	1.99
36630594--36630840	39	6.3	38	88	2	305	30	28	21	18	1.97
36631173--36631392	110	2.0	110	99	0	431	23	22	8	45	1.79
36644052--36644229	27	6.6	27	81	3	205	26	15	28	29	1.96
36644049--36644229	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
36652207--36652383	27	6.6	27	81	5	205	26	15	28	29	1.96
36652207--36652383	55	3.3	54	83	4	214	26	15	28	29	1.96
36667853--36668025	93	1.9	93	91	0	283	27	30	21	20	1.98
36667846--36668021	46	3.8	46	77	10	187	28	29	21	20	1.98
36667854--36668040	46	4.0	45	72	12	137	28	29	21	20	1.98
36680642--36680705	24	2.7	24	90	0	92	26	18	31	23	1.98
36688496--36688553	24	2.4	24	88	0	80	25	13	32	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36724068--36724132	29	2.3	28	75	2	67	27	12	24	35	1.91
36724467--36724578	48	2.3	48	85	0	143	24	19	33	23	1.97
36726648--36726683	10	3.6	10	92	0	63	19	33	11	36	1.87
36737472--36737497	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
36737977--36738154	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
36737978--36738133	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
36737974--36738154	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
36750097--36750266	46	3.7	46	76	13	172	21	20	27	30	1.98
36750487--36750524	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
36752303--36752612	49	6.6	49	71	9	166	24	30	18	26	1.98
36752489--36752615	46	2.8	44	82	8	148	22	30	19	26	1.98
36756895--36757072	40	4.5	40	80	4	182	24	24	26	24	2.00
36775694--36775871	27	6.6	27	83	5	180	28	28	15	26	1.96
36775715--36775870	82	1.9	81	85	6	217	28	28	16	26	1.97
36783207--36783273	34	2.0	34	85	5	91	23	22	19	34	1.97
36784728--36785131	50	8.0	50	76	5	357	27	15	24	31	1.96
36784732--36785127	151	2.6	151	81	5	424	27	15	24	32	1.96
36788644--36788703	15	4.0	15	86	0	75	13	18	13	55	1.70
36791694--36792021	50	6.5	50	85	0	377	26	14	26	31	1.95
36791643--36792032	151	2.6	150	82	2	449	26	15	25	32	1.95
36792232--36792263	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
36794074--36794100	11	2.5	11	100	0	54	44	29	0	25	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36800896--36801009	55	2.1	55	94	0	201	37	21	7	32	1.83
36803178--36803204	13	2.1	13	100	0	54	18	22	14	44	1.86
36807569--36807745	27	6.5	26	81	6	167	25	16	28	28	1.97
36807565--36807724	82	2.0	81	87	3	232	25	16	29	28	1.97
36807569--36807745	82	2.2	81	83	3	212	25	16	28	28	1.97
36813673--36813700	14	2.0	14	100	0	56	57	0	28	14	1.38
36813942--36813979	6	6.0	6	90	9	58	18	0	0	81	0.69
36813942--36813979	13	3.0	12	88	11	58	18	0	0	81	0.69
36818198--36818283	40	2.2	40	91	0	136	47	17	13	20	1.82
36818259--36818335	37	2.1	37	95	0	136	38	16	12	31	1.87
36825676--36825860	48	3.9	48	89	0	244	27	15	32	25	1.95
36825688--36825899	48	4.4	49	85	5	143	26	15	30	27	1.96
36825831--36825957	42	2.9	42	77	7	128	25	14	28	30	1.95
36830954--36831221	47	5.7	47	78	11	250	28	20	28	22	1.98
36830951--36831217	140	1.9	141	84	6	364	28	19	29	22	1.98
36834883--36835192	47	6.6	47	91	2	469	29	29	8	32	1.87
36834883--36835192	96	3.3	96	90	4	472	29	29	8	32	1.87
36834883--36835193	143	2.2	141	89	2	471	29	29	8	32	1.87
36847542--36847780	43	5.6	43	84	0	307	26	15	26	31	1.95
36847543--36847830	129	2.3	126	84	3	371	26	14	27	31	1.95
36852566--36852828	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
36860498--36860760	40	6.6	40	87	3	325	26	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36872347--36872529	40	4.6	40	83	2	235	24	25	22	26	2.00
36872311--36872529	40	5.6	40	79	5	232	25	26	22	26	2.00
36872311--36872529	79	2.8	80	82	5	250	25	26	22	26	2.00
36875995--36876170	46	3.8	46	76	11	171	19	21	28	30	1.98
36875992--36876163	93	1.8	93	88	2	265	20	21	29	29	1.98
36880868--36880935	29	2.3	29	82	5	84	29	30	11	27	1.92
36880757--36881084	174	1.9	174	95	0	593	31	24	14	29	1.94
36881037--36881115	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
36888824--36889098	27	10.1	27	79	5	245	39	20	9	31	1.83
36888824--36889091	54	4.9	54	82	5	308	39	20	8	31	1.82
36888804--36889091	81	3.5	82	79	5	307	40	20	8	30	1.82
36888975--36889145	27	6.3	27	75	11	107	37	19	9	32	1.85
36889130--36889253	27	4.6	27	86	4	169	34	16	20	28	1.94
36889128--36889268	54	2.6	54	87	2	167	35	14	20	29	1.93
36889137--36889268	27	4.9	27	85	3	140	34	15	21	28	1.95
36889476--36889547	25	3.0	24	81	6	74	30	23	20	25	1.99
36892498--36892638	30	4.7	30	78	15	132	27	26	9	36	1.88
36892532--36892663	29	4.5	29	78	13	117	28	28	9	34	1.87
36892447--36892663	89	2.4	90	86	1	285	26	24	11	37	1.89
36892498--36892663	59	2.8	59	78	8	158	28	26	9	35	1.88
36901519--36901631	27	4.2	27	86	0	145	45	19	15	20	1.86
36901995--36902059	34	1.9	34	90	0	103	29	23	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36903175--36903345	46	3.7	46	79	6	175	30	18	28	22	1.97
36911947--36911994	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
36912042--36912097	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
36912031--36912097	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
36912147--36912267	24	5.0	24	87	4	163	28	19	22	29	1.98
36916235--36916337	44	2.4	42	82	7	127	23	20	24	32	1.98
36919565--36919627	26	2.4	26	83	0	81	33	14	15	36	1.88
36919922--36919993	34	2.1	34	87	2	101	27	22	20	29	1.99
36928158--36928230	34	2.2	33	90	2	110	20	26	24	28	1.99
36928957--36928991	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
36939109--36939365	131	2.0	130	85	3	347	29	17	18	34	1.94
36947271--36947346	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
36948532--36948676	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
36954138--36954292	78	2.0	79	89	1	240	34	20	23	21	1.97
36954282--36954486	45	4.6	45	75	10	172	28	15	23	32	1.95
36954271--36954527	133	1.9	133	87	0	370	29	16	22	31	1.95
36957896--36958164	46	5.8	45	72	16	210	21	19	27	30	1.98
36957892--36958156	93	2.8	92	90	2	404	21	19	28	30	1.98
36957946--36958110	47	3.5	46	76	17	187	21	18	29	30	1.97
36959874--36960130	131	2.0	130	85	2	345	28	18	17	36	1.93
36961407--36961465	30	2.0	30	82	0	73	38	6	27	27	1.81
36962135--36962372	101	2.4	101	87	0	332	24	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36962135--36962477	101	3.4	100	82	2	285	25	18	25	30	1.98
36962084--36962477	50	7.8	50	75	6	305	26	17	24	31	1.97
36962677--36962708	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
36969102--36969321	122	1.8	122	92	0	377	39	10	20	29	1.86
36975285--36975345	22	2.8	22	100	0	122	19	50	8	21	1.73
36995609--36995891	50	5.6	50	77	4	255	26	16	25	31	1.97
36995660--36995841	101	1.8	101	85	2	258	27	17	24	30	1.97
36995609--36995856	101	2.4	102	78	2	257	27	16	25	31	1.96
36999989--37000252	40	6.7	40	86	4	302	24	20	28	27	1.99
37007979--37008186	40	5.2	40	91	0	301	25	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320