genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6561250--6561284	17	2.1	17	89	10	54	11	5	5	77	1.12
6562402--6562434	14	2.4	14	94	0	57	66	0	3	30	1.06
6563449--6563520	27	2.7	27	85	8	94	20	4	36	38	1.72
6573664--6573722	15	3.7	15	71	24	50	30	5	0	64	1.15
6573666--6573780	24	4.9	24	74	20	93	33	6	0	59	1.24
6573673--6573732	26	2.3	26	86	11	79	31	6	0	61	1.22
6573690--6573776	46	1.9	44	81	9	104	35	8	0	56	1.29
6573727--6573848	42	3.0	41	72	20	103	37	7	0	54	1.28
6573832--6573897	16	4.2	16	70	12	57	31	7	1	59	1.35
6574018--6574061	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
6578111--6578161	21	2.4	21	93	0	84	23	7	41	27	1.82
6585637--6586189	206	2.7	205	92	2	914	30	18	22	28	1.97
6587895--6587954	26	2.3	26	86	11	79	31	6	0	61	1.22
6587898--6588086	42	4.5	42	69	23	123	35	6	0	57	1.25
6587927--6588073	41	3.6	40	72	19	99	36	7	0	55	1.28
6588052--6588116	16	4.2	16	70	16	57	30	7	1	60	1.34
6588049--6588124	29	2.6	28	80	10	91	32	7	1	57	1.36
6588237--6588280	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
6591898--6591942	20	2.2	20	100	0	90	26	15	26	31	1.96
6592473--6592517	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
6594705--6594754	22	2.2	23	82	3	57	24	2	12	62	1.40
6610610--6610657	20	2.4	20	79	6	53	29	4	0	66	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6610710--6610748	20	2.0	20	85	10	53	66	0	2	30	1.05
6613146--6613207	27	2.3	27	86	2	81	27	29	16	27	1.97
6614262--6614321	29	2.0	31	81	12	72	65	0	6	28	1.18
6614616--6614813	27	8.1	25	67	17	114	54	5	8	32	1.52
6615342--6615431	6	15.5	6	69	19	50	62	2	3	32	1.24
6615311--6615397	22	4.0	22	73	16	56	58	3	5	32	1.38
6615356--6615431	22	3.5	22	75	18	70	63	1	2	32	1.17
6622425--6622594	40	4.2	40	90	3	227	24	22	26	27	2.00
6632497--6632676	58	3.1	58	89	2	247	27	21	6	44	1.77
6633415--6633452	20	1.9	20	94	0	67	23	28	15	31	1.96
6636168--6636282	5	23.6	5	69	21	66	58	1	5	34	1.31
6636144--6636241	30	3.1	30	83	14	117	58	1	5	35	1.27
6636179--6636241	19	3.3	19	78	8	56	57	1	4	36	1.30
6638071--6638198	44	2.9	44	84	1	177	28	23	14	33	1.93
6638160--6638510	87	4.0	88	71	15	251	28	20	18	32	1.96
6638227--6638789	176	3.2	176	89	0	874	27	19	19	33	1.96
6638227--6638868	176	3.6	175	84	5	808	27	19	19	33	1.96
6638338--6638868	87	5.9	94	70	15	314	27	19	19	33	1.96
6650378--6650434	17	3.5	17	76	11	57	63	0	1	35	1.05
6650887--6651005	19	5.7	21	74	17	68	39	15	8	36	1.78
6650887--6650987	24	4.6	22	74	14	66	39	15	7	36	1.77
6650900--6651031	19	6.6	21	81	18	117	37	15	10	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6650900--6651037	43	3.5	38	83	14	156	37	15	10	36	1.81
6650923--6651037	19	5.9	19	84	15	164	36	14	11	37	1.82
6651430--6651594	87	1.9	87	82	5	208	26	21	18	34	1.96
6651350--6651832	261	1.9	256	87	3	707	26	21	17	33	1.96
6651664--6652417	205	3.7	205	92	1	1232	28	21	18	31	1.97
6656148--6656235	6	14.3	6	71	17	65	48	13	17	20	1.80
6656163--6656232	25	2.8	25	81	14	83	48	14	18	18	1.81
6656157--6656235	31	2.5	31	87	0	104	49	12	17	20	1.79
6656381--6656522	67	2.1	67	88	5	203	30	22	28	18	1.97
6656452--6656503	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
6656747--6656971	27	8.3	27	84	3	267	24	20	18	37	1.94
6656751--6656969	81	2.7	80	88	3	314	24	20	17	36	1.94
6656953--6657052	27	3.7	27	68	10	69	30	8	24	38	1.84
6656738--6656998	81	3.2	79	79	8	215	26	18	19	36	1.94
6657019--6657204	27	6.9	28	87	3	125	30	9	21	38	1.85
6657005--6657374	81	4.6	81	83	2	388	31	8	20	38	1.84
6657072--6657374	27	11.3	27	87	1	367	32	8	20	39	1.82
6662684--6662935	68	3.8	65	76	10	203	30	16	28	24	1.97
6666135--6666194	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
6666644--6666713	22	3.3	21	79	11	63	42	15	7	34	1.74
6666644--6666743	23	4.6	22	74	15	66	40	16	8	36	1.77
6666680--6666775	24	4.9	19	81	18	126	36	14	11	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6666718--6666773	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
6667168--6667544	87	4.3	87	67	17	244	26	22	18	32	1.97
6667088--6667570	261	1.9	256	87	3	718	26	22	18	33	1.96
6667402--6668155	205	3.7	205	95	1	1320	28	22	18	30	1.97
6671909--6671961	19	2.8	19	79	0	61	49	15	16	18	1.80
6672083--6672142	27	2.3	27	85	8	79	35	20	21	23	1.96
6672183--6672234	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
6672452--6672676	27	8.3	27	86	3	276	24	20	18	35	1.95
6672452--6672674	54	4.1	54	85	2	304	25	21	18	34	1.96
6672456--6672676	81	2.7	81	90	0	336	24	21	18	35	1.95
6672710--6673054	27	12.7	28	80	3	255	30	8	21	39	1.84
6672710--6673054	81	4.2	81	82	2	370	30	8	21	39	1.84
6672794--6673070	109	2.6	109	88	2	407	31	7	20	39	1.82
6672768--6673054	27	10.6	27	83	0	367	31	8	20	39	1.83
6673632--6673757	35	3.5	36	87	7	184	35	15	11	38	1.82
6673632--6673757	54	2.3	54	98	0	243	35	15	11	38	1.82
6673646--6673755	17	6.5	15	85	8	78	35	15	10	38	1.83
6673632--6673757	19	6.9	19	87	10	201	35	15	11	38	1.82
6675701--6675779	30	2.5	33	84	12	103	58	1	5	35	1.28
6675725--6675766	5	9.0	5	80	15	54	59	0	2	38	1.10
6675701--6675798	30	3.1	30	80	14	99	56	2	6	35	1.36
6693536--6694171	47	13.3	47	92	2	1002	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6693536--6694171	192	3.3	190	94	2	1096	32	8	29	29	1.87
6695936--6696218	44	6.4	44	89	0	449	26	15	30	26	1.96
6696714--6696938	27	8.3	27	87	3	285	24	20	18	36	1.95
6696718--6696938	81	2.7	81	91	0	345	24	20	18	36	1.95
6696920--6697316	27	14.7	27	77	7	175	30	9	21	37	1.85
6696920--6697105	81	2.3	81	79	1	194	31	9	22	36	1.87
6696972--6697316	81	4.2	81	82	3	372	30	9	21	38	1.85
6697056--6697332	109	2.6	109	88	2	398	31	8	20	39	1.82
6697029--6697316	27	10.6	27	83	0	360	30	9	20	39	1.84
6697894--6698019	35	3.5	36	87	7	184	35	15	11	38	1.82
6697894--6698019	54	2.3	54	98	0	243	35	15	11	38	1.82
6697908--6698017	17	6.5	15	85	8	78	35	15	10	38	1.83
6697894--6698019	19	6.9	19	87	10	201	35	15	11	38	1.82
6699964--6700042	30	2.5	33	84	12	103	58	1	5	35	1.28
6699988--6700029	5	9.0	5	80	15	54	59	0	2	38	1.10
6699964--6700061	30	3.1	30	80	14	99	56	2	6	35	1.36
6703898--6704136	130	1.8	130	84	1	327	25	18	20	35	1.95
6705457--6705503	23	2.0	25	83	8	62	38	2	25	34	1.68
6706643--6706687	23	2.0	23	82	8	56	13	37	31	17	1.89
6708499--6708544	19	2.5	19	85	3	67	76	2	4	17	1.06
6708499--6708550	6	8.5	6	78	4	59	76	1	3	17	1.02
6711082--6711142	30	2.0	30	90	0	95	14	27	36	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6713075--6713130	19	2.8	18	80	20	51	50	3	1	44	1.29
6713155--6713285	3	45.0	3	68	27	70	61	0	3	35	1.11
6713155--6713285	10	12.9	10	71	19	62	61	0	3	35	1.11
6713155--6713266	5	21.6	5	74	16	86	62	0	2	34	1.09
6713155--6713328	26	6.5	26	70	17	90	60	1	4	33	1.23
6713165--6713270	31	3.5	28	76	15	72	61	0	2	35	1.11
6714797--6715273	90	5.4	90	86	5	623	27	26	15	30	1.96
6714797--6715323	45	12.0	45	64	16	210	26	26	15	31	1.96
6714797--6715273	171	2.7	176	86	3	633	27	26	15	30	1.96
6715233--6715316	43	1.9	43	82	2	105	26	28	13	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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