genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42977794--42977912	60	2.0	60	96	0	220	35	21	10	32	1.88
42982750--42982916	47	3.6	47	75	16	202	22	20	28	28	1.99
42982699--42982962	93	2.8	92	91	1	420	22	20	28	28	1.99
42982715--42982967	46	5.5	46	71	12	194	22	19	28	29	1.98
42990366--42990631	46	5.8	45	71	16	213	22	19	28	28	1.98
42990363--42990626	93	2.8	93	94	0	456	21	20	29	28	1.98
42990412--42990580	47	3.6	47	77	13	204	22	18	28	29	1.98
42995542--42995717	46	3.8	45	78	16	198	21	21	29	27	1.98
42995538--42995709	93	1.8	93	93	2	301	20	22	30	26	1.98
42998639--42998707	15	4.6	15	79	0	75	13	17	11	57	1.64
42998630--42998726	30	3.2	30	78	10	90	11	17	14	56	1.66
42998639--42998718	15	5.4	14	77	4	61	11	17	12	58	1.62
43000636--43000811	46	3.8	45	78	15	189	21	21	28	29	1.98
43000632--43000803	93	1.8	93	93	0	299	20	21	29	28	1.98
43003642--43003904	40	6.7	40	88	7	305	25	26	22	25	2.00
43003642--43003904	79	3.3	80	83	9	303	25	26	22	25	2.00
43006956--43007024	15	4.6	15	79	0	75	13	17	11	57	1.64
43006947--43007043	30	3.2	30	78	10	90	11	17	14	56	1.66
43006956--43007035	15	5.4	14	77	4	61	11	17	12	58	1.62
43008953--43009122	46	3.7	45	75	16	159	21	21	28	29	1.98
43008949--43009120	93	1.8	93	89	0	272	20	20	29	29	1.98
43011469--43011741	139	1.9	146	83	7	364	26	31	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43011472--43011791	94	3.4	96	77	10	302	25	30	16	26	1.97
43011469--43011789	47	6.7	47	71	13	196	25	30	17	26	1.97
43019050--43019368	47	6.7	49	74	11	227	24	28	19	27	1.99
43019047--43019370	94	3.4	95	78	9	317	24	28	19	27	1.99
43020605--43020683	6	12.8	6	74	15	72	49	15	17	17	1.80
43020605--43020683	31	2.5	31	93	0	131	49	15	17	17	1.80
43021077--43021154	27	2.9	27	88	0	84	32	8	21	37	1.85
43021133--43021300	54	3.1	54	92	0	273	41	7	21	30	1.80
43021133--43021304	27	6.4	27	87	0	245	40	7	20	30	1.81
43021104--43021304	81	2.5	81	86	0	258	39	7	20	31	1.82
43021307--43021401	27	3.5	27	82	5	120	28	8	22	41	1.83
43023666--43023703	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
43031340--43031401	30	2.1	30	96	0	115	25	14	20	38	1.91
43034037--43034132	48	2.0	48	85	0	129	20	21	39	17	1.92
43034339--43034408	26	2.6	27	88	4	106	38	22	8	30	1.84
43034339--43034713	27	13.9	27	77	6	222	40	20	10	29	1.85
43035196--43035260	22	3.0	22	80	8	69	20	24	23	32	1.98
43035464--43035507	22	2.0	22	90	0	70	11	18	27	43	1.84
43035665--43035770	27	3.7	27	71	17	72	21	21	25	31	1.98
43035656--43035778	60	2.0	60	80	6	133	25	22	23	28	1.99
43038260--43038295	17	2.1	18	89	5	56	19	27	36	16	1.93
43038355--43038435	27	3.0	26	78	5	90	34	14	19	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43038419--43038814	27	14.7	27	75	6	252	39	19	9	31	1.83
43038427--43038675	107	2.3	108	82	4	281	40	20	8	30	1.83
43038427--43038811	81	4.8	83	75	7	294	40	19	9	30	1.83
43039456--43039507	22	2.4	22	80	0	59	15	25	21	38	1.92
43043505--43043673	48	3.6	45	78	9	151	28	18	28	24	1.98
43043556--43043822	93	2.8	92	80	7	250	27	17	28	26	1.98
43056108--43056182	37	2.0	37	94	0	132	30	8	28	33	1.86
43060702--43060781	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
43060912--43061256	47	7.4	47	90	1	498	26	31	9	31	1.89
43065151--43065801	40	16.6	40	91	3	1038	26	28	21	23	1.99
43065356--43065411	28	2.0	28	96	0	103	25	26	21	26	1.99
43067076--43067155	37	2.2	37	81	4	90	28	30	16	25	1.96
43067286--43067677	47	8.4	47	91	1	574	27	31	9	31	1.89
43067537--43067611	22	3.3	22	65	17	62	26	33	10	29	1.90
43085853--43086054	102	2.0	102	98	0	386	35	14	17	32	1.91
43095477--43095652	46	3.8	46	76	7	176	21	20	27	30	1.98
43099377--43099414	17	2.2	18	85	4	51	28	13	0	57	1.36
43099385--43099424	13	2.9	15	78	17	50	27	17	0	55	1.43
43101399--43101478	24	3.3	24	89	6	110	31	20	21	27	1.98
43101422--43101602	69	2.6	69	78	8	199	34	20	20	24	1.97
43101419--43101601	23	8.0	23	82	10	162	34	20	20	24	1.96
43101420--43101601	46	4.0	45	78	11	183	34	20	20	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43104577--43105082	172	3.0	173	85	4	758	29	13	24	33	1.93
43107601--43107631	16	1.9	16	93	0	53	9	19	12	58	1.62
43118837--43119233	50	7.9	50	75	9	306	27	16	25	30	1.97
43118888--43119069	101	1.8	101	90	4	296	26	18	25	29	1.98
43118837--43119233	150	2.6	151	88	1	571	27	16	25	30	1.97
43119044--43119226	101	1.8	100	89	1	285	28	16	25	30	1.97
43122702--43122879	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
43122702--43122879	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
43137449--43137560	27	4.2	27	83	12	151	34	22	24	18	1.96
43138994--43139111	39	3.0	39	79	9	134	31	25	21	22	1.98
43143505--43143728	40	5.6	40	89	1	290	24	20	28	27	1.99
43143466--43143728	80	3.3	80	83	3	300	24	20	28	27	1.99
43150893--43151154	40	6.6	39	83	7	262	24	20	28	27	1.99
43150893--43151154	79	3.3	79	84	5	307	24	20	28	27	1.99
43164244--43164309	26	2.5	26	78	9	71	34	18	24	22	1.96
43164268--43164356	28	3.3	28	78	6	103	33	21	24	20	1.97
43166778--43166879	49	2.1	49	92	0	168	38	16	22	22	1.93
43184334--43184545	40	5.3	40	91	2	284	26	27	21	24	1.99
43184334--43184598	80	3.3	79	81	7	252	26	27	21	24	1.99
43184336--43184598	120	2.2	119	81	4	298	26	27	21	25	1.99
43184530--43184607	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
43197265--43197401	46	2.9	46	81	7	152	34	16	21	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43197315--43197410	23	4.2	23	75	6	88	33	17	22	26	1.96
43199247--43199332	30	2.9	30	96	0	154	29	16	27	26	1.97
43199670--43199986	47	6.7	46	70	15	159	29	18	27	24	1.98
43199667--43199986	94	3.4	95	81	5	348	29	18	27	24	1.98
43199667--43200035	141	2.6	142	76	9	335	28	18	28	24	1.98
43203326--43203351	9	2.9	9	100	0	52	11	11	11	65	1.48
43217068--43217144	29	2.7	29	93	0	127	33	31	18	16	1.93
43221275--43221321	21	2.3	21	85	3	60	46	21	2	29	1.63
43226597--43226628	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
43226594--43226728	52	2.7	50	82	2	153	25	14	25	33	1.95
43228020--43228192	46	3.7	46	77	10	190	22	19	26	31	1.98
43228017--43228187	93	1.8	93	91	0	279	22	19	27	30	1.98
43229532--43229662	50	2.7	49	79	9	133	25	16	25	32	1.96
43229863--43229892	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
43231870--43231959	29	3.1	29	91	1	146	28	31	13	26	1.94
43235745--43235922	27	6.6	27	81	3	178	25	15	29	30	1.95
43235746--43235901	82	1.9	81	86	3	224	25	15	29	30	1.96
43235742--43235922	82	2.2	81	82	2	220	25	15	28	30	1.96
43241773--43241829	29	1.9	30	82	10	73	49	12	8	29	1.70
43244339--43244363	13	1.9	13	100	0	50	28	16	24	32	1.96
43249912--43250132	46	4.8	45	78	10	205	23	30	18	27	1.97
43250266--43250295	10	3.1	10	95	4	53	50	20	0	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43256022--43256071	24	2.1	24	92	0	82	50	10	6	34	1.60
43258423--43258600	27	6.6	27	83	5	189	28	28	15	26	1.96
43258444--43258599	82	1.9	81	85	6	217	28	28	16	26	1.97
43261452--43261643	50	3.9	49	83	4	206	30	25	17	27	1.97
43261452--43261652	101	2.0	99	82	3	242	29	25	16	27	1.97
43262457--43262517	30	2.0	30	83	0	77	29	22	6	40	1.79
43263849--43264027	47	3.8	47	79	9	213	21	31	20	26	1.97
43263849--43264074	94	2.4	92	84	8	278	22	31	19	26	1.98
43263847--43264074	47	4.9	47	77	16	206	22	31	19	26	1.98
43269998--43270033	19	1.9	18	88	5	54	38	0	16	44	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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