genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9324172--9324218	11	4.0	11	79	15	58	63	0	0	36	0.94
9324172--9324218	25	1.9	24	91	4	76	63	0	0	36	0.94
9330433--9330468	18	1.9	19	88	5	56	30	2	2	63	1.22
9335697--9335737	21	2.0	21	90	0	64	29	31	17	21	1.96
9338036--9338136	39	2.6	39	80	3	105	25	32	21	19	1.97
9346010--9346182	78	2.2	78	86	2	231	27	29	20	22	1.98
9346042--9346186	39	3.7	38	93	3	227	28	30	20	21	1.98
9346042--9346189	78	1.9	78	92	0	251	28	29	20	21	1.98
9348656--9348723	23	3.3	23	64	33	62	33	2	16	47	1.62
9348489--9348742	39	6.5	39	88	1	314	30	5	20	44	1.74
9350241--9350347	3	35.7	3	71	7	56	28	3	4	63	1.31
9350237--9350301	33	2.0	33	87	0	94	30	1	6	61	1.29
9350267--9350310	21	2.0	22	86	4	63	25	4	2	68	1.20
9350780--9351187	3	139.0	3	70	12	192	28	5	2	62	1.32
9351057--9351118	32	2.0	32	81	9	76	25	4	1	67	1.19
9356600--9356640	8	4.9	8	85	8	55	34	0	2	63	1.08
9356608--9356640	17	1.9	17	93	0	57	33	0	3	63	1.10
9365161--9365194	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
9365144--9365203	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
9372946--9372986	19	2.2	19	95	0	73	46	31	0	21	1.52
9373485--9373523	19	2.1	19	90	0	60	25	5	7	61	1.44
9375187--9375219	16	2.1	16	100	0	66	30	9	30	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9376348--9376392	22	2.0	22	83	12	56	26	17	4	51	1.65
9376403--9376445	18	2.4	19	80	7	54	25	2	6	65	1.30
9376772--9376805	9	3.8	9	100	0	68	32	8	11	47	1.71
9377128--9377177	26	1.9	26	88	8	75	40	6	22	32	1.78
9381046--9381127	42	2.0	42	82	4	103	21	19	15	42	1.89
9383558--9383654	40	2.4	40	82	0	113	26	14	25	32	1.94
9386663--9386818	37	4.0	37	78	18	174	26	21	15	36	1.93
9386735--9387009	52	5.6	48	90	5	328	27	22	14	34	1.93
9386778--9387003	52	4.3	52	94	1	371	26	23	14	35	1.93
9386735--9387003	104	2.6	104	89	4	406	27	23	14	35	1.93
9389795--9389919	61	2.0	61	100	0	250	24	14	25	35	1.93
9393484--9393516	4	8.2	4	100	0	66	75	0	24	0	0.80
9398455--9398623	45	3.7	45	76	5	144	32	19	9	38	1.84
9403463--9403499	16	2.1	19	80	19	53	35	0	0	64	0.94
9403465--9403531	21	3.7	18	72	16	59	40	0	0	59	0.97
9403473--9403534	18	3.3	18	73	18	56	43	0	0	56	0.99
9404884--9404927	9	5.1	9	78	10	56	29	2	0	68	1.02
9404897--9404927	16	1.9	16	93	0	53	22	0	0	77	0.77
9407706--9407763	20	2.9	20	81	0	80	10	34	24	31	1.89
9408569--9408691	54	2.3	54	78	2	140	30	21	28	19	1.98
9411387--9411469	21	3.8	22	79	6	71	37	24	22	15	1.93
9444437--9445140	72	9.7	72	89	3	1027	30	16	21	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9444437--9445140	146	4.8	144	88	3	1025	30	16	21	31	1.95
9446299--9446323	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
9446374--9446411	13	3.2	12	85	10	51	71	2	0	26	1.00
9446890--9446932	23	2.0	23	86	9	63	27	16	6	48	1.71
9447246--9447280	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
9448086--9448138	15	3.6	15	89	2	81	50	11	0	37	1.38
9448451--9448568	51	2.3	51	89	2	175	26	22	11	40	1.87
9448999--9449034	13	2.8	14	84	16	51	0	33	0	66	0.92
9453433--9453471	20	2.0	20	90	10	62	25	5	5	64	1.35
9456963--9457178	94	2.3	93	84	5	256	28	17	31	22	1.97
9456962--9457285	47	6.8	48	72	16	232	27	18	31	23	1.97
9457833--9457865	15	2.2	16	89	10	52	24	0	21	54	1.45
9459453--9459486	16	2.1	16	100	0	68	50	0	11	38	1.39
9475389--9475468	38	2.1	38	86	6	110	37	6	17	38	1.75
9479186--9479222	17	2.1	19	85	10	51	70	5	2	21	1.20
9480362--9480480	26	4.7	26	79	7	104	20	25	19	35	1.96
9492411--9492450	21	1.9	21	89	0	62	60	15	17	7	1.57
9495503--9495540	20	2.0	20	89	5	60	36	5	0	57	1.21
9495869--9495931	12	5.2	12	76	16	60	30	7	3	58	1.42
9500408--9500443	19	1.9	19	88	5	56	33	0	11	55	1.35
9508479--9509019	44	12.0	44	77	5	385	34	17	18	30	1.94
9519349--9519474	45	2.8	45	84	2	148	18	22	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9522370--9522425	18	2.9	19	73	26	55	48	0	0	51	1.00
9522435--9522476	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
9522439--9522475	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
9522582--9522636	29	2.0	27	82	10	67	21	16	9	52	1.71
9526435--9526590	72	2.2	72	78	1	170	26	14	22	35	1.93
9532500--9532869	48	7.7	48	76	6	329	24	29	18	27	1.98
9532499--9532881	96	4.0	96	83	3	466	25	29	18	27	1.98
9540449--9540504	27	2.1	27	100	0	112	33	14	14	37	1.86
9542206--9542252	3	15.7	3	81	0	58	0	27	0	72	0.85
9542912--9542993	5	16.4	5	97	0	146	40	2	0	57	1.12
9545551--9545664	59	1.9	60	85	1	158	25	10	10	53	1.67
9554975--9555024	13	3.7	13	76	10	55	26	2	2	70	1.09
9562003--9562075	32	2.5	27	73	23	76	23	2	21	52	1.60
9579710--9579766	29	2.2	26	81	15	64	33	28	19	19	1.96
9581659--9582109	225	2.0	226	99	0	895	31	17	13	37	1.89
9583619--9583709	47	1.9	47	100	0	182	31	16	14	37	1.89
9583790--9583821	14	2.3	14	100	0	64	34	9	28	28	1.88
9589534--9589597	30	2.1	30	88	0	92	29	6	39	25	1.80
9614224--9614248	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
9618076--9618121	23	2.0	23	100	0	92	47	13	13	26	1.78
9621426--9621527	27	3.8	27	80	6	109	36	18	14	30	1.91
9626016--9626050	15	2.3	15	85	0	52	82	0	14	2	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9626694--9626781	6	14.3	6	68	17	56	47	14	18	19	1.82
9626703--9626781	19	4.3	18	67	17	54	48	13	18	18	1.81
9626703--9626781	31	2.5	31	83	0	104	48	13	18	18	1.81
9626918--9627019	27	3.8	28	82	10	113	38	19	22	19	1.94
9627178--9627242	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
9627669--9627782	27	4.3	27	88	1	158	24	21	20	33	1.97
9627764--9628122	27	13.3	27	79	6	156	35	8	20	35	1.83
9627822--9628001	82	2.2	81	83	3	209	31	9	19	40	1.83
9627903--9628014	54	2.1	53	93	1	188	32	8	20	39	1.82
9628009--9628230	81	2.7	81	86	0	309	40	6	22	30	1.78
9627992--9628230	27	8.9	27	84	0	273	40	6	21	30	1.79
9629296--9629330	18	1.9	18	94	0	61	22	14	5	57	1.59
9631826--9631960	27	5.1	26	71	10	94	39	20	22	17	1.93
9631802--9631960	52	3.0	54	76	7	171	39	19	20	20	1.93
9635630--9635744	44	2.7	43	79	11	128	23	20	24	31	1.98
9635630--9635794	43	3.9	42	72	12	140	23	20	24	31	1.98
9639761--9639800	14	2.9	13	85	10	53	17	32	30	20	1.95
9643268--9643362	13	7.2	13	73	10	68	36	16	2	44	1.60
9650098--9650133	17	2.1	18	89	5	56	19	22	36	22	1.95
9658341--9658371	15	2.1	15	100	0	62	19	48	6	25	1.72
9659342--9659398	29	2.0	29	82	6	71	12	10	1	75	1.12
9666920--9666975	26	2.2	25	93	3	94	35	17	21	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9668480--9668567	43	2.0	43	93	0	149	19	13	28	38	1.90
9672298--9672407	26	4.4	24	77	6	94	40	20	23	16	1.91
9672221--9672387	74	2.2	73	78	6	165	37	22	20	19	1.95
9672206--9672420	24	8.6	25	69	13	106	38	21	21	17	1.93
9677576--9677618	21	2.0	21	100	0	86	44	9	9	37	1.69
9680245--9680416	93	1.8	93	92	2	292	30	27	19	22	1.98
9680237--9680414	46	3.8	46	79	8	209	30	27	19	22	1.98
9682982--9683016	17	2.1	17	94	0	61	31	17	8	42	1.79
9692046--9692207	6	26.8	6	75	17	149	50	12	16	20	1.78
9692046--9692207	30	5.4	30	89	5	256	50	12	16	20	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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