genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14120295--14120324	15	2.0	15	93	0	51	3	20	0	76	0.92
14120373--14120411	19	2.1	19	85	9	53	33	5	10	51	1.58
14120434--14120475	15	2.8	16	82	10	61	26	4	0	69	1.08
14120939--14121018	27	3.0	27	86	0	106	36	22	8	32	1.85
14124933--14124976	22	2.0	22	95	0	79	40	15	15	27	1.88
14143191--14143278	42	2.1	42	82	0	104	43	14	22	19	1.87
14144387--14144613	46	4.9	46	94	2	366	22	23	14	39	1.91
14144339--14144613	92	2.9	92	90	3	399	21	23	14	40	1.90
14144334--14144613	138	2.0	140	87	4	404	22	23	14	40	1.90
14146745--14146790	16	2.8	17	83	6	58	13	13	0	73	1.09
14146741--14146778	10	3.7	10	86	13	51	5	15	0	78	0.91
14150313--14150352	20	2.0	20	85	5	53	57	2	5	35	1.34
14150795--14150825	15	2.1	15	100	0	62	29	6	19	45	1.75
14151555--14151619	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
14159963--14160013	20	2.6	20	93	3	86	41	19	7	31	1.80
14164764--14164872	21	5.2	21	70	0	74	44	15	22	17	1.86
14164766--14164872	42	2.5	43	80	3	128	45	15	21	16	1.85
14166492--14166527	15	2.3	16	90	9	65	47	0	27	25	1.52
14174792--14175010	46	4.7	46	75	12	171	27	16	32	23	1.96
14174788--14175011	93	2.4	93	78	9	224	27	16	32	22	1.96
14175801--14176450	132	4.9	130	77	4	493	34	17	18	28	1.94
14179555--14179805	132	1.9	132	86	4	364	27	23	19	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14191411--14192052	132	4.9	131	74	9	434	33	18	18	28	1.95
14192962--14192987	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
14205740--14205789	22	2.3	22	78	0	55	36	4	4	56	1.37
14213232--14213321	44	2.0	44	80	4	101	32	21	20	26	1.97
14214476--14214522	21	2.1	22	81	14	53	12	4	8	74	1.19
14214697--14214746	18	2.7	19	90	6	77	56	4	0	40	1.18
14214673--14214754	42	1.9	43	85	7	114	57	3	0	39	1.16
14214832--14214903	33	2.2	32	85	11	94	52	5	0	41	1.24
14220765--14220829	21	3.1	21	75	6	69	36	24	16	21	1.94
14230406--14230509	52	2.0	52	94	0	181	31	9	20	38	1.85
14231153--14231248	48	2.0	48	97	0	183	26	16	17	39	1.91
14231817--14231849	3	11.3	3	93	6	59	30	0	0	69	0.88
14233625--14233659	3	11.7	3	93	0	61	65	2	0	31	1.07
14235998--14236502	131	3.8	131	76	6	362	34	18	20	27	1.95
14240698--14240762	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
14244244--14244420	27	6.5	26	80	6	158	26	16	28	28	1.97
14244240--14244420	82	2.2	81	81	4	213	27	16	27	28	1.97
14245845--14245928	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
14249479--14249525	20	2.3	20	100	0	94	42	14	12	29	1.83
14253437--14253497	32	1.9	32	83	6	79	22	3	1	72	1.09
14253479--14253512	6	5.3	6	86	13	50	14	2	2	79	0.97
14253474--14253512	20	2.0	20	94	0	69	12	2	5	79	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14253480--14253539	17	3.4	17	77	11	50	10	8	3	78	1.07
14253602--14253645	20	2.1	21	87	4	63	13	4	0	81	0.83
14268735--14268783	25	2.0	25	91	0	80	32	18	20	28	1.96
14298134--14298173	18	2.3	18	86	4	55	67	5	0	27	1.11
14298275--14298308	16	2.0	18	88	11	54	64	11	2	20	1.39
14304270--14304381	47	2.4	47	82	5	138	36	22	15	25	1.93
14307724--14307766	21	2.1	20	83	12	52	41	16	16	25	1.88
14310365--14310420	19	3.1	18	82	12	53	57	8	0	33	1.30
14311141--14311189	20	2.4	22	83	13	68	63	0	0	36	0.95
14311143--14311188	21	2.2	21	88	7	67	67	0	0	32	0.91
14314873--14314950	40	2.0	40	94	0	138	21	16	29	32	1.96
14320199--14320232	15	2.3	15	89	0	50	58	0	8	32	1.29
14320361--14320389	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
14321721--14321828	48	2.3	46	84	9	130	28	16	30	24	1.96
14321814--14321840	12	2.2	12	100	0	54	37	7	33	22	1.82
14321832--14321954	46	2.7	45	87	7	160	26	17	30	25	1.97
14328019--14328057	21	1.9	20	84	5	51	7	30	7	53	1.57
14330294--14330378	42	2.0	42	93	0	143	30	8	10	50	1.66
14349409--14349515	33	3.3	32	79	6	108	34	23	10	31	1.88
14350903--14350944	22	1.9	22	90	0	66	59	4	2	33	1.31
14352409--14352628	43	5.1	43	83	4	293	25	16	28	30	1.97
14352407--14352624	86	2.5	86	90	1	339	25	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14353797--14353835	10	3.8	10	90	6	60	30	15	17	35	1.91
14353797--14353836	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
14353874--14353924	25	2.0	25	88	0	75	27	19	23	29	1.98
14361567--14361605	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
14361567--14361606	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
14361646--14361695	24	2.0	25	88	3	75	26	20	24	30	1.98
14374977--14375028	25	2.1	25	82	10	63	28	23	17	30	1.97
14375075--14375113	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
14375075--14375114	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
14375154--14375203	24	2.0	25	88	3	75	26	20	24	30	1.98
14377535--14377601	33	2.0	33	100	0	134	23	8	17	49	1.75
14380309--14380343	6	5.7	6	86	6	52	57	0	25	17	1.40
14380308--14380343	13	2.8	13	87	4	56	58	0	25	16	1.38
14382338--14382440	30	3.4	30	79	7	111	30	2	21	45	1.66
14384932--14384965	17	1.9	18	88	5	52	11	47	26	14	1.79
14392555--14392592	6	6.5	6	81	6	51	81	0	2	15	0.80
14394129--14394183	26	2.2	25	83	9	67	30	5	3	60	1.37
14407548--14407912	48	7.7	47	73	11	255	23	27	18	29	1.98
14407597--14407774	99	1.8	97	84	6	241	24	29	18	26	1.98
14407551--14407915	92	3.8	93	75	12	282	24	28	18	28	1.98
14407551--14407912	47	7.6	47	73	11	224	24	28	18	29	1.98
14409276--14409313	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14411207--14411469	46	5.7	46	94	0	420	39	14	23	22	1.90
14415687--14415767	41	2.0	41	100	0	162	33	4	17	44	1.70
14433008--14433059	26	2.0	26	100	0	104	34	7	7	50	1.60
14433783--14433914	60	2.2	59	86	4	185	40	8	15	35	1.78
14447830--14447857	14	2.0	14	100	0	56	35	0	28	35	1.58
14449571--14449605	18	1.9	18	94	0	61	65	14	5	14	1.44
14450555--14450627	18	3.9	19	78	5	78	46	15	8	30	1.74
14450558--14450637	18	4.3	18	73	7	54	43	16	8	31	1.78
14450850--14450874	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
14451000--14451047	19	2.5	20	74	16	55	33	8	0	58	1.28
14455171--14455226	26	2.2	26	87	6	78	69	1	3	25	1.14
14455160--14455218	17	3.6	16	76	21	59	66	1	3	28	1.18
14455694--14455742	3	16.3	3	91	0	80	69	2	0	28	1.00
14457275--14457373	9	10.7	9	72	6	63	15	3	67	14	1.35
14457325--14457364	21	1.9	21	94	0	53	15	2	70	12	1.28
14457411--14457529	33	3.5	33	71	6	112	21	2	65	10	1.35
14457420--14457526	30	3.3	30	69	25	90	20	2	66	10	1.34
14457413--14457532	36	3.4	36	70	11	122	20	2	66	10	1.33
14457447--14457496	12	3.9	12	76	23	57	22	2	64	12	1.37
14457444--14457497	27	2.0	27	92	7	92	24	3	59	12	1.50
14458683--14458750	24	3.1	24	65	30	69	41	19	5	33	1.75
14468993--14469028	18	1.9	19	88	5	56	66	2	0	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14489490--14489537	16	3.1	16	82	14	64	64	0	33	2	1.05
14490047--14490102	16	3.5	16	72	0	58	71	5	3	19	1.21
14490140--14490823	151	4.6	150	90	4	1054	58	7	6	27	1.51
14490140--14490823	298	2.3	296	91	4	1103	58	7	6	27	1.51
14495252--14495306	28	1.9	29	85	3	76	60	0	3	36	1.15
14495758--14495795	19	2.1	19	85	5	51	55	15	23	5	1.61
14503821--14503884	32	2.0	32	100	0	128	34	9	9	46	1.68
14505876--14505928	20	2.6	20	85	8	72	30	33	7	28	1.85
14506534--14506568	14	2.5	14	90	0	61	45	0	0	54	0.99
14507927--14508031	28	3.8	28	71	14	83	34	0	1	63	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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