genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5641957--5642057	28	3.6	28	76	11	89	33	17	29	18	1.95
5642066--5642125	28	2.1	28	87	0	84	43	15	23	18	1.87
5646472--5646590	55	2.1	56	96	1	222	45	9	22	22	1.81
5647709--5647893	40	4.7	40	80	6	207	24	22	27	25	2.00
5647762--5647926	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	25	1.99
5649865--5649905	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
5655105--5655139	4	8.8	4	87	0	52	45	22	5	25	1.74
5655265--5655343	40	2.0	40	100	0	158	35	8	20	35	1.84
5656355--5656463	49	2.2	48	77	3	110	24	19	19	36	1.94
5656371--5656467	49	2.0	49	85	0	131	24	20	19	35	1.96
5657284--5657323	19	2.0	20	90	4	64	50	0	5	45	1.23
5659647--5659811	35	4.7	35	84	1	215	31	10	24	33	1.90
5660200--5660231	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
5660200--5660230	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
5664653--5664680	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
5676603--5676716	56	2.0	56	96	0	210	28	21	14	36	1.92
5684650--5684691	4	10.2	4	80	14	50	47	2	2	47	1.28
5685772--5685822	21	2.3	21	80	6	57	43	1	27	27	1.66
5701866--5701989	59	2.1	59	96	0	230	42	21	9	25	1.83
5702238--5702348	6	18.5	6	77	2	98	74	7	3	14	1.16
5702251--5702336	36	2.4	36	96	0	154	75	6	3	13	1.14
5702251--5702348	18	5.4	18	82	0	115	74	7	4	14	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5704195--5704236	16	2.5	17	77	14	52	50	0	47	2	1.14
5704226--5704280	11	4.9	11	79	14	51	63	0	36	0	0.95
5704669--5704726	30	1.9	30	82	6	73	22	32	25	18	1.97
5709624--5709822	35	5.7	35	86	0	263	29	13	26	31	1.93
5712492--5712592	55	1.9	53	84	11	138	39	14	15	29	1.88
5716042--5716073	12	2.7	12	95	0	55	46	0	3	50	1.17
5726896--5727057	35	4.6	35	84	1	200	30	12	24	32	1.93
5732033--5732063	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
5738391--5738510	49	2.4	49	83	0	132	27	20	17	35	1.95
5755694--5755722	9	3.2	9	100	0	58	34	34	10	20	1.87
5757326--5757496	93	1.8	93	84	0	234	23	20	26	29	1.99
5764857--5765027	93	1.8	93	86	2	245	23	19	26	29	1.98
5770305--5770383	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
5770502--5770975	47	10.1	47	92	0	768	29	29	9	31	1.88
5784358--5784405	25	1.9	25	83	8	62	56	20	4	18	1.58
5787261--5787383	62	2.0	63	98	1	239	33	17	7	42	1.76
5787262--5787361	30	3.2	30	69	17	96	32	18	8	42	1.79
5790041--5790092	27	1.9	27	84	0	68	34	15	17	32	1.91
5791463--5791488	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
5791969--5792145	27	6.6	27	82	5	196	27	14	28	29	1.95
5791969--5792145	53	3.3	55	81	5	191	27	14	28	29	1.95
5800075--5800252	27	6.6	27	84	3	214	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5800076--5800231	82	1.9	81	88	3	233	26	14	28	30	1.95
5800075--5800252	82	2.2	81	84	3	232	26	14	28	30	1.95
5801847--5801997	40	3.8	41	87	8	206	27	21	27	23	1.99
5801886--5802071	40	4.7	40	89	3	227	27	21	26	24	1.99
5801847--5802071	80	2.8	79	81	8	260	26	22	27	24	2.00
5814055--5814278	46	4.8	46	76	10	206	24	20	26	28	1.99
5814059--5814227	93	1.8	93	86	0	248	24	20	26	28	1.99
5815037--5815140	1	104.0	1	100	0	208	0	0	0	100	0.00
5817694--5817734	14	2.9	14	77	0	55	36	31	9	21	1.86
5818871--5819108	4	59.5	4	96	0	413	47	23	2	26	1.63
5819524--5819565	19	2.2	19	91	8	68	42	0	4	52	1.22
5821080--5821268	89	2.1	89	92	0	306	39	10	17	32	1.84
5833890--5834007	4	29.5	4	92	0	200	48	24	1	25	1.61
5841958--5841996	13	2.9	13	80	3	51	43	10	0	46	1.37
5842568--5842592	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
5842610--5842793	96	1.9	97	84	1	244	33	27	13	26	1.93
5848201--5848386	40	4.7	41	86	7	249	23	23	27	26	2.00
5848203--5848386	80	2.3	79	91	0	287	22	23	27	26	2.00
5856494--5856679	40	4.7	41	83	7	222	22	22	29	25	1.99
5856496--5856679	80	2.3	79	89	2	278	22	22	28	26	1.99
5858397--5858454	8	8.3	7	75	17	50	72	0	5	22	1.04
5858395--5858467	20	4.2	19	78	18	79	75	0	5	19	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5858395--5858464	27	2.7	24	76	23	79	74	0	5	20	1.02
5858936--5859118	93	2.0	93	91	0	294	27	26	17	28	1.98
5862183--5862232	10	5.0	10	83	9	57	68	2	6	24	1.23
5862246--5862283	13	2.8	13	88	4	58	44	15	0	39	1.47
5867519--5867664	43	3.4	43	80	1	168	28	29	17	23	1.97
5873690--5873753	3	20.3	3	73	20	51	37	1	0	60	1.06
5873693--5873883	50	3.9	49	70	20	152	37	3	1	58	1.23
5873780--5873833	13	4.3	13	75	15	51	37	0	1	61	1.07
5873780--5873830	27	2.0	25	92	7	84	37	0	1	60	1.08
5877949--5877978	14	2.1	14	93	0	51	36	6	10	46	1.64
5877998--5878034	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84
5883792--5883861	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
5883792--5883889	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
5890637--5890934	149	2.0	149	100	0	596	31	18	16	33	1.93
5891980--5892049	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
5891980--5892077	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
5897487--5898036	206	2.7	204	87	4	797	31	18	21	29	1.97
5900020--5900084	7	9.0	7	94	5	112	29	0	1	69	0.98
5900673--5900715	15	3.0	15	83	6	54	46	32	0	20	1.51
5900678--5900764	22	4.0	22	69	7	52	45	29	0	24	1.53
5900739--5900783	14	3.2	14	90	0	63	48	28	0	22	1.50
5900877--5901056	7	24.7	7	70	12	78	41	37	0	20	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5900878--5901009	21	6.2	22	74	11	87	41	38	0	18	1.56
5901368--5901479	39	2.8	39	78	7	127	26	18	24	30	1.98
5901265--5901666	180	2.2	182	83	6	490	31	20	20	27	1.97
5903946--5903976	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
5904133--5904171	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
5904913--5904942	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
5908302--5908332	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
5908489--5908527	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
5911639--5911666	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
5914186--5914237	26	2.0	26	84	0	68	55	13	9	21	1.66
5915994--5916101	49	2.2	48	85	1	135	29	25	12	32	1.93
5916012--5916131	49	2.4	49	84	0	141	27	21	16	34	1.95
5916955--5916994	19	2.0	20	90	4	64	45	0	7	47	1.31
5925972--5926054	38	2.2	38	93	0	139	16	46	12	24	1.81
5926468--5926547	3	26.3	3	72	20	53	30	3	1	65	1.18
5926472--5926547	18	4.1	18	80	12	82	30	3	1	64	1.20
5926473--5926551	27	3.0	26	74	10	81	31	3	1	63	1.20
5928526--5928783	40	6.5	40	90	2	369	26	28	22	22	1.99
5944758--5944959	68	3.0	68	94	0	350	24	23	24	28	2.00
5945810--5945878	12	5.9	12	75	17	56	33	2	1	62	1.19
5948761--5948788	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
5951307--5951358	26	2.0	26	96	0	95	57	17	7	17	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5952997--5953110	49	2.4	48	80	5	122	27	24	14	34	1.94
5953962--5954001	19	2.0	20	90	4	64	45	0	7	47	1.31
5959610--5959695	45	1.9	45	100	0	172	30	23	12	33	1.92
5961969--5962016	19	2.6	19	90	9	73	37	0	12	50	1.41
5962030--5962123	43	2.2	44	90	3	147	28	6	12	52	1.64
5964642--5964679	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
5964909--5965079	93	1.8	93	91	0	279	30	29	19	21	1.97
5964904--5965076	46	3.7	46	79	10	199	31	28	19	21	1.97
5964954--5965095	46	3.1	45	74	18	132	28	28	19	23	1.98
5969499--5969542	19	2.4	18	82	14	54	38	4	11	45	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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