genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6292465--6292505	15	2.7	15	88	0	64	58	9	19	12	1.61
6292467--6292514	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
6295433--6295604	93	1.8	93	94	0	308	26	30	22	20	1.98
6295425--6295600	46	3.8	46	82	4	228	27	30	21	20	1.98
6297027--6297086	31	1.9	32	83	10	79	28	28	13	30	1.94
6298657--6298696	19	2.1	19	95	0	71	50	5	5	40	1.46
6303683--6303932	120	2.1	118	78	7	256	40	8	20	30	1.81
6306730--6306798	31	2.2	31	86	0	93	37	11	11	39	1.78
6307764--6307809	21	2.2	21	84	7	58	26	0	2	71	0.97
6307776--6307817	22	2.0	21	90	4	66	23	0	4	71	1.05
6317179--6317340	54	3.0	53	81	3	182	25	13	26	33	1.93
6317302--6317392	47	1.9	47	93	0	155	26	13	27	32	1.93
6319302--6319339	6	6.3	6	93	0	67	18	2	15	63	1.43
6319305--6319345	12	3.4	12	93	0	64	17	7	17	58	1.60
6319306--6319346	18	2.3	18	86	0	55	17	9	17	56	1.67
6319454--6319497	18	2.4	18	92	0	70	31	13	15	38	1.87
6323350--6323445	21	4.5	21	86	2	120	36	26	22	14	1.93
6323350--6323455	42	2.5	43	82	3	133	35	25	22	16	1.94
6368088--6368149	28	2.2	28	80	2	72	33	25	20	19	1.96
6368253--6368303	23	2.4	22	87	9	70	43	23	11	21	1.85
6368260--6368303	23	1.9	23	95	0	79	43	25	13	18	1.86
6370964--6371106	25	5.8	24	70	7	90	20	26	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6370964--6371106	74	1.9	74	82	2	180	20	26	19	33	1.96
6371062--6371123	25	2.5	24	82	7	72	20	25	22	30	1.98
6370964--6371126	74	2.2	74	81	2	175	21	26	19	32	1.97
6371085--6371144	25	2.4	25	81	10	70	25	25	20	30	1.99
6374170--6374224	28	2.0	28	96	0	101	45	32	1	20	1.61
6378699--6378741	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
6378758--6378784	13	2.1	13	100	0	54	33	14	22	29	1.94
6381043--6381149	45	2.4	45	82	3	135	41	18	18	21	1.91
6381127--6381151	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
6382221--6382286	5	14.0	5	87	12	104	60	0	0	39	0.97
6382221--6382286	13	4.7	14	94	5	100	60	0	0	39	0.97
6382671--6382784	33	3.5	33	74	8	83	27	28	17	26	1.98
6382763--6382995	117	2.0	117	90	1	369	29	24	12	33	1.92
6387810--6387870	3	21.3	3	83	6	65	68	0	31	0	0.89
6389104--6389172	31	2.2	32	80	10	81	26	11	17	44	1.82
6396831--6396887	29	1.9	29	86	10	80	52	8	5	33	1.55
6398190--6398223	13	2.6	14	86	13	54	73	0	0	26	0.83
6399528--6399570	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
6404236--6404300	18	3.4	18	76	12	67	38	9	29	23	1.85
6407800--6407863	26	2.7	22	71	17	65	53	4	4	37	1.43
6407876--6407940	31	2.1	31	85	0	85	46	3	4	46	1.39
6408470--6408529	22	3.0	20	75	20	61	75	1	0	23	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6408476--6408529	12	3.9	15	79	16	62	75	1	0	22	0.89
6408489--6408533	12	3.6	12	88	11	72	75	0	0	24	0.80
6408470--6408533	26	2.4	27	89	5	94	73	1	0	25	0.92
6408473--6408540	14	4.9	14	82	8	77	72	1	0	26	0.94
6412199--6412223	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
6412912--6412955	23	1.9	23	90	0	70	36	0	0	63	0.95
6412914--6412938	7	3.6	7	100	0	50	36	0	0	64	0.94
6414954--6414981	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
6416738--6416767	8	3.9	8	91	8	53	0	10	0	90	0.47
6416739--6416767	15	1.9	15	100	0	58	0	10	0	89	0.48
6417504--6417663	43	3.8	42	78	4	153	33	18	23	24	1.97
6417504--6417663	41	3.8	41	75	9	135	33	18	23	24	1.97
6417743--6417823	31	2.5	33	82	4	94	58	20	6	14	1.58
6418058--6418112	21	2.6	21	79	0	56	5	49	16	29	1.68
6418523--6418551	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
6423039--6423092	9	6.0	9	75	0	54	33	1	16	48	1.57
6423038--6423091	18	3.0	18	77	0	63	35	1	14	48	1.55
6424588--6424726	25	5.6	25	72	11	83	16	27	20	35	1.94
6424659--6424712	24	2.2	25	87	9	76	12	27	25	33	1.93
6440118--6440159	5	8.8	5	89	5	61	83	0	0	16	0.65
6447950--6447990	20	2.2	19	87	12	59	68	4	12	14	1.36
6456225--6456474	66	3.8	64	75	13	190	24	29	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6459807--6459842	17	2.0	18	89	10	56	0	27	0	72	0.85
6459816--6459863	25	1.9	25	86	0	69	0	27	4	68	1.07
6459816--6459863	21	2.3	21	82	13	55	0	27	4	68	1.07
6461901--6461934	6	5.3	6	86	13	50	20	0	2	76	0.92
6465964--6466010	21	2.2	21	96	0	85	25	25	8	40	1.84
6473802--6473835	9	3.8	9	84	0	50	23	8	8	58	1.56
6474879--6474913	17	2.1	16	89	5	52	28	20	0	51	1.47
6476590--6476663	25	3.0	25	84	4	78	70	2	4	22	1.17
6477475--6477560	23	3.7	23	81	4	84	44	15	9	31	1.78
6477951--6478030	40	2.0	40	100	0	160	17	32	10	40	1.83
6485566--6485683	9	12.7	9	67	19	55	29	2	5	62	1.30
6493820--6493859	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
6493925--6494062	27	5.1	26	87	4	150	36	22	22	18	1.95
6493925--6494060	54	2.5	54	85	4	168	36	22	22	19	1.95
6495679--6495788	26	4.2	26	90	2	159	35	23	5	35	1.78
6496895--6496926	15	2.1	15	100	0	64	40	0	21	37	1.54
6498938--6499214	138	2.0	138	88	0	410	41	8	5	45	1.56
6501190--6501316	55	2.3	55	79	5	132	29	25	25	18	1.98
6502512--6502580	32	2.2	32	100	0	138	24	5	23	46	1.74
6502911--6502936	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
6504154--6504193	15	2.8	14	88	7	62	27	7	7	57	1.53
6512402--6512658	68	3.9	65	75	9	220	30	16	28	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6512683--6512987	151	2.0	151	99	0	601	26	11	27	33	1.92
6515192--6515237	22	2.1	22	88	8	67	39	0	26	34	1.57
6516781--6516809	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
6521567--6521600	16	2.1	16	88	0	50	70	0	0	29	0.87
6528135--6528295	79	2.0	80	96	1	297	45	8	3	42	1.49
6528941--6528979	20	2.0	20	85	10	53	43	17	5	33	1.72
6531414--6531457	19	2.2	20	88	4	63	43	9	0	47	1.35
6532389--6532764	54	6.7	55	71	15	247	27	17	21	33	1.96
6532323--6532700	114	3.4	108	81	11	379	31	15	20	32	1.94
6532875--6532962	28	3.0	28	86	6	113	22	0	26	51	1.49
6532875--6532962	31	3.0	29	86	9	117	22	0	26	51	1.49
6541324--6541353	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
6541635--6541688	5	10.2	5	80	11	63	33	7	0	59	1.25
6541635--6541713	38	2.1	38	85	4	106	30	8	1	59	1.36
6541721--6541764	21	2.1	21	86	0	61	34	2	6	56	1.38
6541858--6541928	15	4.8	15	75	21	62	26	8	0	64	1.22
6542120--6542163	23	2.0	22	90	4	70	34	6	0	59	1.24
6542116--6542195	38	2.1	37	88	6	117	33	7	1	57	1.35
6542116--6542195	27	2.9	27	87	5	99	33	7	1	57	1.35
6542116--6542168	5	10.0	5	88	8	70	35	5	0	58	1.22
6542182--6542230	21	2.3	20	83	10	62	36	4	4	55	1.38
6542194--6542238	21	2.1	21	91	0	72	31	4	4	60	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6542332--6542395	27	2.4	27	75	12	69	25	9	0	65	1.22
6545600--6545752	52	2.9	52	86	3	182	24	26	16	32	1.96
6548537--6548943	113	3.6	111	79	5	451	29	16	17	36	1.92
6548492--6548943	227	2.0	219	81	6	507	28	16	17	36	1.92
6548619--6548932	58	5.5	58	73	11	243	30	18	18	31	1.95
6548601--6548893	59	5.3	54	70	15	186	30	16	17	35	1.93
6549888--6549953	30	2.2	32	83	8	84	51	10	0	37	1.37
6549909--6549971	30	2.2	30	83	10	80	58	3	0	38	1.14
6555069--6555098	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
6555488--6555592	27	3.9	27	85	9	126	19	23	21	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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